Guia do sistema MiSeq - support.illumina.com · ii Materialn.º20000262 Documenton.º15027617v01PTB...

Personalize um pequeno guia de fluxo de trabalho completo com o seletor de protocolo personalizadosupport.illumina.com/custom-protocol-selector.html

Somente para uso em pesquisa. Não recomendado para uso em procedimentos de diagnóstico.

Setembro de 2015Nº do documento 15027617 v01 PTBNº do material 20000262Nº do catálogo SY-411-9001DOCPROPRIEDADE DA ILLUMINA

Guia do sistema MiSeq®

ii Material n.º 20000262Documento n.º 15027617 v01 PTB

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Históricode revisões

N.º do documento Data Descrição da alteração

Material n.º 20000262Documento n.º 15027617_PTB v01

Setembrode 2015

O nome do guia foi alterado de Guia do usuário dosistema MiSeq para Guia do sistema MiSeq.Novo no MCS v2.6, foram adicionadas informaçõesdo BaseSpace Onsite.Foram reorganizadas as informações do guia paraficarem em torno de tarefas em vez de telas.Todas as referências à tela Welcome (Boas-vindas)foram alteradas para a tela Home (Página inicial).Foram adicionadas informações que estão nos Guiasde preparação dos reagentes dos kits de reagentesdo MiSeq, incluindo tipos de lâminas de fluxo,conteúdo do cartucho de reagentes e instruções paradescongelar o cartucho de reagente. Visite o site daIllumina para obter mais informações de kits dereagentes do MiSeqsupport.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.html.Foi corrigido o volume de enxágue esperado deuma limpeza de manutenção de 17,25 ml para51,75 ml.Foi atualizada a ordem das etapas de fluxo detrabalho para preparar primeiro o cartucho dereagente e depois, se necessário, desnaturar e diluirbibliotecas.Foram movidas as informações de solução deproblemas para o Apêndice A.Foram movidas as informações de pasta de saída ebloco da lâmina de fluxo para o Apêndice B.Foram movidas as informações sobre ogerenciamento de arquivos para o capítuloManutenção.Foram movidas as instruções de limpeza após aexecução do capítulo Manutenção para o capítuloSequenciamento.O nome do capítulo Realização de uma execução éagora Sequenciamento.Foram alteradas as referências de análise primáriapara análise do software RTA.Foram atualizadas as instruções de diluição para oprocedimento de limpeza após a execução com umalimpeza da linha do modelo de NaOCl a 6% paraNaOCl a 5%.Foi adicionado um número da peça do NaOCl, 5% àlista de materiais de consumo fornecidos pelousuário.

Guia do sistemaMiSeq iii

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.html


iv Material n.º 20000262Documento n.º 15027617 v01 PTB


N.º de peça 15027617_PTB Rev. O Setembrode 2014

Foram atualizadas as seguintes informações:• Novo no MCS v2.5, foi atualizada a opção delimpeza após a execução para incluir uma limpezada linha de modelo

• Foram atualizadas as instruções para uma limpezaapós a execução com hipoclorito de sódio para alimpeza da linha de modelo

• Foi adicionado o volume de enxágue esperadopara uma limpeza após a execução

Foram adicionadas as informações de fluxo detrabalho do VeriSeq PGS sobre recursos adicionais,opções de execução, opções de análise secundária,lavagens de instrumento e cor da tampa da lâminade fluxo.

N.º de peça 15027617 Rev. N Junho de2014

Apenas disponível em inglês.Foram adicionadas informações aplicáveis ao fluxode trabalho do VeriSeq PGS.Foram atualizadas as informações de métricas deexecução para clusterização e densidade.Foram removidas as informações de softwareantivírus. Consulte Guia de preparação para instalaçãodo sistema MiSeq.

N.º de peça 15027617_PTB Rev. M Janeiro de2014

Atualização para a mudança introduzida no MCSv2.4:Foi adicionado o recurso Bundle logs (Agrupar logs)para o envio de arquivos para a solução deproblemas.

N.º de peça 15027617 Rev. L Outubro de2013

Apenas disponível em inglês.Foi adicionada a reinicialização do software dosistema como uma etapa pré-execução.Foram adicionados os tubos de microcentrífuga àlista de materiais de consumo fornecidos pelousuário.Foi eliminado o Software MiSeq como um capítuloseparado, e o conteúdo do capítulo foi distribuído aolongo do guia.Foram removidas as informações sobre as pastaspara receitas personalizadas.Foram removidas as informações sobre as faixasrecomendadas de densidade de clusters para os kitsde reagentes do MiSeq.Foram removidos os detalhes sobre os kits dereagentes do MiSeq, e foi adicionada uma visãogeral das características do kit de reagentes. Paraobter informações, consulte a documentação depreparação de reagentes do kit que você estáusando.Foi adicionado conteúdo ao aviso sobre marcasregistradas.

N.º de peça 15027617_PTB Rev. K Agosto de2013

Erros de formatação corrigidos.

Histó

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N.º de peça 15027617 Rev. J Agosto de2013

Apenas disponível em inglês.Foram adicionadas descrições de execução para oMCS v2.3 e o kit de reagentes do MiSeq v3.Foram atualizadas as seguintes informações:• Kit de reagentes e compatibilidade entre versõespara incluir o kit de reagentes do MiSeq v3

• Descrição da pasta Custom Recipes (Receitaspersonalizadas) para incluir uma subpasta v3

• Faixa de densidade de cluster alterada para v2;faixa adicionada para v3

• Caminho de saída para os arquivos de imagemCódigos de barra corrigidos da lâmina de fluxo parananolâminas de fluxo (D) e microlâminas de fluxo(G).Foram removidas informações sobre o kit dereagentes do MiSeq, incluindo conteúdo e tipos delâmina de fluxo. Para obter mais informações,consulte Guia de preparação de reagentes do MiSeq (n.ºdo documento 15044983).

N.º de peça 15027617_PTB Rev. H Março de2013

Foi adicionada uma seção intitulada Conceitos doMiSeq que introduz o fluxo de trabalho de análise, oarquivo de manifesto e a planilha de amostras.Foram removidas as informações sobre a geraçãode arquivos FASTQ, formatos de arquivos demanifesto, detalhes sobre o fluxo de trabalho deanálise e detalhes sobre as planilhas de amostras.Para obter informações sobre esses tópicos, consulteo Guia do usuário do MiSeq Reporter, n.º de peça15028784, ou o Guia de referência rápida da planilha deamostras do MiSeq, n.º de peça 15028392.Foram removidas as instruções para a preparaçãode primers personalizados. Para obter maisinformações, consulte Uso de primers personalizadosno MiSeq, n.º de peça 15041638.

N.º de peça 15027617 Rev. G Janeiro de2013

Apenas disponível em inglês.Foram removidas as instruções para desnaturação ediluição de bibliotecas de DNA e preparação de umcontrole do Illumina PhiX. Consulte Preparação debibliotecas de DNA para o sequenciamento no MiSeq, n.ºde peça 15039740.Foram atualizadas as instruções para limpeza doinstrumento para adicionar 25 ml de solução deTween 20 a 10% em 475 ml de água aprovada parauso em laboratório, em vez de 500 ml de águaaprovada para uso em laboratório.

vi Material n.º 20000262Documento n.º 15027617 v01 PTB


N.º de peça 15027617_PTB Rev. F Novembrode 2012

Foram adicionadas as seguintes novas informações:• Foram adicionadas as descrições dos novos kits dereagentes para o MiSeq: Nanokit de reagentespara o MiSeq e Microkit de reagentes para oMiSeq

• Foi adicionada a visão geral dos tipos de lâmina defluxo

• Foi adicionada a descrição do fluxo de trabalho deanálise de enriquecimento

Foram atualizadas as seguintes informações:• Novidades no MCS v2.1, foi atualizada a telaPerform Wash (Realizar limpeza) para adicionaruma opção e um comando de limpeza após aexecução para levantar os aspiradores de líquidos

• Foi atualizada a tabela de compatibilidade entreversões para incluir dependências de nano emicrokits

• Foram atualizadas informações decompatibilidade entre versões para incluir novoskits de reagentes

N.º de peça 15027617 Rev. E Outubro de2012

Apenas disponível em inglês.Foram atualizadas as seguintes informações:• Foram corrigidas as instruções de preparação docontrole PhiX e densidade esperada de cluster docontrole de PhiX preparado para 1.000 a1.200 K/mm²

• Observou-se que o processo de desnaturação ediluição de bibliotecas, Preparação das bibliotecas,não se aplica a bibliotecas Nextera XT nem abibliotecas de Amplicon TruSeq

• O nome de atualização foi alterado de Pacote deexpansão do MiSeq para Atualização de hardwaredo MiSeq

• Foi adicionado o Guia do usuário do MiSeq Reporterà lista de recursos adicionais.

Histó

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Guia do sistemaMiSeq vii


N.º de peça 15027617 Rev. D Julho de2012

Apenas disponível em inglês.Foram atualizadas as descrições do software paraMCS v2.0Foram adicionadas as seguintes novas informações:• Foi adicionada uma seção intitulada Novidades noMCS para descrever novos recursos do software,mudanças na interface e alterações no fluxo detrabalho

• Foram adicionados descrição e número decatálogo do kit de reagentes do MiSeq v2, 500ciclos

• Foi adicionada a seção Compatibilidade entreversões e requisitos

• Foi adicionada a descrição do pacote de expansãodo MiSeq, que é necessário para a geração deimagens de lâmina de fluxo com superfície duplade 14 blocos

• Foi adicionada a descrição da numeração dosblocos da lâmina de fluxo com superfície dupla

• Foi adicionado o fluxo de trabalho de análise deAmplicon de PCR para bibliotecas Nextera XT

• Foi adicionado o uso de Tween 20 a 10% emprocedimentos de limpeza e volumes de enxágueesperados

• Foi adicionada a versão do cartucho de reagentepara o procedimento de falha de leitura de RFID

Foram atualizadas as seguintes informações:• Foram alterados os acrônimos de reagentes paraIMF, CMF e AMX para nomes de reagente v2IMS, CMS e AMS, respectivamente

• Foi alterada a concentração de PhiX de 8 pM para12,5 pM

• Foi alterada a concentração máxima recomendadade NaOH para 1 mM na solução final

• Observou-se que é necessária uma limpeza demanutenção para remover o instrumento domodo de espera e começar as etapas deconfiguração para uma próxima execução

• Foi retirada a seção Parâmetros da planilha deamostras e a etapa de configuração da planilha deamostras no fluxo de trabalho; a Illuminarecomenda criar a planilha de amostras antes dapreparação das amostras (consulte o Guia dereferência rápida da planilha de amostras do MiSeq, n.ºde peça 15028392, e o Guia do usuário do IlluminaExperiment Manager, n.º de peça 15031335)

viii Material n.º 20000262Documento n.º 15027617 v01 PTB


N.º de catálogo 15027617 Rev. C Abril de2012

Apenas disponível em inglês.Foram atualizadas as descrições do software paraMCS v1.2Foram adicionados estes novos procedimentos eestas novas seções: Visão geral do BaseSpace, Usode primers personalizados, Geração de arquivosFASTQ, Solução de problemas de erro de taxa defluxo, Realização de um teste de volume, Realizaçãode uma limpeza de manutenção e Desativação doinstrumento, que inclui uma limpeza para espera.Foram atualizadas as seguintes informações:• Foi atualizado o nome do fluxo de trabalho deAmplicon para Amplicon personalizado; foiatualizado o nome do fluxo de trabalhoDenovoAssembly para conjunto; foi adicionado ofluxo de trabalho GenerateFASTQ

• Foram adicionadas descrições de pastas e arquivosde execução; foi atualizada a nomenclatura dapasta de execução; foi adicionado o tamanho dapasta de dados da execução

• Foi listada a pasta de genoma conformenecessário para o sequenciamento de Ampliconem Parâmetros da planilha de amostras

• Foram adicionadas instruções para diluição deNaOH para desnaturar bibliotecas

• Foi atualizada a seção Resolução da falha deleitura RFID para incluir instruções deautosserviço do MiSeq

• Foram listados os arquivos e as pastas usadospara solucionar problemas de desempenho daexecução

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N.º de peça 15027617 Rev. B Dezembrode 2011

Apenas disponível em inglês.Foram atualizadas as descrições do software paraMCS v1.1Foram adicionadas informações sobre proteçãoantivírusForam atualizadas as seguintes informações:• Instruções para resolver falhas de RFID• Preparação de bibliotecas — alterada para 0,2 Nde NaOH

• Convenção de nomenclatura para pasta deexecução

• Espaço em disco e capacidade de armazenamentonecessários

• Etapas de configuração da execução — foramadicionadas mais informações à seçãoConfiguração da planilha de amostras

• Etapas de configuração da execução — foiadicionada observação para a eliminação do PR2restante

• Duração da análise — foi adicionada quando aanálise for superior a duas horas

• Requisitos de entrada de análise — foram listadosos arquivos de manifesto conforme o necessáriopara as bibliotecas de Amplicon personalizadoTruSeq

• Foi corrigido o tamanho do tubo HT1 emConteúdo do kit de reagentes do MiSeq

• Foram alteradas as referências de iCom paraMyIllumina

N.º de catálogo 15027617 Rev. A Setembrode 2011

Apenas disponível em inglês.Lançamento inicial

x Material n.º 20000262Documento n.º 15027617 v01 PTB

Índice

Histórico de revisões iiiÍndice xi

Capítulo 1 Visão geral 1Introdução 2Recursos adicionais 3Componentes 4Conceitos do MiSeq 7Software MiSeq 8Opções de análise secundária 11Sequencing Analysis Viewer 13Espaço em disco necessário 14Visão geral do kit de reagentes do MiSeq 15

Capítulo 2 Introdução 19Inicialização do MiSeq 20Personalizar configurações do sistema 21Configurar as notificações de atualizações do BaseSpace 22Definir preferências de e-mail 22Definir locais de pastas padrão 22Materiais de consumo fornecidos pelo usuário 24

Capítulo 3 Sequenciamento 27Introdução 28Duração da execução 29Fluxo de trabalho do MiSeq 30Descongelar o cartucho de reagente 32Inspecionar o cartucho de reagente 33Desnaturar e diluir bibliotecas 34Carregar bibliotecas de amostra 35Configurar uma execução usando o MCS 36Limpar a lâmina de fluxo 37Carregar a lâmina de fluxo 39Carregar os reagentes 41Início da execução 44Monitorar a execução 45Realizar uma limpeza após a execução 48

Capítulo 4Manutenção 53Frequência da manutenção 54Frequência de manutenção para o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS 55Realizar uma limpeza de manutenção 56Realizar uma limpeza de espera 59Gerenciar arquivos 62Atualizações de software 64Desligar o instrumento 65

Apêndice A Solução de problemas 67Introdução 68Agrupar logs para solução de problemas 69Executar uma verificação do sistema 70

Guia do sistemaMiSeq xi

xii Material n.º 20000262Documento n.º 15027617 v01 PTB

Live Help (Ajuda ao vivo) 71Pausar ou interromper uma execução 72Levantar manualmente os aspiradores de líquidos do cartucho de reagente 73Resolver os erros de configuração da execução 74Resolver a falha de leitura de RFID 75Solucionar erro da taxa de fluxo 77Realizar um teste de volume 78Medir os volumes de enxágue esperados 80Definir as configurações do sistema 81

Apêndice B Pastas e arquivos de saída 83Pastas de execução 84Conteúdo da pasta MiSeqOutput 85Pastas e arquivos do RTA 86

Índice 89

Assistência técnica 91

Capítulo1

Guia do sistemaMiSeq 1

Capítulo 1 Visão geral

Visãogeral

Introdução 2Recursos adicionais 3Componentes 4Conceitos do MiSeq 7Software MiSeq 8Opções de análise secundária 11Sequencing Analysis Viewer 13Espaço em disco necessário 14Visão geral do kit de reagentes do MiSeq 15

Visão

geral

2 Material n.º 20000262Documento n.º 15027617 v01 PTB

Introdução

O sistema MiSeq® da Illumina combina a comprovada tecnologia de sequenciamento porsíntese (SBS) com um fluxo de trabalho revolucionário que permite ir do DNA até os dadosanalisados em apenas oito horas. O MiSeq integra a clusterização, o sequenciamento e aanálise de dados em um único instrumento.

