INSTITUTOS NACIONAIS DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA – INCT

ACOMPANHAMENTO E AVALIAÇÃO

Período de abrangência do relatório: de 01.05.2012 a 30.04.2013

IDENTIFICAÇÃO DO PROJETO

TÍTULO: Câncer Hereditário e Agregação Familial: Perfis clínicos e moleculares de

pacientes Brasileiros e seus parentes com alto risco de câncer (INCITO)

PROCESSO Nº: 573589/2008-9

COORDENADOR: Luiz Paulo Kowalski

PROJETO DE PESQUISA

HOUVE ALTERAÇÕES NOS OBJETIVOS E/OU METAS PROPOSTOS? ( ) SIM ( X ) NÃO Em caso positivo registrar as alterações ocorridas: Embora os objetivos e metas não tenham sido alterados, foram modificados alguns projetos

no seu contexto metodológico ou científico por problemas técnicos ou outros achados

relevantes publicados durante o desenvolvimento do estudo.

HOUVE ALTERAÇÕES NO CRONOGRAMA ORIGINAL? ( X ) SIM ( ) NÃO

Em caso positivo registrar as alterações ocorridas,como inclusão ou exclusão de objetivos e metas, dentre outros: O projeto de pesquisa proposto “Estudos funcionais do papel do gene TP53 no controle da

eergia e metabolismo” não será executado pois o colaborador internacional que daria

suporte não está mais no mesmo laboratório o qual apresentava as condições adequadas

para o seu desenvolvimento.

Um novo projeto foi incluído e é intitulado “Análise funcional do ANRASSF1 em

Carcinomas de Próstata”. Este estudo é baseado em achado prévio do grupo. Os resultados

parciais estão apresentados resumidamente no item Resultados/Metas (Ensaios Funcionais).

Foram incluídas análises de famílias com melanoma dentro do projeto “Análise de CNVs

em síndromes de predisposiçao hereditária ao câncer”.

O projeto “Sequenciamento total do genoma de pacientes com carcinomas de mama e

tireóide” foi modificado para a análise de sequenciamento do exoma destas pacientes, por

garantir que os resultados sejam obtidos dentro dos prazos propostos.

HOUVE PROBLEMAS E/OU DIFICULDADES NA EXECUÇÃO DO PROJETO?: ( X ) SIM ( ) NÃO Em caso positivo indicar quais foram:

Alguns projetos tiveram atraso na aprovação pelo Comitê de Ética da Instituição (alguns

por pendências apontadas que tiveram que ser adequadamente respondidas e reavaliadas) e

consequentemente na coleta das amostras. Também houve algum atraso na chegada de

material de consumo por importação. Entretanto, de modo geral, a grande maioria dos

projetos propostos já tem resultados parciais, dados publicados ou estão em bom andamento

e deverão, em sua maioria, ser concluídos dentro dos prazos indicados no cronograma de

execução.

EQUIPE

HOUVE ALTERAÇÃO NA COMPOSIÇÃO ORIGINAL DA EQUIPE? ( X ) SIM ( ) NÃO

Em caso positivo indique o número de inclusões e exclusões:

Responsável p/ laboratório associado ( ) Inclusão ( ) Exclusão Justificar: Pesquisador ( X ) Inclusão ( ) Exclusão

João Duprat Pedreira Neto CPF: 07.571.081.807

Justificar: Foi inserido um novo projeto de pesquisa de análises de probandos e familiares com

melanoma para a investigação de variações no número de cópias genômicas. O pesquisador será

responsável pelo atendimento clínico, coleta de amostras e dados clínicos dos pacientes incluídos no

estudo. As amostras já foram analisadas para o sequenciamento CDKN2a e CDK4.

Nota: listar em anexo, o nome e CPF, dos pesquisadores incluídos e excluídos do INCT.

DESCREVER OS MECANISMOS DE INTERAÇÃO UTILIZADOS ENTRE GRUPOS DE PESQUISA PARTICIPANTES DO INCT:

São realizadas reuniões com os pesquisadores envolvidos no INCITO para apresentação e

discussão do andamento dos projetos assim como novas estratégias para aumentar a

interação e colaboração dos projetose em andamento. Em 2012, o Seminário de Pesquisa

Básica, reuniu 25 apresentações de estudantes e pesquisadores que apresentaram e

discutiram os resultados de projetos científicos (40% deles relacionados ao INCITO).

No período de 30 de setembro a 6 de outubro 2012 foi realizado o evento São Paulo

Advanced School of Comparative Oncology, resultado da colaboração entre o INCITO,

Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP, Faculdade de Medicina Veterinária, USP e da

UNESP, Instituto de Biociências, UNESP e Faculdade de Medicina Veterinária, UFMG,

Minas Gerais. Este evento também foi apoiado pela CAPES e CNPq. Participaram vários

pesquisadores vinculados ao INCITO (nacionais e internacionais) assim como alunos

nacionais e internacionais que apresentaram e discutiram os resultados da pesquisa

desenvolvida.

No dia 19 de abril de 2013 foi realizado no Hospital AC Camargo uma reunião a convite do

INCITO a outros INCTs para aumentar a interação entre os INCTs e os pesquisadores

envolvidos neste projeto. Na reunião estiveram presentes membros (coordenadores, vice-

coordenadores, PI, outros pesquisadores) dos INCTs vinculados ao ensino, saúde e outros

com temática vinculado ao nosso projeto (27 INCTs de diferentes regiões do Brasil). Nessa

reunião foram discutidos os principais aspectos e resultados, meios de divulgação e

estratégias para aumentar a parceria entre os grupos. Foi uma excelente oportunidade de

conhecer os cientistas e ciência de excelência desenvolvida no país e apoiada pelo CNPq e

FAPs.

RELATAR EVENTUAIS DIFICULDADES ENCONTRADAS ENTRE OS GRUPOS DE PESQUISA PARTICIPANTES DA REDE E POSSÍVEIS MECANISMOS UTILIZADOS PARA SUPERAR ESTAS DIFICULDADES:

A principal dificuldade apontada no relatório anterior foi a interação com os diferentes

INCTs e seus pesquisadores. Para superar esse grande obstáculo, enviamos convites a todos

os coordenadores dos INCTs vinculados direta ou indiretamente à saude para uma reunião

para discussão e apresentação dos projetos. Obtivemos uma resposta positiva e a presença

quase que massiva (27 dos 30 INCTs convidados) de todos. Na discussão ficou evidente

que esse era um grande anseio de todos os envolvidos.

HOUVE A INCLUSÃO OU EXCLUSÃO DE INSTITUIÇÕES E EMPRESAS? ( ) SIM ( X ) NÃO EM CASO POSITIVO INDIQUE O NÚMERO:

Instituição de Ensino e/ou Pesquisa ( ) Inclusão ( ) Exclusão Justificar: Empresas ( ) Inclusão ( ) Exclusão Justificar:

As empresas incluídas no relatório anterior mantém seu envolvimento com o INCITO e

Instituição.

RESULTADOS OBTIDOS / METAS

COMENTE OS 3 (TRÊS) PRINCIPAIS RESULTADOS CIENTÍFICOS E/OU TECNOLÓGICOS OBTIDOS ATÉ O MOMENTO PARA:

A – PESQUISA: Estudos Epidemiológicos

1. Os pacientes e familiares com cânceres particulares (segundo os projetos envolvidos

no estudo) continuam a ser recrutados e os dados clínicos, história familiar e outros

de relevância na investigação estão sendo coletados. As amostras biológicas são

armazenadas e gerenciadas pelo Biobanco de Macromoléculas segundo normas

éticas adotadas na Instituição. Como apresentado no relatório anterior, o banco de

dados para integrar as informações cínicas e de pesquisa está em fase de teste. Dada

a potencialidade do impacto da ocorrência de mutacões p.R337H na população

brasileira e a variabilidade da doença, foi proposto o desenvolvimento de algoritmos

de predição para avaliar o risco individual de cancer em portadores da mutação

R337H. Usando ferramentas de bioinformática foi iniciada a integração dos dados

obtidos (147 familias diagnosticadas com Síndrome Li-Fraumeni, 37 com alguma

mutação em TP53) para a construção de um algorítmo que estime o risco individual

de câncer estratiticado por idade. Neste período, foi criada a ontologia para a

representação dos dados provenientes dos pacientes. A ferramenta de integração e

criação da interface interativa para os pesquisadores encontra-se em fase de

desenvolvimento. Foram investigadas diversas possibilidades de incluir a

capacidade de inferência num sisitema de integração baseado em ontologias. Essa

capacidade é importante para mitigar o problema da heterogeidade semântica por

meio de hierarquias conceituais ou regras de inferência. Como próximos passos

pretende-se analisar e implementar a integração destes dados de modo a prover os

pesquisadores do projeto com uma ferramenta de consulta prática e unificada.

