NÚMERO 42014

PRODUTOS, INFORMAÇÕES E ENTRETECIÊNCIAS

Apenas Duas Gotas para sua célula fluorescer página 18

Dicas paraExperimentos Bem-Sucedidos siRNA página 9

5 Pares Perfeitos de Proteína página 16

Uma nova geraçãode empregos página 10

A Economiado DNA

lifetechnologies.com

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Life in the Lab

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A Life in the Lab é uma revista produzida pelo departamento de marketing da Thermo Fisher Scientific. Para dúvidas e sugestões, por favor, envie um email para marketing.br@lifetech.com

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Veja só o que você está perdendoSequenciamento de RNA: do transcriptoma completo a painéis de alvos de RNA De acordo com a análise feita como parte do Projeto ENCODE, a maior parte do genoma é transcrito para moléculas funcionais. O sequenciamento do transcriptoma, muitas vezes conhecido como RNA-Seq, oferece o método mais completo para a análise do conteúdo transcricional da célula, e evidencia que a transcrição é um processo dinâmico e sofisticado. O Sistema Ion ProtonTM oferece um sequenciamento simples, flexível e com custo acessível, que pode ser adquirido pela maioria dos laboratórios.

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500 pg, 1.200 genes. Sem problemas! RNA-Seq de alvos específicos permite a identificação do perfil quantitativo da expressão de muitos genes, com a coleta de informações de sequenciamento de todos os genes em uma reação simples. Esta contagem digital precisa dos perfis de expressão gênica permite a análise de desequilíbrio alelo-específico, resolução de isoformas e detecção dos transcritos de fusão. Esta solução é ideal para o sequenciamento de RNA alvo e pode ser obtida através de uma quantidade limitada de RNA de amostras reais, inclusive amostras de tecido fixado e parafinado.

Para mais detalhes, acesse a página lifetechnologies.com/targetedrna

RNA-Seq em ação

Aprenda diretamente com cientistas que já utilizam o Sistema Ion ProtonTM , através da descrição de seus experimentos com RNA-Seq e dos dados obtidos.

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Ion Torrent™

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Life in the Lab

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Além de analisar DNA, os sequenciadores Ion TorrentTM também realizam diversos experimentos como ChipSeq, RNA-Seq, análise de metilação, entre outros. Dentre estas aplicações, a mais popular é o RNA-Seq, que consiste em converter o RNA para dsDNA e sequenciar essas moléculas para que se possa medir a expressão dos genes, contando o número de sequências identificadas. O RNA-Seq é bastante interessante pois gera uma medida absoluta da expressão gênica.

Outras técnicas como microarray ou qPCR, somente fornecem uma medida da expressão relativa entre genes. Por exemplo, em um experimento hipotético, o RNA-Seq nos diz que foram encontradas 30 leituras de um certo gene, ao passo que um experimento de qPCR só nos diz que um gene é duas vezes mais expresso em uma situação do que em outra.

Outra grande vantagem do RNA-Seq é que ele reporta todos os genes que foram sequenciados, quando em outros experimentos é necessário apontar previamente os genes de interesse, o que pode criar um viés no experimento, já que o gene de interesse pode estar fora da lista inicial.

Ion Torrent™

Leonardo Varuzza, Ph.D Especialista em Bioinformática da Thermo Fisher Scientific

Precisa de ajuda para interpretar os dados obtidos nos sistemas Ion PGM™ e Ion Proton™? Os serviços de bioinformática da Life Technologies contemplam diversos treinamentos e serviços de análise de dados.

• Análise de dados de RNA gerados a partir dos painéis de RNA Ion AmpliSeq™

• Fluxos de Trabalho para análise de dados do Ion AmpliSeq™ RNA

• Análise de dados de transcriptoma

O melhor de tudo é que é possível personalizar as opções de treinamento e análise de dados.

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Serviços de Bioinformática para o sequenciamento de RNA

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Criando NOVAS ferramentas e tecnologias para o estudo dos exossomos Temos produtos para ajudar você a isolar, purificar, detectar, caracterizar

e analisar os exossomos. Realizando pesquisa translacional? Então confira estes produtos.