Recursos} Automação Walkaway— depois de configurar a execução, o que inclui carregar o

cartucho de reagente pré-carregado, frasco de solução tampão e lâmina de fluxo, nãoserá necessária mais nenhuma atividade prática.

} Cartucho de reagente pré-carregado— um cartucho descartável de reagente pré-carregado projetado especialmente fornece reagentes para a clusterização e osequenciamento, incluindo reagentes de sequenciamento do tipo paired-end e reagentesde indexação. O controle integrado de identificação por radiofrequência (RFID, RadioFrequency Identification) permite o rastreamento preciso dos materiais de consumo.

} Controles de interface — a interface do MiSeq Control Software (MCS) oferececontroles para configurar o instrumento, configurar e monitorar as execuções e executarprocedimentos de manutenção.

} Carregamento simples da lâmina de fluxo— um mecanismo de trava posicionaautomaticamente a lâmina de fluxo enquanto ela é carregada no instrumento. Ocontrole integrado de identificação por radiofrequência (RFID, Radio FrequencyIdentification) permite o rastreamento preciso dos materiais de consumo.

} Arquitetura do fluxo de reagentes inovadora — o sistema do fluxo de reagentes doMiSeq permite uma eficiência incomparável no tempo do ciclo químico durante osequenciamento.

} Real-time analysis (RTA)— o software de análise integrado realiza a análise de dadosdo instrumento em tempo real durante a execução do sequenciamento, o que inclui aanálise de imagens e a identificação de bases, e economiza um tempo valioso naanálise posterior.

} MiSeq Reporter— o software de análise secundária integrado processa os dados daanálise do RTA para realizar o alinhamento e fornecer informações sobre cada amostraanalisada.

Recurso

sad

icionais


Recursos adicionais

A documentação a seguir está disponível para download no site da Illumina.

Recurso Descrição

Guia de preparação do local dosistema MiSeq

Fornece especificações para área do laboratório, requisitoselétricos e considerações ambientais.

Guia de conformidade e segurançado sistema MiSeq

Fornece informações sobre rotulagem de instrumentos,certificações de conformidade e considerações de segurança.

Guia do usuário do IlluminaExperiment Manager

Fornece instruções para a criação de placas de amostra eplanilhas de amostra para diferentes fluxos de trabalho e tiposde biblioteca.

Guia de referência para ogerenciamento do fluxo de trabalhoBlueFuse

Fornece instruções para a criação de placas de amostra eplanilhas de amostra para uso com o fluxo de trabalho doVeriSeq PGS.

Guia de referência rápidade planilhas de amostras do MiSeq

Apresenta informações sobre a adição de configurações daplanilha de amostras à sua planilha de amostras.

Como preparar bibliotecas de DNApara sequenciamento no MiSeq

Fornece instruções para a desnaturação e a diluição dasbibliotecas de amostras preparadas antes do sequenciamentono MiSeq, e para a preparação de um controle do PhiX. Essaetapa se aplica à maioria dos tipos de bibliotecas.

Uso de primers personalizadosno MiSeq

Fornece instruções para preparação e carregamento deprimers personalizados, e para edição da planilha de amostraspara primers personalizados.

Guia do usuário do MiSeqReporter

Fornece uma visão geral sobre processos de análise, fluxos detrabalho de análise e arquivos de saída gerados pelo MiSeqReporter, e também requisitos de computação, instruções deinstalação à exceção do instrumento e informações sobresolução de problemas.

Guia de referência do BlueFuseMulti

Fornece uma visão geral abrangente dos procedimentos deanálise, dos fluxos de trabalho de análise e dos arquivosgerados pelo BlueFuse Multi, bem como requisitos decomputação e informações de solução de problemas. Utilizeesse guia com o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS.

Ajuda on-line do MiSeq Reporter Apresenta instruções de uso do software MiSeq Reporter.

Guia do usuário do BaseSpace Fornece instruções de uso do BaseSpace e descrições dosgráficos gerados para cada fluxo de trabalho de análise.

Guia do sistema do BaseSpaceOnsite

Fornece instruções para utilizar o sistema BaseSpace Onsite.

Visite a página de suporte do Sistema MiSeq no site da Illumina emsupport.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/miseq.html para ter acesso adocumentação, downloads de software, treinamento on-line e perguntas frequentes.

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/miseq.html

Visão

geral


Componentes

O MiSeq tem os seguintes componentes externos:

A Compartimento da lâmina de fluxo— contém o estágio que abriga a lâmina de fluxodurante a execução. Os motores do estágio da lâmina de fluxo movem a plataforma parafora do módulo óptico para o carregamento da lâmina de fluxo e retorna-a quando aexecução é iniciada.

B Módulo óptico fechado— contém componentes ópticos que permitem a aquisição daimagem da lâmina de fluxo.

C Barra de status— ilumina em três cores para indicar o status do instrumento. A cor azulindica que o instrumento está processando, laranja indica que o instrumento precisa deatenção e verde indica que o instrumento está pronto para começar a próxima execução.

D Monitor da tela de toque— permite a configuração do instrumento e a configuração daexecução com o uso da interface do software.

E Portas USB externas— facilitam a transferência de arquivos e dados para o computador doinstrumento a partir do monitor da tela de toque.

F Compartimento de reagentes— contém reagentes em temperaturas adequadas, soluções delimpeza e o frasco de resíduos. A porta do compartimento de reagentes é protegida por umatrava magnética.

A interface do MiSeq orienta você nas etapas de configuração da execução usando omonitor da tela de toque. Para carregar os componentes da execução, é preciso acessar ocompartimento de reagentes e o compartimento da lâmina de fluxo.

Componentes


Compartimento da lâmina de fluxo

A Estágio da lâmina de fluxoB Porta do compartimento da lâmina de fluxoC Trava da lâmina de fluxoD Lâmina de fluxoE Botão para liberação da trava da lâmina de fluxo

O compartimento da lâmina de fluxo abriga o estágio da lâmina de fluxo, a estação térmicae as conexões de fluxo de reagentes para a lâmina de fluxo. O estágio da lâmina de fluxosegura a lâmina de fluxo, e a trava da lâmina de fluxo prende e posiciona a lâmina defluxo. Quando a trava da lâmina de fluxo é fechada, dois pinos próximos à dobradiça datrava posicionam a lâmina de fluxo automaticamente.A estação térmica, localizada sob o estágio da lâmina de fluxo, controla as alterações natemperatura da lâmina de fluxo, necessárias para a clusterização e o sequenciamento.

Compartimento de reagentes

A Refrigerador dos reagentesB Alça do aspirador de líquidos (mostrada na posição levantada)C Frasco de PR2D Frasco de resíduosE Cartucho de reagentes

O compartimento do reagente contém o refrigerador de reagentes e as posições para ofrasco de solução tampão de limpeza (PR2) e o frasco de resíduos. Para manter umatemperatura constante, abra e feche o refrigerador de reagentes apenas quando instruído.

Visão

geral


Durante a execução, o refrigerador de reagentes mantém um cartucho de reagentesdescartável. Durante a limpeza do instrumento, o refrigerador de reagentes sustenta abandeja de limpeza. O software automaticamente abaixa os aspiradores de líquidos emcada reservatório do cartucho de reagentes no momento apropriado durante uma execução,dependendo do processo que está sendo executado.No lado direito do refrigerador de reagentes, há aberturas sob medida para o frasco de PR2e o de resíduos. A alça do aspirador de líquidos mantém as garrafas no lugar e abaixa oaspirador de líquidos apropriado em cada frasco. Os reagentes são bombeados peloaspirador de líquidos e pelas linhas de fluxo de reagentes e seguem para a lâmina de fluxo.Os resíduos do reagente são colocados no frasco de resíduos durante todo o processo.

Conceito

sdoMiSeq


Conceitos doMiSeq

Os seguintes conceitos e termos são comuns a todas as etapas de configuração da execuçãono MiSeq.

Conceito Descrição

Analysis Workflow(Fluxo de trabalho deanálise)

Um procedimento de análise secundária realizado pelo MiSeqReporter. O fluxo de trabalho de análise para cada execução éespecificado na planilha de amostras.

Manifest (Manifesto) O arquivo que especifica um genoma de referência e as regiões dereferência buscadas para serem usadas na etapa de alinhamento. Parafluxos de trabalho que necessitem de um manifesto, o arquivo demanifesto é especificado na planilha de amostras e copiado para apasta de manifesto designada no MCS.

Reference Genome(Genoma dereferência)

Arquivo no formato FASTA que contém as sequências de genomausadas durante a análise. Para a maioria dos fluxos de trabalho deanálise, o arquivo do genoma de referência está especificado naplanilha de amostras.

Run Folder (Pasta deexecução)

A estrutura de pastas preenchida pelo software RTA (pastaMiSeqOutput) ou a pasta preenchida pelo MiSeq Reporter (MiSeqAnalysis). Para obter mais informações, consulte Pastas de execução napágina 84.

Sample Sheet(Planilha de amostras)

Um arquivo de valores separados por vírgula (*.csv) que contém asinformações necessárias para configurar e analisar uma execução desequenciamento, incluindo uma lista de amostras e suas sequências deíndices.A planilha de amostras deve ser fornecida durante as etapas deconfiguração da execução no MiSeq. Após o início da execução, aplanilha de amostras é renomeada para SampleSheet.csv e copiada naspastas de execução: MiSeqTemp, MiSeqOutput e MiSeqAnalysis.

Para obter mais informações sobre os fluxos de trabalho da análise e os formatos doarquivo de manifesto, consulte o Guia do software MiSeq Reporter (n.º do documento15042295).Para obter mais informações sobre as planilhas de amostras, consulte o Guia de referênciarápida da planilha de amostras do MiSeq (n.º do documento 15028392).

Visão

geral


SoftwareMiSeq

Os seguintes aplicativos do software são pré-instalados no computador do instrumento:} MiSeq Control Software (MCS)— controla a operação do instrumento. A interface do

MiSeq Control Software (MCS) orienta você nas etapas para carregar a lâmina de fluxoe os reagentes antes de iniciar a execução. Uma visão geral das estatísticas dequalidade aparece conforme a execução avança.

} Durante a execução, o MCS opera o estágio da lâmina de fluxo, dispensa reagentes,controla as temperaturas da lâmina de fluxo e captura as imagens de clusters nalâmina de fluxo. O MCS realiza a execução de acordo com os parâmetros especificadosna planilha de amostras.

} Software Real-time analysis (RTA)— é um software integrado que realiza aidentificação de bases e a análise de imagens, além de atribuir uma pontuação dequalidade a cada base para cada ciclo. As imagens são armazenadas temporariamentena pasta de execução para processamento pelo RTA e depois automaticamenteexcluídas quando a análise do RTA é concluída.

} MiSeq Reporter— executa a análise secundária. O software de análise MiSeq Reporterprocessa as identificações de bases geradas pelo software RTA e produz informaçõessobre o conjunto de elementos contíguos, alinhamento e variantes para cada genomasolicitado. O fluxo de trabalho de análise especificado na planilha de amostrasdetermina o tipo de análise realizado. Para obter mais informações, consulte Visão geraldo MiSeq Reporter na página 12.

Os softwares opcionais usados à exceção do instrumento incluem o Sequencing AnalysisViewer (SAV). Para obter mais informações, consulte Sequencing Analysis Viewer napágina 13.

Softw

areMiSeq


Ícones de statusNo canto superior direito da tela Home (Página inicial), há um ícone de status que indicatodas as mudanças nas condições durante a configuração da execução ou durante aexecução.

Ícone de status Nome do status DescriçãoStatus OK Nenhuma mudança. O sistema está normal.

Atenção Informação importante. Uma ação é recomendada.

Advertência As advertências não interrompem uma execução, maspodem exigir uma ação antes de prosseguir.

Erro Os erros geralmente interrompem uma execução enormalmente exigem uma ação antes de prosseguir com aexecução.

Quando ocorre uma alteração em uma condição, o ícone muda para a imagem associada episca para alertar. Selecione o ícone para abrir a janela de status e exibir uma descrição dacondição.Selecione qualquer item listado para ver uma descrição detalhada da condição e instruçõespara resolver a condição, se for o caso.Selecione Acknowledge (Confirmar) para aceitar a mensagem e Close (Fechar) para fechara caixa de diálogo.É possível filtrar os tipos de mensagens que aparecem na janela de status, selecionando osícones ao longo da margem superior da janela. A seleção de um ícone alterna entre exibirou ocultar a condição.

Indicadores de atividadeVários ícones estão localizados no canto inferior direito de cada tela da interface. Cadaícone é um indicador de atividade que mostra qual atividade está sendo executada peloinstrumento.

Figura 1 Indicadores de atividade

Da esquerda para a direita, os indicadores de atividade representam as seguintesatividades:} Movimentação do estágio Y} Movimentação do estágio Z} Ativação da funcionalidade eletrônica} Uso da câmera} Bombeamento através do sistema de fluxo de reagentes

Visão

geral


Indicadores de sensorOs indicadores de sensor, que aparecem na base de cada tela de interface, representam ostatus de um componente do instrumento.

Figura 2 Indicadores de sensor

Da esquerda para a direita, os indicadores de sensor representam os seguintescomponentes:} Porta do compartimento da lâmina de fluxo na posição aberta ou fechada} Temperatura do refrigerador do reagentes em °C} Temperatura da lâmina de fluxo em °C} Status da conexão do BaseSpace® (mostrado como não conectado)

Opçõ

esdeanálise

secundária


Opções de análise secundária

Os dados de sequenciamento do MiSeq podem ser analisados no computador doinstrumento por meio do MiSeq Reporter, em um servidor em rede utilizando o BaseSpaceOnsite ou na nuvem usando o BaseSpace. Se executar o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS,use o software BlueFuse Multi para análise. O BaseSpace, o BaseSpace Onsite e o MiSeqReporter produzem informações sobre o conjunto de elementos contíguos, alinhamento evariantes para cada genoma solicitado e para cada amostra de uma execução com diversasamostras.

Visão geral do BaseSpace e BaseSpace OnsiteO BaseSpace é um ambiente de computação em nuvem da Illumina. O BaseSpace Onsitefornece um ambiente de computação em um servidor dedicado, completo com ferramentasde configuração de execução e opções de análise.Faça login no BaseSpace ou no BaseSpace Onsite quando você configurar a sequência deexecução. Ao usar o BaseSpace ou BaseSpace Onsite, você tem uma opção adicional paraarmazenar dados de execução localmente. Para obter mais informações, consultePersonalizar configurações do sistema na página 21.Quando você começar a execução de sequenciamento, o ícone será alterado para indicarque o MiSeq está conectado ao BaseSpace ou ao BaseSpace Onsite e que os arquivos dedados estão sendo transferidos para o local especificado.

Figura 3 Ícone indicando conexão ao BaseSpace

Figura 4 Ícone indicando conexão com o BaseSpace Onsite

Usando o BaseSpace, os arquivos de dados são criptografados durante o processo,descriptografados durante a análise e criptografados novamente ao serem armazenados.Usando o BaseSpace Onsite, os arquivos de dados são criptografados durante o processo,descriptografados durante a análise e, como opção, podem ser criptografados novamenteao serem armazenados.O BaseSpace e o BaseSpace Onsite se desconectam automaticamente do MiSeq no final daexecução ou assim que todos os arquivos de análise do RTA terminam a transferência. Se aconexão com a Internet for interrompida, o upload dos arquivos de análise continuarádepois que ela for restaurada, a partir do ponto em que ocorreu a interrupção.Assim que o último arquivo de identificação de bases for carregado no BaseSpace ou noBaseSpace Onsite, a análise secundária dos dados será iniciada. Os mesmos fluxos detrabalho de análise são suportados no BaseSpace e no BaseSpace Onsite, assim como aanálise do instrumento usando o MiSeq Reporter.Vários genomas são fornecidos com a instalação do MiSeq Reporter. O BaseSpace e oBaseSpace Onsite aceitam somente genomas incluídos no MiSeq Reporter.