2. O banco de soro de pacientes com carcinomas colorretais foi recentemente aprovado

pelo CEP da Instituição e está em coleta de amostras. Já foram coletadas amostas de

soro de 90 pacientes com melanoma. Para este tipo tumoral, as vesículas já foram

purificadas e o estudo está em fase de padronização da análise proteômica nestas

vesículas. Já foram coletadas amostras de 164 casos de pacientes com carcinomas

de cabeça e pescoço. Estão sendo coletados os dados clínicos e histopatológicos

destes pacientes antes do início dos experimentos.

Biologia Tumoral

1. O projeto “Síndromes de Câncer Hereditário e Agregação Familial” está em fase

final. Vários artigos foram publicados no período e outros encontram-se em fase

final de análise dos dados e redação dos manuscritos (lista de publicações em

anexo). O projeto em pacientes com a síndrome de Li-Fraumeni está concluído, com

artigos já publicados, submetidos e outros em elaboração. Estão sendo finalizadas as

análises referentes à investigação de alterações genômicas em tumores de mama e

próstata esporádicos, manuscrito submetido e outros em preparação. Amostras

pareadas de DNA tumoral e de sangue periférico de 18 pacientes conmcarcinomas

de cavidade oral e de orofaringe com história de câncer na familias (cabeça e

pescoço ou tumores relacionados) também foram avaliadas quando ao perfil

genômico. Um subconjunto de casos pareados (sangue e tumor) compartilharam as

mesmas alterações, sendo 11 classificadas como raras, sugerindo um papel potencial

destas alterações na predisposição hereditária a estes tumores. Foi também realizado

um recrutamento de 30 pacientes portadores de tumores com pelo menos 4 casos

diagnosticados na familia e um deles em idade inferior a 50 anos. Estes casos estão

sendo avaliados para mutações no gene TP53. Um outro estudo recém incluído neste

tema é a análise de 20 pacientes com Sindrome de Li-Fraumeni/Li-Fraumeni-Like

com ausência de mutações em TP53 e a história de multiplos tumores. Estes

pacientes estão sendo avaliados para alterações genômicas (SNPs e CNVs)

utilizando a plataforma 2.0K da Affymetrix. Para a Síndrome de Lynch, foram

analisados 58 pacientes que preencheram os critérios de Amsterdam ou Bethesda,

porém, sem mutações patogênicas nos genes MMR (MLH1, MSH2, MSH6, PMS1 e

PMS2), TP53 e CHEK2. Foram identificadas 20 CNVs raras (não descritas

previamente) em 17 casos. Quatro CNVs raras mapeadas em 6p11.2, 7p22.3,

11q13.2 e 14q23.1 foram detectadas independente em pelo menos quatro pacientes.

Estes achados estão em fase de confirmação por outros métodos.

2. O projeto “Rastreamento global de mutações no câncer hereditário por

sequeciamento direto e em larga escala (exome-sequencing) continua em

andamento. Foram sequenciados 146 pacientes com a S. Lynch (mutações para os

genes MLH1, MSH2, MSH6, PMS1 e PMS2), 23 pacientes com polipose intestinal

(AMPC, MUTYH), 63 pacientes com melanoma familiar (TP16 e P14ARF) e 194

pacientes com cancer de mama e ovário (BRCA1 e BRCA2) totalizando 426

pacientes. Deste, 117 eram portadores de mutações conhecidas, 110 apresentaram

variantes de significado incerto e 199 não apresentaram mutações. Vale ressaltar

que a grande maioria dos casos, além de avaliação de mutações em ponto e

pequenas deleções e inserções por sequenciamento, foi também avaliado para

rearranjos genômicos por MLPA. Um total de 199 pacientes negativos para mutação

nos genes candidatos estão sendo investigados por sequenciamento do exoma,

alguns casos em delineamento experimental baseado em famílias. Esta estratégia

tem uma grande probabilidade de identificar novos genes associados a síndromes

hereditárias. Até o momento foram obtidos resultados de 30 pacientes cuja análise

das sequencias esta sendo conduzida pelo grupo de bioinformática.

3. Este último grupo será investigado por sequenciamento do exoma.

4. No período anterior foram analisados 40 casos vinculados ao projeto “Determinação

do perfil de expressão no carcinoma ductal invasivo usando genes codificadores e

não codificadores”. No período que cobre o relatório foram avaliados outros 103

casos segundo o acometimento de linfonodos (ausência, 1-3 linfonodos e >4). Nesta

comparação foram identificados 43 genes diferencialmente expressos que estão

sendo validados por RT-qPCR. Além disso, foram identificados dois pares de

transcritos codificantes e não-codificantes, com seus respectivos transcritos senso e

antisenso, com expressão invertida sugestivo de uma regulação. Interessantemente,

os pares de transcritos apresentaram diferença de comportamento nos grupos de

tumores de mama segundo o status dos receptores hormonais (positivo e negativo).

Os dois pares estão sendo caracterizados em detalhes.

5. Seis novas propostas foram apresentadas no período anterior e os resultados

preliminares já estão sendo obtidos:

(a) “Isolamento e caracterização de células tronco tumorais”. Uma abordagem

realizada foi a obtenção de células tronco tumorais (CSC) de 7 tumores obtidos

de pacientes portadores de mutações germinativas em TP53. Em um dos casos

os esferóides apresentavam perfil imunoistoquímico CD44+, CD24-, Oct4+,

Ki67+ e SOX2 +. Após vários ensaios (formação de colônias, diferenciação,

Time-lapse, capacidade de auto-renovação e de proliferação in vitro), foi

demonstrado o papel da CSC nestes tumores e que este pode ser um modelo útil

para a compreeensão do papel da mutacão fundadora R337H. A segunda

abordagem trata da avaliação da CSC do câncer de mama e dos miRNAs que

regulam sua formação e atividade, quanto a agressividade tumoral e resistência

à quimioterapia. Por problemas de importação alguns reagentes chegaram em

02/2013 e os resultados obtidos são preliminares para os miRNAs

(knockdown). Já foram selecionados os clones que expressam altos níveis dos

miRNAs de interesse (miR-221, -222 e -4728-3p). A avaliação da expressão

dos miRNAs em células aderentes e de mamosferas, com e sem transdução

lentiviral foi parcialmente concluída. Os resultados mostraram que existe uma

variabilidade na expressão endógena dos miRNAs em estudo nas células

aderentes quando comparado com mamosferas. A terceira etapa do estudo foi

modificada (quantificação e separação de células com o fenótipo CD44+/CD24-

/ESA+ por FACS) em função da quantidade limitada destas células nas

linhagens analisadas. Foi observado um aumento da expressão do HER2 nas

mamosferas quando comparadas com as células aderentes nas linhagens MCF-7

e SKBR3, o que sugere um possível papel de HER2 na regulação de células-

tronco tumorais.

(b) A análise por RNAseq do transcriptoma de carcinomas de próstata (CaP) é

baseado em sequenciamento de alto rendimento da porção 3' dos transcritos

para avaliar as diferenças de expressão gênica em casos com escore de Gleason

7 com e sem recidiva bioquímica. Foram selecionadas 21 CaP sendo 10

pacientes com e 11 pacientes sem recidiva bioquímica, e duas amostras de

hiperplasia prostática benigna. Dentre os genes diferencialmente expressos,

NFKBIZ e BRP44 foram mais expressos no grupo de pacientes sem recidiva.

