REF : IMG 116 - AMPLITECH Imegen... · 2017. 11. 17. · imegen Quimera Screening Multiplex Plus...
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Rev. 3
Polymorphisms quantification in hematopoietic chimeras by digital PCR
REF : IMG-116
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*imegenTM
is a trademark of Instituto de Medicina Genómica, registered as
imegen® in Spain
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imegen Quimera Screening Multiplex Plus REF: IMG-116-26 and imegen
Quimera Screening Multiplex Plus II
REF: IMG-116-25
imegen Quimera
(REF:Table1)
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β
INDELs Insertion
(Alelo +)
Deletion
(Alelo -) Kit reference
SRY X IMG-116-27 DRY
RhD X IMG-116-28 DRY
Q116-6I X IMG-116-32 DRY
Q116-3I X IMG-116-29 DRY
Q116-7I X IMG-116-33 DRY
Q116-12D X IMG-116-36 DRY
Q116-11I X IMG-116-34 DRY
Q116-5I X IMG-116-31 DRY
Q116-4I X IMG-116-30 DRY
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INDELs Insertion
(Alelo +)
Deletion
(Alelo -) Kit reference
Q116-10I X IMG-116-35 DRY
Q116-23I X IMG-116-37 DRY
Q116-28I X IMG-116-42 DRY
Q116-32I X IMG-116-46 DRY
Q116-31I X IMG-116-45 DRY
Q116-30D X IMG-116-44 DRY
Q116-29D X IMG-116-43 DRY
Q116-27D X IMG-116-41 DRY
Q116-24I X IMG-116-38 DRY
Q116-9I X IMG-116-48 Dry
Q116-20I X IMG-116-40 Dry
Q116-33I X IMG-116-47 Dry
Q116-37I X IMG-116-49 Dry
Q116-38I X IMG-116-50 Dry
Q116-39I X IMG-116-51 Dry
Q116-41I X IMG-116-52 Dry
Q116-42I X IMG-116-53 Dry
Q116-43I X IMG-116-54 Dry
Q116-44I X IMG-116-55 Dry
Q116-45I X IMG-116-56 Dry
Q116-46I X IMG-116-60 Dry
Q116-47I X IMG-116-57 Dry
Q116-49I X IMG-116-58 Dry
Q116-50I X IMG-116-59 Dry
Table 1. imegen-Quimera reference kit for dPCR
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Reagents Reactions Storage
Polymorphism Master Mix 2 x 6 rxn 4ºC
Table 2. imegen-Quimera kit for dPCR contents and storage temperature
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Equipment 1 Micropipettes (10 µL, 20 µL and 200 µL)
QuantStudio® 3D Digital PCR system (ThermoFisher)
2 dPCR Thermal cycler: ProFlex™ 2x Flat PCR System from ThermoFisher Scientific
3 QuantStudio 3D Digital PCR instrument (chip reader) from ThermoFisher Scientific
4 QuantStudio 3D Digital PCR Chip Loader from ThermoFisher Scientific
Droplet DigitalTM PCR system (BIO-RAD)
5 QX200TM Droplet DigitalTM PCR system o QX100TM Droplet DigitalTM PCR system
6 PX1™ PCR Plate Sealer
7 C1000 Touch™ Thermal Cycler with 96–Deep Well Reaction Module
8 Multichannel pipette (10-100 µL)
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Materials 1 0.2 ml tubes
2 Disposable micropipette filter tips (10 µL, 20 µL
and 200 µL)
3 1.5 mL sterile tubes
4 Powder-free latex gloves
QuantStudio® 3D Digital PCR system (ThermoFisher)
5 QuantStudio® 3D Digital PCR 20K Chip Kit v2 (12
pack) from ThermoFisher Scientific
Droplet DigitalTM PCR system (BIO-RAD)
6 Droplet Generator Cartridges and Gaskets (Ref.1864007)
7 ddPCR 96-well plates
8 Droplet Generation Oil for probes
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Reagents Rehydration volume
Polymorphism Master Mix 10 μL of water/vial*
Table 3. Kit components rehydration volume
ᵦ
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Reagents Amount per reaction
Polymorphism Master Mix 1.5 L
Digital PCR v2 Master Mix 7.5 L
Table 4. Reagents amount required per reaction
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Reagents Amount per reaction
Polymorphism Master Mix 1.5 L
ddPCRTM Supermix for
Probes (No dUTP) 10 L
Nuclease free wáter* 5.5 L
Table 5. Reagents amount required per reaction
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Fields
Step 1
Enzymatic
activation
Step 2
PCR
Step 3
Cycles Number
1 Initial Cycle
(Denat.)
40 cycles
1 Final Cycle Conservation Primer binding/
Extension Denat.
Temperature 96ºC 56ºC 98ºC 60ºC 10ºC
Time 10 minutes 2 minutes 30
seconds 2 minutes ∞
Table 5. dPCR optimal program for imegen-Quimera Kits for dPCR
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Fields
Step 1
Enzymatic
activation
Step 2
PCR
Step 3
Cycles Number
1 Initial Cycle
(Denat.)
40 cycles
1 Final Cycle Conservation
Denat.
Primer binding/
Extension
Temperature 96ºC 94ºC 60ºC 98ºC 4ºC
Time 10 minutes 30 seconds 1 minute 10 minutes ∞
Table 6. dPCR optimal program for imegen-Quimera Kits for dPCR of BIO-RAD platform
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Probe Labelling β-globin VIC®
Informative polymorphism FAMTM
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o
𝑪𝒉𝒊𝒎𝒆𝒓𝒂 % =
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑭𝑨𝑴)
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑽𝑰𝑪)𝒙 𝟏𝟎𝟎
o
% 𝑸𝒖𝒊𝒎𝒆𝒓𝒂 =
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑭𝑨𝑴)
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑽𝑰𝑪)𝒙 𝟏𝟎𝟎
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o
𝑪𝒉𝒊𝒎𝒆𝒓𝒂 % =
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑭𝑨𝑴)
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑽𝑰𝑪)𝒙 𝟏𝟎𝟎
o
% 𝑸𝒖𝒊𝒎𝒆𝒓𝒂 =
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑭𝑨𝑴)
𝑪𝒐𝒑𝒊𝒆𝒔µ𝑳
(𝑽𝑰𝑪)𝒙 𝟏𝟎𝟎
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