Visão

geral


É possível se conectar ao BaseSpace no site basespace.com. Faça o login usando sua contaMyIllumina. Para obter mais informações sobre o BaseSpace, consulte o Guia do usuário doBaseSpace (n.º de documento 15044182) e as páginas de suporte do BaseSpace no site daIllumina.Para obter mais informações sobre o BaseSpace Onsite, consulte o Guia do usuário doBaseSpace Onsite (n.º de documento 15049148) e as páginas de suporte do BaseSpace Onsiteno site da Illumina.

Visão geral do MiSeq ReporterMiSeq Reporter é um aplicativo de serviço do Windows que processa as identificações debases geradas pelo software RTA. O MiSeq Reporter inicia a análise secundáriaimediatamente após a conclusão da análise da execução de sequenciamento feita pelosoftware RTA.O MiSeq Reporter é executado no computador do instrumento. No entanto, a interface dosoftware deve ser exibida por um navegador em outro computador conectado à mesmarede do MiSeq Reporter.Quando a análise secundária é concluída, um arquivo chamado CompletedJobInfo.xml égravado na pasta de execução. Para mais informações, consulte o Guia do software MiSeqReporter (n.º do documento 15042295).

Sequenciamento durante a análiseOs recursos de computação do sistema MiSeq são dedicados ao sequenciamento ou àanálise. Se uma nova execução de sequenciamento for iniciada no MiSeq antes de a análisesecundária de uma execução anterior ser concluída, a análise do MiSeq Reporter seráinterrompida automaticamente.Será possível reiniciar a análise do MiSeq Reporter usando o recurso Requeue (Recolocarna fila) na interface do MiSeq Reporter depois que a nova execução de sequenciamento forconcluída. Nesse ponto, a análise secundária começa do início.

http://basespace.com/

Seq

uencingAnalysis

View

er


SequencingAnalysis Viewer

É possível monitorar a execução de forma mais detalhada sem interferir com ela usando oIllumina Sequencing Analysis Viewer (SAV). O MiSeq deve estar conectado para exibir osresultados da análise primária com o SAV.O SAV permite analisar as métricas durante uma execução conforme elas são geradas, etambém mais tarde, depois da conclusão da execução. Instale o SAV em um computadorindependente do MiSeq, com acesso à mesma rede conectada ao instrumento. Após ainicialização do software, vá para a pasta de saída de sua execução.Após a geração do modelo, o SAV fornece as métricas geradas pelo RTA e organiza-as emlotes, gráficos e tabelas.

OBSERVAÇÃOO SAV é universal para os sistemas de sequenciamento da Illumina; a maioria delesutiliza uma lâmina de fluxo de oito cavidades. Algumas visualizações incluem listassuspensas que mostram cavidades de um a oito. Como a lâmina de fluxo do MiSeqtem uma única cavidade, selecione All (Todos) ou Lane 1 (Cavidade 1).

Para obter mais informações, consulte o Guia do usuário do Sequencing Analysis Viewer(n.º de documento 15020619).

Visão

geral


Espaçoemdisconecessário

O computador integrado do instrumento tem aproximadamente 550 GB de capacidade dearmazenamento.Antes de iniciar uma execução, o software verifica o espaço em disco disponível. Se nãohouver espaço em disco suficiente para a execução, aparecerá um aviso. A mensagemindica quanto espaço em disco é necessário para a execução e quanto espaço em discodeve ser liberado para que a execução possa prosseguir.Se você precisar liberar espaço em disco disponível, mova ou exclua as pastas de execuçãomais antigas, conforme apropriado. Para mais informações, consulte Gerenciar arquivos napágina 62. Depois de liberar o espaço adequado em disco, selecione Restart Check(Reiniciar verificação).

Visão

gerald

okit

dereag

entesdoMiSeq


Visãogeral dokit de reagentes doMiSeq

Para realizar uma execução no MiSeq, é necessário um kit de reagentes descartável doMiSeq, disponível em diferentes tipos e tamanhos. Cada tipo de kit de reagentes do MiSeqinclui um tipo da lâmina de fluxo específico do kit e todos os reagentes necessários para arealização de uma execução.A lâmina de fluxo, o frasco PR2 e o cartucho de reagentes fornecidos no kit usamidentificação por radiofrequência (RFID) para rastreamento e compatibilidade precisos dosmateriais de consumo.É preciso usar o cartucho de reagentes associado ao seu tipo de lâmina de fluxo. Se ocartucho de reagentes não for compatível, uma mensagem aparecerá durante aconfiguração da execução solicitando que você carregue um cartucho de reagentecompatível.Para obter uma descrição dos kits de reagentes disponíveis, acesse o site da Illuminasupport.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.html.

Lâmina de fluxo

A Porta de saídaB Área de imagemC Porta de entrada

A lâmina de fluxo do MiSeq é um substrato descartável com base em vidro no qual sãogerados os clusters e é executada a reação de sequenciamento.Os reagentes entram na lâmina de fluxo através da porta de entrada, passam pela área deimagem de cavidade única e, em seguida, saem da lâmina de fluxo pela porta de saída.Os resíduos que saem da lâmina de fluxo são colocados no frasco de resíduos.As bibliotecas são carregadas no cartucho de reagente antes de configurar a execução eautomaticamente transferidas para a lâmina de fluxo depois do início da execução.


Visão

geral


Cor da tampa da lâmina de fluxoA cor da tampa do receptáculo indica o tipo da lâmina de fluxo:

Lâmina de fluxo Cor da tampa da lâmina de fluxoLâmina de fluxo padrãoLâmina de fluxo do PGS

Clara

Microlâmina de fluxo VerdeNanolâmina de fluxo Amarela

Visão geral do cartucho de reagenteO cartucho de reagente do MiSeq é um material de consumo descartável, composto porreservatórios lacrados com selo de alumínio pré-carregados com reagentes de clusterizaçãoe sequenciamento suficientes para sequenciar uma lâmina de fluxo.Cada reservatório do cartucho é numerado. As bibliotecas de amostras são carregadas nocartucho na posição 17, que é rotulada como Load Samples (Carregar amostras).

ADVERTÊNCIAEste conjunto de reagentes contém formamida, uma amida alifática que pode ser toxinareprodutiva. Podem ocorrer ferimentos por meio de inalação, ingestão e contato com apele e com os olhos. Use equipamento de proteção, incluindo proteção para os olhos,luvas e jaleco de laboratório. Manuseie os reagentes utilizados como resíduo químico edescarte de acordo com as normas de segurança governamentais para a sua região. Paraobter informações ambientais, de saúde e de segurança, consulte as SDS para este kit emsupport.illumina.com/sds.html.

http://support.illumina.com/sds.html

Visão

gerald

okit

dereag

entesdoMiSeq


Reservatórios reservadosFigura 5 Cartucho de reagente com reservatórios numerados

Posição Nome do reagente Descrição8 LDR Reagente de desnaturação (contém formamida)17 Reservado Load Samples (Carregar amostras) (Reservado para

bibliotecas de amostras)18 Reservado Reservado para primer de leitura 1 personalizado

[Opcional]19 Reservado Reservado para primer de leitura de índice

personalizado [Opcional]20 Reservado Reservado para primer de leitura 2 personalizado

[Opcional]

Tabela 1 Reservatórios de cartuchos de reagente

OBSERVAÇÃOPara obter mais informações sobre o uso de primers personalizados no cartucho dereagente do MiSeq, consulte Uso de primers personalizados no MiSeq (n.º de documento15041638).

Capítulo2


Capítulo 2 Introdução

Introdução

Inicialização do MiSeq 20Personalizar configurações do sistema 21Configurar as notificações de atualizações do BaseSpace 22Definir preferências de e-mail 22Definir locais de pastas padrão 22Materiais de consumo fornecidos pelo usuário 24

Introdução


InicializaçãodoMiSeq

OBSERVAÇÃOPara obter um melhor desempenho, deixe o instrumento ligado continuamente. Noentanto, se o instrumento precisar ser desligado, consulte Desligar o instrumento napágina 65. Espere no mínimo 60 segundos antes de colocar o interruptor na posiçãoON (ligado).

1 Se o MiSeq não estiver ligado, localize o interruptor do instrumento no painel traseiro àdireita. Ele está localizado no canto inferior, logo acima do cabo de energia.

Figura 6 Localização do interruptor

2 Coloque o interruptor na posição ON (ligado). O computador do instrumento integradoserá iniciado.

3 Faça login no sistema operacional usando o nome de usuário e a senha predefinidos:} Nome de usuário: sbsuser} Senha: sbs123Espere até que o sistema operacional termine de carregar. Quando o sistema estiverpronto, o MiSeq Control Software (MCS) será ativado e inicializará o sistemaautomaticamente.Depois que a inicialização for concluída, a tela Home (Página inicial) será exibida.

Perso

nalizarco

nfiguraçõ

esdosistem

a


Personalizarconfigurações dosistema

1 Na tela Home (Página inicial), selecione Run Options (Opções de execução).

2 Selecione a guia Run Settings (Configurações de execução).

3 Selecione Post Run Wash (Limpeza após a execução) ouMaintenance Wash (Limpezade manutenção).Uma limpeza do instrumento é necessária após cada execução. O software exige que alimpeza seja feita antes de configurar uma execução subsequente. A opção Post-RunWash (Limpeza após a execução) especifica qual tipo de limpeza é realizada porpadrão. A limpeza após a execução leva cerca de 30 minutos. A limpeza demanutenção leva cerca de uma hora.

4 Digite o endereço do local do servidor do BaseSpace Onsite.É necessário configurar o servidor do BaseSpace Onsite se você usa o BaseSpaceOnsite.

5 Marque ou desmarque Send instrument health information to Illumina to aidtechnical support (Enviar informações de integridade do instrumento para ajudar osuporte técnico da Illumina).Send Instrument Health (Enviar integridade do sistema) é uma opção para ajudar osuporte técnico da Illumina na resolução de possíveis problemas. Os únicos arquivosenviados para Illumina são os arquivos de log (arquivos de interoperabilidade earquivos de log). O instrumento deve estar conectado a uma rede com acesso à Internetpara usar esse recurso.

6 Marque ou desmarqueWhen using BaseSpace or BaseSpace Onsite, replicateanalysis locally on MiSeq (Ao usar o BaseSpace ou o BaseSpace Onsite, replicaranálise localmente no MiSeq).A configuração Replicate Analysis Locally (Replicar análise localmente) especificalocais de processamento ao usar o BaseSpace ou o BaseSpace Onsite. A configuraçãofornece a opção de realizar a análise tanto localmente no instrumento e no BaseSpaceou no BaseSpace Onsite.Se você selecionar essa opção quando usar o BaseSpace ou BaseSpace Onsite, o MiSeqReporter será iniciado automaticamente após a execução e realizará a análise no local.Se você não selecionar essa opção quando usar o BaseSpace ou BaseSpace Onsite, oMiSeq Reporter não iniciará automaticamente após a execução, e a análise serárealizada no BaseSpace ou no BaseSpace Onsite.Se executar o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS com o BlueFuse Multi, selecione essaopção.

Introdução


Configuraras notificações de atualizações doBaseSpace

1 Na tela Home (Página inicial), selecioneManage Instrument (Gerenciar instrumento).

2 Selecione Software Update (Atualização de software).

3 Selecione Automatically check for new software updates on BaseSpace (Verificarautomaticamente novas atualizações de software no BaseSpace).

Definir preferências dee-mail

O MiSeq poderá ser configurado para enviar um e-mail de notificação quando a análiseRTA ou a análise secundária do instrumento forem concluídas ou se ocorrer um erro desoftware crítico no MiSeq.


2 Selecione a guia Folder Settings (Configurações de pasta).

3 Digite as seguintes informações:} Local SMTP email server address (Endereço de servidor de e-mail SMTP local) —use o teclado da tela para digitar o endereço de servidor de e-mail SMTP local. Senecessário, entre em contato com o administrador da instalação para obter essainformação.

} Sender email address (Endereço de e-mail do remetente) — use o teclado da telapara digitar o endereço de e-mail do remetente. Pode ser seu endereço de e-mail ouum endereço diferente especificado para o envio de notificações por e-mail. Oendereço de e-mail do remetente deve ter o mesmo nome de domínio que o endereçodo servidor de e-mail.

} Email addresses (Endereços de e-mail) — use o teclado da tela para digitar osendereços de e-mail de cada destinatário para receber notificações. Separe cadaendereço de e-mail com uma vírgula. Selecione Test (Teste) para enviar um e-mailde teste aos destinatários das notificações.

} Notify via email when (Notificar por e-mail quando) — marque a caixa de seleçãopara os eventos da execução que gerarão uma notificação.

Definir locais depastas padrão

As pastas podem estar em uma rede local ou no computador do instrumento.


2 Selecione a guia Folder Settings (Configurações de pasta).

3 Informe locais padrão para as seguintes pastas.} Recipes (Receitas) — define o local padrão para as receitas. Receitas são arquivosXML que o software usa para realizar a execução de sequenciamento. Uma receita écriada no início da execução com base nos parâmetros da planilha de amostras,então, a receita é copiada para a pasta de saída.

Definir

locais

depastas

pad

rão


} Sample Sheets (Planilhas de amostras) — define o local padrão para as planilhas deamostras. As planilhas de amostras são criadas antes da preparação da biblioteca econtêm os parâmetros para a execução.

} Manifests (Manifestos) — arquivos de manifesto são necessários para alguns tiposde bibliotecas. Consulte a documentação de preparação de amostra para seu kit depreparação de amostras, bem como o Guia de referência rápida da planilha de amostras(n.º do documento 15028392).

} MiSeqOutput— define o local padrão para os arquivos de saída de análise. Altere apasta de saída padrão para um local de rede para fazer compartilhamento,armazenamento de longo prazo, e, opcionalmente, para usar o MiSeq Reporter off-line. Para obter mais informações, consulte Pastas de execução na página 84.

Introdução


Materiais de consumo fornecidos pelousuário

Os materiais de consumo fornecidos pelo usuário a seguir devem estar disponíveis antesdo início de uma execução.

Material de consumo Fornecedor Finalidade1.0 N NaOH, grau debiologia molecular

Fornecedor de itens deuso comum dolaboratório

Desnaturação de bibliotecas deamostra e DNA de controle dePhiX

Compressa com álcool,70% isopropílicoou70% etílico

VWR, n.º de catálogo95041-714*


Limpeza do suporte da lâmina defluxo

Luvas descartáveis, sempó


Uso geral

Lenço para laboratório,poucos fiapos


Limpeza do estágio da lâmina defluxo e do selo de alumínio quecobre o reservatório decarregamento das amostras

Papel para limpeza delente, 4 x 6 pol.


Limpeza da lâmina de fluxo

Tubos demicrocentrífuga


Desnaturação e diluição debibliotecas de amostras e DNA decontrole de PhiX

Tubos MiSeq Illumina,n.º de peça MS-102-9999

Limpeza da linha de modelo, parauso com o fluxo de trabalho doVeriSeq PGS (opcional para outrosfluxos de trabalho)

NaOCl, 5% Sigma-Aldrich, n.º decatálogo 239305*

Limpeza da linha de modelo, parauso com o fluxo de trabalho doVeriSeq PGS (opcional para outrosfluxos de trabalho)

Tween 20 Sigma-Aldrich, nº docatálogo P7949

Limpeza do instrumento

Pinças, plásticas componta quadrada(opcional)

McMaster-Carr, nº docatálogo 7003A22*

Remoção da lâmina de fluxo doreceptáculo de transporte dalâmina de fluxo

Água, aprovada parauso em laboratório


Limpeza do instrumento

* ou equivalente à aprovada para uso em laboratório

Materiais

deco

nsumofornecid

ospelo

usuário


Orientações para água aprovada para uso em laboratórioUtilize sempre água aprovada para uso em laboratório para realizar os procedimentos como instrumento. Nunca use água da torneira ou água desionizada. A seguir, estão exemplosde água aprovada para uso em laboratório aceitável:} Illumina PW1} Água de 18 Megohm (MΩ)} Água Milli-Q} Água Super-Q} Água para biologia molecular

Capítulo3


Capítulo 3 Sequenciamento

Sequenciamento

Introdução 28Duração da execução 29Fluxo de trabalho do MiSeq 30Descongelar o cartucho de reagente 32Inspecionar o cartucho de reagente 33Desnaturar e diluir bibliotecas 34Carregar bibliotecas de amostra 35Configurar uma execução usando o MCS 36Limpar a lâmina de fluxo 37Carregar a lâmina de fluxo 39Carregar os reagentes 41Início da execução 44Monitorar a execução 45Realizar uma limpeza após a execução 48

Seq

uenciamento


Introdução

Para realizar uma execução no MiSeq, execute as etapas de configuração descritas nestecapítulo. Depois do início da execução, não é necessária nenhuma intervenção do usuário.A execução do sequenciamento pode ser monitorada na tela Sequencing (Sequenciamento)ou remotamente com o uso do Sequencing Analysis Viewer (SAV), um aplicativo opcionalque pode ser baixado no site da Illumina.Uma vez concluída a execução do sequenciamento, faça a limpeza do instrumento.