Estes genes foram validados por RT-qPCR com significância estatística e com

probabilidades de 87,53% e 83,41% de serem mais expressos no grupo sem

recidiva pelo método de probabilidades. Não foi verificada associação

estatística entre a expressão das proteínas e sobrevida livre de recidiva

bioquímica. Será realizado o sequenciamento das bibliotecas nas plataformas

Illumina e Ion PGM para aumentar a confiabilidade da análise dos dados

globais.

Sequenciamento de exoma de tumores esporádicos. Os critérios de inclusão

do projeto “Rastreamento global de mutações em carcinomas orais e de

orofaringe em pacientes jovens por sequenciamento do exoma” incluem

pacientes com diagnóstico destes tumores com idade igual ou inferior a 45

anos, sem tratamento quimioterápico ou radioterápico prévios à obtenção das

amostras, disponibilidade de material (DNA tumoral e sangue periférico) e

informações clínicas e patológicas completas. Com base nestes critérios foram

obtidas 18 amostras de tumores (10 de cavidade oral e 8 de orofaringe) e de

sangue periférico dos mesmos pacientes. Os casos foram genotipados para o

virus do papiloma humano (HVP) sendo 6 deles positivos. O projeto foi

aprovado no CEP e os reagentes já foram adquiridos. A próxima etapa é a

construção das bibliotecas e sequeciamento pelo plataforma Illumina HiSeq. O

“Sequenciamento de exoma de tumores esporádicos de mama” está sendo

desenvolvido em tumores triplo negativos (TN) de mulheres jovens (<35 anos)

segundo a presença ou ausência de mutação em BRCA1. Estão sendo analisadas

amostras de sangue periférico, tecidos mamários normais e tumorais por

sequenciamento do exoma utilizando a plataforma SOLID/Life technologies em

4 pacientes não portadoras e 2 portadoras de mutação germinativa no gene,

totalizando 18 amostras. Os resultados obtidos estão sendo analisados. No

projeto “Sequenciamento de exoma de tumores de próstata Gleason 7 com

ou sem recidiva bioquímica” nosso objetivo é identificar painéis de mutações

somáticas associadas com risco de recidiva. Nossa proposta é utilizar os

mesmos casos usados no projeto de RNAseq (projeto b). Neste momento os

DNAs foram isolados e as bibliotecas estão sendo construídas.

(c) O projeto referente a “Análise do metiloma em carcinomas de tireoide”

deverá ser iniciado no segundo semestre de 2013. Neste período foram

selecionadas 94 amostras que foram histopatologicamente confirmadas com o

diagnóstico de carcinoma papilífero de tireoide (CPT). Todos os casos foram

avaliados para mutações em BRAF e KRAS. Um subconjunto destas amostras

segundo o padrão de mutações detectado será avaliado quanto ao perfil global

de metilação. Uma pesquisadora recentemente vinculada ao INCT em

Oncogenômica (Claudia A Rainho) desenvolverá este estudo. Foi também

avaliado o padrão de expressão gênica global em 57 destes CTP e 9 tecidos

adjacentes normais utilizando a plataforma 8x60K (Agilent Technologies Inc.).

Foram identificados 715 genes diferencialmente expressos. Os maiores níveis

de expressão dos CTP foram observadas para GABRB2, CLDN10, KLK7,

HMGA2 e HPCAL4 e menores para MYOC, GLDC, SEMA3D, TFF3 e LRP1B.

A lista gerada com 715 genes foi comparada com banco de dados públicos

(GEO e TGCA Portal), confirmando o envolvimento de 589 genes. Uma análise

de vias canônicas destacou a via de ativação de RXR/TR, sugerindo uma

diminuição da responsividade ao hormônio tireoidiano. Os dados de expressão

gênica serão integrados aos do metiloma.

(d) O projeto Sequenciamento total do genoma de pacientes com carcinomas de

mama e tireóide foi modificado para análise de sequenciamento do exoma

destas pacientes. Os critérios de inclusão foram revisados e alterados para:

probando que tenha desenvolvido câncer de tireoide (não medular) e/ou câncer

de mama, sincrônicos ou metacrônicos e que possuam histórico familial dos

tumores; com pelo menos dois familiares de primeiro ou segundo grau que

tenham sido afetados com um dos dois tumores e pelo menos um dos casos com

idade inferior a 45 anos ou que tenham pelo menos 1 familiar que tenha

desenvolvido um dos tumores, sendo que este paciente e o probando devem ter

desenvolvido os tumores antes dos 40 anos e haver outros tumores em outras

gerações que não aquela acometida por CM e CT (não medular) e/ou haver um

indivíduo do sexo masculino acometido por CT (não medular); quando tumor

de mama precedente ao tumor de tireoide não ter sido tratada com radioterapia.

Segundo esses critérios foram convocados e incluidos no estudo 22 pacientes.

As bibliotecas já foram geradas e o sequenciamento sera realizado no

equipamento HiSeq (Illumina) com uma cobertura de 140X.

(e) Metagenômica e Câncer Colorretal. Utilizando métodos de metagenômica,

baseados no seqüenciamento em larga-escala de fragmentos do gene 16S-

rDNA, está sendo avaliada a microbiota bacteriana intestinal associada ao

epitélio intestinal em lesões tumorais de câncer de reto, a qual será contrastada

com a microbiota não-tumoral do reto, avaliada por colonoscopia. Será também

investigado o papel das bactérias colônicas na resposta quimio- e radioterápica

em câncer de cólon, em material obtido por biópsia pré-tratamento,

contrastando a microbiota com a eficiência do tratamento. Foram obtidas 21

amostras controles e 20 de carcinomas de reto para a análise metagenômica da

microbiota bacteriana associada epitélio intestinal. A PCR foi padronizada com

iniciadores que flanqueiam e permitem amplificar a região V1 do gene

codificador do 16S-rDNA. Foi utilizado o sequenciador Ion Torrent. As

sequências obtidas encontram-se em análise (QIME - Quantitative Insights Into

Microbial Ecology - Caporaso et al., 2010).

Estudos Funcionais

1. Geração de linhagens celulares com expressão de proteínas fluorescentes ou

bioluminescentes para avaliação de candidatos gerados de estudos prévios. Como

experimento preliminar, as células U87MG foram transfectadas com um vetor de

expressão de luciferase sendo selecionadas as células que expressam a proteina.

Estas células foram xenotransplantadas ortotopicamente. Análises usando o sistema

Carestream Kodak Multispectral FX System de quimioluminescência mostraram

que o sistema é capaz de detectar a luminescência vinda das células implantadas no

cérebro de camundongo. Isso permitirá o acompanhamento do crescimento do

tumor em tempo real sem a necessidade de sacrificar o animal. Esta estratégia será

aplicada em outros estudos do grupo.

2. Um estudo realizado pelo grupo mostrou que STI1/HOP é secretada em vesículas

extracelulares de diferentes tamanhos e com origem em corpos multivesiculares.

STI1/HOP localiza-se na face externa destas vesículas o que permite sua interação

com a proteína príon (PrPC). A sinalização mediada pela STI1/HOP presente em

vesículas extracelulares é 5 vezes mais potente que aquela mediada pela proteína

recombinante (Hajj et al. Cell Mol Life Sci. 2013 Epub Mar 31). Além disso,

mostramos a relevância da interação PrPC-STI1 no crescimento de glioblastoma

multiforme in vivo. Este efeito foi bloqueado por um peptídeo que inibe a interação

entre as duas moléculas, mostrando que este complexo representa um alvo

terapêutico importante no tratamento de GBMs. A expressão de PrPC e STI1/HOP

foi ainda avaliada em uma série de 205 casos de tumores de cólon. Os resultados

apontam que a expressão destas proteínas está correlacionada a maior invasão

sanguínea, linfática e neural. De acordo com estes dados, ensaios in vitro usando-se

linhagens celulares de tumores de cólon humano mostraram que STI1/HOP é capaz

de induzir a migração dependente de PrPC. Juntos, estes dados apontam que o

complexo PrPC-STI1/HOP pode ser um alvo relevante para o tratamento de

tumores colorretais.

