P E RA/ 1617/ 1000971 — Ap resen t ação d o p ed i d o · 4 A unidade curricular de...

22/12/2016 PERA/1617/1000971 — Apresentação do pedido

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PERA/1617/1000971 — Apresentação do pedido

Caracterização do pedido0. Âmbito do guião e síntese das principais alterações/melhorias introduzidas no ciclo de estudosdesde o processo de acreditação prévia.

0.1. Síntese das alterações introduzidas nos itens prépreenchidos e indicação das razões que as motivaram.O Plano de curso do Programa Doutoral em Bioquímica foi reformulado e as alterações efetuadas vão de encontro àsrecomendações da Escola Doutoral da Universidade de Aveiro em cumprimento dos requisitos legais sobre aorganização de planos curriculares dos programas doutorais e de modo a eliminar do plano de estudos as unidadescurriculares de 2º ciclo que foram oferecidas como unidades curriculares (UC) de opção. Nesta proposta não sealteraram os créditos das áreas científicas. Alterações efetuadas:1 A UC Projeto tese, da área científica de Bioquímica (BQ), deixa de ser uma UC semestral de 6 ECTS e passa a seruma UC de frequência anual de 30 ECTS, distribuídos em 6 ECTS no 1º semestre e 24 ECTS no 2º semestre;2 Propõese a criação das unidades curriculares de Cursos Avançados em Bioquímica I e II. Estas unidadescurriculares passam a integrar a lista de unidades curriculares opcionais, substituindo as UC de 2º ciclo oferecidosanteriormente. Os Cursos Avançados em Bioquímica I e II são organizados por módulos, selecionados de entre o lequede cursos avançados propostos para o Programa Doutoral em Bioquímica, ou podem ser selecionados de entre outroscursos avançados oferecidos pelo Departamento de Química UA ou por outros Departamentos da UA ou,excecionalmente, por outra universidade com a qual a Universidade de Aveiro tenha protocolo, desde que previamenteacordado com o diretor de curso. 3 A organização baseada em módulos de Cursos Avançados permite também a coordenação do Programa Doutoralem Bioquímica da UA com os projetos europeus recentemente financiados a decorrer no Departamento de Química, oprojeto Marie Curie H2020MSCAITN2015 Innovative Training Networks (ITNH2020MSCAITN2015), com título MASSspectrometry TRaining in Protein Lipoxidation ANalysis for Inflammation; “MASSTRPLAN”, e do Programa ErasmusPlus com o título Advanced Analytical Chemistry for Life Sciences (ACCLifeSci) (ERASMUS+). Ambos os projetospreveem a preparação e a realização de módulos de cursos de formação avançada. Os cursos avançados oferecidosno âmbito do Programa Doutoral de Bioquímica estão preparados para serem lecionados em inglês. 4 A unidade curricular de “Técnicas de Caracterização de Biomoléculas” (unidade curricular anual de 12 ECTS noplano de estudos anterior) passa a ser semestral com 6 ECTS. Esta UC passa a integrar a lista de UC opcionais. 5 A unidade curricular “Tópicos em Bioinformática” (unidade curricular anual de 12 ECTS no plano de estudos anterior)é eliminada e os seus tópicos programáticos serão abordados nas novas unidades curriculares de Cursos Avançadosem Bioquímica II.6 As unidades curriculares de Opção III e IV são de qualquer área científica (QAC) e podem ser escolhidas de entre asunidades curriculares de qualquer curso de doutoramento lecionado na Universidade de Aveiro, ou de outrauniversidade com a qual a Universidade de Aveiro tenha protocolo, desde que previamente acordado com o diretor decurso.

0.1. Summary of changes submitted to the prefilled items, and its main reasons.

The curricular plan of the Doctoral Program in Biochemistry was reformulated and the changes made are in accordancewith the recommendations of the Doctoral School of the University of Aveiro,in accordance with legal requirements, forthe organization of curricular plans of the doctoral programs of UA, and intend to eliminate the curricular units of 2ndcycle of studies that were chosen as optional. In this proposal the credits of the scientific areas were not altered. Thechanges made were:1 The curricular unit (UC) Research project, from the scientific area of Biochemistry (BQ), is no longer a semester 6ECTS course and starts to be a UC of 30 ECTS per year, distributed in 6 ECTS in the 1st semester and 24 ECTS in thesecond semester;2 It is proposed two new UCs, namely Advanced Courses in Biochemistry I and II. These UCs become part of the list ofoptional curricular units, replacing the previously offered 2nd cycle UCs. The Advanced Courses in Biochemistry I and IIare organized by modules, selected from the range of advanced courses proposed for the Doctoral Program inBiochemistry, or can be selected from among other advanced courses offered by the UA Chemistry Department, fromother departments of UA or, exceptionally, by another university with which the University of Aveiro has protocol,provided that previously agreed with the director of de doctoral program.3 The organization of the Advanced Courses based on modules also allows the coordination of the Doctoral Program inBiochemistry with the recently funded European projects underway in the Chemistry Department, the Marie CurieProject H2020MSCAITN2015 Innovative Training Networks (ITNH2020 MSCAITN2015), entitled MASS spectrometryTRaining in Protein Lipoxidation ANalysis for Inflammation; "MASSTRPLAN", and the Erasmus Plus Program entitledAdvanced Analytical Chemistry for Life Sciences (ACCLifeSci) (ERASMUS +). Both projects support the preparationand implementation of modules of advanced training courses. The advanced courses offered under the BiochemistryDoctoral Program are prepared to be taught in English.4 The curricular unit of "Techniques of Characterization of Biomolecules" (annual curricular unit of 12 ECTS in the



previous study plan) will be semestral with 6 ECTS. This UC becomes part of the list of optional UCs.5 The curricular unit "Topics in Bioinformatics" (annual curricular unit of 12 ECTS in the previous syllabus) is eliminatedand its programmatic topics will be addressed in the new curricular unit of Advanced Courses in Biochemistry II.6 The curricular units of Option III and IV are of any scientific area (QAC) and can be chosen from the curricular units ofany doctorate course from the University of Aveiro, or from another university with which the University of Aveiro hasprotocol, once previously agreed with the course director.

0.2. Outras observações relevantes sobre a evolução da implementação do ciclo de estudos (facultativo).<sem resposta>

0.2. Other relevant observations on the implementation progress of the study programme (optional).<no answer>

Perguntas A1 a A4

A1. Instituição de ensino superior / Entidade instituidora:Universidade De Aveiro

A1.a. Outras Instituições de ensino superior / Entidades instituidoras:

A2. Unidade(s) orgânica(s) (faculdade, escola, instituto, etc.):Universidade De Aveiro

A3. Designação do ciclo de estudos:Bioquímica

A3. Study programme name:Biochemistry

A4. Grau:Doutor

Perguntas A5 a A10

A5. Área científica predominante do ciclo de estudos:Bioquímica

A5. Main scientific area of the study programme:Biochemistry

A6.1. Classificação da área principal do ciclo de estudos (3 dígitos), de acordo com a Portaria n.º 256/2005, de 16 de Março(CNAEF):

421

A6.2. Classificação da área secundária do ciclo de estudos (3 dígitos), de acordo com a Portaria n.º 256/2005, de 16 deMarço (CNAEF), se aplicável:

421

A6.3. Classificação de outra área secundária do ciclo de estudos (3 dígitos), de acordo com a Portaria n.º 256/2005, de 16de Março (CNAEF), se aplicável:

<sem resposta>

A7. Número de créditos ECTS necessário à obtenção do grau:240

A8. Duração do ciclo de estudos (art.º 3 DL74/2006, de 26 de Março):



8 semestres

A8. Duration of the study programme (art.º 3 DL74/2006, March 26th):8 semesters

A9. Número máximo de admissões:20

A10. Condições especificas de ingresso:Portadores de um grau de mestre ou 2º ciclo na área da bioquímica. Podem também candidatarse os titulares degrau de licenciado detentores de um currículo escolar ou científico especialmente relevante que seja reconhecidopela Comissão Científica como atestando capacidade para a realização deste ciclo de estudos. Podem tambémcandidatarse os titulares de graus equivalentes por universidades estrangeiras, após avaliação curricular.

A10. Specific entry requirements:Candidates with a master degree or 2nd cycle in the area of biochemistry. Candidates with a licentiate degree andwith a relevant academic and scientific curriculum in this area recognized by the scientific commission can alsoapply to this 3rd cycle course. Foreign candidates with similar degrees can also apply after a curricular analysis.

Pergunta A11

Pergunta A11

A11. Percursos alternativos como ramos, variantes, áreas de especialização do mestrado ou especialidades dodoutoramento em que o ciclo de estudos se estrutura (se aplicável):

Não

A11.1. Ramos, variantes, áreas de especialização do mestrado ou especialidades do doutoramento (se aplicável)

A12.1. Ramos, opções, perfis, maior/menor, ou outras formas de organização de percursos alternativos em que o ciclode estudos se estrutura (se aplicável) / Branches, options, profiles, major/minor, or other forms of organisation ofalternative paths compatible with the structure of the study programme (if applicable)

Opções/Ramos/... (se aplicável): Options/Branches/... (if applicable):

<sem resposta>

A12. Estrutura curricular

Mapa I

A12.1. Ciclo de Estudos:Bioquímica

A12.1. Study Programme:Biochemistry

A12.2. Grau:Doutor

A12.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável):<sem resposta>

A12.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable):<no answer>



A12.4. Áreas científicas e créditos que devem ser reunidos para a obtenção do grau / Scientific areas and credits thatmust be obtained before a degree is awarded

Área Científica / ScientificArea

Sigla /Acronym

ECTS Obrigatórios / MandatoryECTS

ECTS Mínimos Optativos / Minimum OptionalECTS*

Bioquímica/Biochemistry BQ 216 0Qualquer Área Científ ica QA/BQ 0 24(2 Items) 216 24

Perguntas A13 e A16

A13. Regime de funcionamento:Diurno

A13.1. Se outro, especifique:<sem resposta>

A13.1. If other, specify:<no answer>

A14. Local onde o ciclo de estudos será ministrado:Universidade de Aveiro

A14. Premises where the study programme will be lectured:University of Aveiro

A15. Regulamento de creditação de formação e experiência profissional (PDF, máx. 500kB):A15._Desp_7047_2011_Regul_Credit_UA1.pdf

A16. Publicação do plano de estudos em Diário da República (nº e data):Diário da República, 2.ª série — N.º 144 — 28 de Julho de 2011

A17. Observações:As alterações ao plano de estudos foram já enviadas à DEGS para registo, pelo que se aguarda a sua publicação emDiário da Republica.

A17. Observations:The changes to the syllabus have already been sent to the DEGS for registration, and so we are awaiting fro thepublication in Diário da Republica.

Instrução do pedido1.Coordenação do ciclo de estudos

1.1. Docente(s) responsável(eis) pela coordenação da implementação do ciclo de estudosA(s) respetiva(s) ficha(s) curricular(es) deve(m) ser apresentada(s) no Mapa IV.

Maria do Rosário Gonçalves dos Reis Marques Domingues

2. Plano de estudos

Mapa II Primeiro ano/primeiro semestre

2.1. Ciclo de Estudos:Bioquímica

2.1. Study Programme:Biochemistry

http://a3es.pt/si/iportal.php/process_form/download/formId/32bf8346-a985-f99d-cf54-581f3f89ad69/questionId/1b7803e0-e017-9d64-454d-5800b80767aa



2.2. Grau:Doutor

2.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável):<sem resposta>

2.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable):<no answer>

2.4. Ano/semestre/trimestre curricular:Primeiro ano/primeiro semestre

2.4. Curricular year/semester/trimester:First year/first semester

2.5. Plano de estudos / Study plan

Unidades Curriculares /Curricular Units

Área Científica /Scientific Area(1)

Duração /Duration (2)

HorasTrabalho /WorkingHours (3)

HorasContacto /Contact Hours(4)

ECTS Observações /Observations (5)

Tópicos Contemporâneos emBioquímica/Contemporary Topics inBiochemistry

BQ Semestral/Semester 162 TP15 OT15 6 Obrigatória /Mandatory

Opção I/Elective I BQ Semestral/Semester 162 Variável(Variable 6 Opcional/OptionalyOpção II / Elective I(a) BQ Semestral/Semester 162 Variável/Variable 6 Opcional/Optional

Opção III/ Elective II(a) QAC Semestral/Semester 162 Variável/Variable 6

Opcional/Optional;Qualquer UC do 3ºciclo/ Any UC from 3thcycle

Prática Tutorial I/Tutorial practice I BQ Semestral/Semester 162 Variável/Variable 6 Para a Opção I, II ou III/For Option I, II or III

Técnicas de Caracterização deBiomoléculas BQ Semestral/Semester 162 TP15 OT15 6 Para a Opção I, II ou III/

For Option I, II or IIICursos Avançados em Bioquímica I/Advanced Courses in Biochemistry I BQ Semestral/Semester 162 TP30 OT:15 6 Para a Opção I, II ou III/

For Option I, II or IIIProjecto tese/Research Project BQ Anual/Annual 162 TP 6 OT15 6 Obrigatória /Mandatory(8 Items)

