Interações do Algoritmo Phred/Phrap Renato David Puga.

Interações do Algoritmo Phred/PhrapInterações do Algoritmo Phred/Phrap

Renato David Puga

ObjetivoObjetivo

Visão geral do pacote Phred/Phrap/Consed

Qual informação será disponibilizadaExemplo de uma Implementação

O Projeto (Exemplo)O Projeto (Exemplo)

Submissão de cromatogramas (clones e ortologos)

PARA MAIS INFORMAÇÕES...

http://www.compbionet.org.br/transcript/

[email protected]

IntroduçãoIntrodução

- Leitura dos arquivos cromatogramas- Atribuição de qualidade às bases- Identificação e “mascaramento” de vetores- Seqüência Assembly- Visualização de Assembly

O que é Phred/Phrap/Consed ?

IntroduçãoIntrodução

O que é Algoritmo ?

- Forma estruturada de resolver problemas em uma seqüência lógica.

Utilizando o pacote Phred/PhrapUtilizando o pacote Phred/Phrap

Obtendo o pacotePlataforma

Utilizando o pacote Phred/PhrapUtilizando o pacote Phred/Phrap

Diretórios

Chromat_dir Edit_dir Phd_dir

Executando o programa Executando o programa phredphred

phred -id chromat_dir -pd phd_dir

Lê e processa os arquivos.

Linha de comando:

Grava os arquivos *.phd.1.



Linha de comando:


Linha de comando:


Opções:

-id : Lê e processa os arquivos no diretório chromat_dir.-pd : Grava os arquivos *.phd.1 no diretório phd_dir.


Exemplo:Exemplo: .phd.1 .phd.1

Escreve um arquivo de seqüências com o nome de “seq_fasta”.

Executando o programa Executando o programa ph2fastaph2fasta

ph2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual

Linha de comando:

Escreve um arquivo de qualidade com o nome de “seq_fasta.qual”.



Linha de comando:



Linha de comando:

Opções:

-os : Escreve um arquivo de sequência.-pd : Escreve um arquivo com a qualidade das bases.

Exemplo:Exemplo: seqs_fastaseqs_fasta


Exemplo:Exemplo: seqs_fasta.qualseqs_fasta.qual


Executando o programa Executando o programa cross_matchcross_match

cross_match seqs_fasta vector.seq –minmatch 12 –minscore 20 -screen > screen.out

Linha de comando:

Exemplo:Exemplo: screen.outscreen.out


Exemplo:Exemplo: seqs_fasta.screenseqs_fasta.screen


Cria um arquivo .ace para que possa serImportado o assembly para consed.

Executando o programa Executando o programa phrapphrap

phrap seqs_fasta.screen –new_ace > phrap.out

Linha de comando:

Exemplo:Exemplo: seqs_fasta.screen.contigsseqs_fasta.screen.contigs

Executando o programa Executando o programa phrapphrap

Pipeline Phred/Phrap/ConsedPipeline Phred/Phrap/Consed

Copiar os arquivos cromatogramaspara o diretório chromat_dir

Executar o phred.Atribui valor de qualidade às basesGera os arquivo *.phd.1

Converte os arquivos *.phd.1 para fasta.Executa ph2fasta.Seqüência nucleotídeos: seqs_fastaValor de qualidade: seqs_fasta.screen.qual

Identifica e “mascara” os vetores. Executar o cross_match.

Assembly Cria o arquivo: seqs_fasta.screen.contigsArquivos assembly: seqs_fasta.screen.acephrap

Visualiza e edita o arquivo assembly consed.

Disponibilizando ResultadosDisponibilizando Resultados

Quais informações?Como será visualizado?Quais ferramentas?


Quais informações?

- FASTA do cromatograma- Início e o Fim da seqüência de qualidade- Vetores encontrados


Como será visualizado?

- Web

Quais ferramentas?

- Linguagem Script Perl- Comandos do shell

Algoritmos / ScriptsAlgoritmos / Scripts

Fasta do cromatograma

1 - Abrir o arquivo seqs_fasta.1 - Abrir o arquivo seqs_fasta.2 - Exibir o conteúdo do arquivo.2 - Exibir o conteúdo do arquivo.