3. Encontra-se em andamento a análise funcional das isoformas proteicas não

classificáveis (UV) de MLH1 e MSH6 obtidas no neste projeto. Entre os 36

pacientes com Síndrome de Lynch portadores de UVs, quatro foram selecionados

para análise funcional. Para os ensaios funcionais das UVs selecionadas, os genes

MLH1 e MSH2 foram clonados em vetor de expressão pcDNA3.1 HisA. A

clonagem direcional dos genes foi avaliada por sequenciamento direto dos vetores e

análise de restrição. Os vetores contendo os genes MLH1 ou MSH2 selvagens

foram utilizados como molde para a mutagênese sítio-dirigida. Os vetores contendo

as mutações foram construídos e confirmados por sequenciamento. As linhagens de

adenocarcinoma de cólon humano HCT-116 (MLH1-/-) e LoVo (MSH2-/-), foram

transitoriamente transfectadas, com o vetor de expressão contendo o inserto

selvagem, o inserto com as variáveis não classificáveis ou o vetor vazio. Os níveis

de expressão e os tamanhos corretos das proteínas ectópicas foram avaliados em gel

de SDS-poliacrilamida 10% (SDS-PAGE) e análise de western blotting. A

quantidade de proteína naturalmente expressa, β-tubulina, foi utilizada como

controle de carregamento quando os níveis de expressão das variantes produzidas

foram comparados. Os vetores MLH1 e MSH2 selvagem foram construídos sendo

confirmados por sequenciamento direto. A expressão das proteínas recombinantes

foi avaliada por SDS-PAGE e western blotting após a transfecção transitória das

linhangens de colon terem sido selecionadas. No próximo período será avaliada a

localização subcelular das UVs construídas por imunofluorescência indireta e a

interação proteína-proteína por imunoprecipitação.A atividade de reparo será

examinada in vitro com a construção de substratos contendo erros de pareamento.

4. ANRASSF1 ncRNA em câncer de próstata. O objetivo deste estudo é caracterizar

estrutural e funcionalmente um novo lncRNA antisenso intrônico, identificado

como sendo transcrito em câncer de próstata em uma região intrônica do locus do

gene supressor de tumor RASSF1A, na fita oposta ao gene codificador de proteína.

Este lncRNA foi denominado ANRASSF1, de transcrito antisenso noncoding

RASSF1. Usando técnicas de biologia molecular e celular, incluindo super-

expressão ou silenciamento do lncRNA ANRASSF1, além de técnicas de ChIP-PCR

e RNA-IP PCR, foi identificado que este novo lncRNA ANRASSF1 afeta

exclusivamente a expressão da isoforma RASSF1A, sem causar efeito na expressão

de RASSF1C. Nossos resultados mostram um novo mecanismo de repressão

epigenética altamente locus-específico, envolvendo um lncRNA antisense daquele

locus. Estes dados sugerem que centenas de outros lncRNAs não-spliced transcritos

no genoma humano, e ainda não caracterizados, possam exercer um papel regulador

locus-específico. Os dados apontam também para a importância de estudar em mais

detalhes o possível envolvimento do aumento da expressão do lncRNA ANRASSF1

com a tumorigênese.

Ensaios Clínicos

1. Estudo prospectivo não randomizado fase II para identificação de marcadores de

resposta à quimioterapia neoadjuvante e associação de radioterapia e cetuximab em

pacientes com carcinoma epidermóide (CEC) de orofaringe. O estudo encontra-se

em fase final de validação dos resultados. A análise de genotipagem do HPV

mostrou que o subtipo HPV16 era o mais frequente (16/18 casos positivos). Os

pacientes HPV negativos apresentaram menor taxa de sobrevida comparada aos

pacientes positivos (log-rank test, p=0,036), confirmando dados da literatura.

Ganhos em 3q26.31 e 11q13.2, e perdas em 9p21.3 foram exclusivamente

encontrados no grupo HPV negativo (p<0,05).Perdas genômicas em 8p11.23-

p11.22, 14q11.1-q11.2, 15q11.2 e ganhos em 11q13.2 e 11q13.2-q13.3 (p<0,05)

foram os mais significativos entre os casos estudados. Amplicons mapeados em

11q13.2 e 11q13.2-q13.3 foram considerados como raros (não presentes em outros

bancos de dados genômicos). A análise genômica foi capaz de revelar ganhos

genômicos capazes de distinguir os pacientes respondedores (RC, RP>50%) dos

não-respondedores (RP<50%, DE e DP) ao tratamento. A análise de expressão de

transcritos na mesma casuística quando da comparação a resposta global ao

tratamento (respondedores vs não-respondedores) ao revelou 14 genes

diferencialmente expressos, sendo 7 com diminuição (DENND4A, C5, COBL,

TRAPPC2, DYNC1I1, TP53TG3 e ZP3) e 7 com aumento de expressão (ACOT4,

DDOST, GMEB1, NPTXR, ZFYVE9, ZNF545 e PRSS2). A análise integrada dos

dados genômicos e transcriptômicos revelou 82 moduladores, sendo observada

correlação positiva em 57 deles. A análise funcional in silico utilizando Ingenuity®

Pathway Analysis (IPA v8.0 Ingenuity Systems (http://www.ingenuity.com) dos 57

moduladores gerou 5 redes principais sendo a principal delas associada a

modificação pós-transcricional de RNA.

2. Identificação de preditores moleculares de resposta a radioquimioterapia

neoadjuvante em pacientes com adenocarcinomas de reto. Este projeto já tem

recrutado os 100 casos propostos para o estudo em colaboração com um dos

parceiros do INCITO, MD Anderson Cancer Center, USA. Serão realizadas análises

de rastreamento de mutações por sequenciamento do exoma com o objetivo de

identificar marcadores moleculares de resistência ao tratamento radio-

quimioterápico. – Atualizar

3. Estudo de fase I de 18F-fluoroacetato de sódio (18F- FAc) como um agente de

imagem PET para a detecção tumoral (carcinoma de próstata e mama)”. Este

trabalho tem o objetivo de apresentar os resultados dos estudos do 18F-FAc sobre

toxicidade sistêmica (aguda/subaguda) e crônica, além da toxicidade reprodutiva,

mutagênica e carcinogênica. Este estudo demonstrou a relação dose/resposta após a

administração de uma única dose no teste de toxicidade aguda e múltiplas doses

para o teste de toxicidade subaguda, possibilitando a comprovação da segurança do

radiofármaco no seu uso clínico, além do estudo em animais inoculados com células

tumorais de mama (MDA-MB-231) e de próstata (PC3). O 18F-FAc deverá ser

sintetizado em módulo automatizado, utilizando O-mesil-glicolato de etila como

precursor. A solução final será purificada por uma membrana de 0,22µm

(Millipore), seguida pelos controles de qualidade radioquímico, químico,

radionuclídico, estabilidade e estudos em animais do 18F-FAc inoculados com

tumor.

B – FORMAÇÃO DE RECURSOS HUMANOS: O INCT em Oncogenômica tem contribuído para a formação de recursos humanos em áreas

estratégicas da saúde desenvolvendo projetos de excelência na área. No período de 2009 a

2013 foram concluídas 230 defesas de dissertações de mestrado e teses de doutorado no

Programa de Pós Graduação em Ciências (Oncologia) da Fundação Antonio Prudente,

Hospital do Cancer AC Camargo., SP. Todos os pesquisadores vinculados ao INCITO desta

Instituição atuam como orientadores do núcleo permanente deste Programa. No periodo de

2009 a 2013, 57 alunos concluíram seus projetos de Mestrado e Doutorado vinculados aos

projetos INCITO neste programa de PG. Além dos alunos de mestrado e doutorado, 17 pós-

doutorandos desenvolvem seus projetos nas temáticas do INCITO. Outros pesquisadores

vinculados ao INCITO e de outras Instituições tambem formaram RH na temática do

projeto (resumo dos dados na planilha abaixo).