Explore todos os produtos para exossomos na página lifetechnologies.com/exosomes

O que são os exossomos? Em uma definição clássica, os exossomos são vesículas originárias do compartimento endossomal pela fusão dos corpos multivesiculares com a membrana plasmática. Eles fazem parte de uma família maior de vesículas secretadas pelas células, incluindo as microvesículas, os ectossomos, e as micropartículas, que são formadas por brotamento direto da membrana plasmática. Os exossomos medem 30-150 nm de diâmetro e contêm mRNAs, miRNAs, ncRNAs e proteínas próprios. Secretados por todas as células, estão presentes nos fluidos corporais em quantidades que chegam a milhões de unidades por microlitro. Diferentes tipos celulares podem secretar vários tipos de exossomos e as suas funções incluem o transporte de RNAs e de proteínas para a comunicação intercelular. Como ter certeza de que estou lidando com os exossomos e não com outras vesículas? Para que sejam classificadas como exossomos, as vesículas devem medir 30-150 nm e conter certos marcadores de proteínas da superfície celular, por exemplo, as tetraspaninas. O marcador de maior aceitação é o CD63, mas os marcadores CD81 e CD9 também são utilizados. Muitas vezes, também é utilizada uma combinação de citometria de fluxo, microscopia eletrônica e análise por Western Blot para confirmar que as vesículas em questão são mesmo exossomos. Como isolar os exossomos? Nos últimos anos, vários reagentes e kits foram lançados no mercado, como por exemplo os reagentes de Isolamento de Exossomos Totais, que permitem a recuperação fácil e rápida dos exossomos a partir de meios de cultura de células e de vários fluidos corporais. Como visualizar e quantificar os exossomos? Os exossomos são pequenos demais para serem vistos em um microscópio comum. Os métodos típicos de análise de distribuição de tamanhos e quantificação incluem a microscopia eletrônica e os contadores de nanopartículas, como o NanoSight® e o Izon®.

Apresentamos a ExosomesTalk, uma nova comunidade de cientistas do fascinante campo de pesquisa sobre os exossomos Participe das conversas respondendo às perguntas postadas por seus colegas cientistas e também postando suas próprias perguntas. Nosso objetivo é ajudá-lo a alcançar avanços mais rapidamente, concebendo produtos e serviços específicos para suas necessidades.

Comece a falar sobre exossomos agora! Acesse exosomestalk.com

Vamos falar sobreExossomos

Isolamento/Detecção de Exossomos com CD63 Humano (a partir de meios de cultura celular), 3 mL. Cat. No. 106-06DExossomo–Estreptavidina para Isolamento/Detecção, 3 mL Cat. No. 106-08DKit de Isolamento de Proteínas e RNA de Exossomos Totais, 40 reações.Cat. No. 4478545

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Exossomos

Invitrogen™ | 7

Perguntas Frequentes:

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Porque é ótimo para RNA-Seq Lista de preços Brasil

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Kit de Isolamento MagMAX™-96 Total RNA

Purificação de RNA com alto rendimento, a partir de tecidos e células. Escalável, formato flexível, com partículas magnéticas (Cat. No. AM1830) R$946

Kit de Isolamento mirVana™ miRNA

Isolamento da maioria das amostras em 30 minutos. O mais alto teor de pureza e o mais prático; inclui tanto a extração orgânica quanto por meio de coluna de sílica. (Cat. No. AM1560)

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RNAqueous®-Micro KitIsole todos os tipos de RNA de microamostras, tipicamente em até 15 minutos. Coluna de sílica rápida e prática, com eluição em volumes pequenos. (Cat. No. AM1931)

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RecoverAll™ Total Nucleic Acid Kit de Isolamento para FFPE

Fácil de utilizar, com alto rendimento de RNA a partir de amostras fixadas e parafinadas resistentes. Isolamento com coluna de sílica rápido e prático. (Cat. No. AM1975)

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Kit de Isolamento MagMAX™ FFPE Total Nucleic Acid

Alto rendimento na purificação de amostras fixadas e parafinadas. (Cat. No. 4463365) R$2.527

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Life in the Lab

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AAmbion® | 9

1Desenhe e teste de duas a quatro sequências de siRNA por gene Para encontrar um sítio-alvo, examine a sequência do gene de interesse para sequências AA. Marque os nucleotídeos AA e os 19 nucleotídeos 3´ como possíveis sítios-alvo para os siRNA. Os sítios-alvo devem então ser analisados com o algoritmo BLAST em comparação com a base de dados GenBank a fim de desqualificar qualquer sequência com homologia significativa com outros genes. Os siRNAs devem ser desenhados para regiões do mRNA alvo com menos estrutura secundária predita.