Duração

daexecução


Duraçãodaexecução

A duração da execução depende do número de ciclos realizados. Com o MCS v2.3, épossível realizar uma execução do tipo paired-end de até 2 x 301 ciclos de sequenciamento,além das leituras de índice.Além disso, a duração da execução depende da versão dos reagentes do MiSeq usados edas atualizações de melhoria de desempenho instaladas no instrumento.Para obter informações sobre as durações previstas e outras especificações, visite a páginade especificações do sistema MiSeq no site da Illumina(www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn).

Número de ciclos em uma leituraO número de ciclos realizados em uma leitura é um ciclo a mais do que o número de ciclosanalisados. O ciclo extra é necessário para os cálculos de phasing e prephasing.Por exemplo, uma execução de 300 ciclos do tipo paired-end realiza duas leituras de 301ciclos (2 x 301) para um total de 602 ciclos. No final da execução, 2 x 300 ciclos sãoanalisados.

http://www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn

Seq

uenciamento


Fluxode trabalhodoMiSeq

Prepare o cartucho de reagente pré-carregado para uso.

Desnature e dilua as bibliotecas (não se aplica a todos os tipos debibliotecas). Consulte Preparação de bibliotecas para sequenciamento noMiSeq (n.º do documento 15039740).

Coloque a mistura da biblioteca no cartucho de reagente noreservatório designado.

Na interface do software, selecione Sequence (Sequenciar) parainiciar as etapas de configuração da execução.[Opcional] Conecte-se ao BaseSpace ou ao BaseSpace Onsite.

Limpe e seque cuidadosamente a lâmina de fluxo.Carregue a lâmina de fluxo.

Carregue o frasco de PR2 e verifique se o frasco de resíduos estávazio.Carregue o cartucho de reagente.

Revise os parâmetros da execução e os resultados da verificação pré-execução.Selecione Start Run (Iniciar execução).

Monitore a execução pela interface do MCS ou por outro computadorusando o Sequencing Analysis Viewer (SAV).

Realize uma limpeza após a execução.

ClusterizaçãoDurante a clusterização, moléculas de DNA em fita simples são ligadas à superfície dalâmina de fluxo e, em seguida, amplificadas por processo de formação de pontes paraformar clusters.

SequenciamentoApós a clusterização, são geradas imagens dos clusters com o uso de combinações de filtroe LED específicas de cada um dos quatro didesoxinucleotídeos marcados de modofluorescente. Depois que a geração de imagens de um bloco é concluída, a lâmina de fluxoé movida para o lugar com o objetivo de expor o bloco seguinte. O processo é repetido paracada ciclo de sequenciamento. Após a análise das imagens, o software realiza umaidentificação de bases, uma filtragem e uma pontuação de qualidade.

Fluxo

detrab

alhodoMiSeq


AnáliseQuando a execução for concluída, o software de análise MiSeq Reporter será iniciadoautomaticamente para executar a análise secundária, que inclui o alinhamento e achamada variante. É possível monitorar a análise secundária usando uma conexão com aInternet de outro computador. Para obter mais informações, consulte Visão geral do MiSeqReporter na página 12.

Seq

uenciamento


Descongelarocartuchode reagente

As instruções a seguir descrevem como descongelar o cartucho de reagente utilizandobanho-maria em temperatura ambiente.

OBSERVAÇÃOComo alternativa, você pode descongelar os reagentes durante a noite armazenando-os emuma temperatura entre 2 °C e 8 °C. Os reagentes ficam estáveis por até uma semana quandoarmazenados nessa temperatura.

1 Remova o cartucho de reagente do armazenamento de -25 °C a -15 °C.

2 Coloque o cartucho de reagente em um banho-maria contendo uma quantidadesuficiente de água desionizada em temperatura ambiente para fazer a base do cartuchode reagentes submergir. A água não pode ultrapassar a linha de água máximaimpressa no cartucho de reagente.

Figura 7 Linha de água máxima

3 Deixe o cartucho de reagente descongelar em banho-maria em temperatura ambienteaté que esteja completamente descongelado.} Cartuchos MiSeq v3 — aprox. 60 a 90 minutos.} Cartuchos MiSeq v2 — aprox. 60 minutos.

4 Retire o cartucho do banho-maria e bata-o levemente na bancada para retirar a água dabase do cartucho. Seque a base do cartucho.

Inspecio

narocartucho

dereag

ente


Inspecionarocartuchode reagente

1 Inverta o cartucho de reagente 10 vezes para misturar os reagentes descongelados e,em seguida, inspecione se todas as posições estão descongeladas.

2 Inspecione os reagentes nas posições 1, 2 e 4 para certificar-se de que eles estãototalmente misturados e sem precipitados.

3 Bata o cartucho levemente na bancada para reduzir as bolhas de ar nos reagentes.

OBSERVAÇÃOOs tubos do aspirador de líquidos do MiSeq vão para o fundo de cada reservatório com oobjetivo de aspirar os reagentes; portanto, é importante que os reservatórios não tenhambolhas de ar.

4 Coloque o cartucho de reagente no gelo por 6 horas ou reserve entre 2 °C e 8 °C até quevocê esteja pronto para configurar a etapa de execução. Para obter melhores resultados,prossiga diretamente para o carregamento da amostra e a configuração da execução.



Seq

uenciamento


Desnaturare diluir bibliotecas

Se for necessário para seu tipo de biblioteca, desnature e dilua as bibliotecas e adicione ocontrole opcional do PhiX. Consulte Preparação das bibliotecas de DNA para o sequenciamentono MiSeq (n.º de documento 15039740). Se você estiver executando o fluxo de trabalhodo VeriSeq PGS, consulte o Guia de preparação de bibliotecas do VeriSeq PGS (n.º de documento15052877).Essa etapa não se aplica a todos os tipos de bibliotecas. Alguns métodos de preparação deamostras Illumina resultam em uma concentração normalizada de bibliotecas agrupadaspronta para uso. Consulte o guia de preparação de amostras do kit utilizado para prepararbibliotecas de amostras.

OBSERVAÇÃOSe você estiver usando primers personalizados, prepare-os e configure a planilha deamostras conforme descrito em Uso de primers personalizados no MiSeq (n.º dedocumento 15041638).

Carreg

arbibliotecas

deam

ostra


Carregarbibliotecas de amostra

Quando o cartucho de reagente estiver completamente descongelado e pronto para uso,você estará pronto para carregar bibliotecas preparadas dentro do cartucho.

1 Limpe o selo de alumínio que cobre o reservatório denominado Load Samples(Carregar amostras) com um lenço para laboratório com poucos fiapos.

2 Perfure o selo de alumínio com uma pipeta limpa de 1 ml.

3 Com a pipeta, adicione 600 µl das bibliotecas preparadas no reservatório LoadSamples (Carregar amostras). Evite tocar o selo de alumínio.

Figura 8 Carregamento de bibliotecas

4 Vá diretamente para as etapas de configuração da execução usando a interface doMiSeq Control Software (MCS).

Seq

uenciamento


ConfigurarumaexecuçãousandooMCS


2 Selecione Reboot (Reiniciar) para reiniciar o software do sistema.

3 [Opcional] Na tela Run Options (Opções de execução), verifique os locais de pasta parareceitas, planilhas de amostras, manifestos e a pasta MiSeqOutput. Para obter maisinformações, consulte Definir locais de pastas padrão na página 22.

4 Na tela Home (Página inicial), selecione Sequence (Sequenciar) para iniciar as etapasde configuração da execução. A tela BaseSpace Options (Opções do BaseSpace) seabrirá.Quando você seleciona Sequence (Sequenciar) na tela Home (Página inicial), váriastelas de configuração de execução são abertas na seguinte ordem: BaseSpace Option(Opção do BaseSpace), Load Flow Cell (Carregar lâmina de fluxo), Load Reagents(Carregar reagentes), Review (Revisão) e Pre-Run Check (Verificação pré-execução).

Definir a opção BaseSpace ou BaseSpace Onsite1 Na tela BaseSpace Options (Opções do BaseSpace), marque ou desmarque as caixas de

seleção Use BaseSpace for storage and analysis (Usar o BaseSpace paraarmazenamento e análise) e Use BaseSpace Onsite for storage and analysis (Usar oBaseSpace Onsite para armazenamento e análise).

2 Selecione Next (Próximo).

Limpar

alâm

inadefluxo


Limpara lâminade fluxo

1 Coloque um novo par de luvas sem pó.

2 Usando uma pinça plástica, segure a lâmina de fluxo pela base do cartucho plástico eretire do receptáculo da lâmina de fluxo.

Figura 9 Remoção da lâmina de fluxo

3 Enxágue levemente a lâmina de fluxo com água aprovada para uso em laboratório,tirando cuidadosamente o excesso de sais do vidro e do cartucho plástico.O excesso de sais pode afetar o assentamento da lâmina de fluxo no instrumento. Se ossais secarem na área de imagem, a imagem também pode ser afetada.

Figura 10 Enxágue da lâmina de fluxo

4 Com cuidado, em torno da junta preta das portas da lâmina de fluxo, sequecompletamente a lâmina de fluxo e o cartucho plástico usando um tecido para limpezade lentes sem fiapos. Seque delicadamente a área da junta e o vidro adjacente.

Figura 11 Junta e portas da lâmina de fluxo

5 Limpe o vidro da lâmina de fluxo com um tecido com álcool. Verifique se há manchasou impressões digitais no vidro e se há fiapos ou fibras de tecido.

OBSERVAÇÃONão use a compressa com álcool na junta da porta da lâmina de fluxo.

Seq

uenciamento


Figura 12 Secagem da lâmina de fluxo

6 Seque o álcool em excesso com um tecido de limpeza de lentes sem fiapos.

7 Certifique-se de que as portas da lâmina de fluxo não têm obstruções e de que a juntaestá bem assentada em torno das portas da lâmina de fluxo.Se a junta parecer estar desalojada, pressione-a suavemente de volta no lugar até queesteja bem em volta das portas da lâmina de fluxo.

Carreg

aralâm

inadefluxo


Carregara lâminade fluxo

1 Levante a porta do compartimento da lâmina de fluxo e depois aperte o botão deliberação à direita da trava da lâmina de fluxo. A trava da lâmina de fluxo é aberta.

Figura 13 Abertura da trava da lâmina de fluxo

2 Certifique-se de que o estágio da lâmina de fluxo não tenha fiapos. Caso haja fiapos ououtros resíduos, limpe o estágio da lâmina de fluxo usando uma compressa com álcoolou um tecido sem fiapos umedecido com etanol ou isopropanol. Limpecuidadosamente a superfície do estágio da lâmina de fluxo até que ela esteja limpa eseca.

3 Segurando a lâmina de fluxo pelas bordas, coloque-a sobre o estágio da lâmina defluxo.

Figura 14 Colocação da lâmina de fluxo na plataforma

4 Pressione delicadamente a trava para fechá-la sobre a lâmina de fluxo.À medida que a trava da lâmina de fluxo se fecha, pinos de alinhamento posicionam alâmina de fluxo. Um clique audível indica que a trava da lâmina de fluxo está firme.

Figura 15 Fechamento da trava da lâmina de fluxo

Seq

uenciamento


5 Se o software não identificar o RFID da lâmina de fluxo, consulte Resolver a falha deleitura de RFID na página 75.

6 Feche a porta do compartimento da lâmina de fluxo.


Carreg

arosreag

entes


Carregaros reagentes

Carregar PR2 e verificar o frasco de resíduos1 Remova o frasco do PR2 do armazenamento de 2 °C a 8 °C. Inverta para misturar e

depois retire a tampa.

2 Abra a porta do compartimento de reagentes.

3 Levante a alça do aspirador de líquidos até que ela trave.

4 Retire o frasco de limpeza e coloque o frasco do PR2.

Figura 16 Carregar o frasco do PR2

5 Esvazie o conteúdo do frasco de resíduos na lixeira adequada.

6 Abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos. Os aspiradores de líquido devemdescer até os frascos de resíduos e do PR2.

Figura 17 Abaixe a alça do aspirador de líquidos

7 Se o software não identificar o RFID do frasco do PR2, consulte Resolver a falha de leiturade RFID na página 75.


Seq

uenciamento


Carregamento do cartucho de reagentesOBSERVAÇÃONão deixe a porta do refrigerador de reagentes aberta por longos períodos de tempo.

1 Abra a porta do refrigerador de reagentes.

2 Segure o cartucho de reagentes na extremidade com o rótulo da Illumina e introduza-ono refrigerador de reagentes até o fundo.É preciso usar o cartucho de reagente associado ao tipo de lâmina de fluxo carregado.Se o cartucho de reagente não for compatível, uma mensagem aparecerá na tela.Selecione Back (Voltar) para carregar o cartucho de reagente apropriado ou Exit (Sair)para voltar à tela Home (Página inicial).

Figura 18 Carregar o cartucho de reagente

3 Feche a porta do refrigerador de reagentes.

4 Se o software não identificar o RFID do cartucho de reagente, consulte Resolver a falhade leitura de RFID na página 75.

5 Se o cartucho de reagentes não for compatível com a lâmina de fluxo, uma mensagemserá exibida. Selecione Back (Voltar) para carregar um cartucho compatível ou Exit(Sair) para retornar à tela Home (Página inicial).

6 Feche a porta do compartimento de reagentes.


8 Se você precisar selecionar uma planilha de amostras diferente, consulte Alterar aplanilha de amostras na página 42

Alterar a planilha de amostrasSelecione o comando Change Sample Sheet (Alterar planilha de amostras) para:} Para selecionar uma planilha de amostras com um nome que não coincide com o

número do código de barras do cartucho de reagente} Quando o software solicita que você escolha uma planilha de amostras diferente na

tela Review (Revisão)

Carreg

arosreag

entes


Cada execução deve ter uma folha de amostra. Por padrão, o software procura por umarquivo de folha de amostra com um nome que corresponda ao número do código debarras do cartucho de reagente carregado no instrumento. Se não for encontrada umaplanilha de amostra, aparecerá uma mensagem que solicita que você mostre o local daplanilha de amostra correta para a execução.Para fazer com que o software consiga localizar a planilha de amostras, use o comandoChange Sample Sheet (Alterar planilha de amostras) na tela Load Reagents (Carregarreagentes) para direcionar o software para devida planilha de amostras.

1 Selecione Change Sample Sheet (Alterar planilha de amostras) na tela Load Reagents(Carregar reagentes).

2 Selecione Browse (Procurar) para navegar até a planilha de amostras.

3 Selecione Open (Abrir).

4 Selecione Save and Continue (Salvar e continuar).


Seq

uenciamento


Iníciodaexecução

Depois de carregar a lâmina de fluxo e os reagentes, revise os parâmetros da execução erealize uma verificação pré-execução antes de iniciar a execução.

Revisar os parâmetros de execução1 Revise o nome do experimento, o fluxo de trabalho da análise e o tamanho da leitura.

Esses parâmetros são especificados na planilha de amostra.

