Esquemas de ligação de produtos para aplicações civil e terciária ...
Enzimologia Aula 2 · Bases estruturais do mecanismo de funcionamento da Hemoglobina . A...
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Enzimologia Aula 2
Leitura sugerida
Biochemistry Voet & Voet 3ª edição
Capítulo 10 – parte 1Bb (página 323), parte 4A, 4B e 4C (páginas 346-350)
Structure and Mechanism in Protein Science Alan Fersht
1999 Capítulo 10 – páginas 289-304
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No caso das “enzimas alostéricas” a v0 varia muito mais mesmo com menores variações de [S]. A formação de [ES] parece depender de uma afinidade entre E e S que é crescente. Daí a hipótese de “cooperatividade” entre os sítios ativos.
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Modelo de Hill Cooperatividade infinita
E + nS ESn E + nP
S S
S S + S
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Proporcional a v0/Vmax
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Linearização (ver slide 8)
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0
0.2
0.4
0.6
0.8
1
1.2
0 2 4 6 8 10 12
4 2 1
Simulação para diferentes valores de n (4, 2 e 1)
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y = 3x - 0.699 R² = 1 -4
-3
-2
-1
0
1
2
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1
Log
(v0/
1-v0
)
Log [S]
Demonstração da linearização
Parâmetro de Hill (h)
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A constante de Hill (n) aumenta proporcionalmente com o grau de cooperatividade da ligação de S, porém nunca atinge o valor real de número de sítios. N = 1 à ligação não-cooperativa N > 1 à ligação com cooperatividade positiva N < 1 à ligação com cooperatividade negativa
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Modelo Simetria Concatenada
Enzima é um oligômero com subunidades idênticas Estados T e R estão em equilíbrio. Ambos podem ligar S, porém afinidade por R é maior (KR < KT) Todas as subunidades da enzima alteram de conformação concatenadamente. Qualquer complexo ES pode gerar produto do mesmo modo
T0 R0
T1
T2
T3
T4
R1
R2
R3
R4
L
+ S + S
+ S + S
+ S + S
+ S + S
KT
KT
KT
KT KR
KR
KR
KR
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Ver simulação no próximo slide
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0
0.5
1
0 5 10 15 20a
YS
L = 10.000
L = 1
L = 100 L = 1000
c 0 n = 4
Pro
porc
ion
al
à v
0/V
ma
x
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y = 1.4403x - 1.0753R = 0.99
y = 2.5988x - 1.9496R = 0.99
-3
-2
-1
0
1
2
3
0 0.5 1 1.5
L = 1000
L = 10.000
Log [S]
Log
(Ys /
1 –
Ys)
L cooperatividade Coeficiente de Hill Para c = 0
Quanto maior [T], maior a cooperatividade
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c 0 n = 4 L = 1.000
A formação dos complexos R1, R2, etc... desloca o equilíbrio no sentido do estado de maior afinidade (R) pelo ligante
T0 R0
R1
R2
R3
R4
L
+ S
+ S
+ S
+ S KR
KR
KR
KR
Visão simplificada do esquema inicial assumindo os valores simulados nos slides anteriores (14 e 15)
O equílibrio T – R, com [T0] > [R0], é essencial para existência da cooperatividade. O deslocamento do equílibrio aumenta a concentração dos sítios de maior afinidade por S.
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0
0.5
1
0 5 10 15 20a
YSc à 0 ; S liga somente em R
c = 0,1 ; Afinidade por R é 10x maior
c = 0,04 Afinidade por R é 25x maior
L = 1.000 n = 4
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p/ L > 1 e cte. c cooperatividade coeficiente de Hill
y = 1.4403x - 1.0753R = 0.99
y = 2.5988x - 1.9496R = 0.99
-3
-2
-1
0
1
2
3
0 0.5 1 1.5Log [S]
Quanto maior a afinidade entre S e R em comparação à S e T, maior a cooperatividade
Log
(Ys /
1 –
Ys)
c = 0,1 ; Afinidade por R é 10x maior
c à 0 ; S liga somente em R
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T0 R0
L
R0 + ativador (efetuador
alostérico +)
T0 + inibidor (efetuador
alostérico -)
+
+ +
-
Efetuador alostérico positivo desloca equilíbrio no sentido de R, aumenta o Ys para uma mesma [S] e reduz a cooperatividade. Efetuador alostérico negativo desloca o equilíbrio no sentido de T, reduz o Ys para uma mesma [S] e aumenta a cooperatividade.