2Escolha siRNAs que tenham baixo teor de G+CNossos pesquisadores observaram que siRNAs com teor G+C de 40–55% são mais ativos do que siRNAs com teor de G+C maior que 55%.

3Purifique o siRNA transcrito in vitro antes da transfecção Para obter níveis mais altos de pureza, recomendamos a ligação com filtros de fibra de vidro e a eluição ou purificação por meio de gel de acrilamida a 15-20% para remover das reações o excesso de nucleotídeos, oligômeros curtos, proteínas e sais. Observação: Em geral, os RNAs sintetizados quimicamente requerem purificação por meio de eletroforese em gel.

4Evite as RNases Quantidades mínimas de ribonucleases podem inutilizar experimentos com siRNA. Como as RNases estão presentes em todo o ambiente de laboratório, tome medidas para prevenir e eliminar a contaminação por RNases. Dispomos de uma linha completa de produtos da Ambion® criados para detectar e eliminar as RNases.

5Mantenha culturas de células saudáveis para uma boa reprodutibilidade Células saudáveis são transfectadas com maior eficiência do que células mal conservadas. A realização rotineira da subcultura de células com um número de passagens baixo garante que a instabilidade será mínima em linhagens celulares contínuas de um experimento para o outro. Durante a realização de experimentos de otimização, recomendamos transfectar células com até 50 passagens, pois a eficiência de transfecção diminui ao longo do tempo.

6Evite o uso de antibióticos Recomendamos evitar a utilização de antibióticos durante o plaqueamento e até 72 horas após a transfecção. Foi demonstrado que os antibióticos se acumulam e atingem níveis tóxicos em células permeabilizadas.

7Experimente utilizar meios livres de soro Algumas células e reagentes de transfecção requerem meios livres de soro para uma entrega ótima dos siRNA. É possível realizar um experimento de transfecção piloto em meios de crescimento padrão e livres de soro para determinar as melhores condições experimentais.

8Utilize reagentes de transfecção otimizados para siRNAs É essencial a utilização de reagentes de transfecção formulados para a entrega de moléculas de RNA pequenas (a maioria dos reagentes de transfecção disponíveis no mercado foi concebida para DNA plasmidial, e não para moléculas de RNA pequenas). Além disso, alguns reagentes foram desenvolvidos para a transfecção de linhagens celulares bastante específicas, enquanto outros reagentes são menos específicos. O reagente Lipofectamine® RNAiMAX foi desenvolvido especificamente para a transfecção consistente de siRNAs em uma grande variedade de células eucarióticas, com alta eficiência e quantidades menores de siRNAs.

9Utilize controles apropriados para otimizar as condições Uma quantidade excessiva de siRNAs pode causar a toxicidade celular. Genes constitutivos podem atuar como controles positivos adequados. Como alternativa, oferecemos siRNAs da marca Ambion® para controle positivo contra uma série de alvos. Um controle negativo adequado pode ser desenhado desordenando-se a sequência de nucleotídeos do siRNA mais ativo. Lembre-se de garantir que não ocorra homologia com o genoma a ser estudado.

10Utilize siRNAs marcados para a otimização de protocolos siRNAs marcados com fluorescência podem ser utilizados para analisar a estabilidade do siRNA e a eficiência da transfecção. Também são úteis no estudo da localização subcelular do siRNA e em experimentos de dupla marcação com anticorpos marcados para rastrear e correlacionar células transfectadas com a regulação da proteína-alvo.

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1 Tecnologia da InformaçãoUma equipe de pesquisadores do Instituto Europeu de Bioinformática chama o DNA de meio de armazenamento incrivelmente denso e estável. Em um artigo publicado na revista Nature, a equipe explicou que sua descoberta pode tornar possível “o armazenamento de pelo menos 100 milhões de horas de vídeo de alta definição em cerca de uma xícara de DNA”. Os dados podem também ser armazenados, por um tempo bastante curto, no DNA de células vivas. Pense nisso como o melhor método para transferir dados pessoais com segurança.