2 Revise os locais de pasta no canto inferior esquerdo.Se forem necessárias alterações, selecione Change Folders (Alterar pastas). Quando asalterações forem concluídas, selecione Save (Salvar) e depois Next (Próximo).

3 Selecione Next (Próximo). A tela Pre-Run Check (Verificação pré-execução) se abrirá.

Alteração de pastasOs locais das pastas atuais para receitas, planilhas de amostra, manifestos e pastas desaída são listados no canto inferior esquerdo da tela Review (Revisão). Para alterar oslocais das pastas, selecione Change Folders (Alterar pastas) e vá até o local de suapreferência. Usar esta opção na tela Review (Revisão) altera os locais das pastas somentepara a execução atual.

Analisar a verificação pré-execuçãoAntes de iniciar a execução, o sistema executa uma verificação de todos os componentes,espaço em disco e conexões de rede da execução.Se algum item não passar na verificação pré-execução, uma mensagem com instruçõessobre como corrigir o erro aparece na tela. Para obter mais informações, consulte Resolver oserros de configuração da execução na página 74.Quando todos os itens passarem na verificação pré-execução, selecione Start Run (Iniciarexecução).

Observações importantes antes do início da execuçãoADVERTÊNCIAO MiSeq é sensível à vibração. Tocar no instrumento depois de iniciar umaexecução pode afetar negativamente os resultados do sequenciamento.Depois de selecionar Start Run (Iniciar execução), não abra o compartimento dalâmina de fluxo ou as portas do compartimento do reagente nem toque no monitordo instrumento, exceto para pausar a execução. Para obter mais informações,consulte Pausar uma execução na página 72.ADVERTÊNCIACertifique-se de fechar todos os arquivos no MiSeq antes de iniciar uma execução enão os abra durante a execução.

Monito

raraexecução


Monitorara execução

1 Durante a execução, monitore o progresso, as intensidades e as pontuações dequalidade que aparecem na tela Sequencing (Sequenciamento). A tela Sequencing(Sequenciamento) é somente para exibição.Para monitorar a execução com maiores detalhes, use o Sequencing Analysis Viewer(SAV) instalado em outro computador independente do computador do instrumento.É necessária uma conexão de rede.Como alternativa, se você estiver conectado ao BaseSpace, você pode monitorar aexecução usando o SAV no BaseSpace.} Run Progress (Andamento da execução) — mostra o andamento da execução emuma barra de status e lista o número de ciclos concluídos.

} Intensity (Intensidade) — mostra o valor das intensidades de clusters do 90opercentil para cada bloco.

O gráfico na área de intensidade representa o número de blocos e o número desuperfícies cujas imagens estão sendo criadas:} Se a imagem da lâmina de fluxo for criada somente na superfície superior, umgráfico com uma coluna será exibido.

} Se a imagem da lâmina de fluxo for criada nas superfícies superior e inferior, umgráfico com duas colunas será exibido.

A Indica dois blocos, apenas na superfície superiorB Indica quatro blocos, nas superfícies superior e inferior

} Q-Score All Cycles (Q-Score de todos os ciclos) — mostra a porcentagem média debases superiores a Q30, que é uma medição da pontuação de qualidade (Q-score).Uma Q-score é uma previsão da probabilidade de uma identificação de bases errada.As Q-scores são calculadas após o ciclo 25.

Q-Score Probabilidade de identificação de baseserrada

Q40 1 em 10.000Q30 1 em 1.000Q20 1 em 100Q10 1 em 10

} Cluster Density (Densidade de clusters) (K/mm²) — mostra o número de clusters pormilímetro quadrado para a execução.

} Clusters Passing Filter (Clusters que passam o filtro) (%) — mostra a porcentagemde clusters que passam o filtro com base no filtro de pureza da Illumina, que mede aqualidade. Esses dados aparecem somente após o ciclo 25.

OBSERVAÇÃOA pureza de uma identificação de bases é a relação entre a intensidade do maior sinaldividido pela soma dos dois maiores sinais. Se houver mais de uma identificação debases com valor de pureza inferior a 0,6 nos primeiros 25 ciclos, as leituras não passarãono filtro de qualidade.

Seq

uenciamento


} Estimated Yield (Rendimento estimado) (Mb) — mostra o número projetado de baseschamadas para a execução, medido em megabases. Esses dados aparecem somenteapós o ciclo 25.

2 Quando a execução for concluída, aparece o botão Next (Próximo). Revise os resultadosna tela Sequencing (Sequenciamento) antes de prosseguir.

OBSERVAÇÃOA tela Sequencing (Sequenciamento) permanece visível até que o botão Next(Próximo) seja selecionado. Depois que o botão Next (Próximo) é selecionado, não épossível retornar à tela Sequencing (sequenciamento).

3 Selecione Next (Próximo) para sair da tela Sequencing (Sequenciamento) e prosseguirpara uma limpeza após a execução.

Geração do modeloA geração de modelo de posições dos clusters é o processo pelo qual as posições dosclusters em toda a superfície da lâmina de fluxo são definidas de acordo com a posiçãodas coordenadas X e Y. O Real Time Analysis (RTA) usa os primeiros ciclos de umaexecução para a geração de modelos.Após o modelo das posições dos clusters ser gerado, as imagens produzidas ao longo decada ciclo subsequente da geração de imagens são alinhadas em comparação com omodelo. As intensidades individuais dos clusters em todos os quatro canais de cor denucleotídeos extraídos e as identificações de bases são produzidas a partir dasintensidades normalizadas dos clusters.

Métricas da execuçãoAs métricas de execução aparecem na tela Sequencing (Sequenciamento) em pontosdiferentes em uma execução. Durante as etapas de clusterização, não aparece nenhumamétrica.Após o início do sequenciamento, as seguintes métricas aparecem nos ciclos indicados:

Métrica Kit CicloIntensity (Intensidade) Kits de reagentes do MiSeq, v3

Kits de reagentes do MiSeq, v2Kits de reagentes do MiSeq, v1

Ciclo 1-7Ciclo 1-4Ciclo 1-4

Intensity and Cluster Density(Intensidade e densidade dosclusters)

Kits de reagentes do MiSeq, v3Kits de reagentes do MiSeq, v2Kits de reagentes do MiSeq, v1

Ciclo 8-25Ciclo 5-25Ciclo 5-25

Intensity (Intensidade), ClusterDensity (Densidade dos clusters), %PF (% PF), Yield (Rendimento) eQ-scores (Pontuações Q)

Kits de reagentes do MiSeq, v3Kits de reagentes do MiSeq, v2Kits de reagentes do MiSeq, v1

Ciclo 26 até aconclusão daexecução

Para obter especificações de execução do MiSeq, visite a página de especificações dosistema MiSeq, no site da Illumina (www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn).



Monito

raraexecução


Resultados da análise de RTAO resultado da análise do RTA de uma execução de sequenciamento é um conjunto dearquivos de identificação de bases avaliados por qualidade (*.bcl), gerados a partir dosarquivos de imagem bruta. Para obter uma lista de arquivos e pastas do RTA, consultePastas e arquivos do RTA na página 86.

Seq

uenciamento


Realizaruma limpeza após aexecução

A limpeza após a execução é a limpeza padrão do instrumento realizada entre execuçõesdo sequenciamento. Sempre realize uma limpeza no instrumento depois de completar umaexecução. Siga as instruções do software para carregar os componentes e realizar alimpeza. Cada limpeza após a execução demora aproximadamente 20 minutos.Comece a limpeza imediatamente após a conclusão de uma execução. Uma lavagem doinstrumento é necessária antes que você possa configurar uma execução posterior. Paraexecutar uma limpeza após a execução em um momento que não seja diretamente apósuma execução, use o comando na tela Perform Wash (Realizar limpeza) para iniciar alimpeza.

OBSERVAÇÃODeixe a lâmina de fluxo usada no instrumento. Uma lâmina de fluxo deve ser carregada noinstrumento para a realização de uma limpeza.

Limpezas regulares no instrumento garantem um desempenho contínuo das seguintesformas:} Remove os reagentes remanescentes das linhas de fluxo de reagentes e dos aspiradores

de líquidos} Impede o acúmulo de sal e a cristalização nas linhas de fluxo de reagentes e nos

aspiradores de líquidos} Impede a contaminação cruzada com a execução anteriorSe você estiver usando o MCS v2.5 ou posterior, terá a opção de realizar uma limpeza apósa execução que inclui uma limpeza de linha do modelo com solução de hipoclorito desódio (NaOCl). A limpeza dura aproximadamente 30 minutos. Consulte Procedimento comlimpeza da linha de modelo na página 49.

OBSERVAÇÃOSe você estiver usando o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS , realize limpezas após a execuçãoque incluem uma limpeza de modelo. Consulte Procedimento com limpeza da linha de modelo napágina 49.

Materiais de consumo} Tween 20} Água aprovada para uso em laboratório} NaOCl (use com uma limpeza após a execução que inclui uma limpeza de linha do

modelo)} Tubo MiSeq (n.º de peça MS-102-9999) (para limpezas após a execução que incluem

uma limpeza de linha do modelo)

Procedimento1 Prepare a solução de limpeza fresca com Tween 20 e água aprovada para uso em

laboratório da seguinte maneira.

a Adicione 5 ml de Tween 20 100% a 45 ml de água aprovada para uso emlaboratório. Esses volumes resultam em Tween 20 a 10%.

b Adicione 25 ml de Tween 20 a 10% a 475 ml de água aprovada para uso emlaboratório. Esses volumes resultam em uma solução de limpeza de Tween 20 a0,5%.

c Inverta cinco vezes para misturar.

Realizar

umalim

peza

apósaexecução


2 Prepare os componentes de limpeza com a solução de limpeza fresca da seguintemaneira.

a Adicione 6 ml da solução de limpeza em cada reservatório da bandeja de limpeza.b Adicione 350 ml da solução de limpeza no frasco de limpeza de 500 ml.

3 Quando a execução for concluída, selecione Start Wash (Iniciar limpeza). O softwarelevanta automaticamente os aspiradores de líquidos do refrigerador de reagentes.Não selecione Perform optional template line wash (Executar limpeza de linha domodelo opcional) na tela Post-Run wash (Limpeza após a execução). A limpeza dalinha de modelo requer um procedimento diferente. Consulte Procedimento com limpezada linha de modelo na página 49.

4 Abra a porta do compartimento de reagentes, a porta do refrigerador de reagentes eremova o cartucho de reagentes usado do refrigerador.

5 Deslize a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes até o fundo e feche a portado refrigerador de reagentes.

6 Levante a alça do aspirador de líquidos na frente do frasco do PR2 e do frasco deresíduos até que ela trave.

7 Remova o frasco do PR2 e substitua-o pelo frasco de limpeza.

OBSERVAÇÃODescarte o frasco do PR2 após cada execução. Não reutilize nenhum PR2 que sobrar.

8 Remova o frasco de resíduos e descarte o conteúdo de forma apropriada. Coloque ofrasco de resíduos de volta no compartimento de reagentes.


9 Abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos, deixando que o aspirador desça atéos frascos de limpeza e de resíduos.


11 Selecione Next (Próximo). A limpeza após a execução iniciará.Quando a limpeza estiver concluída, deixe no instrumento a lâmina de fluxo, a bandeja e ofrasco de limpeza usados contendo a solução de limpeza restante.

OBSERVAÇÃOOs aspiradores de líquidos permanecem na posição para baixo, o que é normal. Deixe asolução de limpeza não utilizada na bandeja e no frasco de limpeza, para evitar que osaspiradores de líquidos sequem e que entre ar no sistema.

Procedimento com limpeza da linha de modelo1 Prepare a solução de limpeza fresca com Tween 20 e água aprovada para uso em

laboratório da seguinte maneira.



Seq

uenciamento




2 Prepare uma solução de limpeza fresca de NaOCl com água aprovada para uso emlaboratório da seguinte maneira.

a Adicione 36 µl de NaOCl a 5% a 864 µl de água aprovada para uso emlaboratório. Esses volumes resultam em uma diluição 1:25 de NaOCl.

b Adicione 50 µl da diluição 1:25 de NaOCl a 950 µl de água aprovada para uso emlaboratório em um tubo MiSeq (n.º de peça MS-102-9999).

OBSERVAÇÃOÉ importante usar a concentração correta de NaOCl. Verifique a porcentagem de NaOClno rótulo do produto. Se a concentração for alta demais, ela pode levar à falha daclusterização nas execuções subsequentes. Se NaOCl a 5% não estiver disponível, façauma solução de 1 ml de NaOCl a 0,01% em água aprovada para uso em laboratório. Nãouse NaOCl com uma limpeza de manutenção ou uma de espera.

3 Prepare os componentes de limpeza com a solução de limpeza fresca da seguinteforma:


4 Insira o tubo MiSeq contendo a solução de limpeza com NaOCl a 0,01% na posição 17da bandeja de limpeza até que o pescoço do tubo seja lavado com a bandeja. O tubodesloca o Tween 20 e a solução de limpeza com água aprovada para uso emlaboratório da posição 17.

Figura 19 Tubo MiSeq na posição 17 da bandeja de limpeza

OBSERVAÇÃOInsira o tubo MiSeq com NaOCl somente na posição 17 da bandeja. A inserção do tuboem outra posição pode causar falha na clusterização quando ocorrerem as próximasexecuções, além de poder danificar o sistema de fluxo de reagentes do instrumentoMiSeq.

5 Quando a execução for concluída, selecione Start Wash (Iniciar limpeza). O softwarelevanta automaticamente os aspiradores de líquidos do refrigerador de reagentes.

6 Selecione Perform optional template line wash (Realizar limpeza da linha de modeloopcional) na tela Post-Run Wash (Limpeza após a execução).Ao usar o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS, a opção Perform optional template linewash (Realizar limpeza de linha de modelo opcional) já estará selecionada para você.O MCS verifica o tipo de limpeza após a execução realizado após cada execução. SePerform optional template line wash (Realizar limpeza da linha de modelo opcional)não estiver selecionada para a limpeza após a execução, uma mensagem na tela Run

Realizar

umalim

peza

apósaexecução


Review (Revisão da execução) irá lembrá-lo(a) na próxima vez que for iniciada umaexecução de sequenciamento.

7 Abra a porta do compartimento de reagentes, a porta do refrigerador de reagentes eremova o cartucho de reagentes usado do refrigerador.

8 Deslize a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes até o fundo e feche a portado refrigerador de reagentes.

9 Levante a alça do aspirador de líquidos na frente do frasco do PR2 e do frasco deresíduos até que ela trave.

10 Remova o frasco do PR2 e substitua-o pelo frasco de limpeza.

OBSERVAÇÃODescarte o frasco do PR2 após cada execução. Não reutilize nenhum PR2 que sobrar.



12 Abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos, deixando que o aspirador desça atéos frascos de limpeza e de resíduos.


14 Selecione Next (Próximo). A limpeza após a execução iniciará.Quando a limpeza estiver concluída, deixe no instrumento a lâmina de fluxo, a bandeja e ofrasco de limpeza usados contendo a solução de limpeza restante.

OBSERVAÇÃOOs aspiradores de líquidos permanecem na posição para baixo, o que é normal. Deixe asolução de limpeza não utilizada na bandeja e no frasco de limpeza, para evitar que osaspiradores de líquidos sequem e que entre ar no sistema.


Capítulo4


Capítulo 4 Manutenção

Manutenção

Frequência da manutenção 54Frequência de manutenção para o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS 55Realizar uma limpeza de manutenção 56Realizar uma limpeza de espera 59Gerenciar arquivos 62Atualizações de software 64Desligar o instrumento 65

Manutenção


Frequência damanutenção

Realize os seguintes procedimentos de manutenção nos intervalos recomendados.

OBSERVAÇÃOSe executar o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS, certifique-se de seguir as orientações defrequência de manutenção para o VeriSeq PGS. Consulte Frequência de manutenção para o fluxode trabalho do VeriSeq PGS na página 55.