Para L >>1 e c à 0
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0
0.5
1
0 5 10 15 20a
YS
L = 1.000 n = 4 c = 0
Inibidor; efetuador negativo
Ativador; efetuador positivo
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Modelo Sequencial
A afinidade depende do número de sítio disponíveis. Cooperatividade positiva K2 < K1 Cooperatividade negativa K2 > K1 Cooperatividade resulta da influência de uma subunidade (acoplamento estrutural) sobre a outra. Forte acoplamento= simetria
S
S
S
S
+ S
+ S + S
+ S
K1
K1
K2
K2
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A equação de Adair pode representar o modelo sequencial
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Solução K1 K2 K3 K4 Hemoglobina 8.8 6.1 0.85 0.25 Hb+NaCl+BPG 97 43 11.9 0.09
Aumento de 35 vezes na afinidade entre ligação 1 e 4 Aumento de ~1.000 vezes na afinidade entre ligação 1 e 4 (~20 kJ/mol)
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a1-b1 interface tem 35 pontos de interação Inteface a1-b2 tem 19 pontos de interação Na passagem deoxi-oxi alteram-se principalmente os contatos entre a1-b2 e a2-b1
Bases estruturais do mecanismo de funcionamento da Hemoglobina
Bom exemplo para o modelo de simetria concatenada
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Ao “arrastar” o Fe, a His proximal também é “puxada” em direção do grupo heme. A simples aproximação do resíduo de His não é possível devido a um impedimento estérico entre a cadeia lateral deste resíduo e o próprio grupo heme. Esta aproximação só é possível devido a um “giro” na cadeia lateral. Como o resíduo de His está “bem empacotado” na hélice F, esta movimentação somente é possível com um deslocamento da hélice como um todo (Fig. 9-15 e 9-16).
Bases estruturais do mecanismo de funcionamento da Hemoglobina
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Bases estruturais do mecanismo de funcionamento da Hemoglobina
A movimentação da hélice F (a1) leva a uma alteração da interface de contato (interações) a1-b2 (principalmente hélice C(b2) e alça FG(a1). A forma deoxi (T) e oxi(R) são estabilizadas por dois conjuntos de ligações de hidrogênio (diferentes, mas equivalente) (Fig. 9-19). A movimentação da hélice F faz a estrutura quaternária alternar entre estes dois mínimos (formas estáveis) possíveis. Estruturas intermediárias são menos estáveis devido a perda das ligações de hidrogênio. A maior “rigidez” (maior nº de interações) das interfaces a1-b1 e a2-b2 faz com que a movimentação em uma das interfaces (p.ex a1-b2) seja propagada para a outra inferface.
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Bases estruturais do mecanismo de funcionamento da Hemoglobina
A alteração da estrutura terciária em uma subunidade da hemoglobina se propaga por toda a molécula, ou seja, a passagem de uma subunidade para o estado R leva todas as demais subunidade também para o estado R. No estado R, o átomo de Fe já se encontra posicionado para ligar o O2 sem a existência de impedimento estérico e com o comprimento de ligação de maior energia. Assim, o sítio de ligação já está preparado para ligar o O2, ou seja, tem maior afinidade pelo ligante. Se a forma deoxi (T) e oxi(R) são estabilizadas por dois conjuntos de ligações de hidrogênio (diferentes, mas equivalente), a passagem T à R é “guiada” pela energia proveniente da formação da ligação Fe-O2. Já na ausência de ligante a forma T é mais estável que R devido a um conjunto de ligações iônica envolvendo resíduos do C-terminal (a e b)