Mapa II Primeiro ano/segundo semestre



2.2. Grau:Doutor



2.4. Ano/semestre/trimestre curricular:



Primeiro ano/segundo semestre

2.4. Curricular year/semester/trimester:First year/second semester



Área Científica /Scientific Area(1)


HorasTrabalho /Working Hours(3)

HorasContacto /Contact Hours(4)

ECTS Observações /Observations (5)

Projecto tese/Research Project BQ Anual/Annual 648 TP15 OT45 24 Obrigatoria/Mandatory

Opção IV/Elective IV QAC Semestral/Semester 162 Variável/Variable 6Opcional/Optional;Qualquer UC do 3º ciclo/Any UC from 3th cycle

Cursos Avançados em BioquímicaII/ Advanced Courses inBiochemistry II

BQ Semestral/Semester 162 TP 30 OT15 6 Para a Opção IV/ ForOption IV

Prática Tutorial II/Tutorial practice II BQ Semestral/Semester 162 Variável/Variable 6 Para a Opção IV/ ForOption IV

Inovação eEmpreendedorismo/Innovation andEntrepreneurship

GES Semestral/Semester 162 TP24 6 Para a Opção IV/ ForOption IV

(5 Items)

Mapa II Segundo ano



2.2. Grau:Doutor



2.4. Ano/semestre/trimestre curricular:Segundo ano

2.4. Curricular year/semester/trimester:Second year



Área Científica /Scientific Area (1)


Horas Trabalho /Working Hours (3)

Horas Contacto /Contact Hours (4) ECTS Observações /

Observations (5)

Tese /Thesis BQ Anual/Annual 1620 OT 60 60 Obrigatória/Mandatory

(1 Item)



Mapa II Terceiro ano



2.2. Grau:Doutor



2.4. Ano/semestre/trimestre curricular:Terceiro ano

2.4. Curricular year/semester/trimester:Third year



Área Científica /Scientific Area (1)


Horas Trabalho /Working Hours (3)

Horas Contacto /Contact Hours (4) ECTS Observações /

Observations (5)Tese /Thesis BQ Anual/Annual 1620 OT 60 60 Obrigatória/Mandatory(1 Item)

Mapa II Quarto ano



2.2. Grau:Doutor



2.4. Ano/semestre/trimestre curricular:Quarto ano

2.4. Curricular year/semester/trimester:Fourth year


Unidades Curriculares / Área Científica / Duração / Horas Trabalho / Horas Contacto / Observações /



Curricular Units Scientific Area (1) Duration (2) Working Hours (3) Contact Hours (4) ECTS Observations (5)

Tese/Thesis BQ Anual/Annual 1620 OT 60 60 Obrigatória/Mandatory(1 Item)

3. Objetivos do ciclo de estudos e Unidades Curriculares

3.1. Dos objetivos do ciclo de estudos

3.1.1. Objetivos gerais definidos para o ciclo de estudos:Este ciclo de estudos destinase a portadores de um grau de mestre ou 2º ciclo na área da bioquímica. Tem porprincipal objectivo dotar os estudantes de conhecimentos necessários para a produção de conhecimento na áreadas Ciências da Vida em geral, e da bioquímica em particular, norteados por uma atitude ética. Consequentemente, acomponente principal do ciclo de estudos consiste na elaboração de uma tese de doutoramento com resultadosoriginais atestando a capacidade do candidato para realizar investigação de qualidade, com um contributo claropara o alargamento das fronteiras do saber na área da bioquímica, devendo esse conhecimento ser divulgadojunto da comunidade científica através da publicação em jornais científicos internacionais indexados. Assim, faztambém parte dos objectivos deste ciclo de estudos habilitar os estudantes a comunicar com os seus pares e coma comunidade académica.

3.1.1. Generic objectives defined for the study programme:This 3rd cycle course is aimed for candidates with a master degree or 2nd cycle in the field of biochemistry.This course to provides students with essential methodological and technical background to produce knowledge in thelife sciences in general and in biochemistry in particular. These objectives are guided by scientific and ethicalguidelines. Consequently, the main component of the 3rd cycle in Biochemistry is the preparation of a thesis, whichmust include original findings certifying the applicant's capacity to undertake research work of high quality, andcontribute to produce and promote knowledge in the field of biochemistry. Scientific data should be publish in indexedinternational scientific journals. For this reason, this course also aims to enable students to communicate with theirpeers of the academic community.

3.1.2. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências) a desenvolver pelos estudantes:Para além do aprofundamento das competências obtidas durante o 1º e 2º ciclos de estudos, no final deste 3º ciclopretendese que os estudantes tenham adquirido:1. A capacidade de conceber, organizar, gerir e desenvolver projectos de investigação científica, de forma autónoma ouintegrados em equipa. Assim, deverão ser capazes de (i) aceitar a existência de possibilidades múltiplas deinvestigação, (ii) formular questões e objectivos de pesquisa, (iii) avaliar, sistematizar e decidir as condutas maisadequadas, (iv) identificar e seleccionar fontes de informação adequadas, (v) analisar criticamente ideias novas ecomplexas, (vi) construir instrumentos válidos de recolha de dados e (vii) preparar documentos científicos, tais comoartigos, relatórios, dissertações e teses;2. A aptidão para o trabalho integrado em equipas muitidisciplinares;3. O juízo crítico e a curiosidade inerentes a quem faz investigação de qualidade, assim como hábitos de aprendizagemao longo da vida.

3.1.2. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences) to be developed by the students:At the end of the 3rd cycle in biochemistry students should have acquired: 1. The ability to conceive, organize, manage, and develop scientific research projects autonomously or integrated inmultidisciplinary teams. Students should be able to (i) recognize the existence of multiple possibilities for research, (ii)formulate scientific questions and research project objectives, (iii) evaluate, organize and decide the most appropriateexperimental approach to be followed, (iv) identify and select appropriate sources of information, (v) critically analyzenew and complex ideas, (vi) build valid instruments for data collection, and (vii) prepare scientific documents such asarticles, reports, dissertations and theses;2. The ability to work in integrated multidisciplinary teams;3. The reasoning and curiosity inherent to those who make high quality research as well as attitudes for lifetime.

3.1.3. Inserção do ciclo de estudos na estratégia institucional de oferta formativa face à missão da instituição:The University of Aveiro (UA) has the mission of promoting fundamental and applied research activities, teaching andtraining, transfer to the society of knowledge and technology, cultural and humanistic activities in close interaction withthe surrounding community. Pursuing its mission, the UA emphasizes several key activities such as: the integratedtraining and continuous realignment of studentcentered teachinglearning models; promoting quality assurancepolicies and instruments in all areas of intervention; promoting the social relevance of the courses, namely in thecontext of preparation for the exercise of professional activities; strengthening the link with Portuguesespeakingcountries; promoting the development of new teaching and learning methodologies, supported by innovativecommunications technologies and systems; and supporting the adoption of multidisciplinary and ethically orientedperspectives. UA also encourage the dissemination of knowledge and culture through extension activities and lifelong



learning; the establishment and strengthening of partnerships with industry and the business environment,strengthening innovation mechanisms and fostering good practices through the exchange and sharing of human andmaterial resources; aiming the focus of young people's interest in the areas of science and engineering. In theaccomplishment of the mission of the University, the organic units assume a great responsibility since they areresponsible for the teaching the courses and for the implementation of the teachinglearning instruments, contributingto the development of society.

The Doctoral Program in Biochemistry is based on a series of objectives and strategies that aimed the formation ofPhDs in Biochemistry according to the principles underlying the mission of the UA. The fundamental objectives of theDoctoral Program in Biochemistry are: to educate students with the necessary knowledge in the area of Life Sciencesin general, and Biochemistry in particular, guided by an ethical attitude, demonstrated in the doctoral thesis elaboratedwith originals results, promoting selflearning and interactive relationship with the promoters of learning; stimulating thecapacity for initiative and autonomy; which will enable the student to communicate science in various forms. It alsoaims students to promote the interaction of scientific community with society; to contribute to broadening the frontiersof knowledge in the field of Biochemistry through publication in international scientific journals, participation ininternational scientific meetings and exchanges with national and international institutions of merit; and to preparestudents for the exercise of professional activities that require scientific and technical knowledge in the field ofBiochemistry. All these objectives are well internalized in the structure of the courses taught by the Department ofChemistry and are followed by the Doctoral Program in Biochemistry.

3.1.3. Insertion of the study programme in the institutional training offer strategy against the mission of the institution:The University of Aveiro (UA) has the mission of promoting fundamental and applied research activities, teaching andtraining, transfer of knowledge and technology to the society, cultural and humanistic activities in close interaction withthe surrounding community. In the pursuing of its mission, the UA emphasizes several key activities such as: theintegrated training, continuous realignment of studentcentered teachinglearning models; promoting quality assurancepolicies and instruments in all areas of intervention; promoting the social relevant courses in the preparation ofstudents for the exercise of professional activities; strengthening the link with Portuguesespeaking countries;promoting the development of new teaching and learning methodologies, supported by innovative communicationstechnologies; and supporting the adoption of multidisciplinary and ethically oriented perspectives. UA also encouragethe dissemination of knowledge and culture through extension activities and lifelong learning; the establishment andstrengthening of partnerships with industry and business environment, strengthening innovation mechanisms andfostering good practices through the exchange and sharing of human and material resources; aiming to focus youngpeople's interest in the areas of science and engineering. In the accomplishment of the University mission, the organicunits assume a great responsibility since they are responsible for the teaching the courses and for the implementationof the teachinglearning instruments, contributing to the development of society.The Doctoral Program in Biochemistry is based on a series of objectives and strategies that aimed the formation ofPhDs in Biochemistry according to the principles underlying the mission of the UA. The fundamental objectives of theDoctoral Program in Biochemistry are: to educate students with the necessary knowledge in the area of Life Sciencesin general, and Biochemistry in particular, guided by an ethical attitude, demonstrated in the doctoral thesis elaboratedwith originals results, promoting selflearning and interactive relationship with the promoters of learning; to stimulatethe capacity for initiative and autonomy, which will enable the student to communicate science in various forms. It alsoaims to involve students in the promotion of the interaction between scientific community and society; to contribute tobroadening the frontiers of knowledge in the field of Biochemistry through publication in international scientific journals,participation in international scientific meetings and exchange skills with national and international institutions ofrecognized merit; to prepare students for the exercise of professional activities that require scientific and technicalknowledge in the field of Biochemistry. All these objectives are well internalized in the structure of the courses taughtby the Department of Chemistry and are followed by the Doctoral Program in Biochemistry.

3.2. Organização das Unidades Curriculares

Mapa III Tópicos Contemporâneos em Bioquímica/ Contemporary Topics in Biochemistry

3.2.1. Unidade curricular:Tópicos Contemporâneos em Bioquímica/ Contemporary Topics in Biochemistry

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Francisco Manuel Lemos Amado; TP: 15 OT: 15

3.2.3. Outros docentes e respetivas horas de contacto na unidade curricular:NA

3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):Esta unidade curricular tem por objectivo permitir ao estudante a aplicação de conhecimentos de metodologia deinvestigação previamente adquiridos em unidades precedentes, a um determinado assunto na área de bioquímica quedeverá ser aprofundado, resultando na realização de um artigo de revisão e a sua apresentação oral.Esperase, no final da unidade curricular, que o estudante demonstre ter desenvolvido as suas capacidades de escrita


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científica na forma de um artigo de revisão bem assim como as suas capacidades de comunicação científica oral numassunto pertinente e central na área de bioquímica.

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):This curricular unit aims to enable the student to apply knowledge of research methodology, previously acquired, to acertain topic in the field of biochemistry, resulting in the completion of a review article and a oral presentation.It is expected at the end of the unit that the student proves to have developed their scientific writing skills in the form ofa review article as well as its oral scientific communication skills in a relevant and central issue in the biochemical area.

3.2.5. Conteúdos programáticos:Esta unidade curricular é integralmente dedicada à redação de trabalhos científicos e desenvolvimento de capacidadede comunicação oral. Para um tema relevante na área de bioquímica, o trabalho deverá incluir uma revisão do estadoda arte, a problemática inerente à sua realização, os objectivos, as hipóteses de trabalho futuros e os métodos einstrumentos utilizados, devidamente suportados por bibliografia adequada.

3.2.5. Syllabus:This curricular unit is fully dedicated to scientific papers writing and development of oral communication skills. Inoverall for of a relevant biochemistry subject, the work should include a review of the state of the art, the problemsinherent in their achievement, goals and assumptions of future work and the methods and tools used, properlysupported by adequate bibliography.

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Esta unidade curricular é dedicada à preparação individual de um artigo de revisão e sua apresentação oral, a suaplanificação de apresentação oral e escrita, aplicando uma abordagem passo a passo. Na aula o professor irásupervisionar e orientar os alunos para o sucesso de acordo com os objectivos definidos.

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:This curricular unit is devoted to the preparation of an individual review paper and a oral presentation for the same topicapplying a step by step approach in its planning, writing and oral presentation. In class the teacher will supervise andguide students to success according to the objectives of the unit.

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):É solicitado a cada estudante a realização de um trabalho de revisão da literatura e uma apresentação oral de um temacientífico na área de bioquímica escolhido individualmente. De acordo com o Regulamento dos Estudos daUniversidade de Aveiro a avaliação da disciplina será contínua. O estudante é avaliado pela elaboração da revisão daliteratura (70%) e pela apresentação oral (30%). A revisão deverá ser escrita sobre a forma de artigo de revisão a sersubmetido a uma revista científica.