Algoritmo


Fasta do cromatograma

#!/usr/bin/perl#!/usr/bin/perlprint “Content-type: text/html\n\n”;print “Content-type: text/html\n\n”;

$conteudo$conteudo = ` = `moremore seqs_fasta`; seqs_fasta`; # conteúdo em $conteudo# conteúdo em $conteudoprint “print “$conteudo$conteudo”; ”; # exibe o conteúdo# exibe o conteúdo

Script Perl


Início e Fim da seqüência de alta qualidade

1 - Abrir o arquivo phd.1 desejado.1 - Abrir o arquivo phd.1 desejado.2 – Localizar a informação TRIM2 – Localizar a informação TRIM3 – Mostrar os valores de TRIM3 – Mostrar os valores de TRIM

Algoritmo



TRIM: 36 446TRIM: 36 446

Início

Fim


$trim$trim = ` = `grepgrep TRIM TF00604.phd.1`; TRIM TF00604.phd.1`;

Script Perl


TRIM: 36 446TRIM: 36 446


@pos_trim@pos_trim = split(/\s+/, = split(/\s+/,$trim$trim); );

Script Perl


@pos_trim = (“TRIM”,”36”,”446”)@pos_trim = (“TRIM”,”36”,”446”)


print “Início = print “Início = $pos_trim[1]$pos_trim[1] ”; ”; print “Fim = print “Fim = $pos_trim[2]$pos_trim[2] ”; ”;

Script Perl


Início = 36Início = 36Fim = 446Fim = 446


$trim$trim = ` = `grepgrep TRIM TF00604.phd.1`; TRIM TF00604.phd.1`; @pos_trim@pos_trim = split(/\s+/, = split(/\s+/,$trim$trim); );

print “Início = print “Início = $pos_trim[1]$pos_trim[1] ”; ”; print “Fim = print “Fim = $pos_trim[2]$pos_trim[2] ”; ”;

Script Perl



Vetores encontrados

1 – Ler o arquivo screen.out.1 – Ler o arquivo screen.out.2 – Localizar os vetores encontrados.2 – Localizar os vetores encontrados.3 – Separar início e fim de cada vetor.3 – Separar início e fim de cada vetor.4 – Exibir vetores e suas posições.4 – Exibir vetores e suas posições.

Algoritmo

35 5.88 7.35 0.00 TF00604-M04R.ab1 1 68 (569) pCR4-TOPO_Cloning_Vector 222 294 (3663)

90 0.00 0.00 0.00 TF00604-M04R.ab1 69 158 (479) pCMVSPORT 691 780 (3616) 248 2.94


Vetores encontrados

Script-Perl: Selecionando vetores.

@vetor = `grep TF00604-M04R screen.out`;


Vetores encontrados

$ln = 0;foreach $conteudo ( @vector ) # 1 { if ( $conteudo =~ /^\s+/ ) # 2 { $conteudo_linha[$ln] = $conteudo; # 3 $ln++; # 4 } }

Script-Perl: Separando linhas.


Vetores encontrados

@partes = split(/\s+/, $conteudo_linha[$i]);

# conteúdo de partes@partes = (“ ”,“35”,”5.88”,”7.35”,”0.00”,”TF00604-M04R.ab1”,”1”, “68 “,...);

Script-Perl: Imprimindo os vetores e suas posições.


Vetores encontrados

$inicio_vetor[$i] = $partes[6]; $fim_vetor[$i] = $partes[7];

# inicio e fim



Vetores encontrados

print "$i - Início = $inicio_vetor[$i] <br>"; print "$i - Fim = $fim_vetor[$i] <br>";

# imprime

Script-Perl: Saída


Vetores encontrados

for( $i=0; $i < $ln; $i++ ) { @partes = split(/\s+/, $conteudo_linha[$i]);

$inicio_vetor[$i] = $partes[6]; $fim_vetor[$i] = $partes[7];

print "$i - Início = $inicio_vetor[$i] <br>"; print "$i - Fim = $fim_vetor[$i] <br>"; }


ExemploExemplo

Perguntas?Perguntas?

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