C – TRANSFERÊNCIA DE CONHECIMENTO E TECNOLOGIA: Como apresentado no relatorio anterior, a partir dos resultados obtidos no projeto INCITO

assim como dados da literatura, foi inserida na rotina (Departamento de Anatomia

Patológica) a genotipagem do papilomavírus humano (HPV) em carcinomas de orofaringe.

Nossos dados demostraram que pacientes HPV negativos apresentaram menor taxa de

sobrevida comparada aos pacientes positivos. Esses dados demonstram a necessidade de

desenvolvimento de estratégias terapeuticas distintas para estes dois grupos de pacientes.

A análise de mutações em genes de predisposição para as diferentes Síndromes associadas

ao câncer incluindo BRCA1, BRCA2, CHEK2, TP53, MLH1, MSH2, MSH6, PMS1,

CDKN2A, APC, KRAS, MUTYH, EGFR e BRAF é aplicada como ensaios de rotina para os

pacientes atendidos no ambulatório de Oncogenética e necessitam destes testes para

diagnóstico. Desde que os testes genéticos para genes de predisposição ao câncer foram

implementados para a rotina clínica do Hospital AC Camargo, em dezembro de 2009,

foram realizados 302 testes.

Em relação aos testes moleculares em tumores sólidos para a avaliação da predição de

resposta à terapia alvo foram estabelecidos os testes para mutações em ponto específicas em

diferentes genes (KRAS, EGFR, cKIT, PDGFRa) e análise de metilação em regiões

promotoras do MGMT. O ensaio de instabilidade de microsatélites (MSI) para casos com

carcinomas colorretais também foi disponibilizado no serviço.

Outros testes que incluem sequenciamento genômico completo, do exoma completo, de

painéis de genes tanto para avaliação de mutação somática para diferentes tumores sólidos,

como para avaliação de mutações em genes de predisposição para as diferentes síndromes

relacionadas ao câncer, foram estabelecidos e estarão disponíveis nos próximos dois meses

para os pacientes. Grande parte desses avanços foi conseguido graças ao financiamento nos

projetos financiados pelo INCITO.

Ensaios de novas proteínas na prática diagnóstica também já foram incluídos na rotina

como a investigação da claudina 7, entre outros.

Ensaios de hibridação in situ fluorescente e CISH foram implementados e são realizados

para uma grande quantidade de genes tendo sido inseridos na rotina diagnóstico do Hospital

AC Camargo. Potenciais candidatos selecionados dos resultados obtidos do INCITO e que

estão em fase de confirmação e validação dos dados tem potencial para serem incluídos na

rotina diagnóstica. Como um exemplo, encontra-se o amplicam mapeado em 11q em

carcinomas de orofaringe que tem potencial para dsitinguir entre respondedores e não

respondedores ao tratamento quimioterápico. Outro potencial achado que pode resultar em

um marcador util ao tratamento foi o encontrado em carcinomas papilíferos da tireoide onde

foi demonstrada a ativação de RXR/TR, a qual pode resultar na diminuição da

responsividade ao hormônio tireoidiano.

No período, foi realizada a visita a Fundação Centro de Controle de Oncologia do Estado

do Amazonas – FCECON de Manaus, Amazonas e Instituto do Cancer do Ceará - Escola

Cearence de Oncologia (programa Dinter-Minter com o PG em Ciências-Oncologia,

Hospital do Cancer AC Camargo) para avaliação da possibilidade de implantação do

Serviço de Oncogenética nestes locais.

D – EDUCAÇÃO E DIVULGAÇÃO DA CIÊNCIA: 1. Curso para professores e alunos da rede pública: a primeira versão do curso de

oncologia para professores e alunos da rede pública está agendada para os dias 16 e 17 de

maio de 2013 nas dependências do Hospital A.C.Camargo, São Paulo. Em uma parceria

com a Secretaria Estadual de Educação foram selecionados professores e alunos

representantes de 32 escolas de período integral do Estado, espalhadas pelas cidades de

Araraquara, Caieiras, Capivari, Itapevi, Jundiaí, Pindamonhangaba, Santo André, São José

do Rio Preto, São Paulo, São Vicente e Sumaré. O curso será ministrado em dois dias e

apresentará conceitos básicos da biologia do câncer, aspectos de prevenção e fatores de

risco associados aos tumores mais frequentes na população brasileira, tumores genéticos e

aspectos da oncogenética; sempre com o objetivo de promover o raciocínio crítico sobre a

doença e buscando subsídios para replicação desses conhecimentos.

2. Exposições: Desde sua concepção, as exposições “Câncer: conhecer para prevenir” e

“O caminho da fumaça”, foram montadas em mais de 50 espaços diferentes, como

parques, estações de trens e metrô, clubes, shoppings e hospitais. Estima-se que 25 milhões

de pessoas passaram pelas mostras e cerca de 5 milhões tenham conhecido ao menos parte

dos painéis, que têm ilustrações coloridas, linguagem lúdica e educativa, acessível a

qualquer público e abordam conceitos de biologia celular e molecular, genética e genômica

do câncer, os principais fatores de risco, formas de prevenção e diagnóstico precoce da

doença, além dos males do tabagismo. Em 2012, as exposições circularam por três unidades

do Centro Educacional Unificado (CEU), localizados em regiões periféricas da cidade de

São Paulo (Penha, de 14 a 28/9; São João Clímaco, de 28/9 a 19/10; e Jaçanã, de 19/10 a

12/11). A nova proposta estratégica da campanha – em escolas - visa aproximar o conteúdo

informativo sobre câncer dos alunos da rede pública e da comunidade local que, na ocasião,

participaram de atividades elaboradas e monitoradas por enfermeiros especializados. A

mostra foi montada, ainda, no Hospital Geral de Grajaú (entre 23/11/2012 e 3/12/2012),

para o público local; como parte das atividades da Feira Empírika, no Memoral da América

Latina, SP, entre os dias 22 e 26 de outubro; no Conjunto Nacional (em março/2012) e no

Shopping Frei Caneca, em São Paulo, entre 19 de junho e 4 de julho de 2012. 3. Atividade interativa – PTC: Idealizada em 2008, esta atividade didático-científica

apresenta noções de variação genética entre indivíduos e sua relação com a suscetibilidade a

doenças, como o câncer. Os alunos de mestrado e doutorado da Instituição são envolvidos

na organização e realização de dois testes (fenotípico e genético) que analisam o

polimorfismo do gene TAS2R38 (PTC), que codifica a percepção do sabor amargo; em

uma iniciativa de apresentar conceitos de forma lúdica. Nesse sentido, o INCITO montou

um estande na Empírika - Feira Ibero-americana de Ciência, Tecnologia e Inovação -

(www.empirika.org), realizada entre os dias 23 e 25 de outubro de 2012, na Expo Barra

Funda, em São Paulo (um evento da Universidade de Salamanca/Espanha), e realizou, nos

três dias de evento, 300 testes genéticos (de saliva) e mais de 600 testes fenotípicos. A

atividade atraiu a atenção dos adolescentes, principal público da feira, que aconteceu junto

com a Feteps - Feira Tecnológica do Centro Paula Souza – por onde passaram mais de 20

mil visitantes. Os resultados dos testes genéticos foram enviados por email aos

participantes, visando manter o interesse dos participantes no assunto.

4. Encontro com especialistas: Esta atividade ilustra o compromisso da Instituição com a

difusão de informações sobre a importância da prevenção e do diagnóstico precoce do

câncer. Entre abril de 2012 e de 2013 foram realizados 12 encontros com especialistas, um

por mês, com palestras e conversas com profissionais da Instituições sobre os temas de

saúde da mulhere do homem. Também foram abordados temos relacionados a cânceres do

intestino, pele, tireóide e ossos assim como abordagens relacionadas ao diagnóstico

precoce, entre outros, com público de mais de 2 mil pessoas, no total.