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):The student is asked to perform a literature review and choose a theme on a scientific topic, in the biochemistry area,and perform a oral presentation in accordance with the review work. Evaluation will be continuous and according to theStudies Regulation of the University of Aveiro. The student is evaluated by the literature review (70%) and oralpresentation (30%). The review should be written on the form of a review article to be submitted to a scientific journal.

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:As aulas teóricopráticas permitem o reforço e a integração do conhecimento estruturante para a realização doprojecto de trabalho individual. As sessões de orientação tutorial possibilitam guiar de forma sustentada o trabalhoautónomo a realizar pelo

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The lectures enable the strengthening and integration of knowledge necessary to built the individual work. The sessionsof tutorial guidance will allow the students' autonomous work in developing scientific writing and oral skills in asupervised way.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:Em resultado da pesquisa feita pelos estudantes./ As a result of bibliographic research done by students.

Mapa III Prática Tutorial 1/Tutorial pratique I

3.2.1. Unidade curricular:Prática Tutorial 1/Tutorial pratique I



3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Rita Maria Pinho Ferreira (TP, 15h)


3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):Esta unidade curricular tem por objectivo que os estudantes adquiram: competências avançadas em apresentação e síntese de dados científicos; competências avançadas de comunicação e discussão de trabalhos científicos; capacidades para integração da investigação com outras atividades subsidiárias (e.g. ensino, comunicação edivulgação de ciência) competências de planear e desenvolver trabalho em equipa.

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):This course unit is intended for students to acquire: advanced skills in presentation and synthesis of scientific data; advanced communication skills and discussion of scientific work and scientific papers; development of skills to integrated research activities with other activities collateral to research skills ability to plan and develop teamwork.

3.2.5. Conteúdos programáticos:Apoio lectivo em Bioquímica Desenvolvimento de técnicas para organização e apresentação de dados científicos Desenvolvimento de técnicas para estruturação e escrita de trabalhos científicos, como apresentações orais eartigos científicos. Divulgação da Bioquímica a audiências diversificadas

3.2.5. Syllabus: Support to teaching of Biochemistry Development of techniques for presentation and synthesis of scientific data Development of skills to prepare and write oral presentations and scientific. Communication of Biochemistry to diversified audiences.

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Esta unidade curricular pretendese que os alunos desenvolvam competências ao nível didático e pedagógico. Esteobjectivo será atingido através da planificação de novas elemento pedagógicas (novos protocolos para aulas práticasou novos casos de estudo), e acompanhante de atividades letivas.Os estudantes devem desenvolver boas práticas de investigação, e da capacidade de comunicação dos resultados dainvestigação, quer para audiências diversificadas (encontros técnicos e científicos, encontros com não especialistasou divulgação ao publico em geral). Devem desenvolver competências de apresentação de dados científicos, emcomunicações a apresentar a público diversificado, aprendendo a planificar e estruturar comunicações orais e artigoscientíficos.

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:This course is intended that students develop skills at educational and pedagogical level. This will be achieved throughthe planning of new pedagogical element (new protocols for P classes or new case studies), and participating inteaching activities.Students will develop good research practices, and the ability to communicate scientific results both to differentaudiences (technical and scientific meetings, meetings with nonspecialists or to the general public). Students willdevelop scientific writing skills, learning to plan scientific articles.

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):Os alunos serão inseridos nas equipas de leccionação de unidades curriculares dos 1º ou 2ºciclos de estudo emBioquímica, ou de outros cursos de áreas afins, em concordância com o Diretor de Curso, participando em atividadesde preparação de materiais, lecionação, ou outras, que envolvem a apresentação, discussão e reflexão sobre matérias



específicas de aulas práticas e/ou teórico práticas. Os alunos podem optar por desenvolver trabalho de pesquisabibliográfica, e de métodos /protocolos laboratoriais, para a estruturação de um plano de projeto de investigação. Aavaliação desta UC será realizada tendo em conta o desempenho do estudante nas atividades realizadas. No final dosemestre, o estudante deverá produzir um relatório, que deverá ser avaliado pelos docentes responsáveis para oacompanhamento desta atividade. A nota final será calculada de acordo com: nota final= desempenho ( 60%) +relatório(40%).

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):Students will be included in the teaching teams of curricular units from 1st or 2nd cycle in Biochemistry, or othercourses in related fields, in agreement with the Course Director, participating in materials preparation, teaching, orother activities that Involve the presentation, discussion and reflection on specific subjects of practical classes and / ortheoretical practices. Students may choose to develop bibliographic research work, and laboratory methods / protocols,for structuring a research project plan. The evaluation of this UC will be carried out taking into account the performanceof the student in the activities carried out. At the end of the semester, the student should write a report, that will beevaluated by the teachers responsible for monitoring the activity. The final grade will be calculated according to: finalgrade = performance (60%) + report (40%).

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:

As metodologias de ensino favorecem a vertente prática da aprendizagem garantindo desse modo a concretização dosobjetivos da unidade curricular. Os estudantes serão incentivados a procurarem formas alternativas e eficientes paracomunicação dos resultados da investigação a audiências não técnicas e ao publico em geral . Os estudantes devem ainda apresentar um plano para um artigo científico e/ou uma comunicação.

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:. The teaching methodologies favor the practical aspects of learning thereby guaranteeing the achievement of theobjectives of the course. Students will be motivated to search for alternative and efficient approaches to communicateresearch results to nontechnical audiences. . Students should also prepare a plan for a scientific paper and / or communication.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:

Bibliografia recomendada para a UC escolhida para apoio tutorial.Bourne. Ten simple rules for making good oral presentations. PLoS Comput Biol (2007) vol. 3 (4) pp. e77 Erren and Bourne. Ten simple rules for a good poster presentation. PLoS Comput Biol (2007) vol. 3 (5) pp. e102

Mapa III Técnicas de caracterização de biomoléculas Techniques for the Characterization of Biomolecules

3.2.1. Unidade curricular:Técnicas de caracterização de biomoléculas Techniques for the Characterization of Biomolecules

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Pedro Miguel Dimas Neves Domingues (TP: 6; OT 15)

3.2.3. Outros docentes e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Ivonne Delgadillo,(TP 8); Ana Maria Pisssarra Gil Coelho(TP 8) ; Silvia Maria da Rocha Simões Carriço( TP 8)

3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):Esta unidade curricular tem por objectivo fornecer conhecimentos avançados sobre a teoria subjacente às principaistécnicas utilizadas em biologia estrutural. Adicionalmente, pretendese ainda familiarizar os estudantes com autilização da instrumentação utilizada em biologia estrutural para fins de investigação científica. Esta unidade forneceuma apresentação detalhada de metodologias de biologia estrutural, incluindo espectroscopia de RMN, Espectroscopiade Infarvermelho e de espectrometria de massa.

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):This course aims to provide advanced knowledge about the theory behind the main techniques used in structuralbiology. Additionally, a further aim is to familiarize students with the use of the instrumentation used in structural



biology for scientific research purposes. This unit provides a detailed presentation of methods for structural biology,including NMR and mass spectrometry

3.2.5. Conteúdos programáticos:1. NMR; Ressonância prótonica de spin, COSY vs NOESY, as atribuições de spin, determinação da estrutura, RMN deestado sólido e outros métodos2. Espectrometria de Massa; Física da espectrometria de massas. Fontes de iões, analisadores e detectores. Osinstrumentos híbridos. Espectrometria de massa tandem, MS / MS, varrimentos de ião precursor e de perda de neutros.Quantificação e análise de dados. Lipidómica, metabolómica e proteómica.

3.2.5. Syllabus:1. NMR; Basis for proton spin resonance, COSY vs. NOESY experiments, spin assignments, structure determination,solid state and other methods2. Mass Spectrometry; Physics of mass spectrometry. Ion sources, analysers and detectors. Hybrid instruments.Tandem Mass spectrometry, MS/MS,Parent scan and Neutral loss scan. Quantitation and data analysis. Lipidomics, metabolomiccs and proteomics.

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Os conteúdos programáticos da unidade curricular “técnicas avançadas em biologia estrutural” estão organizados deuma forma integrada e orientada na resolução de problemas, de forma a facultar uma revisão de conceitos básicos dastécnicas, aprofundar esses conhecimentos, na modelação, simulação e tratamento informático dos dados, quandorelevante, terminando no estudo das diversas aplicações das técnicas estudadas. Pretendese assim que osconteúdos programáticos sejam fornecidos de forma a proporcionar aos alunos os conhecimentos necessários para oplaneamento, execução e interpretação de experiências científicas envolvendo técnicas em biologia estrutural.

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The syllabus of the course "Advanced techniques in structural biology" are organized in an solving problems format inorder to provide a review of basic concepts and techniques, deepen such knowledge, modeling, simulation andcomputer data processing, finishing in the study of several technical applications. It is intended that the syllabuses areprovided in order to provide students with the knowledge necessary for planning, execution and interpretation ofscientific experiments involving techniques in structural biology

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):Aulas TP de carácter expositivo e de resolução de problemas procurandose sempre uma interacção efectiva com osestudantes. Os estudantes deverão frequentar pelo menos 75% das aulas teóricas e práticas. Avaliação: avaliaçãoperiódica distribuída e final. Apresentação, análise e discussão de relatórios.

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):The theoricalpractical classes are mainly expository and demonstrative with resolution of problems. Students mustattend at least 75% of the theoretical and practical lessons.Evaluation: Periodic and final evaluation. Presentation, discussion and analysis reports.

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:As aulas TP visam orientar os estudantes para o conhecimento de referência nos conteúdos alvo da unidade curricularsob a tutela do docente, sem contudo deixar de fomentar o espaço para a discussão crítica dos problemas associadosaos temas em análise. A aplicação do conhecimento adquirido operacionalizase na realização de tarefas concretasdurante as aulas, permitindo transversalmente a resolução de problemas relacionados com os diferentes tópicosanalisados assim como o contacto próximo e o domínio pelo estudante das diferentes técnicas e métodos de análiseestrutural.

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The lectures intend to guide students to the reference knowledge addressed in the content of this curricular unit underthe guidance of the teacher, whilst continuing to foster the space for critical discussion of problems associated withissues under consideration. The application of knowledge acquired in lectures will be done through the performance ofspecific tasks, allowing transverse resolution of problems related to the different techniques and methodologies instructural analysis.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:A ser fornecida pelos palestrantes e em resultado da pesquisa feita pelos estudantes.

To be provided by the lecturers and as a result of research done by students



Mapa III Cursos Avançados em Bioquímica I/ Advanced Courses in Biochemistry

3.2.1. Unidade curricular:Cursos Avançados em Bioquímica I/ Advanced Courses in Biochemistry

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Maria do Rosário Gonçalves dos Reis Marques Domingues (TP:15h, OT:7,5h)

3.2.3. Outros docentes e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Pedro Miguel Dimas Neves Domingues (TP:15h, OT:7,5h)

3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):Esta unidade curricular tem por objectivo dotar os estudantes de competências avançados em estratégia e métodos deanálises bioquímicas modernas e especializadas utilizadas em laboratórios de investigação, em laboratórios clínicos, eem indústrias. No final desta UC os estudantes devem: Desenvolver competências avançadas em Espectrometria de Massa Refletir criticamente sobre os métodos usados para resolver problemas específicos de lipidómica e metabolómica Estruturar trabalhos de lipidómica ou metabolómica Aplicar as competências adquiridas na análise dos de lipidómica ou metabolómica

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):This course aims to provide students with advanced skills in strategy and methods of modern and specializedbiochemical analysis used in research and clinical laboratories and industries. At the end of this course students will beable to: Develop advanced skills in Mass Spectrometry Reflect critically on the methods used to solve specific problems of lipidomics and metabolomics Plan lipidomic or metabolomic works Apply the acquired competences in the analysis of lipidomics or metabolomics

3.2.5. Conteúdos programáticos:

Módulo A: Estratégias de análise avançada usando espectrometria de massa Fontes e analisadores de iões Espectrometria de massa tandemPlataformas de LCMS Análise quantitativa e qualitativa utilizando LCMS

Módulo B: LipidómicaEstratégias de análise em LipidómicaEstratégias de extração de lípidos de amostras biológicasAnálise de lípidos por GC e GCMSIdentificação e quantificação de lípidos por MS e LCMSPerfil lipídico de células, tecidos e fluidos biológicos Módulo C: MetabolómicaEstratégias de análise em MetabolómicaEstratégias baseadas em MS (GCMS e LCMS) para a análise de metabolomaRecursos de MetabolómicaAnálise de dados de Metabolómica e redes metabólicas

3.2.5. Syllabus:Module A: LCMS approachesIons sources, mass analysers and mass spectrometry analysisTandem mass spectrometryLCMS platformsQualitative and quantitative analysis using LCMSModule B: LipidomicsLipidomics workflowLipid extraction from biological samplesLipid analysis by GC and GCMSLipid identification and quantification by MS and LCMS



LIpidomics data analysis Lipidomic profile of different cell, tissues and biofluids

Module C: Metabolomics Metabolomics workflowMS based strategies (GCMS and LCMS) for the analysis of metabolome Metabolomics resources Metabolomic data analysis and metabolomics networks