Atividade Frequência

Post-Run Wash(Limpeza após aexecução)

Após cada execução

Maintenance Wash(Limpeza demanutenção)

Mensal

Standby Wash (Limpezade espera)

Para se preparar para o modo ocioso (se não for utilizadopor ≥ sete dias) e a cada 30 dias, o instrumento permaneceinativo

Instrument Shutdown(Desligamento doinstrumento)

Conforme necessário

Tabela 2 Manutenção durante o funcionamento normal


Standby Wash (Limpeza de espera) Mensal

Instrument Shutdown (Desligamentodo instrumento)


Tabela 3 Manutenção durante o modo ocioso (sem utilização por ≥ 7 dias)

Freq

uênciademanutenção

para

ofluxo

detrab

alhodoVeriS

eqPGS


Frequência demanutençãoparao fluxode trabalhodoVeriSeqPGS

Se realizar o fluxo de trabalho do VeriSeq PGS , execute os seguintes procedimentos demanutenção nos intervalos recomendados.


Post-Run Wash (Limpeza após a execução) Após cada execução

Maintenance Wash (Limpeza de manutenção) Mensal

Post-Run Wash (Limpeza após a execução), a partirda tela Perform Wash (Realizar limpeza)

Depois do modo ocioso (nãoutilizado por > de três dias)

Standby Wash (Limpeza de espera) Para se preparar para o modoocioso (se não for utilizadopor ≥ sete dias) e a cada 30dias, o instrumentopermanece inativo

Instrument Shutdown (Desligamento doinstrumento)


Tabela 4 Manutenção durante o funcionamento normal


Standby Wash (Limpeza de espera) Mensal

Instrument Shutdown (Desligamento doinstrumento)


Tabela 5 Manutenção durante o modo ocioso (sem utilização por ≥ 7 dias)

Manutenção


Realizaruma limpezademanutenção

Realize uma limpeza de manutenção a cada 30 dias para garantir o desempenho ideal.Cada limpeza de manutenção demora aproximadamente 90 minutos para ser concluída.A limpeza inclui uma série de três etapas de limpeza que lavam todo o sistema.É possível configurar seu instrumento para realizar uma limpeza de manutenção entre asexecuções. Para obter mais informações, consulte Personalizar configurações do sistema napágina 21.

Materiais de consumo fornecidos pelo usuário} Tween 20 (Sigma-Aldrich, nº do catálogo P7949)} Água aprovada para uso em laboratório

Procedimento1 Verifique se uma lâmina de fluxo usada está carregada no instrumento.

2 Na tela Home (Página inicial), selecione Perform Wash (Realizar limpeza).

3 Na tela Perform Wash (Realizar limpeza), selecioneMaintenance Wash (Limpeza demanutenção). O software levanta automaticamente os aspiradores de líquidos dorefrigerador de reagentes.

Realização da primeira limpeza1 Prepare uma solução de limpeza fresca com Tween 20 e água aprovada para uso em

laboratório da seguinte maneira:






3 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza no instrumento:

a Abra a porta do compartimento de reagentes e a porta do refrigerador de reagentese remova do refrigerador o cartucho de reagentes usado ou a bandeja de limpezausada.

b Insira a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes fazendo-a deslizar até elaparar. Feche a porta do refrigerador de reagentes.

c Levante a alça do aspirador de líquidos na frente do frasco de resíduos e do frascodo PR2 até que ela trave e substitua o frasco do PR2 por um frasco de limpeza.

Realizar

umalim

peza

demanutenção


OBSERVAÇÃODescarte o frasco do PR2 após cada execução. Não reutilize nenhum PR2 quesobrar.

d Remova o frasco de resíduos e descarte o conteúdo de forma apropriada. Coloque ofrasco de resíduos de volta no compartimento de reagentes.

e Abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos, deixando que o aspirador desçaaté os frascos de limpeza e de resíduos.

f Feche a porta do compartimento de reagentes.

4 Selecione Next (Próximo). A primeira limpeza é iniciada.

Realização da segunda limpezaOBSERVAÇÃOUtilize sempre uma solução de limpeza fresca para cada etapa de limpeza.A reutilização da solução de limpezas anteriores pode devolver resíduos para aslinhas de fluxo de reagentes.

1 Prepare a solução de limpeza fresca com Tween 20 e água aprovada para uso emlaboratório da seguinte maneira:




2 Quando a primeira limpeza for concluída, remova a bandeja e o frasco de limpeza edescarte a solução de limpeza restante.

3 Encha os componentes de limpeza com a solução de limpeza fresca da seguinte forma:


4 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza da seguinte forma:

a Insira a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes fazendo-a deslizar até elaparar. Feche a porta do refrigerador de reagentes.

b Carregue o frasco de limpeza e abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos,fazendo o aspirador descer até os frascos de limpeza e de resíduos.

c Feche a porta do compartimento de reagentes.

5 Selecione Next (Próximo). A segunda limpeza é iniciada.

Manutenção


Realização da limpeza final1 Prepare a solução de limpeza fresca com Tween 20 e água aprovada para uso em





2 Quando a segunda limpeza for concluída, remova a bandeja e o frasco de limpeza edescarte a solução de limpeza restante.







5 Selecione Next (Próximo). A limpeza final é iniciada.

Após a limpezaQuando a limpeza estiver concluída, deixe no instrumento a lâmina de fluxo, a bandeja e ofrasco de limpeza usados contendo a solução de limpeza restante.

OBSERVAÇÃOOs aspiradores de líquidos permanecem na posição para baixo, o que é normal. Deixea solução de limpeza não utilizada na bandeja e no frasco de limpeza, para evitar queos aspiradores de líquidos sequem e que entre ar no sistema.

Realizar

umalim

peza

deesp

era


Realizaruma limpezadeespera

Quando não há planos de usar o instrumento nos próximos sete dias, prepare as linhas deinstrumento e de fluxo de reagentes de instrumento para ficarem ociosas por meio darealização de uma limpeza de espera. Execute uma limpeza de espera a cada 30 dias que oinstrumento ficar ocioso.Cada limpeza de espera demora aproximadamente duas horas para ser concluída. Umalimpeza executa duas limpezas consecutivas que lavam todas as posições dos reagentesremanescentes ou do acúmulo de sal. Cada limpeza demora aproximadamente 60 minutos.Quando a limpeza de espera estiver concluída, o instrumento entrará no modo de espera,e aparecerá uma mensagem na tela Home (Página inicial) indicando o status doinstrumento. Quando o instrumento estiver no modo de espera, uma limpeza demanutenção deverá ser executada antes do início de uma execução de sequenciamento.

Materiais de consumo fornecidos pelo usuário} Tween 20 (Sigma-Aldrich, nº do catálogo P7949)} Água aprovada para uso em laboratório

Procedimento1 Certifique-se de que uma lâmina de fluxo usada esteja carregada no instrumento.


3 Na tela Wash Options (Opções de limpeza), selecione Standby Wash (Limpeza deespera). O software levanta automaticamente os aspiradores de líquidos do refrigeradorde reagentes.

Realização da primeira limpeza1 Prepare uma solução de limpeza fresca com Tween 20 e água aprovada para uso em







3 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza no instrumento:

a Abra a porta do compartimento de reagentes e a porta do refrigerador de reagentese remova do refrigerador o cartucho de reagentes usado ou a bandeja de limpezausada.

b Insira a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes fazendo-a deslizar até elaparar. Feche a porta do refrigerador de reagentes.

Manutenção


c Levante a alça do aspirador de líquidos na frente do frasco de resíduos e do frascodo PR2 até que ela trave e substitua o frasco do PR2 por um frasco de limpeza.

OBSERVAÇÃODescarte o frasco do PR2 após cada execução. Não reutilize nenhum PR2 quesobrar.

d Remova o frasco de resíduos e descarte o conteúdo de forma apropriada. Coloque ofrasco de resíduos de volta no compartimento de reagentes.

e Abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos, deixando que o aspirador desçaaté os frascos de limpeza e de resíduos.

f Feche a porta do compartimento de reagentes.

4 Selecione Next (Próximo). A primeira limpeza é iniciada.

Realização da segunda limpezaOBSERVAÇÃOUtilize sempre uma solução de limpeza fresca para cada etapa de limpeza.A reutilização da solução de limpezas anteriores pode devolver resíduos para aslinhas de fluxo de reagentes.

1 Prepare a solução de limpeza fresca com Tween 20 e água aprovada para uso emlaboratório da seguinte maneira:




2 Quando a primeira limpeza for concluída, remova a bandeja e o frasco de limpeza edescarte a solução de limpeza restante.







5 Selecione Next (Próximo). A segunda limpeza é iniciada.

Realizar

umalim

peza

deesp

era


Após a limpezaQuando a limpeza estiver concluída, deixe no instrumento a lâmina de fluxo, a bandeja e ofrasco de limpeza usados contendo a solução de limpeza restante.

OBSERVAÇÃOOs aspiradores de líquidos permanecem na posição para baixo, o que é normal. Deixea solução de limpeza não utilizada na bandeja e no frasco de limpeza, para evitar queos aspiradores de líquidos sequem e que entre ar no sistema.

Manutenção


Gerenciar arquivos

Acesse o recurso Manage Files (Gerenciar arquivos) na tela Home (Página inicial) paramover, carregar, apagar arquivos ou renomear folhas de exemplo no computador doinstrumento.

Excluir arquivos1 Em qualquer guia da tela Manage Files (Gerenciar arquivos), selecione Browse

(Procurar) para ir até os arquivos acessíveis ao instrumento.

2 Selecione dentre as seguintes opções:} Selecione a caixa de seleção ao lado dos arquivos individuais ou das pastas na lista.} Selecione a caixa de seleção à esquerda do botão Delete (Excluir) para excluir todosos arquivos e todas as pastas na lista. O comando Delete all (Excluir tudo) estádisponível para planilhas de amostra, manifestos, genomas e receitas.

3 Selecione Delete (Excluir).

OBSERVAÇÃOO comando Delete (Excluir) está disponível em todas as guias, com exceção da guia BundleLogs (Agrupar logs).

Mover pastas de execuçãoO comando Move (Mover) copia a pasta de execução para o novo local e depois exclui apasta do local anterior.

1 Na guia Runs (Execuções) da tela Manage Files (Gerenciar arquivos), selecione Browse(Procurar) para ir aos arquivos que podem ser acessados pelo instrumento.

2 Selecione a caixa de seleção ao lado dos arquivos individuais ou das pastas na lista.

3 SelecioneMove (Mover).

4 Selecione Browse Network (Procurar rede) e um novo local para os arquivos ou aspastas.

5 Selecione OK.

Fazer upload de arquivosO comando Upload (Fazer upload) está disponível para planilhas de amostras, manifestos,genomas e receitas. Se o MiSeq não está conectado a uma rede, use esse recurso para fazerupload de arquivos para o computador do instrumento a partir de uma unidade USB.

1 Na guia da tela Manage Files (Gerenciar arquivos), selecione Browse (Procurar) paranavegar até os arquivos que podem ser acessados pelo instrumento.

2 Selecione Upload (Fazer upload).

3 Selecione Browse Network (Procurar rede) e navegue até o local em uma unidade USBonde o arquivo reside.

4 Selecione OK.O arquivo é carregado para a pasta indicada no campo Directory (Diretório).

Gerenciar

arquivo

s


Renomear planilhas de amostras1 Na guia Sample Sheets (Planilhas de amostras) da tela Manage Files (Gerenciar

arquivos), selecione dentre as seguintes opções:} Selecione a caixa de seleção ao lado das planilhas de amostras individuais.} Selecione a caixa de seleção à esquerda do botão Delete (Excluir) para renomeartodas as planilhas de amostras na lista.

2 Selecione Rename (Renomear).

3 Selecione o ícone do teclado e use o teclado na tela para renomear as planilhas deamostras.


5 Selecione Back (Voltar).

Manutenção


Atualizações de software

Caso seu sistema esteja conectado a uma rede com acesso à Internet, será possível atualizarautomaticamente o software do instrumento na tela Home (Página inicial). Você tambémpode configurar o software para verificar automaticamente se há atualizações doBaseSpace. Para obter mais informações, consulte Configurar as notificações de atualizações doBaseSpace na página 22.Se o instrumento não estiver conectado a uma rede com acesso à Internet, será possívelatualizar o software manualmente.

Atualizar software automaticamenteO botão Update Available (Atualização disponível) aparecerá na tela Home (Páginainicial) quando houver atualizações do software disponíveis. Caso contrário, esse botãonão estará visível. Verifique se o MiSeq está conectado a uma rede com acesso à Internetpara habilitar essa opção.

1 Na tela Home (Página inicial), selecione Update Available (Atualização disponível).

2 Confirme o comando para atualizar na caixa de diálogo.É necessário reiniciar o instrumento. A instalação da atualização será iniciadaautomaticamente depois da reinicialização.

Atualizar software manualmenteUse o recurso Manual Update (Atualização manual) para atualizar o software de controledo instrumento e o de análise a partir da interface do MiSeq indo para o local do arquivodo software instalável.


2 Selecione Software Update (Atualização de software).

3 Selecione Browse (Procurar) para ir ao local em que o arquivo instalável para a novaversão do software está localizado.

4 Quando o caminho para o arquivo do software instalável aparecer na tela, selecioneSave and Update (Salvar e atualizar).

5 Confirme o comando para atualizar na caixa de diálogo.É necessário reiniciar o instrumento. A instalação da atualização será iniciadaautomaticamente depois da reinicialização.

Deslig

aroinstrum

ento


Desligaro instrumento

É melhor deixar o instrumento ligado em todos os momentos. No entanto, se o instrumentotiver que ser desligado, use o procedimento a seguir para desligar o Windows e preparar aslinhas do fluxo de reagentes.

1 Realize uma limpeza de manutenção. Para obter mais informações, consulte Realizaruma limpeza de manutenção na página 56.




5 Selecione Shut Down (Desligar).Esse comando finaliza o software.

6 Coloque o interruptor na posição OFF (Desligado).OBSERVAÇÃOToda vez que desligar o instrumento, espere no mínimo 60 segundos antes decolocar o interruptor na posição ON (Ligado).

ApêndiceA


Apêndice A Solução de problemas

Soluçãodeproblemas

Introdução 68Agrupar logs para solução de problemas 69Executar uma verificação do sistema 70Live Help (Ajuda ao vivo) 71Pausar ou interromper uma execução 72Levantar manualmente os aspiradores de líquidos do cartucho de reagente 73Resolver os erros de configuração da execução 74Resolver a falha de leitura de RFID 75Solucionar erro da taxa de fluxo 77Realizar um teste de volume 78Medir os volumes de enxágue esperados 80Definir as configurações do sistema 81



Introdução

Esta seção descreve as etapas comuns para solução de problemas a serem seguidas antesde entrar em contato com o suporte técnico da Illumina. Para a maioria dos erros, umamensagem aparece na tela com instruções para a correção do erro.Em caso de dúvidas técnicas, visite as páginas de suporte do MiSeq no site da Illuminapara ter acesso às perguntas mais frequentes ou faça login em sua conta MyIllumina paraacessar os boletins de suporte.Em caso de problemas com a qualidade ou o desempenho da execução, entre em contatocom o suporte técnico da Illumina. Para obter mais informações, consulte Assistência técnicana página 91.Illumina Os representantes de suporte técnico normalmente solicitam cópias de arquivosespecíficos para a execução para fins de solução de problemas. Você pode usar a guiaBundle Logs (Agrupar logs), na tela Manage Files (Gerenciar arquivos), para combinar ecompactar os arquivos necessários para a solução de problemas. Consulte Agrupar logspara solução de problemas na página 69.

Agrup

arlogspara

solução

deproblem

as


Agrupar logs para soluçãodeproblemas

Bundle Logs (Agrupar logs) é um recurso que agrupa arquivos para enviar para o suportetécnico da Illumina para resolução de problemas. Use a guia Bundle Logs (Agrupar logs)na tela Manage Files (Gerenciar arquivos) para selecionar um grupo de arquivos, chamadode bundle (pacote). O pacote é compactado automaticamente.

O recurso Bundle Logs (Agrupar logs) agrupa os arquivos de uma execução em um tipo depacote por vez. Repita o procedimento Bundle Logs (Agrupar logs) para cada execução etipo de pacote que o suporte técnico da Illumina solicitar.