5. Campanha de prevenção: Atrelado ao compromisso de estabelecer conceitos de

prevenção de câncer são realizadas campanhas de prevenção e diagnóstico precoce da

doença em comunidades específicas, que não têm acesso a rede privada de atendimento. Em

2012, foram realizados 24.555 atendimentos médicos e exames preventivos e foram

confirmados 159 diagnósticos de câncer cujos pacientes foram admitidos para tratamento

no Hospital AC Camargo, SP.

6. Comitês interdisciplinares: Os comitês interdisciplinares criados, denominados

“Comitês de Medicina Personalizada” reúnem especialistas das áreas de oncologia clínica,

oncogenética, cirurgia, patologia convencional e molecular e pesquisa básica que se

encontram periodicamente para alavancar a medicina personalizada, reduzindo a distância

entre os resultados da bancada e sua aplicação para o paciente. Dos encontros realizados

com cada equipe (são 12 grupos no total), em média um encontro por bimestre, têm surgido

ideias e desenhos de novos projetos, com integração multidisciplinar.

7. Comunidade científica, acadêmica e profissionais de saúde: As atividades

acadêmicas propostas nessa área visam estimular a troca e a transferência horizontal de

resultados gerados pelos projetos do INCiTO com pesquisadores e estudantes de

instituições nacionais e internacionais. Entre 30 de setembro e 7 de outubro de 2012

aconteceu, em Águas de São Pedro, São Paulo, o “São Paulo Advanced School of

Comparative Oncology” (ESPCA) um encontro para consolidar e expandir a pesquisa

básica e aplicada de câncer em oncologia comparada no estado de São Paulo. Na ocasião,

32 palestrantes de diferentes países, incluindo Brasil, Canadá, França, EUA, Japão,

Holanda, Alemanha, Finlândia e Reino Unido e mais de 100 inscritos se reuniram para

estabelecer redes de contatos com pesquisadores que trabalham com câncer em humanos e

animais. Um artigo sobre a ESPCA foi publicado na BMC Proceedings (2013, 7(Suppl

2):A1 doi:10.1186/1753-6561-7-S2-A1). Um evento realizado semanalmente denominado

Seminário de Pesquisa Básica, reuniu em 2012, 25 apresentações de estudantes e

pesquisadores que apresentaram resultados de projetos científicos (40% deles relacionados

ao INCITO). O Biobanco do Hospital AC Camargo recebeu nove visitas técnicas

monitoradas, de pesquisadores e estudantes de pós-graduação de instituições de São Paulo,

Campinas, Botucatu, Belo Horizonte, Mato Grosso, Rio Grande do Norte e Bahia além dos

pesquisadores internacionais que participaram do evento ESPCA.

8. Curso de aprimoramento de inglês científico para a formação de professores: O

curso de comunicação científica para formação de professores é um programa inovador que

rapidamente prepara instrutores para ensinar comunicação científica adequada em inglês. O

curso foi resultado de uma parceria com o MD Anderson Cancer Center e Fulbright

Fundation com o objetivo de disseminar amplamente os princípios e práticas do discurso

científico em inglês, para que os cientistas brasileiros possam participar efetivamente em

publicações internacionais e apresentações de suas descobertas científicas. Uma professora

altamente capacitada, Dra. Carrie Cameron, instrutora do Departamento de Epidemiologia e

diretora associada do programa de Prevenção do Câncer, do MD Anderson Cancer Center,

proferiu o curso com duas horas diárias durante três semanas. Participaram do treinamento

28 pesquisadores e alunos de pós-graduação. Desse total, oito fizerem o curso como

instrutores, com o comprometimento de multiplicar o conteúdo de forma contínua para os

demais integrantes do CIPE - nosso Centro de Pesquisa.

9. Reunião com outros INCTs: Liderado pelo INCITO, 27 INCTs de diferentes áreas

como saúde, biotecnologia, nanotecnologia, meio ambiente, células-tronco, fisiologia,

educação e outras, se reuniram no dia 19 de abril de 2013, no Anfiteatro do Hospital

A.C.Camargo, em São Paulo. O encontro segue a filosofia do programa, que é a de

mobilizar e agregar, de forma articulada com atuação em redes, os grupos de pesquisa em

áreas estratégicas e de fronteira da ciência, para que estabeleçam parâmetros para novas

parcerias. Participaram do evento pesquisadores dos estados do Rio de Janeiro, Minas

Gerais, Rio Grande do Sul, Paraná, Santa Catarina, Ceará, Pernambuco, do Distrito Federal

e de São Paulo.

10. Divulgação na Mídia: Houve um aumento de mais de 100% no total de notícias

publicadas nas mídias impressa (1205 matérias em revistas e jornais) e eletrônica (139 em

TV, rádio e Internet) quando somadas e comparadas com os resultados de 2011. No total,

foram 1344 notícias relacionadas ao câncer que incluíram a equipe do projeto. Há, ainda,

uma campanha de mídia desenvolvida em parceria com a JWT, que está em fase final e

deve ir ao ar em breve.

11. Disciplina de Pós-Graduação em Oncogenética é coordenada por três pesquisadores

do projeto INCITO (Erika Maria Monteiro Santos, Maria Isabel W Achatz e Silvia Regina

Rogatto). Foi aprovada pelo Conselho de Pós-graduação do Curso de Pós-graduação Strictu

Sensu da Fundação Antônio Prudente. Foi ministrada no período de Outubro de 2012 a

Dezembro de 2012, com duração de 72 horas, correspondendo a seis créditos no programa,

com 13 alunos participantes.

12. A disciplina de Enfermagem em Oncogenética tem duração de 10 horas, e em 2012 a

disciplina foi oferecida em duas ocasiões (para a 16ª turma do curso de especilização em

março de 2012; para a 17ª turma em maio de 2012), o que correspondeu a 102 alunos

participantes. O material didático referente a disciplina é disponibilizado aos alunos no

ambiente de Ensino à Distância gerido pelo Hospital AC Camargo,SP.

ENUMERE OS ATÉ 03 (TRÊS) PRINCIPAIS IMPACTO(S) CAUSADO(S) PELAS AÇÕES E RESULTADOS DO PROJETO PARA A AMPLIAÇÃO, MELHORIA E CONSOLIDAÇÃO DA COMPETÊNCIA TÉCNICO-CIENTÍFICA NACIONAL PARA:

A – PESQUISA: 1. Os ensaios moleculares em famílias com história familial de câncer revelou várias

alterações genômicas com potencial para contribuir para o aumento do risco na

Síndrome de cancer de mama e ovário hereditária, Síndrome de Li-Fraumeni e

Síndrome de Lynch. Vários artigos foram publicados em periódicos de impacto

relevante na área.

2. Alguns projetos já resultaram em dados de alta relevância como a descrição

assinaturas de transcritos codificadores e não codificadores em cânceres de mama e

próstata e de resposta ao tratamento em carcinomas de orofaringe

3. Os novos projetos utilizando estratégias de sequenciamento de alto desempenho

apresentados no período anterior resultaram em dados preliminares. Um deles,

utilizando RNAseq em carcinomas de próstata demonstrou que os genes NFKBIZ e

BRP44 são candidatos a marcadores em pacientes sem recidiva.

B – FORMAÇÃO DE RECURSOS HUMANOS: O INCT em Oncogenômica permitiu que 57 alunos desenvolvessem e concluíssem seus

projetos de Mestrado e Doutorado. Vinte e nove alunos de mestrado e doutorado e 17 pós-

doutorandos desenvolvem seus projetos nas temáticas do INCITO. Esse número é muito

maior se considerado os colaboradores externos a Instituição. Foram publicados no período

um total de 65 artigos com um expressivo número envolvendo alunos e pesquisadores

internacionais.

C – TRANSFERÊNCIA DE CONHECIMENTO E TECNOLOGIA: 1. disponibilização de testes genéticos para avaliação de genes de predisposição em

famílias com risco de desenvolvimento de câncer (síndromes de câncer familial

triadas por serviço de Oncogenética).