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Esta unidade curricular pretende que os alunos desenvolvam competências avançadas estratégias e técnicas deanálise biomolecular e bioquímica, em especial com espectrometria de massa e espectrometria de massa acopladacom cromatografia liquida e cromatografia gasosa e a sua aplicação em análise de metabolitos e lípidos de amostrasde diferentes origens biológicas. Pretendese ainda discutir a correlação entre a variação do lipidoma /metaboloma eprocessos bioquímicos relacionados a estados de doença, que podem ser fundamentais para desenvolver novos alvosterapêuticos, e identificar marcadores importantes de um estágio de desenvolvimento de uma condição patológica outratamento de doenças.Esperase que os estudantes, no final desta unidade curricular, adquiram competências e conhecimentos avançados,teóricos e práticos, sólidos na área de metabólomica e lipidómica e de espectrometria de massa, fundamentais para aárea de bioquímica e áreas transversais, tão diversas como a medicina, biologia e a biotecnologia

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The course aims that students develop advanced skills in most modern strategies and techniques that are used inbiomolecular and biochemical analysis, especially with mass spectrometry and mass spectrometry coupled with liquidchromatography and gas chromatography and its application in analysis of metabolites and lipid from samples ofdifferent biological origins. The course aims to discuss the correlation between the variations of the metabolome /lipidome and biochemical processes related to disease states which can be useful in developing new therapeutictargets, and identify important markers of a development stage of a pathological condition or disease treatment.It is expected that students at the end of this course acquire advanced knowledge and skills, theoretical and practical, inmass spectrometry, lipidomics and metabolomics, essential to the biochemistry and related areas as medicine, biologyand biotechnology

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):A UC funcionará por módulos, baseados em sessões de palestras expositivas e interativas e por sessões dedemonstração pratica e análise de casos práticos, que permitirão consolidar os conteúdos específicos.Os alunos devem seleccionar 2 módulos, de entre os módulos propostos para esta UC, em concordância com oregente da UC e com o orientador. Os alunos podem, e em concordância com o docente e com o seu orientador,escolher outros módulos que seja oferecidos em cursos avançados de outros terceiros ciclos estudo da UA ou deoutra universidade com a qual a universidade de Aveiro tenha protocolo, o que permite uma significativa liberdade nosconteúdos a adquirir, oferecendo assim a oportunidade aos estudantes, de adequar a aquisição de conhecimentos emtécnicas de análise, à situação particular de cada estudante do programa doutoral.A avaliação será realizada em cada módulo individual e a classificação final será obtida pela média ponderada daavaliação obtida nos dois módulos.

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):The course will run for modules based on expository/ interactive lectures with students and demonstration/practicalsessions and analysis of practical cases that will allow consolidating specific outcomes.Students must select two modules from among the modules proposed for this course, in accordance with the conductorof the UC and the advisor, or can choose other modules to be offered advanced courses in other third cycles of UA orfrom another university with which the University of Aveiro has protocol.This format in modules favors a significant freedom in selecting the acquisition of specific contents, thus offering theopportunity to students to tailor the acquisition of knowledge in a particular method of analysis, particularly importantfor the situation of each student's doctoral program.

The evaluation will be performed on each individual module and the final grade will be obtained by a weight average ofthe evaluation obtained in two modules.

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:As metodologias de ensino em cursos favorecem a vertente prática da aprendizagem garantindo desse modo aconcretização dos objetivos da unidade curricular. Os estudantes frequentarão módulos de cursos avançados com TP e P. No final do curso, e de acordo com asmetodologias de ensino empregues, os alunos terão aprofundado os seus conhecimentos em técnicas e abordagens



de análise biomolecular e bioquímica, baseadas em espectrometria de massa, utilizadas em análises lipidómicas emtebolómicas.

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The teaching methodologies favor the practical aspects of learning thereby guaranteeing the achievement of theobjectives of the course. According to the teaching methodologies employed, at the end of the course students will have gained knowledge onadvanced analytical strategies based on the MS and LCMS analysis and in applications in lipidomics andmetabolomics.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória: Leray, C. Introduction to Lipidomics: From Bacteria to Man, , CRC Press, Taylor & Francis Group, Boca Raton FL, 2012. Metabolomics in Practice: Successful Strategies to Generate and Analyze Metabolic Data, Michael Lammerhofer(Editor), Wolfram Weckwerth (Editor) 2013

Mapa III Pojeto de Tese/ Research project

3.2.1. Unidade curricular:Pojeto de Tese/ Research project

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Pedro Miguel Dimas Neves Domingues


3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):tratamento de dados a um determinado assunto na área de bioquímica que deverá ser aprofundado, resultando narealização de um plano do projeto de investigação conducente à elaboração da tese de doutoramento. Esperase, nofinal da UC, que o estudante seja capaz de desenvolver um plano de investigação exequível, utilizando umametodologia apropriada para solucionar um problema pertinente na área de bioquímica.O estudante compreende o método científico no contexto das ciências bioquímicas e conhece as suas vantagens elimitações. O estudante é capaz de encontrar, analisar, avaliar, selecionar e integrar informações usando várias fontes e com baseem julgamentos críticos, como princípio para o planeamento dos seus próprios estudos.O estudante sabe formular perguntas e hipóteses de pesquisa e operacionalizálas, contruindo um plano de pesquisaadequado à sua questão científica.

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):This curricular unit aims to enable the student to apply knowledge of research methodology and data processing,previously acquired, to a certain topic in the field of biochemistry that should be deepened, resulting in the developmentof a research project leading to the development of the doctoral thesis.At the end it is expected that students be able todevelop a feasible research project with an appropriate methodology to solve a relevant problem in the area ofbiochemistry.The student understands the scientific method in the context of biochemical sciences, its advantages and limitations.The student is able to find, analyze, evaluate, select and integrate information using various sources and from criticaljudgements on its basis, as an exit point to planning his own studies. The student can formulate research questions and hypotheses, and operationalize them. Can create a research planadequate to the research question.

3.2.5. Conteúdos programáticos:Esta unidade curricular é integralmente dedicada à elaboração do plano de trabalhos de investigação conducente àrealização da tese. Este plano deverá incluir uma revisão do estado da arte, a problemática inerente à realização doestudo, os objectivos e as hipóteses de trabalho e os métodos e instrumentos a utilizar, devidamente suportados porbibliografia adequada. Deverá conter ainda a definição do plano de trabalhos e a sua respetiva calendarização.1. Planeamento de um projeto de investigação2 Redação de artigos científicos de revisão

3.2.5. Syllabus:



1.This curricular unit is fully dedicated to the development of the research project leading to the completion of thethesis. This plan should include a detailed state of the art, the problem justifying the study, the objectives to be achievedwith working hypothesis, and the methods and tools to be utilized supported by appropriated bibliography. The researchproject must also contain the work plan and its respective timetable.1. Planning a research project 2. Writing review scientific papers

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Esta unidade curricular é dedicada à elaboração individual do projeto de investigação conducente à realização da tese,estando prevista uma abordagem teórica sobre os passos inerentes ao seu planeamento e redação. Nas aulas osrespetivos orientadores supervisionarão os seus estudantes na aplicação e desenvolvimento específicos dessesensinamentos caso a caso.

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:This curricular unit is devoted to the preparation of individual research project leading to the PhD thesis, applying atheoretical approach to the steps involved in its planning and writing. In classes, the supervisors will oversee theirstudents in the specific application of these teachings.

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):Esta unidade curricular é composta por aulas teóricas (6 horas) e por sessões de orientação tutorial (12 horas). Os conteúdos teóricos, da responsabilidade dos docentes da unidade curricular, serão de carácter expositivo. Acomponente aplicada, de elaboração individual do projeto a ser apresentado, será, para cada estudante, coordenadapelo respetivo orientador. Para se obter aprovação na unidade curricular é necessário que os estudantes tenhamfrequência a pelo menos 75% das aulas previstas. A avaliação final consistirá na apresentação pública com discussãoe defesa do projeto perante a comissão científica do ciclo de estudos.

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):This curricular unit is composed by theoretical (6 hours) and tutorial guidance (12 hours). The theoretical content willhave an expository nature. The practical component of this curricular unit will be coordinated, for each student, by therespective supervisor. Students must attend at least 75% of classes. The final evaluation will consist in the publicpresentation of the project with its discussion and defense facing a jury composed by the scientific committee of thiscourse.

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:As aulas teóricas permitem o reforço e a integração do conhecimento estruturante para a realização do projeto deinvestigação. As sessões de orientação tutorial possibilitam guiar de forma sustentada o trabalho autónomo, sobsupervisão.

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The lectures enable the strengthening and integration of knowledge necessary to built the research project. Thesessions of tutorial guidance will allow the students' autonomous work in developing his research project in asupervised way.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:Será selecionada pelo estudante e seu supervisor a bibliografia adequada aos tópicos de investigação de cadaestudante.Appropriate bibliography to the research topics of each student will be selected by the students and supervisor

Mapa III Cursos Avançados em Bioquímica II/ Advanced Couses in Biochemistry II

3.2.1. Unidade curricular:Cursos Avançados em Bioquímica II/ Advanced Couses in Biochemistry II

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Pedro Miguel Dimas Neves Domingues (TP:15h, OT:7,5h)

3.2.3. Outros docentes e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Maria do Rosário Gonçalves dos Reis Marques Domingues (TP:13h, OT:7,5h)Manuel António Coimbra Rodrigues da Silva(TP:2h, OT:7,5h)Carlos Bastos (TP:15h, OT:5h).



3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes): Desenvolver métodos que dos para resolver problemas específicos de proteómica e/ou glicómica Planear e desenvolver experiências de proteómica e de glicómica Aplicar as competências adquiridas na análise de dados de proteómica e de glicómica Conhecer as bases de dados biológicas mais relevantes Recolher informação destas bases de dados Reflectir sobre o conceitos de de genoma, transcriptoma, proteoma e metaboloma e biologia de sistemas. Aplicar as competências adquiridas para identificar os melhores algoritmos e ferramentas em problemas específicosde bioquímica

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):This course aims to provide students with advanced skills in strategy and methods of modern and specializedbiochemical analysis in Omics, used for proteomics, glycomics and bioinformatics, which can be used in research andclinical laboratories and industry.At the end of the course the student will be able to:

Develop methods to solve specific proteomic and / or glicomics problems Plan and develop proteomics and glicomics experiments Apply the skills acquired in the analysis of proteomics and glycomics data Recognize the most relevant biological databases Collect information from these databases Reflect on the concepts of genome, transcriptome, proteome and metabolome and systems biology.Apply the developed skills acquired to identify most adequate algorithms and tools in biochemistry applications

3.2.5. Conteúdos programáticos:Módulo A: ProteómicaPrincípios da Identificação de proteínas utilizando a espectrometria de massaPreparação de amostras e préfracionamentoProteómica baseada na análise em gelProteómica baseada na análise sem gelAnálise de dados de Espectrometria Massa – As ferramentas computacionaisTópicos especiais em ProteómicaTopdown vs bottom upIdentificação de modificações pós traducionaisProteómica quantitativa

Módulo B: GlicómicaEstratégias de análise para análise em glicómicaIsolamento e separação de glicanos e de glicoconjugados Estratégias de hidrólise e fraccionamento de glicanos e derivados glicosiladosAnálises de açúcares por GC e GCMS.Análise de glicanos por espectrometria de massa

Módulo C: BioinformáticaFontes de dados de informação biológica e bioquímica: bases de dados; literatura Aplicações de Bioinformática: programação, armazenamento, ferramentas e algoritmos

3.2.5. Syllabus:Module A: Proteomics

Principles of protein identification using mass spectrometry Sample preparation and pre fractionation Gelbased proteomic analysis GelFree proteomic analysisHow Computational tools for Data Analysis in proteomics Special Topics in proteomics Top down vs. bottom up Identification of post translational modifications Quantitative Proteomics

Module B: Glycomics



Glycomic workflowIsolation and separation of glycans and glycoconjugates.Strategies hydrolysis and fractionation of glycans and glycosylated derivativesSugar analysis by GC and GCMS.Glycan analysis by mass spectrometry

Module C: BioinformaticsBiological and biochemistry data sources: databases, literatureBioinformatics applications: programming, storage, tools and algorithms

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Esta unidade curricular pretende que os alunos desenvolvam competências avançadas estratégias e técnicas deanálise biomolecular e bioquímicas, em especial com espectrometria de massa e espectrometria de massa acopladacom cromatografia e a sua aplicação em análise de proteínas / proteoma e glicanos ou glicoconjugados de amostras dediferentes origens biológicas. Pretendese ainda discutir a correlação entre a variação do proteoma e glicoma eprocessos bioquímicos relacionados a estados de doença, que podem ser fundamentais para desenvolver novos alvosterapêuticos, e identificar marcadores importantes de um estágio de desenvolvimento de uma condição patológica outratamento de doenças.Esperase que os estudantes, no final desta unidade curricular, adquiram competências e conhecimentos avançados,teóricos e práticos, sólidos na área de proteómica, glicómica e bioinformática e, fundamentais para a área debioquímica e áreas transversais, tão diversas como a medicina, biologia e a biotecnologia.