2 Chocolate O grão de cacau enfrenta uma série de ameaças. Embora tanto as mudanças climáticas quanto a crescente demanda por cacau ponham em risco a oferta de grãos de cacau, a ameaça mais grave vem sob a forma de doenças.

Para evitar esse “choc-apocalipse”, a Associação de Fabricantes de Chocolates Finos e o Serviço de Pesquisa Agrícola do Departamento de Agricultura dos EUA firmaram uma parceria para criar a Iniciativa de Preservação do Cacau Nativo. O objetivo: identificar os grãos com o melhor sabor, vincular esses sabores à genética e usar essas informações para melhorar a qualidade do cacau e ajudar a garantir o sabor fino, a saúde e a diversidade do grão de cacau para as gerações futuras.

3 VinhoA falsificação de vinhos ocorre há séculos, mas nos últimos 25 anos, este crime aumentou vertiginosamente. Nesta indústria multimilionária associada ao crime organizado (os casos têm sido investigados tanto pelo FBI quanto pela Scotland Yard), os especialistas estimam que cerca de 5% de todos os vinhos comercializados sejam falsificados. Para combater esta onda de criminalidade crescente, já é possível testar o DNA do vinho para verificar se ele corresponde à proveniência certificada.

O teste de DNA também é utilizado para descobrir a origem de alguns dos vinhedos mais conceituados e no desenvolvimento de videiras resistentes a doenças, que são mais sustentáveis e exigem um grau menor de manejo. O uso de seleção assistida por marcadores acelera os processos de reprodução: entre 15 e 25 anos para um novo cruzamento assistido por marcadores (híbrido), comparado a 50 anos para cruzamentos tradicionais.

4 Cosmecêuticos Uma reviravolta na ciência da beleza. Vários fabricantes de cosméticos afirmam que os testes de DNA podem prever os maiores problemas que a sua pele vai enfrentar no futuro. Munido destas informações, você pode adotar um regime personalizado de cuidados com a pele para atenuar os sinais de envelhecimento, incluindo rugas, danos causados pelo sol e perda de elasticidade.

5 PerfumesUma fragrância exclusiva baseada em seu código genético único? Com certeza! Basta enviar um cotonete bucal para My DNA Fragrance e uma fragrância será criada especialmente para você. Quer sentir o cheiro do Elvis Presley, do Albert Einstein, ou da Marilyn Monroe? Sem problemas! A empresa está preparando uma linha de fragrâncias chamada “Antiquity”, baseada no DNA de celebridades já falecidas. É verdade.

6 ArteQuer mostrar ao mundo a sua beleza interior? Agora ficou fácil. Várias empresas estão se especializando na criação de retratos de DNA, e prometem uma fotografia do DNA pessoal que é tão única quanto você.

A economia do DNASeis grandes indústrias estão recebendo um grande impulso a partir da pesquisa sobre o genoma

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Trecho reproduzido com permissão da Global Health and Diplomacy ghdnews.com

*genome.gov/110069431 Estudo realizado em 2011 por Battelle. 2 Estudo realizado em 2012 por Battelle.

David B. Agus, MD, et al.

Numa época em que muito se discute o papel que o governo deve exercer na economia, o Projeto Genoma Humano (HGP) nos dá uma grande lição de como a cooperação entre governo, universidade e indústria pode salvar vidas, melhorar a oferta de alimentos, desenvolver novas fontes de energia e fornecer uma plataforma global inovadora para a criação de empregos.

Nascido em meio a controvérsias, em 1988, o investimento no HGP de US$ 2,7 bilhões do governo federal norte-americano, durante 13 anos, criou o primeiro mapa do genoma humano em 2001. Desde a publicação do referido mapa, a ciência e a tecnologia genômica e genética geraram 141 dólares em benefícios econômicos para cada US$1 investido(1), e atualmente, criam cerca de 116 mil empregos por ano, gerando US$ 16,5 bilhões de impacto econômico anual(2). No entanto, estamos bem no início da revolução genômica e seu verdadeiro impacto sobre a saúde humana e a segurança alimentar ainda não foi totalmente percebido

Assim como a imprensa disseminou o conhecimento para fora dos claustros e castelos e o tornou acessível para as massas, o processo de sequenciamento, que costumava ser caro e demorado, é realizado agora em alta velocidade e com custo baixo. O sequenciamento está ao alcance de quase todos os laboratórios do mundo, permitindo que os cientistas desvendem o manual de instruções genéticas de pessoas, plantas, animais e outros organismos.