2. Disponibilização de outros testes como genotipagem do HPV para pacientes com

câncer oral ou de orofaringe.

3. Grande envolvimento da equipe para a criação de Serviços de Oncogenética em

dois estados brasileiros: Ceará e Amazonas.

D – EDUCAÇÃO E DIVULGAÇÃO DA CIÊNCIA:

1. Inúmeras atividades foram desenvolvidas no período para a divulgação da ciência

incluindo as campanhas de prevenção as quais atraíram um grande número de

pessoas assim como a campanha anti-tabagismo coordenada pelo Dept de Cirurgia

de Cabeça e Pescoço.

2. Curso para professsores e alunos da rede pública numa parceria com o governo do

estado de São Paulo;

3. Exposições e atividades interativas com a população (atingindo um número muito

elevado de pessoas), disciplinas ministradas na pós-graduação, reunião com os

demais INCTs da área da Saúde e correlatos.

PARA FINS DE DIVULGAÇÃO, RELACIONAR RESULTADOS OBTIDOS QUE MEREÇAM DESTAQUE PARA O DESENVOLVIMENTO CIENTÍFICO, TECNOLÓGICO E/OU SOCIAL:

RESULTADOS EM NÚMEROS OBS.: Os Currículos Lattes dos pesquisadores do INCT devem estar atualizados com

relação às publicações e aos bolsistas, de onde serão coletados pelo CNPq os dados de publicação científica e de orientação.

A – INDICADORES DE PESQUISA

NÚMEROS DA PRODUÇÃO TÉCNICO-CIENTÍFICA E ARTÍSTICA NO PERÍODO (anexar referências):

TIPO QUANTIDADE SOFTWARE -

PATENTE -

PRODUTOS -

PROCESSOS -

PRODUÇÃO ARTÍSTICA (ESPECIFICAR) -

Alunos de Iniciação Científica 4

Alunos de Mestrado 14

Alunos de Doutorado 15

Alunos de Pós-Doutorado 17

Artigos Publicados 65

Artigos Submetidos 7

Artigos em Preparação 15

Conferências 10

Poster em Eventos 25

Apresentações orais em Eventos 8

Prêmio 3

B – INDICADORES DE TRANSFERÊNCIA DE CONHECIMENTO E TECNOLOGIA NÚMEROS DA PRODUÇÃO NO PERÍODO

(especificar e anexar referências):

TIPO QUANTIDADE Testes de genotipagem do HPV em carcinomas orais e de orofaringe 70

Análise de mutações em genes de predisposição para as diferentes

Síndromes associadas ao câncer incluindo BRCA1, BRCA2, CHEK2,

TP53, MLH1, MSH2, MSH6, PMS1, PMS2, CDKN2A, APC, KRAS,

EGFR e BRAF (2009-2012)

302

Implantação dos testes de mutação em ponto para os genes KRAS,

EGFR, cKIT, PDGFRa e análise da região promotora do gene MGMT

Em início

Testes da Claudina 7 15

Ensaios de FISH e CISH para marcadores moleculares identificados no projeto

200

Visita para estabeleciamento de cooperação para a implantação do serviço de Oncogenética em Manaus, Amazonas e em Fortaleza

2

C – INDICADORES DE EDUCAÇÃO E DIVULGAÇÃO DA CIÊNCIA NÚMEROS DA PRODUÇÃO NO PERÍODO

(especificar e anexar referências):

TIPO QUANTIDADE

Curso para professores e alunos da rede publica 1 (70 professores + 30 alunos)

Disciplina de Pós-Graduação Stricto Sensu 1

Disciplina de Pós-Graduação Lato Sendu 1

Curso de Educação à Distância 2

Exposições 50 (5 milhões de pessoas)

Conversando com Especialistas 12 (> 2000 pessoas)

Campanha na Mídia Impressa: 1205; eletronica: 139

Organização de Evento – Advanced Sao Paulo School of Comparative Oncology

1 (> 100 pessoas, 32 palestrantes internacionais)

Atividades Interativas PTC) - Feira Ibero-americana de Ciência,

Tecnologia e Inovação

300 testes

Campanhas de prevenção ao Câncer 24555 atendimentos, 159 diagnósticos de câncer

Comitês Interdisciplinares 6

Seminário de Pesquisa Básica Semanais – 25 apresentações

Visitas técnicas monitoradas ao CIPE/ Banco de Amostras Inúmeras (mínimo 1/semana)

Curso de aprimoramento em inglês em parceria com MD Anderson Cancer Center (28 inscritos- efeito multiplicador, 30 horas)

1

Reunião com outros 27 INCTs (8 horas) 1

INFORMAÇÕES ADICIONAIS

FORMAS DE DISPONIBILIZAÇÃO PÚBLICA DOS RESULTADOS DO PROJETO:

Os artigos resultantes dos projetos são publicados em periódicos de excelência na área e

estão, em sua maioria, disponíveis no Portal CAPES.

O material de divulgação dos resultados realizados pela FAPESP e CNPq são de acesso

livre a todos os interessados. Os relatórios apresentados as Agências de Fomento, CNPq e

FAPESP, são disponibilizados no website do Hopsital AC Camargo com link para o

INCITO (http://www.accamargo.org.br/hotsites/incito/).

As campanhas e exposições realizadas pelo grupo contem também material informativo

sobre o estudo. Uma parcela significada dos resultados obtidos neste projeto são divulgados

na mídia escrita ou falada. No total, foram publicadas 1205 matérias em revistas e jornais

e139 em TV, rádio e Internet.

COMENTE AS PRINCIPAIS MELHORIAS IMPLANTADAS NAS INSTALAÇÕES FÍSICAS DA SEDE E DOS LABORATÓRIOS ASSOCIADOS AO INSTITUTO, COMO ADPTAÇÕES FÍSICAS, EQUIPAMENTOS, ETC.:

O INCITO utiliza a estrutura física do CIPE – Centro Internacional de Pesquisa do

Hospital AC Camargo, SP inaugurado em 2010. A infra-estrutura dos laboratórios de

pesquisa é de referência internacional contendo uma organização estrutural baseada em

bancos de tecidos e de macromoléculas, patologia investigativa, escritório de projetos,

apoio técnico em todos laboratórios, pessoal especializado e de apoio para o uso de

equipamentos como sequenciadores de alto desempenho, reparo de equipamentos,

secretarias, biblioteca, acesso a periódicos online, internet de bom desempenho, pessoal

especializado em análises de bioinformática, biotérios e laboratórios de segurança para

pesquisa em linhgens celulares e animais. Neste ano de 2012 foram adquiridos dois novos

equipamentos de grande porte , o sequenciador Ion Torrent e o CytoScan (Affymetrix).

Essa infra-estrutura de excelência atende um grande número de pesquisadores e alunos do

Programa de PG em Ciência (Oncologia), Hospital AC Camargo, alguns alunos do

Programa de Ciências Biológicas (Genética), do IB- UNESP (em parceria com o INCITO),

Instituto de Química – Depto de Bioquímica – USP-SP, Hispital do Cancer do Ceará no

programa Dinter/CAPES além de outros colaboradores que frequentemente utilizam a

infra-estrutura dos laboratórios do CIPE em projetos de parceria em pesquisa.

HOUVE ATIVIDADES DE INTEGRAÇÃO COM OUTROS INCT’s: ( X ) SIM ( ) NÃO

EM CASO POSITIVO COMENTAR:

Como apresentado acima foi organizada uma reunião, liderada pelo nosso grupo, com a

participação de 27 INCTs de diferentes áreas como saúde, biotecnologia, nanotecnologia,

meio ambiente, células-tronco, fisiologia, educação e outras no dia 19 de abril de 2013, no

Anfiteatro do Hospital A.C.Camargo, em São Paulo. Foi uma excelente oportunidade para

identificar parcerias e colaboração em pesquisa.