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The course aims that students develop advanced skills in advanced strategies and techniques that are used inbiomolecular and biochemical analysis, especially with mass spectrometry and mass spectrometry coupled with liquidchromatography and gas chromatography and its application in analysis of proteins and glycans from samples ofdifferent biological origins. The course aims to to discuss the correlation between the variation of the proteome, glicomeand biochemical processes related to disease states which can be useful in developing new therapeutic targets, andidentify important markers of a development stage of a pathological condition or disease treatment.It is expected that students at the end of this course, acquire advanced knowledge and skills, theoretical and practical,in proteomics, glicomics and bioinformatics, essential to the biochemistry and related areas as medicine, biology andbiotechnology.

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):A unidade curricular funcionará por módulos de modo a permitir a especialização dos alunos. Os cursos serãobaseados em sessões de palestras expositivas e interativas com os estudantes e por sessões de demonstração eanálise de casos práticos, que permitirão consolidar os conteúdos específicos.Os alunos devem seleccionar 2 módulos, de entre de entre os módulos propostos para esta UC, em concordância como regente da UC e com o orientador ou outros módulos que sejam oferecidos em outros terceiros ciclos de estudo daUA ou de outra universidade com a qual a universidade de Aveiro tenha protocolo.Este formato em módulos permite uma significativa liberdade na abordagem aos conteúdos a adquirir, oferecendoassim a oportunidade aos estudantes, de adequar a aquisição de conhecimentos em técnicas de análise, à situaçãoparticular de cada estudante do programa doutoral.

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):The course will run by modules to allow specialization. Courses will be based on expository/ interactive lectures withstudents and demonstration/practical sessions and analysis of practical cases that will allow consolidating specificoutcomes.Students must select two modules from among the modules proposed for this course, in accordance with the conductorof the UC and the advisoor choose other modules offered in other third cycles of UA or from another university withwhich the University of Aveiro has protocol.This format in modules favors a significant freedom in selecting the acquisition of specific contents, thus offering theopportunity to students to tailor the acquisition of knowledge in a particular method of analysis, particularly importantfor the situation of each student's doctoral program.

The evaluation will be performed on each individual module and the final grade will be obtained by a weight average ofthe evaluation obtained in two modules.

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:As metodologias de ensino em cursos favorecem a vertente prática da aprendizagem garantindo desse modo aconcretização dos objetivos da unidade curricular. Os estudantes frequentarão módulos de cursos avançados com TP e P. No final do curso, e de acordo com asmetodologias de ensino empregues, os alunos terão aprofundado os seus conhecimentos em técnicas e abordagensde análise biomolecular e bioquímica, utilizadas em análises proteómica e glicómica, e aplicações de bioinformática.



3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The teaching methodologies favor the practical aspects of learning thereby guaranteeing the achievement of theobjectives of the course. According to the teaching methodologies employed, at the end of the course students will have gained advancedknowledge on advanced analytical strategies used in proteomics and glycomics and applications of bioinformatics.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:

1. Glycomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology) 2009th Edition, Nicolle H. Packer (Editor), NiclasG. Karlsson (Editor) Human Press (2009)2. Proteomics: F. Amado, P. Domingues, M. Domingues, R. Ferreira, R. Vitorino. “Análise de proteínas, Guia doLaboratório”, 100Luz, 20133. Proteomics: Josip Lovric, “Introducing Proteomics: From concepts to sample separation, mass spectrometry anddata analysis”, Wiley. ISBN: 9780470035238.

4. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition David W. Mount. Cold Spring Harbor Press (2004)

5. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3rd Edition. Edited by Andreas D. Baxevanis

Mapa III Prática Tutorial 2/Tutoria Pratice II

3.2.1. Unidade curricular:Prática Tutorial 2/Tutoria Pratice II

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Prática Tutorial 2/Tutoria Pratice II

3.2.3. Outros docentes e respetivas horas de contacto na unidade curricular:<sem resposta>

3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):Esta unidade curricular tem por objectivo dotar os estudantes de competências avançadas de Desenvolvimento de competências de integração de conhecimentos científicos . Desenvolvimento de competências que lhes permita a estruturação e preparação de projetos de investigação.

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):This curricular unit aims to provide students with the capacity of Development of skills for the integration of scientific knowledge. Development of skills and values critical for planning and writing research projects.

3.2.5. Conteúdos programáticos:Apoio lectivo em Bioquímica Preparação de novo material didático (proposta e elaboração de novos trabalhos práticos, novos casos de estudo,outros) Análise crítica de artigos científicos Como desenvolver e estruturar um projeto de investigação.

3.2.5. Syllabus:Support to teaching of BiochemistryDevelopment of new didactic material ( new lab prátical classes, new case studies, others)Critical analysis of scientific papers Planning and structuring a research project

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Esta unidade curricular pretendese que os alunos desenvolvam competências ao nível didático. Este objectivo seráatingido através da planificação de novas elemento pedagógicas (novos protocolos para aulas P ou novos casos deestudo), e acompanhante de atividades lectivas .Os estudantes devem adquirir noções práticas relativamente a boas práticas de investigação e desenvolver espírito



científico critico. Esse objetivo será atingido através de aprendizagem de boas práticas para a pesquisa de literaturacientífica, aprendizagem de técnicas para a correta citação de trabalhos científicos e sua inclusão em trabalhosescrito.

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The course aims that students develop skills to educational level. This will be achieved through the planning of newpedagogical element (new protocols for pratical classes or new case studies), and with collaboration in teachingactivities Students should develop good research practices and develop critical scientific spirit. This objective will beachieved through: Learning best practices for scientific research literature, learning techniques for correct citation ofscientific papers and their inclusion in written work.

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):

Os alunos serão inseridos nas equipas de leccionação de unidades curriculares dos 1º ou 2ºciclos de estudo emBioquímica, ou de outros cursos de áreas afins, em concordância com o Diretor de Curso, participando em atividadesde preparação de materiais, lecionação, ou outras, que envolvem a apresentação, discussão e reflexão sobre matériasespecíficas de aulas práticas e/ou teórico práticas. Os alunos podem optar por desenvolver trabalho de pesquisabibliográfica, e de métodos /protocolos laboratoriais, para a estruturação de um plano de projeto de investigação. Aavaliação desta UC será realizada tendo em conta o desempenho do estudante nas atividades realizadas. No final dosemestre, o estudante deverá produzir um relatório, que deverá ser avaliado pelos docentes responsáveis para oacompanhamento desta atividade. A nota final será calculada de acordo com: nota final= desempenho ( 60%) +relatório(40%).

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):Students will be included in the teaching teams of curricular units from 1st or 2nd cycle in Biochemistry, or othercourses in related fields, in agreement with the Course Director, participating in materials preparation, teaching, orother activities that Involve the presentation, discussion and reflection on specific subjects of practical classes and / ortheoretical practices. Students may choose to develop bibliographic research work, and laboratory methods / protocols,for structuring a research project plan. The evaluation of this UC will be carried out taking into account the performanceof the student in the activities carried out. At the end of the semester, the student should write a report, that will beevaluated by the teachers responsible for monitoring the activity. The final grade will be calculated according to: finalgrade = performance (60%) + report (40%).

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:As metodologias de ensino favorecem a vertente prática da aprendizagem garantindo desse modo a concretização dosobjetivos da unidade curricular. Os estudantes serão incentivados a procurarem formas alternativas e eficientes de carácter pedagógico, ou e devemapresentar o plano de um projecto de investigação a submeter para financiamento

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:. The teaching methodologies favor the practical aspects of learning thereby guaranteeing the achievement of theobjectives of the course. Students will be motivated to search for alternative and efficient approaches of teaching.Students will structure the research project for funding.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:Bibliografia adequadas aos tópicos de da unidade curricular a que seja dada apoio tutorial e do projecto que pretendedesenvolver.Ten Simple Rules for Writing a Literature Review, PLoS Comput Biol. 2013 Jul; 9(7): e1003149.

Mapa III Inovação e Empreendedorismo/ Innovation and Entrepreneurship

3.2.1. Unidade curricular:Inovação e Empreendedorismo/ Innovation and Entrepreneurship

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Ana Isabel Dias Daniel 24h TP




3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):Os alunos devem ser capazes de:• Compreender os diferentes conceitos e definições de empreendedorismo, inovação e inovação estratégia tendo emconsideração as varias correntes teóricas; • Compreender os vários tipos de inovação e identificar as suas principais características;• Compreender a importância da protecção da propriedade industrial na manutenção da vantagem competitiva;• Capacidade para identificar as principais componentes de um modelo de negócio e como estas estão interligadas; • Utilizar metodologias de apoio à implementação de ideias de negócio, como o Value proposition Canvas e o BusinessCanvas Model.

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):Students should be able to demonstrate:

• understanding of the different concepts and definitions of entrepreneurship, innovation and innovation strategy takinginto account the various theoretical perspectives;• understanding the various types of innovation and identify its main features;• Understanding the importance of intelectual property protection in maintaining competitive advantage;• the ability to identify key components of a business model and how they are interconnected;• the ability to use methodologies to support the implementation of business ideas, such as Value proposition Canvasand the Business Model Canvas.

3.2.5. Conteúdos programáticos:1. Inovação e empreendedorismo: Conceito, importância e perspectivas de investigação2. O Empreendedor e o processo empreendedor3. Tipos de inovação e fontes de inovação4. Inovação, criatividade e design : o Design thinking 5. Da I&D ao desenvolvimento de novos negócios (transferência de tecnologia e IPR)6. Modelos de Negócios e inovação estratégica: oportunidades e barreiras

3.2.5. Syllabus:1. Innovation and entrepreneurship: Concepts, importance and research perspectives2. Entrepreneur and the entrepreneurial process3. Types of innovation and innovation sources4. Innovation, creativity and design: Design thinking5. From R & D to new business creation (technology transfer and IPR)6. Business Models and strategic innovation: opportunities and barriers

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Este curso visa promover a visão holística e dinâmica da literatura, através de uma abordagem pedagógica centradana prática (handson), que permita o desenvolvimento de uma atitude critica, bem como adquirir conhecimentos ecompetências necessárias para a prossecução dos respectivos doutoramentos. Em cada aula há uma introduçãoteórica sobre os diferentes temas, sendo os estudantes posteriormente convidados a trabalhar em tarefas específicassobre esses temas (aprendizagem dedutiva e indutiva).

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:This course aims to promote an holistic and dynamic view of literature, through a pedagogical approach focused onpractical (handson) approach, in order to develop a critical attitude in students as well as to acquire knowledge andskills necessary for the achievement of their doctorates. In each class there is a theoretical introduction on the differentthemes, with students being subsequently invited to work on specific tasks on those topics (deductive and inductivelearning).

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):A metodologia usada é uma combinação de ensino em ambiente de sala, análise de casos de estudo e participação deoradores convidados. As atividades são normalmente desenvolvidas em grupo, uma vez que a capacidade de trabalhoem equipa é uma das competências a desenvolver. A avaliação é contínua através de trabalhos, como a análise decasos de estudo e o desenvolvimento de um trabalho de análise da literatura individual.

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):The methodology used is a combination of classroom teaching and active learning methodologies, as team projectdevelopment, case studies analysis and guest speakers to the classroom. Activities are often groupbased, since teamworking skills are a desired outcome. The assessment is continuous assessment through assignments, like casestudyanalysis and individual work based on a literature review.



3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:As metodologias de ensino/avaliação adotadas estão definidas para que os alunos desenvolvam ao longo do semestreas competências subjacentes aos objetivos definidos para a UC. Adicionalmente, os alunos que pretendamdesenvolver mais os seus conhecimentos e competências, são remetidos para os casos de leitura no final de cadacapítulo, podendo depois discutir os mesmos com o docente em OT. Por outro lado, as metodologias de ensino e osobjetivos de aprendizagem estão adequadamente articuladas entre si e com as metodologias de avaliaçãoimplementadas, nomeadamente no que se refere à autonomia e à capacidade de análise crítica da literatura.

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The teaching / assessment methodologies adopted were set for students in order to develop throughout the semesterskills underlying the objectives defined for CU. Additionally, students who wish to further develop their knowledge andskills, are referred to the reading of cases at the end of each chapter and can then discuss them with the teacher in theclass. On the other hand, the methodologies of teaching and learning are adequately articulated with each other andwith the evaluation methodologies implemented, mainly regarding to autonomy and critical analysis skills of literature.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:Blank, S. (2013). Why the Lean Startup Changes Everything. Retrieved 24 dezembro 2014, fromhttps://hbr.org/2013/05/whytheleanstartupchangeseverything.Bower, J. and Christensen, C. (1995) “Disruptive Technologies: Catching the Wave”, Harvard Business Review, pp. 4353.Chesbrough, H. (2010). Business Model Innovation: Opportunities and Barries. Long Range Planning, 43, 354363. Chiaroni D., Chiesa V., Frattini F, (2009a), “The Open Innovation Journey: how firms dynamically implement the emerginginnovation management paradigm”, Technovation, Vol. 31(1), pp. 34–43.Christensen, C. (2001) “The Past and Future of Competitive Advantage”, MIT Sloan Management Review, Vol. 42(2), pp.105.Chistensen, C. and Oberdorf, M. (2000) “Meeting the Challenge of Disruptive Change”, Harvard Business Review, Mar –Apr, Vol. 78(2), pp. 6777.Edquist, C. (2006) “Systems of Innovation. Perspectives and Challenges”, in Fagerberg, J., Mowery, D. C. and Nelson, R.R (Eds.) The Oxford Handbook.