1 Na tela Manage Files (Gerenciar arquivos), selecione a guia Bundle Logs (Agruparlogs).

2 Selecione Browse (Procurar) para ir até o local da pasta MiSeqOutput.

3 Clique na caixa azul ao lado da execução e no círculo azul ao lado do tipo de pacotesolicitado pelo suporte técnico da Illumina.

4 Selecione Bundle Logs (Agrupar logs).A tela Bundle Files (Agrupar arquivos) é aberta com informações sobre o pacote e comuma lista de arquivos contidos no pacote.Para obter mais informações sobre pastas e arquivos do recurso Bundle Logs (Agruparlogs), consulte o Cartão de referência rápida de pastas de análise e saída do MiSeq (n.º dedocumento 15034791).


6 Vá para o local em que você deseja salvar os arquivos compactados do pacote.

7 Selecione Save (Salvar).Ao final do agrupamento, a guia Bundle Logs (Agrupar logs) é reaberta.

8 Envie o pacote compactado para o suporte técnico da Illumina.

Figura 20 Guia Bundle Logs (Agrupar logs)



Executarumaverificaçãodosistema

A tela System Check (Verificação do sistema) é normalmente usada para se conectar comum representante do suporte técnico da Illumina durante uma sessão Live Help (Ajuda aovivo). O uso desse recurso não é necessário durante a operação normal ou para amanutenção do instrumento.Algumas verificações do sistema podem ser realizadas antes de se entrar em contato com osuporte técnico da Illumina, como o teste de volume. Um teste de volume verifica aintegridade do sistema de fluxo de reagentes estimando o volume do fluxo enquanto asbolhas passam pelos sensores. Para obter mais informações, consulte Realizar um teste devolume na página 78.


2 Selecione System Check (Verificação do sistema).

3 Selecione os testes que deseja executar.

4 Selecione Next (Próximo).Quando concluídos, os resultados do teste aparecem na tela.

5 [Opcional] Selecione Show Details (Mostrar detalhes) para ver um resumo dosresultados na interface do software.

6 [Opcional] Selecione Export Results (Exportar resultados) para exportar os resultadosem formato de arquivo *.csv para uma unidade USB.

7 Selecione Done (Concluído).

LiveHelp

(Ajud

aao

vivo)


LiveHelp (Ajuda aovivo)

O MiSeq deve estar conectado a uma rede com acesso à Internet para ativar o Live Help(Ajuda ao vivo). O recurso Live Help (Ajuda ao vivo) é uma ferramenta de ajuda on-lineque permite que um representante do suporte técnico da Illumina visualize a tela do MiSeqcom sua permissão e compartilhe o controle do instrumento. Você tem controle sobrequaisquer alterações, e pode terminar a sessão de compartilhamento de tela a qualquermomento.Acesse o Live Help (Ajuda ao vivo) pelo ícone de ajuda na tela Home (Página inicial).

Figura 21 Menu de ajuda

Para habilitar uma conexão, obtenha um código de acesso exclusivo do suporte técnico daIllumina, digite esse código na tela Live Help (Ajuda ao vivo) e selecione Next (Próximo).

Figura 22 Tela Live Help (Ajuda ao vivo)



Pausarou interromperumaexecução

O MiSeq foi projetado para completar uma execução do início ao fim, sem a intervenção dousuário. No entanto, é possível pausar ou interromper uma execução na tela Sequencing(Sequenciamento).

Pausar uma execuçãoÉ possível pausar temporariamente uma execução antes de ela ser concluída. Por exemplo,é possível pausar uma execução em caso de suspeita do frasco de resíduos estar cheio.Você pode retomar uma execução em pausa.

CUIDADONão pause uma execução durante a clusterização nem nos primeiros oito ciclos dosequenciamento. Não é possível retomar uma execução que foi pausada durante essaetapa. ConsulteMétricas da execução na página 46 para ver informações de ciclos de kitsde cartucho de reagente do MiSeq.

Quando você selecionar Pause (Pausa), o comando atual será concluído, e em seguida aexecução será pausada e a lâmina de fluxo será colocada em um estado seguro.Para pausar uma execução na tela Sequencing (Sequenciamento), selecione Pause (Pausa).O botão mudará para Resume (Continuar). Quando estiver pronto para continuar aexecução, selecione Resume (Continuar).

Figura 23 Tela da sequência de uma execução em pausa

Interromper uma execuçãoVocê pode parar uma execução durante o sequenciamento antes que a execução tenha sidoconcluída usando o botão Stop (Parar) na tela Sequencing (Sequenciamento). A execuçãopoderá ser interrompida se tiver sido configurada incorretamente, se a qualidade dosdados for ruim ou se houver um erro de hardware.Quando uma execução for interrompida, o comando atual não será concluído, e o estágioda lâmina de fluxo se movimentará para a frente. O software Real-time Analysis continuaa análise do último ciclo completo.

Levantarmanualm

enteosasp

iradores

delíquid

osdocartucho

dereag

ente


Figura 24 Parada de uma execução

A interrupção de uma execução é definitiva. Uma execução interrompida não pode serretomada. A única opção é seguir para uma limpeza no instrumento.

Levantarmanualmente os aspiradores de líquidos docartuchode reagente

Os aspiradores de líquidos do cartucho de reagente poderão não se levantarautomaticamente se uma execução for interrompida inesperadamente ou ocorrer um errodurante a execução. Para remover o cartucho de reagente, eleve os aspiradores de líquidosdo cartucho de reagente manualmente.


2 Selecione Raise Sippers (Levantar aspiradores de líquidos).

3 Remova o cartucho de reagente.



Resolveros erros de configuraçãodaexecução

Se a verificação da pré-execução encontrar alguma falha, um ícone vermelho apareceráao lado do item. A mensagem que aparece na tela descreve o erro e como corrigi-lo.

Erro AçãoFlow Rate Measured (Taxa

de fluxo medida)A tela de verificação da taxa de fluxo se abre. Use a lista suspensa ou o teclado datela para inserir as seguintes informações:• Solução: PR2• Volume: 250• Taxa de aspiração: 2500• Taxa de dispensação: 2500Selecione Pump (Bombear). Se o erro persistir, defina o volume para bombear500 µl PR2 e repita o processo. Quando os fluidos tiverem sido bombeados,selecione Restart Check (Reiniciar verificação).Quando a verificação pré-execução for bem-sucedida, o botão Start Run (Iniciarexecução) ficará ativo.Se a verificação de fluxo falhar novamente, recoloque a lâmina de fluxo paracertificar-se de que não haja interrupção no fluxo por causa de desalinhamento.Inspecione se há fiapos ou irregularidades na junta da lâmina de fluxo.

Free Disk Space (Espaçoem disco livre)

Se o espaço em disco estiver baixo, uma mensagem aparecerá indicando quantoespaço em disco é necessário. Use o recursoManage Files (Gerenciar arquivos)para liberar o espaço necessário no computador do instrumento.

Network ConnectionActive (Conexão de redeativa)

Verifique se o cabo de rede está conectado ao instrumento.Se a conexão de rede não for restaurada, selecione Reboot (Reiniciar) na telaManage Instrument (Gerenciar instrumento) para reiniciar o software.Se a conexão ainda não for restaurada, selecione Shut Down (Desligar) na telaManage Instrument (Gerenciar instrumento) e depois desligue o instrumentousando o interruptor. Aguarde pelo menos 60 segundos e depois ligue oinstrumento e inicie o software.

Primary Analysis Ready(Análise primária pronta)

A análise primária da execução anterior não está completa. O tempo padrão paraque a análise primária seja completada é de 1 hora, e uma contagem regressivaaparece na tela. As opções são esperar 1 hora ou selecionar Terminate Analysis(Finalizar análise). Isso fará parar a análise secundária dos eventuais ciclosincompletos.

Sample Sheet Present(Planilha de amostraspresente)

Se você não nomeou sua planilha de amostras com a ID do cartucho dereagentes para a execução, o instrumento não conseguirá localizarautomaticamente a planilha de amostras adequada. Navegue até a planilha deamostras para sua execução.Se você nomeou sua planilha de amostras com a ID do cartucho de reagentespara a execução, verifique se a planilha de amostras está localizada na pasta deplanilha de amostras padrão. Verifique o local da pasta padrão em Run Options(Opções de execução) na tela Home (Página inicial).Verifique se a extensão de arquivo da planilha de amostras é *.csv.Se estiver faltando a planilha de amostras, crie uma e copie-a para os locais deplanilhas de amostras especificados em Run Options (Opções de execução).Quando você localizar uma planilha de amostras, selecione Restart Check(Reiniciar verificação).

Reso

lverafalha

deleitura

deRFID


Resolvera falha de leitura deRFID

No caso do sistema não poder ler o RFID de um material de consumo, é possível obter umcódigo de desvio temporário no site da Illumina. O código de desvio temporário expira emsete dias.

1 Selecione sempre Retry (Repetir) antes de prosseguir. Se o RFID falhar outra vez,selecione Get Code (Obter código).

2 Em um computador com acesso à Internet, acesse o site my.illumina.com e faça loginem sua conta MyIllumina.

3 Na página do MyIllumina, clique em Account (Conta). Na coluna Resources(Recursos), clique em MiSeq Self-Service (Autosserviço do MiSeq).

4 Na página MiSeq Self-Service (Autosserviço do MiSeq), digite o número de série doMiSeq.

5 Na lista suspensa Type of Override Code (Tipo de código de substituição), selecioneRFID Override (Substituição de RFID).

Figura 25 Página MiSeq Self-Service (Autosserviço do MiSeq)

6 Para gerar o código, selecione Get Code (Obter código).

7 Retorne para a interface do MCS e selecione Enter Code (Inserir código).

8 Digite o código de desvio temporário usando o teclado da tela e depois selecione Next(Próximo).

9 Digite o número do código de barras da lâmina de fluxo, frasco de PR2 ou cartucho dereagentes.

Material deconsumo

Local do número do código de barras

Lâmina de fluxo Acima do código de barras no rótulo do receptáculo da lâmina de fluxo.Os números do código de barras da lâmina de fluxo começam com A(padrão), G (micro) ou D (nano). Exemplo: A0E61

Frasco de PR2 Abaixo do código de barras no rótulo do frasco de PR2.Exemplo: MS0011881-PR2

Cartucho dereagentes

Abaixo do código de barras no rótulo do cartucho de reagentes.Exemplo: MS0010744-300

https://my.illumina.com/



10 Se você estiver inserindo um código de desvio para o cartucho de reagentes, insira onúmero da versão do kit. Selecione Enter Reagent Kit Barcode (Digitar código debarras do kit de reagentes) para digitar manualmente o número do código de barras docartucho de reagentes e o número da versão do kit.

CUIDADODigitar a versão incorreta do kit de reagentes pode afetar negativamente os dados desequenciamento.

11 Selecione Enter (Inserir).

Solucio

narerro

dataxa

defluxo


Solucionarerroda taxade fluxo

A taxa de fluxo é a velocidade com que os fluidos passam através do sistema de fluxo dereagentes (µl/min). Ela é medida antes de cada execução, durante a verificação pré-execução. Se o sistema não conseguir medir a taxa de fluxo, será preciso bombear umvolume de reagente (PR2) pelo sistema antes de verificar a taxa de fluxo novamente.

1 Use a lista suspensa ou o teclado da tela para inserir as seguintes informações:} Solução: PR2} Volume: 250 µl} Taxa de aspiração: 2500 µl/min} Taxa de dispensação: 2500 µl/min

2 Selecione Pump (Bombear).

3 Quando a etapa da bomba estiver concluída, selecione Restart Check (Reiniciarverificação).

4 Se o erro persistir, defina o volume para bombear 500 µl PR2 e repita o processo maisuma vez. Entre em contato com o suporte técnico da Illumina se a segunda tentativanão resolver o erro.



Realizarum teste de volume

Uma obstrução nas linhas de fluxo de reagentes pode ser a causa da fraca distribuição dereagente ou afetar os resultados do sequenciamento. Se houver suspeita de uma obstruçãonas linhas de fluxo de reagentes, realize um teste de volume.Um teste de volume verifica a integridade do sistema de fluxo de reagentes estimando ovolume entre as bolhas que passam pelos sensores. Para executar um teste de volume, abandeja e o frasco de limpeza devem ser carregados com água aprovada para uso emlaboratório e uma lâmina de fluxo usada deve ser colocada no lugar. Siga as instruções natela para executar o teste.

1 Verifique se uma lâmina de fluxo usada está carregada no instrumento.


3 Selecione System Check (Verificação do sistema).

4 Selecione Conduct Volume Test (Realizar teste de volume) e depois Next (Próximo).

Figura 26 Tela System Check (Verificação do sistema)

5 Encha cada reservatório da bandeja de limpeza com 6 ml de água aprovada para usoem laboratório.

6 Encha o frasco de limpeza de 500 ml com 350 ml de água aprovada para uso emlaboratório.

7 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza no instrumento.

a Abra a porta do compartimento de reagentes e a porta do refrigerador de reagentese deslize a bandeja de limpeza pelo refrigerador até o fundo. Feche a porta dorefrigerador de reagentes.

b Levante a alça do aspirador de líquidos até que ela trave e carregue o frasco delimpeza.

c Remova o frasco de resíduos e descarte o conteúdo de forma apropriada. Coloque ofrasco de resíduos de volta no compartimento de reagentes.

d Abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos, deixando que o aspirador desçaaté os frascos de limpeza e de resíduos.

Realizar

umteste

devolum

e


8 Depois dos avisos na tela, remova todas as gotas do aspirador de líquidos do frasco delimpeza da seguinte forma:

a Quando solicitado, levante lentamente a alça do aspirador de líquidos e verifiquese há uma gotícula d'água no aspirador do frasco de limpeza.

b Quando solicitado, abaixe lentamente a alça do aspirador de líquidos o suficientena água para permitir que a tensão da superfície remova a gota.

c Quando solicitado, levante lentamente a alça do aspirador de líquidos e verifiquese há uma gotícula d'água no aspirador do frasco de limpeza.

d Quando solicitado, abaixe lenta e completamente a alça do aspirador de líquidos,deixando que o aspirador desça até os frascos de limpeza e de resíduos.

Figura 27 Remover as gotículas do aspirador de líquidos

9 Selecione Next (Próximo). O teste de volume é iniciado.Quando o teste de volume estiver concluído, os resultados serão exibidos na tela.Se o resultado do teste for negativo, realize uma limpeza de manutenção. Veja Realizaruma limpeza de manutenção na página 56.

10 Quando a limpeza de manutenção for concluída, repita o teste de volume.



Mediros volumesdeenxágueesperados

A medição dos volumes de enxágue esperados confirma se o sistema de fluxo de reagentesde limpeza está operando com eficiência.

1 Antes de iniciar uma limpeza, esvazie o frasco de resíduos.

2 Quando a limpeza estiver concluída, meça o volume de enxágue no frasco de resíduos.

Tipo de limpeza Volume de enxágueesperado

Post Run Wash (Limpeza após a execução) 17,25 mlPost Run Wash (Limpeza após a execução), que inclui uma limpeza dalinha de modelo

25,5 ml

Standby Wash (Limpeza de espera) 46 mlMaintenance Wash (Limpeza de manutenção) 51,75 ml

Definir

asco

nfiguraçõ

esdosistem

a


Definir as configurações dosistema

O MCS inclui várias telas que acessam comandos para configurar o sistema.Normalmente, as configurações de software são definidas durante a instalação do MiSeq.

Definir as configurações de IP e DNSConfigure o endereço IP e os endereços de servidor DNS, se necessário, caso haja umamudança de rede ou instalação.


2 Selecione System Settings (Configurações do sistema).} Selecione Obtain an IP address automatically (Obter um endereço IP automaticamente)

ou Use the following IP address (Usar o seguinte endereço IP).Se você selecionar Use the following IP address (Usar o seguinte endereço IP), insiraum endereço IP, a máscara de sub-rede e o gateway padrão.