Neste ano, na verdade, os pesquisadores serão capazes de ler os seis bilhões de letras de um genoma humano inteiro em um dia por apenas US$ 1.000. A superação do desafio do genoma de US$ 1.000 irá instaurar uma nova economia, baseada na compreensão do DNA presente em todos nós, e produzirá um tesouro de dados, permitindo que os médicos prescrevam estratégias individualizadas para a prevenção e o tratamento de doenças e resolvam mistérios ainda desconhecidos sobre a saúde humana, a produção de alimentos, a energia, e o meio ambiente. Os avanços na medicina ao longo dos próximos anos deverão superar, em termos de impacto, os feitos dos últimos 50 anos.

A nova “economia do DNA” como geradora de empregos inovadores

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novidade

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Finalmente, você pode obter os sinais limpos e sem degradação que você procura em seus western blots. A corrida em gel de pH neutro e a preparação de amostras de forma branda dos Géis Bolt™ Bis-Tris foram criadas para eliminar a degradação proteica, comum nos géis Tris-glicina, e preservar a integridade das proteínas.

Experimente também o Módulo de Transferência Bolt™ Mini Blot

O projeto inovador do Módulo de Transferência Bolt™ Mini Blot fornece praticidade e evita vazamentos na transferência de proteínas durante a realização do Western Blot. Além disso, você vai economizar bastante no tampão, já que o Bolt™ Mini Blot requer uma quantidade 2x menor de tampão de transferência.

PADRÃOProcurando alta precisão e praticidade? Confira o marcador MagicMark™ XP Western, de fácil utilização, para a avaliação do peso molecular de proteínas diretamente a partir das membranas de western. CORANTES Precisa de flexibilidade? Nesse caso, o Kit de Marcação Reversível de Membranas de Proteína da Novex® é o produto ideal para você. A marcação é completamente reversível, então você também pode fazer western na mesma membrana. Com pressa? Experimente o corante SimplyBlue™ SafeStain, com um protocolo de 12 minutos em microondas para a marcação de géis de proteínas. É rápido, de fácil utilização e com alto grau de sensibilidade. Encontre corantes e padrões para western blot na página lifetechnologies.com/novex

começam com as ferramentas

para western blot da Novex®

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Quer arregaçar as mangas? Seu gastronauta interior vai gostar das informações extras disponíveis nesses sites dedicados à gastronomia molecular:

molecularrecipes.com

moleculargastronomynetwork.com

chefsteps.com

modernistcuisine.com

Você Brinca com comida?

A gastronomia molecular é descrita como uma fusão - ou uma união apaixonante - da ciência dos alimentos com as artes culinárias. Com inovações técnicas, técnicas de laboratório e agentes de texturização naturais, chefes-cientistas pioneiros estão desconstruindo e transformando alimentos e bebidas familiares em novas formas fascinantes e com isso estão provocando uma revolução culinária.

Os gastrônomos moleculares utilizam a ciência para reinventar alimentos conhecidos de forma surpreendente

O termo “gastronomia molecular” foi criado em 1992 pelo físico inglês Nicholas Kurti e o químico francês Hervé This, do Instituto Nacional de Pesquisas em Agronomia (INRA), mas algumas pessoas preferem utilizar outros termos, por exemplo, cozinha de vanguarda, física culinária, cozinha modernista e cozinha experimental.