Mapa III Tese/ Thesis

3.2.1. Unidade curricular:Tese/ Thesis

3.2.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Maria do Rosário Gonçalves doe Reis Marques Domingues

3.2.3. Outros docentes e respetivas horas de contacto na unidade curricular:Orientadores de doutoramentos podem ser docentes do Departamento de QuímicaUA, ou Doutorados em Bioquímicaou áreas afins de outras instituições de ensino ou de investigação, ou propostos por empresas, todos com curriculumcientífico relevante na área da Bioquímica. Em 2016/17 foram orientadores de doutoramento:The PhD supervisors may be faculty of the Chemistry DepartmentUA or any PhD holder from other teaching orresearch institution, or proposed by industry, all of them with a relevant scientific curriculum in Biochemistry. On theacademic year 2016/17 the PhD thesis supervisors were:Rosario Domingues (DQUA), Pedro Domingues (DQUA), Rita Ferreira(DQUA), Margarida Fardilha (SACSUA); ManuelAntónio Coimbra(DQUA),, Mara Freire(DQUA), , Maria de Fátima Macedo(DQUA),, Ana Gil(DQUA),, Maria AmparoFaustino(DQUA),José Fernado Mendes (DQUA), Artur Paiva (CHUC), Maria Paula Marques (QFMUC), Maria deFátima Duarte (CEBAL), Carmen Jerónimo (IPO, Porto)

3.2.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):Nesta UC os estudantes devem desenvolver trabalho de investigação, de cariz aplicado ou fundamental, de acordocom o seu plano de doutoramento e que no final lhe qual tem por objectivo a execução do plano de trabalhosconducente à elaboração datese de doutoramento, que será apresentada para defesa publica.O trabalho desenvolvido deve ser original, e inovador, e que seja um contributo para o avanço do conhecimentocientífico. Assim, nesta UC pretende se que o estudante desenvolva as seguintes competências.Independência cientifica Capacidade de projetar e desenvolver um trabalho cientificoCapacidade de consumição e disseminação de conhecimentoPromover, no quadro de uma sociedade baseada no conhecimento, o progresso tecnológico, social e cultural, emcontexto académico ou profissional



No final, a tese será apresentada para defesa em provas públicas ,que atestará a capacidade dos estudante para arealização de investigação científica, de forma autónoma, na área da bioquímica.

3.2.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students):In this UC the students must develop research work, applied or fundamental, according to their doctoral plan and that inthe end it will allow to prepare of the PhD thesis, which will be presented for public defense.The work developed must be original, innovative and contribute to the advancement of scientific knowledge. Thus, inthis UC student must develop the following competencies:Scientific independenceAbility to design and develop a scientific workCapacity for consumption and dissemination of knowledgePromote, within a knowledgebased society, technological, social and cultural progress in an academic or professionalcontext

In the end, the thesis will be evaluated in a public examinations, which will attend the ability of students to carry outautonomous scientific research in the field of biochemistry.

3.2.5. Conteúdos programáticos:A definir de acordo com o plano de doutoramento de cada aluno.A componente de investigação será integralmente dedicada à execução do projeto de investigação, elaborado emconjunto com os orientadores , e previamente apresentado, discutido e defendido perante a comissão científica do ciclode estudos

3.2.5. Syllabus:

To be further defined according with the research plan of each student.This research component will be dedicated to execute the research project developed with the collaborations of thesupervisors, previously presented, discussed and defended facing a jury composed by the scientific committee of thiscourse.

3.2.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Os conteúdos programáticos serão variáveis de caso para caso, em função das características do projeto deinvestigação e das opções/estratégias previamente definidas por cada orientador (e coorientador, caso exista).

3.2.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:The contents of this curricular unit will vary among students, depending on the characteristics of the research projectand theoptions / strategies previously defined by each supervisor (and cosupervisor, if available).

3.2.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída):Orientação tutorial de cada estudante pelo seu orientador (e coorientador, caso exista) por um período máximo de trêsanos consecutivos de trabalho em regime de tempo integral. Alguns estudantes têm desenvolvidos trabalho deinvestigação em entidades com as quais a UA e os docentes e orientadores têm parceiras: instituições de saúde (Centro Hospitalar de S João, CHBV CHUC, Maternidade Bissaya Barreto, IPO Porto) e indústrias (Unicer,Necton) , ondesão acompanhados por coorientadores, ou por investigadores. Alguns estudantes têm realização de estágios de curtaduração em universidades ou institutos de investigação no estrangeiro (pe French Institute of Health and MedicalResearch., a Universidade de Leipzig, o CSIC Madrid).Os estudantes do projeto MARIE Curie MASSTRAPLANdesenvolverão estágios de curta duração em empresas ou universidade estrangeiras, parceiras do projeto. Aavaliação será efetuada mediante defesa pública da tese perante um júri previamente nomeado para o efeito.

3.2.7. Teaching methodologies (including assessment):The main teaching methodology will be the tutorial supervision of each student by his supervisorisor (andcosupervisor,if available) during a period maximum of three consecutive years in fulltime occupation.

The students can do research in the scope of their doctoral programs in several supervisor and partnerships. Amongthese we highlight Health institutions such as the S João Hospital Center, Aveiro Hospital, CHUC, , and IPO,Porto andindustries (Unicer,Necton.) The students in these institutions are supervised by senior researcher s or their cosupervisors. Some students have benefited from travel grants for shortterm internships in other laboratories atuniversities or research institutes abroad.Students from the MARIE Curie MASSTRAPLAN project will have short internships in foreign companies oruniversities, project partners.Students will be examined during a public presentation and defense of their thesis in front of a jury previously nominated



for that purpose.

3.2.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade curricular:Haverá uma orientação tutorial, seguindo o projeto de investigação, específica para cada estudante. Esta metodologia éadequada para os objetivos da unidade curricular uma vez que permite a realização de trabalho autónomo peloestudantesustentada na experiência de um investigador sénior.

3.2.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit’s intended learning outcomes:There will be a tutorial guidance, following the research project, specific to each student. This methodology isappropriate to theobjectives of this curricular unit since it allows the realization of autonomous work by the student based on theexperience of asenior researcher.

3.2.9. Bibliografia de consulta / existência obrigatória:A definir em função do tema da tese de cada estudante / To be further defined, depending on the topic of the thesis ofeachstudent

4. Descrição e fundamentação dos recursos docentes do ciclo de estudos4.1 Descrição e fundamentação dos recursos docentes do ciclo de estudos

4.1.2 Equipa docente do ciclo de estudos

4.1.2. Mapa IX Equipa docente do ciclo de estudos / Map IX Study programme’s teaching staff

Nome / Name Grau /Degree

Área científica /Scientific Area

Regime de tempo /Employment link

Informação/Information

Ana Maria Pissarra Coelho Gil Doutor Química 100 Ficha submetidaRita Maria Pinho Ferreira Doutor Bioquímica 100 Ficha submetidaMaria do Amparo Ferreira Faustino Doutor Química 100 Ficha submetidaFrancisco Manuel Lemos Amado Doutor Química 100 Ficha submetidaMara Guadalupe Freire Martins Doutor Engenharia Química 100 Ficha submetidaIola Melissa Fernandes Duarte Doutor Química 100 Ficha submetidaSílvia Maria da Rocha Simões Carriço Doutor Química 100 Ficha submetidaAna Isabel Dias Daniel Doutor Química 100 Ficha submetidaMaria do Rosário Gonçalves dos ReisMarques Domingues Doutor Química 100 Ficha submetida

Pedro Miguel Dimas Neves Domingues Doutor Química 100 Ficha submetidaIvonne Delgadillo Doutor Bioquímica 100 Ficha submetidaMaria de Fátima Matos Almeida Henriques deMacedo Doutor Ciências Biomédicas 50 Ficha submetida

Margarida Fardilha Doutor Biologia 100 Ficha submetidaSonia Alexandra Leite Velho Mendo Barroso Doutor Biologia 100 Ficha submetidaCarlos Alberto da Costa Bastos Doutor Engenharia Electrotécnica 100 Ficha submetidaManuel António Coimbra Rodrigues da Silva Doutor Química 100 Ficha submetidaJosé Fernando Ferreira Mendes Doutor Física 100 Ficha submetidaAdelaide Almeida Doutor Biologia 100 Ficha submetida 1750

<sem resposta>

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4.2. Dados percentuais da equipa docente do ciclo de estudos (todas as percentagems são sobre onº total de docentes ETI)

4.2.1.Corpo docente próprio do ciclo de estudos

4.2.1. Corpo docente próprio do ciclo de estudos / Full time teaching staff

Corpo docente próprio / Full time teaching staff Nº / No. Percentagem* / Percentage*Nº de docentes do ciclo de estudos em tempo integral na instituição / No. of full time teachers: 17 97,14

4.2.2.Corpo docente do ciclo de estudos academicamente qualificado

4.2.2. Corpo docente do ciclo de estudos academicamente qualificado / Academically qualified teaching staff

Corpo docente academicamente qualificado / Academically qualified teaching staff N.º / No. Percentagem* / Percentage*Docentes do ciclo de estudos com o grau de doutor (ETI) / Teaching staff w ith a PhD (FTE): 17.5 100

4.2.3.Corpo docente do ciclo de estudos especializado

4.2.3. Corpo docente do ciclo de estudos especializado / Specialized teaching staff

Corpo docente especializado / Specialized teaching staff Nº /No.

Percentagem*/ Percentage*

Docentes do ciclo de estudos com o grau de doutor especializados nas áreas fundamentais do ciclo de estudos (ETI) /Teaching staff w ith a PhD, specialized in the main areas of the study programme (FTE): 15.5 88,57

Especialistas, não doutorados, de reconhecida experiência e competência profissional nas áreas fundamentais do ciclode estudos (ETI) / Specialists, w ithout a PhD, of recognized professional experience and competence, in the main areasof the study programme (FTE):

0 0

4.2.4.Estabilidade do corpo docente e dinâmica de formação

4.2.4. Estabilidade do corpo docente e dinâmica de formação / Teaching staff stability and tranning dynamics

Estabilidade e dinâmica de formação / Stability and tranning dynamics N.º /No.

Percentagem* /Percentage*

Docentes do ciclo de estudos em tempo integral com uma ligação à instituição por um período superior a três anos /Full time teaching staff w ith a link to the institution for a period over three years: 1 5,71

Docentes do ciclo de estudos inscritos em programas de doutoramento há mais de um ano (ETI) / Teaching staffregistered in a doctoral programme for more than one year (FTE): 0 0

4.3. Procedimento de avaliação do desempenho

4.3. Procedimento de avaliação do desempenho do pessoal docente e medidas para a sua permanente atualização:Os procedimentos para avaliação do corpo docente da Universidade de Aveiro (UA) integramse na políticadesenvolvida pela instituição para a garantia da qualidade do processo de ensinoaprendizagem, que assenta, mais doque na avaliação do processo, na melhoria contínua dos processos internos de funcionamento. A avaliação daqualificação e competência do corpo docente, que é um dos referenciais indissociáveis dos sistemas internos degarantia da qualidade do Ensino, e que é também uma exigência legal, está contemplada no Regulamento de Avaliaçãode Desempenho do Pessoal Docente, em vigor desde agosto de 2011. O modelo de avaliação desenvolvido na UA baseiase na recolha exaustiva de dados relativos à atividade docente,associado a um processo que foi amplamente divulgado e participado com vista à obtenção de um procedimentoconsensual. No âmbito da discussão do projeto de Regulamento foi ouvido o Conselho Científico, promovida adiscussão pública e ouvidas as organizações sindicais. O Regulamento foi aprovado pelo Reitor da Universidade epublicado em Diário da República a 16 de agosto de 2011 Regulamento n.º 489/2011.Tendose detetado, após o tratamento dos resultados das edições de 2004 a 2007 e 2008 a 2011, que o Regulamentocarecia de algumas conformações e aperfeiçoamentos, este Regulamento foi objeto de alteração, consubstanciada noRegulamento n.º 163/2013, publicado no Diário da República n.º 90, 2.ª Série, de 10 de maio.Através do sistema de avaliação desenvolvido, é ponderado um conjunto de indicadores, tendo em consideração asdiferentes vertentes de serviço dos docentes, ou seja, o ensino, a investigação, criação artística e produção cultural, a



cooperação e transferência de conhecimento e a gestão universitária. São múltiplos os intervenientes no processo, nomeadamente os Avaliados, através do fornecimento dos dados einformações a considerar no processo de avaliação, os Diretores, na audição dos Avaliados da respetiva unidade,relativamente à fixação dos coeficientes de cada vertente considerados na definição dos próprios perfis, e aapresentação das propostas finais ao Reitor para validação, os Estudantes, através do Sistema de Garantia deQualidade, o Conselho Coordenador de Avaliação de Desempenho da Universidade de Aveiro (CCADUA), noacompanhamento de todo o processo, o Conselho Científico e o Conselho Pedagógico, através, designadamente, davalidação e ou supervisão de resultados, e o Reitor a quem incumbe supervisionar o processo de avaliação. Para a implementação do processo de avaliação foi desenvolvida uma plataforma informática específica para o efeitopara a Universidade Aveiro (padua.ua.pt). Esta plataforma é suportada por diversos sistemas de recolha de dados jáexistentes na Universidade (RIA, SGQ) e outras bases de dados (ISI, SCOPUS).

