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Curso de formação:

Publicação de dados de biodiversidade através do GBIF

Rui Figueira

[email protected]

Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa

Integrated Publishing Toolkit (IPT)

Curso de formação: Publicação de dados de biodiversidade através do GBIF - onlineAbril de 2020

Software open source desenvolvido pelo GBIF

Permite o registo de um conjunto de dados, a indexação dos registos e dos metadados.

Pode hospedar vários conjuntos de dados, geridos pelos respect ivos curadores ut i l izando o browser.

Repositór io: ht tps:/ /github.com/gbif / ipt

Manual: ht tps:/ /github.com/gbif / ipt /wiki/ IPT2ManualNotes.wiki

INTEGRATED PUBLISHING TOOLKIT (IPT)

https://github.com/gbif/ipt


Infraestrutura - requisitos

URL estávelJava (e tomcat 7)Memória: 256 MBEspaço em disco: 20 MB + espaço para conjuntos de dados

INTEGRATED PUBLISHING TOOLKIT (IPT)


INTEGRATED PUBLISHING TOOLKIT


Darwin Core – Esquema em estrelaExtensões - Germoplasma, multiplas determinações, tipos e espécimes, nomes comuns, identificadores alternativos, perfil das espécies, referências literatura, descrição do taxon, características, multimédia, entre outros


Darwin Core – core

Ocorrênciashttp://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=dwc:Occurrence

Eventoshttp://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=dwc:Event

Taxa

http://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=dwc:Taxon


Darwin Core – extensões

Medidas ou factos

Recursos relacionados

http://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=dwc:MeasurementOrFact

http://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=dwc:ResourceRelationship

Todas as extensõeshttp://tools.gbif.org/dwca-validator/extensions.do


Exemplo de tabelas com estrutura Darwin Core -

occurrences

https://github.com/gbif/ipt/wiki/howToPublish

http://ipt.gbif.pt/ipt/resource?r=edp_tua_arthropoda_eia

Conjunto de dados de exemplo

typemodifiedlanguagelicenserightsHolderinstitutionIDcollectionIDinstitutionCodecollectionCodedatasetNameownerInstitutionCodebasisOfRecordoccurrenceIDcatalogNumberoccurrenceRemarksrecordedByindividualCountsexlifeStageassociatedReferencessamplingProtocoleventDatelocationIDcontinentcountrycountryCodestateProvincemunicipalitylocality

occurrences

Contém pelo menos uma tabela:

Ocorrências – com propriedades que identificam ocorrências de espécies que foram observadas em cada evento:- taxon- abundância- data e local- colector- determinador

minimumElevationInMetersdecimalLatitudedecimalLongitudegeodeticDatumidentifiedByscientificNamekingdomphylumclassorderfamilygenussubgenusspecificEpithetinfraspecificEpithettaxonRankscientificNameAuthorshipnomenclaturalCode


Exemplo de tabelas com estrutura Darwin Core - events


http://ipt.gbif.pt/ipt/resource?r=arthrop_pv_ter_az


eventIDsamplingProtocolsampleSizeValuesampleSizeUnitsamplingEfforteventDateeventTimestartDayOfYearendDayOfYearyearmonthdayfieldNumberlocationIDislandGroupislandcountrycountryCodestateProvincemunicipalitylocalityminimumElevationInMetersmaximumElevationInMeterslocationRemarksverbatimCoordinatesdecimalLatitudedecimalLongitudegeodeticDatumcoordinateUncertaintyInMeterscoordinatePrecisiongeoreferenceSources

typemodifiedlicenseinstitutionIDinstitutionCodecollectionCodedatasetNamebasisOfRecordoccurrenceIDcatalogNumberoccurrenceRemarksrecordedByindividualCountorganismQuantityorganismQuantityTypesexlifeStageestablishmentMeanseventIDidentifiedBydateIdentifiedscientificNamekingdomphylumclassorderfamilygenusspecificEpithetinfraspecificEpithettaxonRankscientificNameAuthorship

events occurrences

Contém pelo menos duas tabelas:

Eventos – com propriedades que definem/descrevem cada evento:- data,- local,- protocolo de amostragem

Ocorrências – com propriedades que identificam ocorrências de espécies que foram observadas em cada evento:- taxon- observador/colector- abundância


Exemplo de tabelas com estrutura Darwin Core - taxon


http://ipt.gbif.pt/ipt/resource?r=alfa_checklist_florapt


taxonIDscientificNameIDacceptedNameUsageIDscientificNamekingdomphylumclassorderfamilygenusspecificEpithetinfraspecificEpithettaxonRankscientificNameAuthorshipnomenclaturalCodetaxonRemarks

taxon

Contém pelo menos uma tabela:

taxon – com propriedades que definem/descrevem cada taxon:- nome científico,- níveis taxonómicos superiores

Pode ter associadas várias extensões (ex.)

- distribuição das espécieshttps://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=gbif:Distribution


GMP (GBIF Metadata profile):

EML (Ecological Metadata Language) • Dataset (Resource) • Project • People and Organisations • Keyword Set (General Keywords) • Coverage

o Taxonomic Coverage o Geographic Coverage o Temporal Coverage

• Methods • License• Additional Metadata + NCD (Natural Collections Descriptions Data) Related

https://github.com/gbif/ipt/wiki/GMPHowToGuide

METADADOS


QUE PALAVRA DEFINE MELHOR DADOS ABERTOS?

https://www.mentimeter.com/s/20256177fd846417481ddff869241cbb/e5a864f1f5f3

www.menti.com

11 92 6

http://www.menti.com/


Licenças disponíveis para serem adoptadas

CC Zero (CC0) –

Somente atribuição (BY) –

Atribuição + Uso não comercial (BY-NC) –

Atribuição + Não a obras derivadas (BY-ND) –

Atribuição + Compartilhamento pela mesma licença (BY-SA) –

Atribuição + Uso não comercial + Não a obras derivadas (BY-NC-ND) –

Atribuição + Uso não comercial + Compartilhamento pela mesma licença (BY-NC-SA) –

Creative Commons (CC)

GBIF

GBIFGBIF


IPT – passos para a publicação de um dataset

Instalação de teste para utilizar no curso:http://maerua.iict.pt/ipt_test26/

Menu Manage:

1.Create New Resource: criar recurso com um shortname, e selecionar o tipo de recurso

2.Source data: importar a tabela de dados

3.Darwin Core Mappings: fazer corresponder as colunas da tabela de dados aos termos DwC

4.Metadata: preencher metadados

5.Publish versions: publicar dataset

6.Visibility: tornar visibilidade do dataset pública

Obrigado pela atenção

Nó Português do GBIFInstituto Superior de AgronomiaHerbárioTapada da Ajuda1349-017 Lisboa, Portugal

Tel: (+351) 213653165email: [email protected]://www.gbif.pt

O Nó Português é acolhido no ISA com o apoio da FCT.

Esta apresentação é publicada segundo a licença CC-BY-SA

Publicação de dados de biodiversidade através do GBIF

http://www.gbif.pt/

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