Marcadores mais utilizados

Almir R. Pepato

Marcadores mais utilizados

Almir R. Pepato

Definição de marcador molecular

Uma sequência nucleotídica ou de aminoácidos detectável

experimentalmente

Marcadores mais utilizados na literatura recente

Genes Ribossomais27 de 64 artigos empregam sequências oriundas dos genes ribossomais

Metáfases de Serrasalmus serrulatus marcadas para o 18S (Nakayama et al, 2008)

Todos os genomas apresentam genes ribossomais (Procariotos, Mitocôndrias, Cloroplastos, Nucleares)

Nos Eucariotos há várias cópias agrupadas em diversos cromossomos

Estrutura dos genes Ribossomais

Nas mitocôndrias esses genes são ainda mais compactos:

SSU: 12SLSU: 16S

Estrutura secundária

Estrutura secundária

Vantagens do emprego dos rDNA

Primers conservados

Múltiplas cópias, evolução concertada

Poucos problemas de paralogia

É um dos únicos marcadores que pode ser sequenciado em qualquer ser vivo

A estrutura secundaria auxília no alinhamento das sequências e fornece outros caracteres.

Genes codificantes

Genes codificantesDos trabalhos examinados, 64 utilizam sequências de genes codificantes. Oriundos dos genomas nucleares (24) ou de organelas (Mit.: 29, CP: 11)

Dificuldades técnicas: Poucas cópias na amostra reduz a quantidade de substrato para a reação de PCR.

Propriedades semelhantes aos dos genes ribossomais

Genes codificantes

Exemplo de gene com multiplas cópias, com evidências de evolução concertada.

A Histona H3 foi utilizada em um dos artigos examinados

Genes codificantesAlternativa para a obtenção de genes de cópia simples: Transcriptase Reversa- PCR (Utilizado também para ESTs, apenas um artigo).

ITS e outros introns

Empregado em 23 artigos (ITS 14, outros introns 9)

Os introns são regiões excluídas do mRNA graças ao mecanismo de splicing.

Como são regiões que não codificam proteínas estão menos sujeitas à seleção natural estabilizadora e assim acumulam mais substituições.

Geralmente empregados para recuperar histórias evolutivas recentes.

DNA organelar

Empregado em 49 dos artigos investigados (Mit.: 40, CP: 11)

DNA organelar

O genoma mitocondrial completo foi utilizado em cinco artigos

DNA organelar

Fênomeno comum nos genomas mitocôndriais, o viés no emprego de nucleotídeos pode levar a erros nas inferências filogenéticas