Comece agora suasEXPERIÊNCIAS NA COZINHAAqui estão algumas técnicas de gastronomia molecular usadas para criar resultados incomuns, mas em última análise, incríveis. Encontre mais técnicas da gastronomia molecular, sugestões de aditivos alimentares e dicas para obter sucesso com suas experiências na página molecule-r.com

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Citometria de fluxoUma pesquisa sobre a viabilidade e a vitalidade das tecnologias da Molecular Probes®.**

Laser de excitaçãoO que você está fazendo O que você precisa 405 nm 488 nm 633 nm

Viabilidade celular Marcação de células mortas Corantes de DNA SYTOX® Azul (S34857) Verde (S34860); Laranja (S34861) Vermelho (S34859)Marcação de células mortas fixadas

Corantes fixáveis LIVE/DEAD® Violeta (L34955); Ciano (L34957); Amarelo (L34959)

Verde (L23101); Vermelho (L23102); SYTOX® AADvanced™ Extremo Vermelho (S10349)

Extremo Vermelho (L10120); Infravermelho Próximo (L10119)

Ciclo celular Marcação de células fixadas Corantes FxCycle™ Violeta (F10347) Solução Corante (Vermelho) FxCycle™ PI/RNase (F10797)

Extremo Vermelho (F10348)

Marcação de célula vivas Corantes Vybrant® DyeCycle™ Violeta (V35003) Verde(V35004); Laranja (V35005) Rubi (V10309)Proliferação celular Replicação de DNA Ensaios Click-iT® EdU Kit Pacific Blue™ (C10418) Kit Alexa Fluor® 488 (C10425) Kit Alexa Fluor® 647 (C10419)

Análise de gerações Corantes CellTrace™ CellTrace™ Violeta (C34557) CellTrace™ CFSE (C34554) CellTrace™ Extremo Vermelho (C34553)Apoptose Medição da atividade de caspases Ensaio CellEvent® Caspase-3/7 Kit CellEvent® (C10427)

Translocação de membrana Kits Annexin V Kit Pacific Blue™ (A35136) Kit Alexa Fluor® 488 (V13241) Kit APC (V35113)Estresse oxidativo Detecção de espécies

reativas de oxigênio Kits CellROX® Kit CellROX® Verde (C10492);

Kit CellROX® Laranja (C10493)Kit Vermelho-escuro CellROX® (C10491)

**Os números de catálogo dos produtos exemplificados aparecem em parênteses: outras opções podem ser encontradas na página lifetechnologies.com/cellhealth

DUAS GOTAS para o brilho Agora os reagentes para captura de imagens ReadyProbes™ são vendidos em frasco conta-gotas e

são estáveis em temperatura ambiente. Basta adicionar duas gotas as suas células para uma captura de imagens fluorescentes, brilhantes e sem quaisquer problemas.

Confira os novos lançamentos e assista ao vídeo “Simplifying cell imaging” na página lifetechnologies.com/readyprobes

Sistemas mais inteligentes, captura de imagens de células com mais facilidade, resultados mais rápidos Concebida para evitar a complexidade da microscopia sem comprometer o desempenho, a linha EVOS® de sistemas de captura de imagens celulares é acessível a quase todos os laboratórios e orçamentos.

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VERIFICAÇÃO DOS SINAIS VITAIS

Ainda mais para

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Mais ensaios de apoptose para citometria de fluxoSe você preferir usar microscopia de fluorescência, análise de alto conteúdo, ou triagem de alta demanda, temos um ensaio de apoptose que é perfeito para suas necessidades. ***

EVOS® XL Core | EVOS® XL | EVOS® FLoid® | EVOS® FL | EVOS® FL Auto

Membrana plasmáticaConjugados Annexin V Permeabilidade da membrana Assimetria da membrana

UV Alexa Fluor® 350 (A23202) Kit #5 para Ensaio de Apoptose Vybrant® (V13244); Hoechst 33342 (H3570)

405 nm Pacific Blue™ (A35122) Vybrant® DyeCycle™ Violeta/ Kit para Apoptose SYTOX® AADvanced™ (A35135); Vybrant® DyeCycle™ Violeta (V35003)

Kit com Sonda Violeta de distribuição assimétrica na membrana/Apoptose para Células Mortas (A35137)

488 nm Alexa Fluor® 488 (A13201); RPE (A35111) Kit #4 para Ensaio de Apoptose Vybrant®— YO-PRO®-1 (V13243); YO-PRO®-1 (Y3603)

532 nm Alexa Fluor® 555 (A35108)

561 nm Alexa Fluor® 568 (A13202)

633/5 nm Alexa Fluor® 647 (A23204); APC (A35110) TO-PRO®-1 (T3605)

*** Os números de catálogo dos produtos exemplificados aparecem em parênteses: outras opções podem ser encontradas na lifetechnologies.com/apoptosis

Molecular Probes® | 19

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