4.3. Teaching staff performance evaluation procedures and measures for its permanent updating:The procedures for evaluating the teaching staff at the University of Aveiro (UA) are part of the policy developed by theinstitution for guaranteeing the quality of the teaching and learning process; the focus of this policy is not so much theevaluation of the process as the continuous improvement of the internal working processes. The assessment of thequalification and competence of teaching staff, an essential reference point in internal systems for the qualityassurance of teaching, and also a legal requirement, is ensured under the Regulations for the Evaluation of TeachingStaff Performance, in force from August 2011. The model of assessment developed in the UA is based on the exhaustive collection of information regarding theactivities of teaching staff, and resulted from a process which was widely disseminated and participated, ensuring theestablishment of a consensual procedure. In the context of the discussion of the Assessment Regulations project, theScientific Council was heard, public discussion of the project was promoted, and the unions were consulted. TheRegulations were approved by the Rector of the University and published in the Official Government Gazette on 16thAugust 2011 Regulation n.º 489/2011. Following analysis of the results of the 2004 – 2007 and 2008 – 2011 editions, theRegulations were subject to adjustments and/or improvements, resulting in Regulation n.º 163/2013, published in theOfficial Government Gazette n.º 90, 2nd Series, May 10.The system of assessment takes into account a number of indicators which cover the different dimensions of staffactivities, namely: teaching, research, artistic creation and cultural production, cooperation with society and technologytransfer, and university management. Many people take part in the process. The members of staff being assessed provide the information to be considered inthe assessment process. The Directors of the Departments and Schools consult with staff members regarding thedefinition of the coefficients of each dimension which will make up their profile, and present the final proposals to theRector for validation. The students are also involved in the process, through the Quality Assurance System, and theentire process is monitored by The Coordinating Council for the Assessment of Performance in the UA. The Scientificand Pedagogic Councils validate and/or supervise the results, and ultimately, the Rector oversees the whole process. An online platform was created specifically for the implementation of the assessment process in the University ofAveiro (padua.ua.pt). This platform is supported by a number of data retrieval systems which already exist in the UA(RIA – the Institutional Repository, SGQ – the Quality Assurance System) and other data bases (ISI, SCOPUS).

5. Atividades de formação e investigaçãoMapa V 5.1. Centro(s) de investigação, na área do ciclo de estudos, em que os docentesdesenvolvem a sua atividade científica

5.1. Mapa V Centro(s) de investigação, na área do ciclo de estudos, em que os docentes desenvolvem a sua actividadecientífica / Research Centre(s) in the area of the study programme, where the teachers develop their scientific activities

Centro de Investigação / Research Centre Classificação (FCT) / Mark (FCT) IES / Institution Observações / ObservationsQOPNA Bom Universidade de AveiroCICECO Excelente Universidade de AveiroCESAM Excelente Universidade de AveiroIBIMED Excelente Universidade de AveiroIEETA Bom Universidade de Aveiro

Perguntas 5.2 e 5.3

5.2. Mapa resumo de publicações científicas do corpo docente do ciclo de estudos, na área predominante do ciclo deestudos, em revistas internacionais com revisão por pares:

http://a3es.pt/si/iportal.php/cv/scientificpublication/formId/32bf8346a985f99dcf54581f3f89ad69

http://a3es.pt/si/iportal.php/cv/scientific-publication/formId/32bf8346-a985-f99d-cf54-581f3f89ad69



5.3. Lista dos principais projetos e/ou parcerias nacionais e internacionais em que se integram as atividades científicas,tecnológicas, culturais e artísticas desenvolvidas na área do ciclo de estudos:

ERASMUS+, Advanced Analytical Chemistry for Life Sciences (ACCLifeSci) H2020MSCAITN2015 (ITNH2020MSCAITN2015), MASS spectrometry TRaining in Protein Lipoxidation ANalysis forInflammation; MASSTRPLAN (Grant nnº 675132) H2020BG20161Research and Innovation Framework Programme; GenailG GENetic diversity exploitation forInnovative macroALGal biorefineryERC Starting Grant, 2014, Biotecnologia/BioquímicaGenzyme, Sanofi Company, USA “Characterization of glucosylceramide specific invariant Natural Killer T cells and Blymphocytes in Gaucher disease: implications in disease pathology”RUNawayPCa: Exercício físico para prevenção do cancro da próstata: estudo das bases moleculares subjacentes,FCT (PTDC/DTPDES/6077/2014)QUIMIOCARDIOTOX: Os anticancerígenos como venenos cardíacos: será a bioactivação metabólica ou a promoçãodo envelhecimento a conexão para a cardiotoxicidade dos fármacos anticancerígenos? FCT (PTDC/DTPFTO/1489/2014)

5.3. List of the main projects and/or national and international partnerships, integrating the scientific, technological, culturaland artistic activities developed in the area of the study programme:

ERASMUS+, Advanced Analytical Chemistry for Life Sciences (ACCLifeSci) H2020MSCAITN2015 (ITNH2020MSCAITN2015), MASS spectrometry TRaining in Protein Lipoxidation ANalysis forInflammation; MASSTRPLAN (Grant nnº 675132) H2020BG20161Research and Innovation Framework Programme; GenailG GENetic diversity exploitation forInnovative macroALGal biorefineryERC Starting Grant, 2014, Biotecnologia/BioquímicaGenzyme, Sanofi Company, USA “Characterization of glucosylceramide specific invariant Natural Killer T cells and Blymphocytes in Gaucher disease: implications in disease pathology”RUNawayPCa: Exercício físico para prevenção do cancro da próstata: estudo das bases moleculares subjacentes,FCT (PTDC/DTPDES/6077/2014)QUIMIOCARDIOTOX: Os anticancerígenos como venenos cardíacos: será a bioactivação metabólica ou a promoçãodo envelhecimento a conexão para a cardiotoxicidade dos fármacos anticancerígenos? FCT (PTDC/DTPFTO/1489/2014)

6. Atividades de desenvolvimento tecnológico e artísticas, prestação deserviços à comunidade e formação avançada6.1. Descreva estas atividades e se a sua oferta corresponde às necessidades do mercado, à missão e aos objetivos dainstituição:

Os docentes e estudantes do programa doutoral em Bioquímica estão fortemente envolvidos em projetos deinvestigação científica aplicada e em prestação de serviços em diversas áreas de interesse para a sociedade, emcolaboração com entidades externas: outras instituições de ensino (UC, UP, UTAD), instituições de saúde e hospitais(Centro Hospitalar de Baixo Vouga Aveiro, CHUC, Centro Hospitalar de S João do Porto, e IPOPorto), e empresas(Unicer, APOMA, Dão Sul, Algaplus, Necton). Deste modo, o programa doutoral em Bioquímica contribui para ocumprimento do compromisso institucional da UA para com a sociedade, como uma oportunidade para se afirmarcomo instituição de referência nacional e internacional. No sentido de substanciar o serviço à comunidade e formaçãoavançada, háa participação muito ativa dos docentes e estudantes em atividades como: Semana da Ciência &Tecnologia; Academia de Verão Olimpíadas de Química, Receção de alunos do ensino secundário para visitas; eWorkshops.

6.1. Describe these activities and if they correspond to the market needs and to the mission and objectives of the institution:Teachers and students of the doctoral program in Biochemistry are strongly involved in applied scientific researchprojects and services in various areas of interest to society, in collaboration with external entities: other teachinginstitutions (UC, UP, UTAD), (Centro Hospitalar de Baixo Vouga, Aveiro, CHUC, Centro Hospitalar de S João do Porto,and IPOPorto), and companies (Unicer, APOMA, Dão Sul, Algaplus, Necton). This is in agreement with the institutionalcommitment of the University of Aveiro towards society as an opportunity to assert itself as a national and internationalreference institution. In order to substantiate these UA objectives to the society and to promote community service andadvanced training, there is still a very active participation in dissemination events such as Science & Technology Week;Summer schools, Olimpiadas de Química, receiving high school students for visits; and organizing Workshops



7. Estágios e/ou Formação em Serviço7.1. e 7.2 Locais de estágio e/ou formação em serviço (quando aplicável)

Mapa VI Protocolos de Cooperação

Mapa VI

7.1.1. Entidade onde os estudantes completam a sua formação:<sem resposta>

7.1.2. Protocolo (PDF, máx. 150kB):<sem resposta>

Mapa VII. Plano de distribuição dos estudantes

7.2. Mapa VII. Plano de distribuição dos estudantes pelos locais de estágio e/ou formação em serviço demonstrando aadequação dos recursos disponíveis.(PDF, máx. 100kB).

<sem resposta>

7.3. Recursos próprios da Instituição para acompanhamento efectivo dos seus estudantes nosestágios e/ou formação em serviço.

7.3. Recursos próprios da Instituição para o acompanhamento efectivo dos seus estudantes nos estágios e/ou formaçãoem serviço:

7.3. Resources of the Institution to effectively follow its students during the inservice training periods:<no answer>

7.4. Orientadores cooperantes

Mapa VIII. Normas para a avaliação e selecção dos elementos das instituições de estágio e/ou formação em serviçoresponsáveis por acompanhar os estudantes

7.4.1 Mapa VIII. Mecanismos de avaliação e selecção dos orientadores cooperantes de estágio e/ou formação em serviço,negociados entre a Instituição de ensino superior e as instituições de estágio e/ou formação em serviço (PDF, máx. 100kB):

<sem resposta>

Mapa IX. Orientadores cooperantes de estágio e/ou formação em serviço (obrigatório para ciclo de estudos de formação deprofessores)

Mapa IX. Orientadores cooperantes de estágio e/ou formação em serviço (para ciclo de estudos de formação deprofessores) / Map IX. External supervisors responsible for following the students’ activities (only for teacher trainingstudy programmes)

Nome /Name

Instituição ou estabelecimento aque pertence / Institution

Categoria Profissional/ Professional Title

Habilitação Profissional (1)/Professional Qualifications (1)

Nº de anos de serviço /No of working years

MarcelaAlvesSegundo

Faculdade de farmácia, Universidadede Porto Professora Auxiliar Doutoramento

TiagoHenriquesCoelho

Faculdade de Medicina, Universidadedo Porto

Professor Auxiliarconvidado Doutoramenneto

CarmenJerónimo IPOPorto Investigadora Principal Doutoramento

Maria deFátimaDuarte

CEBAL Investigadora Principal Doutoramento



ArturAgostinhoPaiva

CHUCCoimbra Assessor Doutoramento

Maria PaulaMarques

Departamento de Ciências da Vida,Universidade de Coimbra Professora Auxiliar Doutoramento

8. Estudantes e Ambientes de Ensino/Aprendizagem8.1. Caracterização dos estudantes

8.1.1. Caracterização dos estudantes inscritos no ciclo de estudos, incluindo o seu género e idade

8.1.1.1. Por Género

8.1.1.1. Caracterização por género / Characterisation by gender

Género / Gender %Feminino / Female 80Masculino / Male 20

8.1.1.2. Por Idade

8.1.1.2. Caracterização por idade / Characterisation by age

Idade / Age %Até 20 anos / Under 20 years 02023 anos / 2023 years 02427 anos / 2427 years 9028 e mais anos / 28 years and more 10

8.1.2. Número de estudantes por ano curricular (ano letivo em curso)

8.1.2. Número de estudantes por ano curricular (ano letivo em curso) / Number of students per curricular year (currentacademic year)

Ano Curricular / Curricular Year Número / Number1º ano curricular do 3º ciclo / 1st curricular year of 3nd cycle 52º ano curricular 43º ano curricular 24º ano curricular 1 12

8.1.3. Procura do ciclo de estudos por parte dos potenciais estudantes nos últimos 3 anos.

8.1.3. Procura do ciclo de estudos / Study programme's demand

Penúltimo ano / One beforethe last year

Último ano/Last year

Ano corrente /Current year

N.º de vagas / No. of vacancies 20 20 20N.º candidatos 1.ª opção, 1ª fase / No. 1st option, 1st fase candidates 7 6 5Nota mínima do último colocado na 1ª fase / Minimum entrance mark oflast accepted candidate in 1st fase 0 0 16

N.º matriculados 1.ª opção, 1ª fase / No. 1st option, 1st fase enrolments 6 6 2N.º total matriculados / Total no. enrolled students 6 6 2



8.1.4. Eventual informação adicional sobre a caracterização dos estudantes (designadamente paradiscriminação de informação por ramos)

8.1.4. Eventual informação adicional sobre a caracterização dos estudantes (designadamente para discriminação deinformação por ramos)

Os estudantes que frequentam o programa doutoral em Bioquímica são maioritariamente de nacionalidade portuguesa.Os estudantes inscritos conseguiram financiamento para a realização desta formação avançada, sendomaioritariamente financiados pela Fundação para a Ciência e Tecnologia(FCT). Assim, o numero de estudantesinscritos reflete o financiamento atribuído anualmente. Existem ainda alguns estudantes que têm usufruído de outrasfontes de financiamento tais como a Fundação Gulbenkian para estudantes de países africanos, ou bolsas da CAPES,para estudantes de nacionalidade brasileira. No último ano, o envolvimento de docentes do programa doutoral emBioquímica num projeto ITN Marie Curie permitiu a atribuição de três bolsas de doutoramento a estudantesestrangeiros, para a inscrição do programa doutoral em Bioquímica da Universidade de Aveiro. Apesar dos esforçosevidenciados por todos os colaboradores do programa doutoral, o número de primeiras inscrições em cada ano letivonunca atinge o máximo de vagas disponibilizadas. Pelas características do trabalho desenvolvido, este programadoutoral requer a realização de trabalho laboratorial com muita dedicação, só possível com financiamento adequado.