} Selecione Obtain DNS address automatically (Obter um endereço de DNSautomaticamente) ou Use the following DNS server addresses (Usar os seguintesendereços de servidor DNS).Se você selecionar Use the following DNS server addresses (Usar os seguintesendereços de servidor DNS), digite um endereço de servidor DNS preferencial ealternativo.


Alterar as credenciais do sistemaQuando você alterar o nome do usuário e a senha do sistema na tela de Systems Settings(Configurações de sistemas), as credenciais do MiSeq Reporter e do BaseSpace ouBaseSpace Onsite também serão atualizadas.


2 Selecione System Settings (Configurações do sistema).

3 Selecione Save and Continue (Salvar e continuar) para avançar para a terceira tela dasérie de telas.

4 Selecione This account (Esta conta).

5 Digite o nome do domínio (Domínio\MiSeq1, por exemplo) e a senha.


ApêndiceB


Apêndice B Pastas e arquivos de saída

Pastasearquivosdesaída

Pastas de execução 84Conteúdo da pasta MiSeqOutput 85Pastas e arquivos do RTA 86



Pastas deexecução

Cada execução no MiSeq gera três pastas de execução, cada uma com uma finalidadeespecífica:} D:\Illumina\MiSeqTemp— quando a execução é iniciada, uma pasta temporária de

execução é criada no disco local do computador do instrumento e usada como umaárea de trabalho para o MCS e o RTA. Não é necessário acessar a pasta MiSeqTemp. Oconteúdo dessa pasta é excluído após sete dias.

} D:\Illumina\MiSeqOutput— o RTA copia os arquivos da pasta MiSeqTemp para apasta MiSeqOutput. Conforme os arquivos de análise primária são gerados, o RTA oscopia para a pasta MiSeqTemp e preenche a pasta MiSeqAnalysis. As imagens de focoe as imagens em miniatura não são copiadas para a pasta MiSeqAnalysis. ConsultePastas e arquivos do RTA na página 86.

} É possível alterar a localização da pasta de saída no campo Output Folder (Pasta desaída) na tela Run Options (Opções de execução). Para obter mais informações,consulte Definir locais de pastas padrão na página 22.

} D:\Illumina\MiSeqAnalysis — quando a análise do RTA é concluída, o MiSeq Reporteracessa a pasta MiSeqAnalysis no disco local do instrumento para começar a análisesecundária. Todos os arquivos gravados na pasta MiSeqAnalysis são copiados devolta para a pasta MiSeqOutput. Para obter mais informações, consulte Conteúdo dapasta MiSeqOutput na página 85.

Se você estiver usando o BaseSpace para a análise sem replicá-la localmente, a pastaMiSeqAnalysis no disco local do instrumento ficará vazia.

Nomenclatura da pasta principalO nome da pasta principal da execução identifica a data da execução, o número doinstrumento e a lâmina de fluxo usada para a execução.Por padrão, o nome da pasta usa o seguinte formato:

YYMMDD_<InstrumentNumber>_<Run Number>_A<FlowCellBarcode>O número da execução aumenta em um cada vez que uma execução é realizada em umdeterminado instrumento.

Conteúd

odapasta

MiSeq

Outp

ut


ConteúdodapastaMiSeqOutput

Após o RTA concluir a análise, a pasta MiSeqOutput será preenchida com os arquivosnecessários para a análise secundária realizada pelo MiSeq Reporter. Quando a análisesecundária estiver concluída, as pastas MiSeqOutput e MiSeqAnalysis serão idênticas, comexceção da pasta MiSeqOutput, que conterá duas subpastas para arquivos de imagem:Images e Thumbnail_Images. Essas subpastas não são necessárias para a análisesecundária.

ArquivosOs arquivos que são copiados para as pastas de saída e análise incluem os seguintes:} SampleSheet.csv— fornece parâmetros para a execução e a análise posterior. No início

da execução, a planilha de amostras é copiada para a pasta principal e renomeadacomo SampleSheet.csv. As cópias são gravadas em Data\Intensities eData\Intensities\BaseCalls.

} runParameters.xml— contém um resumo dos parâmetros de execução e informaçõessobre componentes da execução, como o RFID da lâmina de fluxo e os reagentesassociados à execução.

} RunInfo.xml— contém informações de alto nível da execução, tais como, o número deleituras e ciclos na execução de sequenciamento, e se existe uma leitura indexada.

PastasAs pastas que são copiadas para as pastas de saída e análise incluem as seguintes pastasgeradas durante a execução do sequenciamento:} <Run folder name>\Config— contém arquivos de configuração para a execução.} <Run folder name>\Data — contém as subpastas Intensities, BaseCalls e Alignment.

Os dados gerados no MiSeq Reporter estão localizados na subpasta Alignment.} <Run folder name>\Data\RTA Logs — contém arquivos de log que descrevem cada

etapa realizada pelo RTA para cada leitura.} <Run folder name>\Data\Intensities\BaseCalls — contém subpastas com os arquivos

de identificação de bases (*.bcl), arquivos de phasing e matriz. O MiSeq Reporter gravaos arquivos FASTQ nessa pasta durante a análise secundária. Para mais informações,consulte o Guia do software MiSeq Reporter (n.º do documento 15042295).

} <Run folder name>\Recipe — contém a receita utilizada para a execução.} <Run folder name>\Logs — contém arquivos de log que descrevem cada etapa

realizada pelo instrumento para cada ciclo.} <Run folder name>\InterOp— contém arquivos binários usados pelo Sequencing

Analysis Viewer (SAV) para resumir várias métricas de análise primária, como adensidade do cluster, intensidades, pontuações de qualidade e qualidade geral daexecução.

Os outros arquivos e pastas criados na pasta temporária da execução não são copiadospara as pastas de saída e análise. Eles contêm arquivos temporários que não sãonecessários para a análise ou para a solução de problemas.O MiSeq Reporter adiciona outras pastas, como a pasta Alignment, durante a análisesecundária. Para mais informações, consulte o Guia do software MiSeq Reporter (n.º dodocumento 15042295).



Pastas e arquivos doRTA

A tabela a seguir descreve as pastas e os arquivos gerados pelo Real Time Analysis (RTA)durante a análise primária. Muitos desses arquivos são usados para uma análisesecundária pelo software MiSeq Reporter.

Arquivoprincipal

Subpasta Descrição

RTAComplete.txt Pasta principal Um arquivo marcador gerado quando a análise deidentificação de bases é concluída. A presença dessearquivo desencadeia o início da análise secundária.

SampleSheet.csv Pasta principal Este arquivo é lido e copiado para a pasta de execuçãoantes da execução e usado mais tarde para a análisesecundária.

RunInfo.xml Pasta principal Identifica os limites das leituras (incluindo as de índices)e a tabela de qualidade selecionada para a execução.

Arquivos *.bcl Data\Intensities\BaseCalls\L001\CX.X

Cada arquivo *.bcl contém resultados de avaliação dequalidade da base e identificação de bases do RTA paraum ciclo e um bloco.

Arquivos *.stats Data\Intensities\BaseCalls\L001\CX.X

Os arquivos *.stats contêm estatísticas de identificaçãode bases do RTA para um determinado ciclo/bloco.

Arquivos *.filter Data\Intensities\BaseCalls

Os arquivos *.filter contêm resultados de filtro porbloco.

*.txt Data\RTALogs Arquivos de log da análise primária.Arquivos *.cif Data\

Intensities\L001\CX.X

Cada arquivo binário *.cif contém resultados da análisede imagem do RTA para um ciclo e um bloco. Paraobter mais informações, consulte Numeração de blocos dalâmina de fluxo na página 87.

Arquivos *.locs Data\Intensities\BaseCalls\L001

Informa as coordenadas dos clusters. Cada arquivo*.locs representa um bloco.

Arquivos *.jpg Thumbnail_Images\L001\CX.X

Imagens em miniatura geradas para cada ciclo e baseque podem ser usadas para solucionar problemas deuma execução. Esses arquivos são usados para a análisede imagens e não são copiados para a pasta Analysis.Consulte Numeração de blocos da lâmina de fluxo napágina 87 para saber os nomes dos arquivos deimagem.

Blocos da lâmina de fluxoDurante a execução de sequenciamento, são feitas imagens da cavidade única da lâminade fluxo em pequenas áreas chamadas de blocos. Todas as lâminas de fluxo do MiSeq têmuma cavidade única, mas o número de blocos difere, dependendo do tipo de lâmina defluxo utilizada.

Lâmina de fluxo Kit de reagentes doMiSeq Blocos Superfície de

imagemTotal de blocoscom imagem

Lâmina de fluxo padrão Kits de reagentes doMiSeq, v3

19 blocos Superior einferior

38 blocos nototal

Lâmina de fluxo do PGS Kit de reagentes doMiSeq v3-PGS


38 blocos nototal

Pastas

earq

uivosdoRTA


Lâmina de fluxo Kit de reagentes doMiSeq Blocos Superfície de

imagemTotal de blocoscom imagem

Lâmina de fluxo padrão Kits de reagentes doMiSeq, v2


28 blocos nototal

Microlâmina de fluxo Microkits dereagentes do MiSeq,v2


8 blocos no total

Nanolâmina de fluxo Nanokits dereagentes do MiSeq,v2

2 blocos Somentesuperior

2 blocos no total

Quando são feitas imagens dos blocos durante a execução do sequenciamento, um arquivode saída é gerado para cada bloco. Para obter mais informações, consulte Numeração deblocos da lâmina de fluxo na página 87.

Numeração de blocos da lâmina de fluxoQuando são feitas imagens dos blocos durante a execução de sequenciamento, um arquivode saída é gerado para cada bloco e nomeado com o número do bloco em um formato dequatro dígitos. Com a exceção da nanolâmina de fluxo, são geradas imagens das lâminasde fluxo na superfície superior e inferior. Os arquivos de saída para cada bloco estãolocalizados na pasta de execução em Data\Intensities\BaseCalls\L001.

Lâmina defluxo Kit de reagentes do MiSeq Blocos Superfície

de imagemNomes de arquivosde imagem

Lâmina de fluxopadrãoLâmina de fluxodo PGS

Kits de reagentes do MiSeq,v3

1-19 Superior 1101 até 1119

1-19 Inferior 2101 até 2119

Lâmina de fluxopadrão

Kits de reagentes do MiSeq,v2



Microlâmina defluxo

Microkits de reagentes doMiSeq, v2



Nanolâmina defluxo

Nanokits de reagentes doMiSeq, v2

1-2 Somentesuperior

1101 até 1102

Índice


Índice

Aagrupar logs 62-63, 68-69ajuda, Live Help 71ajuda, técnica 91alça do aspirador de líquidos 5alertas de e-mail 22análisedurante o sequenciamento 12opções 11

análise secundária 12arquivo de manifestocópia para instrumento 62definição 7

assistência técnica 91atualização de software 22, 64atualizando software 64

BBaseSpaceatualizações 22conexão 10-11credenciais 81

BaseSpace Onsiteconexão 11credenciais 81localização do servidor 21

Ccarregamento de reagentescartucho 42PR2 41

cartucho de reagente 16conteúdo 17descongelar 32inspecionar 33

ciclos em uma leitura 29clusterização 30como ligar o instrumento 20compartimento da lâmina de fluxo 4componentescompartimento da lâmina de

fluxo 5compartimento do reagente 4-5CompletedJobInfo.xml 12componentescartucho de reagente 16compartimento da lâmina de

fluxo 4compartimento do reagente 4-5lâmina de fluxo 15, 86módulo ótico 4

conexão de rede 74configurações de rede 81configurações do sistema 81cópia de arquivos e pastas 62

Ddesligamento do instrumento 65diretrizes para água aprovada para uso

em laboratório 25documentação 91duração da execução 29

Eendereço IP 81espaço em discopouco espaço em disco 74verificação 14

exclusão de arquivos e pastas 62

Ffixação da lâmina de fluxo 5fluxo de reagenteslimpeza 56solução de problemas 77-78

fluxo de trabalho 30duração da execução 29

fluxo de trabalho da análisedefinição 7

fluxo de trabalho do VeriSeq PGSanálise secundária 11frequência de manutenção 55lâmina de fluxo 16replicar análise localmente 21

fluxos de reagenteslimpeza 59

frasco de resíduos 5

Ggenoma de referênciaformato do arquivo 7

geração de modelos 13, 46

Íícone de alerta de status 9íconesalerta de status 9erros e advertências 9indicadores de atividade 9sensores 10

Iindicadores de atividade 9indicadores de sensor 10inicialização 74interruptor 20

Llâmina de fluxoblocos 86

Índice


cavidade única 13cor da tampa 16designador de letra 75limpeza 37numeração de bloco 87visão geral 15

limpeza após a execução 48limpeza de espera 59limpeza de linha de modelo 48limpeza de manutenção 56limpezasapós a execução 48benefício de 48configurações de limpeza após a

execução 21espera 59manutenção 56preparação para finalizar 65preparar para ficar ocioso 59volumes esperados 80

Live Help 71locais das pastaspara a execução atual 44

locais de pastaconfigurações padrão 22

Mmateriais de consumo 24MiSeq Reporter 2credenciais 81visão geral 12

MiSeq Self-Service 75módulo ótico 4monitoramento da execução 45

Nnome da conta do sistema 81nome de domínio 81nome de usuário 20numeração de bloco 87

Oopções de execução 21-22

Pparada de uma execução 72pasta de execuçãodefinição 7

pasta InterOp 85pastas da execuçãoarquivos de análise primária 86

pastas de execuçãoatribuição de nome 84conteúdo 85gerenciamento 62temp, saída, análise 84

pausa na execução 72planilha de amostrasalteração 43cópia para instrumento 62definição 7na pasta de execução 86não encontrada 74

PR2, carregamento 41

preparação do instrumento para ficarocioso 59

produtos de consumoágua aprovada para uso em

laboratório 25

Rreagentesem kits 15

Real-time Analysis 2geração de modelos 46pasta de execução 84resultados 86

receitas, gerenciamento 62referências do genoma 62refrigerador de reagentes,

temperatura 10RFIDcartucho de reagente 42PR2 41rastreamento 2solução de problemas 75

RTAcomplete.txt 86RunInfo.xml 85-86runParameters.xml 85

Ssenha 20senha, alteração 81sensor da porta da lâmina de fluxo 10sequenciamento 30Sequencing Analysis Viewer 13, 45softwareatualização 64atualizando 64do instrumento 8duração da execução 29inicialização 20verificação de espaço em disco 14

software BlueFuse Multi 11, 21solução de problemasagrupar logs 62-63, 68-69arquivos específicos para a execução

para 68erros de configuração da

execução 74fluxo de reagentes 78RFID 75taxa de fluxo 77

status.xml 86suporte ao cliente 91

Ttamanho da leitura 29taxa de fluxo,solução de problemas 77tela de sequenciamento 45telas de configuração de execução 36teste de volume 78transferência de arquivos e pastas 62

Vvolumes de enxágue 80

Assistência

técnica


Assistência técnicaPara obter assistência técnica, entre em contato com o suporte ao cliente da Illumina.

Site www.illumina.com

E-mail [email protected]

Tabela 6 Informações de contato gerais da Illumina

Região Número de contato Região Número de contatoAmérica do Norte 1.800.809.4566 Holanda 0800.0223859Alemanha 0800.180.8994 Irlanda 1.800.812949Áustria 0800.296575 Itália 800.874909Bélgica 0800.81102 Noruega 800.16836Dinamarca 80882346 Reino Unido 0800.917.0041Espanha 900.812168 Suécia 020790181Finlândia 0800.918363 Suíça 0800.563118França 0800.911850 Outros países +44.1799.534000

Tabela 7 Números de telefone do suporte ao cliente da Illumina

Planilhas de dados de segurança (SDSs)— disponíveis no site da Illumina emsupport.illumina.com/sds.html.Documentação do produto— disponível para download em PDF no site Illumina.Acesse support.illumina.com, selecione um produto e depois Documentation &Literature (Documentação e literatura).

http://www.illumina.com/

mailto:[email protected]


http://www.illumina.com/support.ilmn

Illumina5200 Illumina WaySan Diego, Califórnia 92122 U.S.A.+1.800.809.ILMN (4566)+1.858.202.4566 (fora da América do Norte)[email protected]

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