A parceria ja estabelecida entre os INCTs incluem os grupos já descritos no relatorio

anterior: INCT de Controle do Câncer- INCA, Coordenador: Hector Nicolas S. Abreu;

INCT de Doenças do Papilomavírus (HPV) – FCMSCSP, Coordenador: Luisa Lina Villa;

INCT de Genética Médica Populacional- INAGEMP, Coordenador: Roberto Giugliani;

INCT em Neurociência Translacional - INNT, Coordenador – Esper Abrão Cavalheiro

INCT de Óptica e Fotônica –INOF, Coordenador: Vanderlei Salvador Bagnato.

INCT de Bionalítica, UNICAMP, Coordenador: Lauro Tatsuo Kubota.

INCT III – Instituto de Investigação em Imunologia, INCOR .

CONSIDERAÇÕES FINAIS

COMENTAR OUTROS ASPECTOS RELEVANTES DO DESENVOLVIMENTO GERAL DO INCT:

Os recursos financeiros do INCT permitem uma disponibilização de infraestrutura de pesquisa

colaborativa e integrada. Há uma forte integração dos grupos que ficam motivados pela existência

de recursos que permitirão que suas hipóteses sejam testadas e eventualmente confirmadas. Há a

garantia de investimento em recursos humanos e a disponibilização desse conhecimento em

tecnologia e informação para desisões em políticas públicas.

A seguir, estão apresentados os artigos publicados ou submetidos da equipe e os projetos vinculados

ao INCT.

1 Agra IM, Ferlito A, Takes RP, Silver CE, Olsen KD, Stoeckli SJ, Strojan P, Rodrigo JP,

Gonçalves Filho J, Genden EM, Haigentz M Jr, Khafif A, Weber RS, Zbären P, Suárez C, Hartl

DM, Rinaldo A, Kim KH, Kowalski LP. Diagnosis and treatment of recurrent laryngeal cancer

following initial nonsurgical therapy. Head Neck. 2012 May; 34(5):727-35. PMID:21484925.

2 Alvarenga AW, Coutinho-Camillo CM, Rodrigues BR, Rocha RM, Torres LF, Martins VR, da

Cunha IW, Hajj GN. A Comparison between Manual and Automated Evaluations of Tissue

Microarray Patterns of Protein Expression. J Histochem Cytochem. 2013 Apr;61(4):272-82. doi:

10.1369/0022155413477661. Epub 2013 Jan 21.

3 Arantes CP, Dias MV, Roffé M, Costa-Silva B, Lopes MH, Porto-Carreiro I, Rabachini T, Lima

FR, Beraldo FH, Prado MM, Linden R, Martins VR. The unconventional secretion of stress-

inducible protein 1 by a heterogeneous population of extracellular vesicles. Hajj GN, Cell Mol

Life Sci. 2013 Mar 31.

4 Azevedo EH, Montoni N, Gonçalves Filho J, Kowalski LP, Carrara-de Angelis E. Vocal

handicap and quality of life after treatment of advanced squamous carcinoma of the larynx and/or

hypopharynx. J Voice 2012 Mar; 26(2):e63-71. PMID:21724367.

5 Bernardi MA, Logullo AF, Pasini FS, Nonogaki S, Blumke C, Soares FA, Brentani MM.

Prognostic significance of CD24 and claudin-7 immunoexpression in ductal invasive breast

cancer. Oncol Rep. 2012 Jan; 27(1):28-38. PMID:21956537.

6 Bitu CC, Carrera M, Lopes MA, Kowalski LP, Soares FA, Coletta RD. HOXB7 expression is a

prognostic factor for oral squamous cell carcinoma. Histopathology. 2012 Mar; 60(4):662-5. doi:

10.1111/j.1365-2559.2011.04102.x. PMID: 22239410

7 Bitu CC, Destro MF, Carrera M, da Silva SD, Graner E, Kowalski LP, Soares FA, Coletta RD.

HOXA1 is overexpressed in oral squamous cell carcinomas and its expression is correlated with

poor prognosis. BMC Cancer 2012 Apr 12;12:146. PMID: 22498108

8 Bravo-Calderón DM, Oliveira DT, Marana AN, Nonogaki S, Carvalho AL, Kowalski LP.

Prognostic significance of beta-2 adrenergic receptor in oral squamous cell carcinoma. Cancer

Biomark. 2011-2012; 10(1):51-9. PMID: 22297552

9 Carraro DM, Koike Folgueira MA, Garcia Lisboa BC, Ribeiro Olivieri EH, Vitorino Krepischi

AC, de Carvalho AF, de Carvalho Mota LD, Puga RD, do Socorro Maciel M, Michelli RA, de

Lyra EC, Grosso SH, Soares FA, de Souza Waddington Achatz MI, Brentani H, Moreira-Filho

CA, Brentani MM.Comprehensive Analysis of BRCA1, BRCA2 and TP53 Germline Mutation

and Tumor Characterization: A Portrait of Early-Onset Breast Cancer in Brazil. PLoS One.

2013;8(3):e57581. doi: 10.1371/journal.pone.0057581.

10 Corrêa NCR, Kuasne H, Faria JAQA, Seixas CCS, Abreu FB, Nonogaki S, Rocha RM, Gobbi H,

ROGATTO SR, Goes AM, Gomes DA. Genomic and phenotypic profiles of two breast cancer cell

lines derived from primary human tumors. Oncology Reports 29(4):1299-307, 2013.

11 Cruz Ede P, Toporcov TN, Rotundo LD, Biazevic MG, Brasileiro RS, Carvalho MB, Kowalski

LP, Antunes JL. Food restrictions of patients who are undergoing treatment for oral and

oropharyngeal cancer. Eur J Oncol Nurs 2012 Jul; 16(3):253-7.

12 Cunha LL, Morari EC, Guihen AC, Razolli D, Gerhard R, Nonogaki S, Soares FA, Vassallo J,

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differentiated thyroid cancer. Endocr Relat Cancer. 2012 May 24; 19(3):L31-6. PMID: 22461634

13 Cunha LL, Morari EC, Nonogaki S, Soares FA, Vassallo J, Ward LS. Foxp3 expression is

associated with aggressiveness in differentiated thyroid carcinomas. Clinics (Sao Paulo). 2012;

67(5):483-8. PMID: 22666793

14 Cunha LL, Morari EC, Guihen AC, Razolli D, Gerhard R, Nonogaki S, Soares FA, Vassallo J,

Ward LS. Infiltration of a mixture of immune cells may be related to good prognosis in patients

with differentiated thyroid carcinoma. Clin Endocrinol (Oxf). 2012 Dec;77(6):918-25. doi:

10.1111/j.1365-2265.2012.04482.x. PMID: 22738343

15 da Silva SD, Hier M, Mlynarek A, Kowalski LP, Alaoui-Jamali MA. Recurrent oral cancer:

current and emerging therapeutic approaches. Front Pharmacol. 2012 Aug; 3:149. doi:

10.3389/fphar.2012.00149. PMID: 23060791

16 de Brot M, Rocha RM, Soares FA, Gobbi H. Prognostic impact of the cancer stem cell related

markers ALDH1 and EZH2 in triple negative and basal-like breast cancers. Pathology. 2012 Jun;

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17 de Carvalho AC, Kowalski LP, Campos AH, Soares FA, Carvalho AL, Vettore AL. Clinical

significance of molecular alterations in histologically negative surgical margins of head and neck

cancer patients. Oral Oncol. 2012 Mar; 48(3):240-8. PMID:22104250.

18 Gonçalves A, Ewald IP, Sapienza M, Pinheiro M, Peixoto A, Nobrega AF, Carraro DM, Teixeira

MR, Ashton-Prolla P, Achatz MI, Rosenberg C, Krepischi AC. Li-Fraumeni-like syndrome

associated with a large BRCA1 intragenic deletion. BMC Cancer. 2012 Jun 12; 12(1):237.

19 Kaminagakura E, Villa LL, Andreoli MA, Sobrinho JS, Vartanian JG, Soares FA, Nishimoto IN,

Rocha R, Kowalski LP. High-risk human papillomavirus in oral squamous cell carcinoma of

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Artigos submetidos

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ASSINATURA:

Luiz Paulo Kowalski