Post on 19-Sep-2018
Curso de Inverno
Artur Trancoso Lopo de Queiróz
Filogenia e Evolução
Onde é o começo?
Evolução: “Mudanças Herdadas em uma população
durante várias gerações” Mudanças?Onde:
DNA(RNA, proteínas).
Morfologia
Freqüências Alélicas.
Fonte Básica de Mudanças
Mutações: Mudanças no DNA que passada para a prole.
Mutações Pontuais >Transições, Transversões
>Indels
>nonsense
>Não sinônimas e sinônimas
Transições vs Transversões
Diversidade
Pra fazer filogenia: O que usar
Características Morfológicas: Forma células, presença de brânquias..etc.
Ensaios de Expressão. RFLP Seqüências fica difícil morfologia com :
Homologia X Similaridade
Filogenia X Alinhamento
Edição de Alinhamento
Parte crítica Programas de Visualização:
GeneDoc
BioEdit
Seaview
Analise de Informação Simplex bidimensional Saturação
Criterios: Quais Escolher?
Basicamente são 4: Cladisticos Parsimônia Maxima Verossimilhança Fenéticos Distancia(geométrico)
Cladisticos
Parcimônia
Um dos primeiros Numero de “passos” Mais parsimôniosa =
Menor Nº passos ????
Máxima Verossimilhança
Probabilidades Mudanças de Caracteres Muitas buscas (heuristica) Arvore inicial (distancia).
Busca de Árvores
Algorítimos Exatos: Busca Exaustiva Algorítimos Heurísticos: Branch and Bound Branch Swapping
Branch and Bound
Branch Swapping
Custo computacional
Taxons Com raiz Sem raiz2 1 13 3 14 15 35 105 156 945 1057 10395 9458 135.135 103959 2.027.025 135.13510 34.345.425 2.027.025
Fenéticos
Distância
Alinhamento > Matriz Distancias: P, JC,
K2P, NeiLi, TajNei, GTR..etc.
56 modelos de distâncias
Modeltest Geram Matrizes
Distâncias
JC => Substituições Multiplas K2P => Ti/Tv TajNei => GC Tam3P => Subst, Ti/Tv e GC TamNei => Taxa de transição diferente (AG) e
(CT) Gamma => Sítios evoluem diferentemente.
ModelTest
Reconstrução de topologias
MinEvolu Quadrados mínimos UPGMA * Neighbor Joining**
Sustentabilidade de Topologia
Jackknife Bootstrap
Tipos de Topologias
Mão na massa