Mapeamento Molecular de Características de Importância Agronômica Antonio Costa de Oliveira, PhD...
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Mapeamento Molecular de Características de Importância
Agronômica
Antonio Costa de Oliveira, PhD
Centro de Genômica e Fitomelhoramento
Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel
Tipos de Marcadores
Morfológicos Bioquímicos Moleculares
– RFLP– Baseados em PCR– AFLP
Uso em Análises Genéticas
Estudos de diversidade genética Estudos evolutivos Mapeamento genético Clonagem por mapeamento
Uso em Melhoramento Vegetal e Animal
Seleção assistida por marcadores Mapeamento comparativo Mapeamento de QTLs Seleção de progenitores Predição de heterose Identificação de germoplasma
Outras Aplicações
Diagnóstico de moléstias e contaminações
Identificação de raças Identificação de cultivares
(fingerprinting)
Estratégias de Mapeamento
Biologia e diversidade das espécies; Populações F2 segregantes ou
retrocruzamentos; Progênie de pelo menos 100 indivíduos; Linhagens endogâmicas recombinantes Análise de Blocos Segregantes
Linhagens Endogâmicas Recombinantes Caracterização de cada linhagem em
alelos x loco; Vantagens sobre a população F2:
– População permanente;– Informação cumulativa;– Avaliação em vários ambientes;– Mapas mais extensos;– Mapeamento mais rápido
Estratégias de Acúmulo de Marcadores Genes sem produto conhecido; Mapeamento enriquecido na região alvo
– Tecnologias que geram grandes volumes de marcadores;
– Estoques genéticos idênticos ou quase idênticos em regiões ao longo do genoma
Estoques Genéticos
Linhas quase isogênicas; Marcadores flanqueando o gene; Blocos segregantes; Amostras reunidas.
A
Gene alvo
P1 P2 F1 BC1 BC7F2(NIL)
P1 P2
F1
B
Gene alvo
Bulk 1 Bulk 2
F2
Análise demarcadores
P1 P2 NIL Bulk 1 Bulk 2
Clonagem por Mapeamento
Estratégias envolvendo grandes insertos (YACs ou BACs)– Insertos de 100-300 kb que podem
englobar marcadores que flanqueiam o gene alvo;
– Supressão de recombinação;– Distâncias físicas x genéticas.
Mapeando QTLs
Testando para efeitos de QTLs– Análise de intervalo - leva em conta a distância genética
entre marcadores ordenados e calcula a verossimilhança em aumentos específicos do intervalo;
– LOD escores (2,0 a 3,0 mais usados)
Identificação de QTLs para florescimento em arroz(Hd6) e caracterização de suas interações epistáticas com Hd2 usando linhas avançadas de retrocruzamento. Yamamoto et al., 2000
Nipponbare x Kasalath
Nip x F1Nip x F1
BC1F1BC1F1xx
BC1F2BC1F2 Testadas para homozigose em 5 QTLs de Nip com RFLPsTestadas para homozigose em 5 QTLs de Nip com RFLPs
Nip x BC1F2*Nip x BC1F2*
BC4F1BC4F1 BC4F2 (n=100)BC4F2 (n=100)xx
50 plantas BC4F3 de cada ( análise de QTLs)50 plantas BC4F3 de cada ( análise de QTLs)
Yamamoto et al. 2000
Mapas de ligação : 26 RFLPs nestas regiões selecionados de um mapa denso obtido por Harushima et al., 1998.
Avaliação da ação gênica e confirmação da interação epistática do QTL:
– 4 comprimentos de dia (10,5; 12; 13,5 e 14,5 h)– QTL-NIL Homozigota para o alelo de Kasalath e Nipponbare usados como
controle;– 3 linhas de QTL-NILs: NIL(Hd2); NIL(QTL alvo); NIL(Hd2/QTL alvo) nas
quais ambos os QTLs são introgredidos.
Yamamoto et al. 2000
Resultados– O QTL mais significativo do mapeamento derivado da planta
BC4F1-37-7 foi o Hd6 (novo) localizado no braço longo do cromossomo 3;
– O mapeamento fino de Hd6 foi obtido com 5 marcadores RFLP cosegregando com o loco, A herança foi mendeliana (1:2:1);
– Caracterização de Hd6 como o loco causando sensitividade ao fotoperíodo;
– Epistasia entre Hd2 e Hd6
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Hd1 Hd3Hd2
Hd4 Hd5
Kasalath
Nipponbare Planta BC4F1-37-7
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Hd2
Kasalath
Nipponbare Linha NIL Hd6
Hd6
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Hd6Hd2
Kasalath
Nipponbare Linha NIL (Hd2)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Hd2
Kasalath
Nipponbare Linha NIL Hd2/Hd6
Hd6
110
95
120
Dias para oflorescimento
N H K
Genótipo Hd2
Genótipo Hd6
N H K
Tabela 2. Comparação de dias para o florescimento de 3 QTL-NILs e o pai recorrente, nipponbare, sob diferentes comprimentos de dia
Comprimento do dia (h)
QTL-NIL 10,5 12,0 13,5 14,5 Diferença
Nipponbare 44,3 49,1 75,4 >120,0 >75,7Hd2 48,3 60,8 - 100,3 52,0Hd6 45,3 47,4 98,7 >120,0 >74,7Hd2, Hd6 51,7 68,3 - 104,7 53,0
Mapeamento molecular de loci para características de importância agronômica no cromossomo 3A de trigo. Shah et al., 1999
Genótipos: Cheyenne (CNN), linha de substituição CNN(WI3A) e 50 CNN(RICL-3A) desenvolvidas em background CNN;
Ambientes: 4 a 8 diferentes locais em Nebraska-EUA; Características:
– produtividade (GYLD);– número de grãos por espiga (KPS);– Peso de mil grãos (TKWT);– número de espigas por m2 (SPSM);– peso do volume de grão (GVWT);– estatura de planta(PHT);– data da antese (locus Eps)
Shah et al., 1999
Mapa de ligação:
– 13 RFLPs específicos para o cromossomo 3A e polimórficos entre
CNN e WI mais um marcador morfológico Eps foram mapeados;
Resultados:– Locos individuais explicaram 8,9 a 38,2% da variação fenotípica para as
características avaliadas;– O Loco Eps foi mapeado e explicou 38,2% da variação fenotípica para PHT e
17,4% para ambas KPS e TKWT.– Alguns QTLs adicionais foram encontrados, Qtls para GYLD só foram
encontrados em alguns ambientes, enquanto que não foram encontrados QTLs para GVWT;
– Não foi encontrada epistasia entre marcadores associados aos QTLs;– Qtls encontrados em diferentes ambientes foram consistentes pelo menos na
maioria deles.
Conclusões e Perspectivas
Os avanços com a saturação dos mapas e informações do mapeamento comparativo, estão permitindo um detalhamento maior das características quantitativas, porém as duplicações genômicas e multiplicidade de regiões atuando em uma característica, são fatores que ainda retardam o progresso do melhoramento molecular.