8.1.4. Addicional information about the students’ caracterisation (information about the students’ distribution by thebranches)

The students who attend the doctoral program in Biochemistry are mostly of Portuguese nationality. The enrolledstudents have obtained funding for this advanced training, mostly funded by the the Foundation for Science andTechnology(FCT). Thus, the number of students enrolled reflects the funding awarded annually. There are also somestudents who have benefited from other sources of funding such as the Gulbenkian Foundation for students fromAfrican countries, or CAPES scholarships, for students of Brazilian nationality. In the last year, the involvement ofprofessors of the doctoral program in Biochemistry in an ITN Marie Curie project allowed the granting of three doctoralscholarships to foreign students for the registration of the doctoral program in Biochemistry of the University of Aveiro.Despite the efforts made by all the collaborators of the doctoral program, the number of first registrations in eachschool year never reaches the maximum number of places available. Due to the characteristics of the work developed,this doctoral program requires the accomplishment of laboratorial work and as much dedication, only possible withadequate financing.

9. Resultados académicos e internacionalização do ensino9.1. Resultados Académicos

9.1.1. Eficiência formativa.

9.1.1. Eficiência formativa / Graduation efficiency

Antepenúltimo ano / Twobefore the last year

Penúltimo ano / One beforethe last year

Último ano /Last year

N.º diplomados / No. of graduates 7 2 2N.º diplomados em N anos / No. of graduates in Nyears* 7 2 0

N.º diplomados em N+1 anos / No. of graduates in N+1years 0 0 2

N.º diplomados em N+2 anos / No. of graduates in N+2years 0 0 0

N.º diplomados em mais de N+2 anos / No. of graduatesin more than N+2 years 0 0 0

Perguntas 9.1.2. a 9.1.3.

9.1.2. Comparação do sucesso escolar nas diferentes áreas científicas do ciclo de estudos e respetivas unidadescurriculares.

Taxa de aprovados/avaliados: Bioquímica: 100% ; Biologia: 100%; Gestão 100%Taxa de avaliados/inscritos: Bioquímica: 54% ; Biologia: 100%, Gestão 100%Globalmente, a taxa de sucesso escolar é muito elevada. O sucesso escolar resulta da qualidade e maturidade dosestudantes que frequentam o programa doutoral e traduzse nos excelentes resultados de eficiência formativa. Existeno entanto uma discrepância entre a taxa de alunos avaliados/aprovados e a taxa de alunos inscritos/avaliados, taldeve se ao facto de os alunos com bolsas da FCT se inscreverem já numa fase adiantada do ano letivo e terem



impossibilidade de realizar as UC anuais, que integravam o plano de estudos dos anos letivos anteriores.

9.1.2. Comparison of the academic success in the different scientific areas of the study programme and related curricularunits.

Rates of students approved/evaluated: Biochemistry: 100% Biology: 100%; Bussiness:100%Rates of students approved/registered: Biochemistry: 54% Biology: 100%, Bussiness:100%The results available suggest that all scientific areas present a high success rate and do not reveal significantdifferences among the various scientific areas. The high success rate results from the high quality and maturity of thePhd students and is then translated into the excellent results of efficiency. However, there is a discrepancy between theassessed / approved student rate and the enrolled / assessed student rate, which is due to the fact that students withFCT scholarships start in an advanced period of the academic year. So, they were unable to perform the annual UCs,which were part of the syllabus in the last academic years.

9.1.3. Forma como os resultados da monitorização do sucesso escolar são utilizados para a definição de ações de melhoriado mesmo.

A UA dispõem de um Subsistema para a Garantia da Qualidade das Unidades Curriculares, o SubGQ_UC, que tem porobjetivo melhorar o processo de aprendizagem e o funcionamento de cada unidade curricular. O sistema de SGQ não está ainda implementado ao nível do 3º ciclo, estando a UA a desenvolver esforços para a suaimplementação, em coordenação com a Escola Doutoral da UA. Este sistema está em fase piloto de implementação/experimentação, e o Programa Doutoral da Bioquímica integra a equipa que participa nesta fase piloto. Espera –se queno próximo ano letivo, o SGQ esteja a funcionar ao nível dos 3º ciclos.Assim, têm sido feitos esforços para melhorar o processo de ensino aprendizagem, com base na auscultação dosestudantes, por parte do diretor de curso, e em estreita colaboração com os docentes das unidades curriculares. Nesteprocesso os docentes têm feito adaptações ao funcionamento das UC tendo como objetivo a melhoria da acãopedagógica.

.

9.1.3. Use of the results of monitoring academic success to define improvement actions.

The UA has a subsystem for the Quality Assurance of the Curricular Units, the SubGQ_UC, which aims to improve thelearning process and the functioning of each curricular unit.The SubGQ_UC system is not yet implemented at the level of the 3rd cycle, and the UA is making efforts to implement itfor doctoral programs in coordination with the UA Doctoral School. This system is in the pilot phase of implementationand experimentation, and the Biochemistry Doctoral Program is part of the team that participates in this pilot phase. It isexpected that in the next academic year, the SGQ is operating at the 3rd cycle level.Thus, the improvement of the learning teaching process has been carried out based on the students' listening, by thedirector of the doctoral program and in collaboration with the teachers of the UCs. In this process, the teachers improvethe methodologies of the UC with the objective of improving the pedagogical action.

9.1.4. Empregabilidade.

9.1.4. Empregabilidade / Employability

%Percentagem de diplomados que obtiveram emprego em sectores de atividade relacionados com a área do ciclo de estudos / Percentage ofgraduates that obtained employment in areas of activity related w ith the study programme's area. 91

Percentagem de diplomados que obtiveram emprego em outros sectores de atividade / Percentage of graduates that obtained employment inother areas of activity 9

Percentagem de diplomados que obtiveram emprego até um ano depois de concluído o ciclo de estudos / Percentage of graduates thatobtained employment until one year after graduating 91

9.2. Internacionalização do ensino

9.2.1. Nível de internacionalização (dados relativos ao ciclo de estudos) / Internationalisation level (Study programmedata)

%



Percentagem de alunos estrangeiros matriculados no ciclo de estudos / Percentage of foreign students enrolled in the study programme 33Percentagem de alunos em programas internacionais de mobilidade (in) / Percentage of students in international mobility programs (in) 0Percentagem de alunos em programas internacionais de mobilidade (out) / Percentage of students in international mobility programs (out) 0Percentagem de docentes estrangeiros, incluindo docentes em mobilidade (in) / Percentage of foreign teaching staff (in) 20Mobilidade de docentes na área científ ica do ciclo de estudos (out) / Percentage of teaching staff in mobility (out) 30

10. Análise SWOT do ciclo de estudos10.1. Pontos fortes:

Excelente relacionamento entre estudantes, docentes e orientadores.Elevado grau de disponibilidade e dedicação por parte de docentes e orientadores para o atendimento e orientação dosestudantes.Elevado grau de dedicação por parte do pessoal não docente envolvido em fornecer serviços de elevada qualidade.Condições laboratoriais de qualidade, e equipamento moderno que permitem a exequibilidade dos trabalhos deinvestigação a realizar no âmbito dos planos de trabalho proposto para os doutoramentos.Unidade curriculares com bom funcionamento e com processo de avaliação adequada.Docentes e orientadores com vastas colaborações com outras unidades de investigação, instituições e unidades desaúde e empresas, pelo que os estudantes podem ter acesso facilitado a diferentes materiais me estudo (ex.amostras) e equipamentos fora da UA.Internacionalização do programa doutoral, evidenciada pela participação de estudantes estrangeiros e com oenvolvimento de docentes em projeto internacionais que permitem mobilidade de estudantes e professores.

10.1. Strengths:Excellent relationship between students, teachers and supervisors.High degree dedication and availability by teachers and supervisors for the attendance and orientation of the students.High degree of dedication by nonteaching staff involved in providing high quality services.Very good conditions of the laboratories and modern equipment’s, that allow the feasibility of the research works withinthe proposed work plans for PhDs, with very high quality.Curricular units well organized and with proper evaluation process.Teachers and advisers have extensive collaborations with other research units, institutions and health and industriesthat allow students to have access to the experimental materials (Eg. samples) and equipment outside the UA.Internationalization of the doctoral program is evidenced by the participation of foreign students, the involvement ofteachers in international projects and by the mobility of students and teachers to universities and institutes from othercountries.

10.2. Pontos fracos:Unidades curriculares de opção em número reduzido.Necessidade de captação de mais alunos

10.2. Weaknesses:Reduced number of option for the optional curricular units.Need to attract more students..

10.3. Oportunidades:Os docentes e investigadores têm vastas colaborações com outras unidades de investigação, universidades,instituições de saúde e empresas, o que permite aos estudantes o estabelecimento de novos contactos e parcerias,que permitirá alargar as oportunidades de trabalho, quer científico quer tecnológico,, ,após a conclusão dodoutoramento. A realização de estadias de curta duração em outras instituições permite a utilização de metodologias e equipamentosnão disponíveis na UA.

10.3. Opportunities:Teachers and researchers have extensive collaborations with other research units, universities, health institutions andcompanies, which allows students to establish new contacts and partnerships, which will allow to widen theopportunities of work, both scientific and technological, after finishing the PhD.Short stays in other institutions allow the use of methodologies and equipment not available in the UA.

10.4. Constrangimentos:A ausência de biotério na Universidade de Aveiro limita a realização de trabalhos com experimentação animal.As bolsas da estudo, em particular as financiadas pela FCT, são bastante limitadas o que limita o número de



estudantes que se inscrevem no programa doutoral. A oportunidade de obter financiamento para participação em encontros científicos é muito limitadas, o que dificulta adivulgação dos resultados de investigação, a internacionalização e o estabelecimento de novos contactos por partedos estudantes e docentes.

10.4. Threats:The number of grants for Phd students , in particular those funded by FCT, are very limited, limiting the number ofstudents enrolled in the doctoral program.The opportunity to obtain funding for participation in scientific meetings is very limited, which hinders the disseminationof research results, internationalization and the establishment of new contacts by students and teachers.

11. Proposta de ações de melhoria11.1. Ações de melhoria do ciclo de estudos

11.1.1. Ação de melhoria 1) Aumentar a oferta de unidades curriculares de opção, promovendo a escolha de unidades curriculares de outrosprogramas doutorais da UA em áreas afins, como o programas doutorais em Química, Biologia, Biomedicina e Ciênciase Tecnologia da Saúde.2) Dinamizar o corpo docente para participação em concursos nacionais e internacionaiscom vista à obtenção de financiamento para a concretização de projetos científicos 3) Dinamizar o corpo docente e para participação em concursos nacionais e internacionais para financiamento debolsas de doutoramento (por exemplo projetos ITN Marie Curie).4) Promover a disseminação e publicitação do programa doutoral a nível internacional, para captação de alunosestrangeiros, e em especial alunos dos países com língua oficial portuguesa

11.1.1. Improvement measure 1) Increase the offer of optional curricular units, promoting the choice of curricular units from other doctoral programsof in related areas from the UA, such as the doctoral programs in Chemistry, Biology, Biomedicine and Health Sciencesand Technology.2) Encourage the teachers and supervisor to apply for national and international research grants to get funding forscientific projects of student’s PhD working plansand for the funding of PhD fellowships (such as ITN Marie Curie projects)3) Encourage the teachers and supervisor to apply for national and international research grants to get funding for PhDscholarships (for example ITN Marie Curie projects).4) Promote the dissemination and publicity of the doctoral program in Biochemistry at an international level, for thecaptation of foreign students, and in particular students from countries with Portuguese official languages

11.1.2. Prioridade (alta, média, baixa) e tempo de implementação da medida 1) Alta, Implementação no próximo ano letivo 2017, 20182) Média, Implementação no próximo ano letivo 2017, 20183) Média, Implementação no próximo ano letivo 2017, 20184) Alta, Implementação no próximo ano letivo 2017, 2018

11.1.2. Priority (High, Medium, Low) and implementation timeline. 1) High, Implementation next school year 2017, 20182) Average, Implementation next school year 2017, 20183) Average, Implementation next school year 2017, 2018

4) High, Implementation next school year 2017, 2018

11.1.3. Indicadores de implementação 1) Os estudantes inscrevemse em UC de outros programas doutorais.2,3 ,4) Aumento do número de alunos inscritos no programa doutoral em Bioquímica.

11.1.3. Implementation indicators 1) Students are enrolled in UC from other doctoral programs.2,3,4) Higher number of Phd students in Doctoral Program in Biochemistry

P E RA/ 1617/ 1000971 — Ap resen t ação d o p ed i d o · 4 A unidade curricular de...

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