Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê,...

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Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann

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Taís Herig

Marcelo Carazzolle

Ana Deckmann

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Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos DadosProjetos

1 -

2 -

3 -

4 -

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Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?O experimento

Análise dos DadosProjetos

1 -

2 -

3 -

4 -

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O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

DNA-Microarray = Genechip

Microarray

Técnica Anos 90 Suporte sólido para fixação ordenada

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O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

Padrões de expressão gênicaIdentificação de função de genes

Identificação de genes envolvidos com doenças

● Interação entre genes

Pra quê ?

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O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

Milhares de genes simultaneamenteEspaço pequeno

Por quê ?

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Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos DadosProjetos

1 -

2 -

3 -

4 -

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O experimento

Parte 1

Parte 2

Parte 3

- Fixação de genes Microarray

- Hibridização

- Scanner●

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O experimento

Parte 1: Microarray

Isolar genes de interesse

Gerar inúmeras cópias

Fixação no microarray

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O experimento

Parte 2: Hibridização

Células desejadas

mRNA

Formar cDNA marcado

Hibridização

Limpeza

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O experimento

Parte 3: Scanner

“Scannear” o microarray

Obtenção de dados - Intensidades

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Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos Dados

Projetos

1 -

2 -

3 -

4 -

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Análise dos Dados

Como eram tratados os dados ?

Agora

- Manualmente Muito tempo

Muito esforço Pequenas mudanças Muito trabalho

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Análise dos Dados -

Automatizar a análise dos dadosDiferentes formatos

GeneTAC (LGE) ScanArray (Ludwig) CodeLink NimbleGen (Futuro)

Objetivo do Programa

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Variável de acordo com o formatoPossibilita a criação de diferentes projetos

Características do Programa

Estruturado por etapas

Linguagens: cgi, R (análise estatística)Banco de dados: MySql

Análise dos Dados -

Português e Inglês

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Banco de Dados

Análise dos Dados -

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Estrutura do Programa

Submissão dos Arquivos da Lâmina

Seleção de Dados

Normalização

Análises Estatísticas

Definição de um Projeto

Configuração da LâminaLGE e Ludwig

CodeLink

Análise dos Dados -

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Criar / Selecionar um projeto

Definir o padrão

Estrutura do Programa: Definição do Projeto

Número de Placas funcionais

Análise dos Dados -

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Estrutura do Programa: Definição do Projeto

Análise dos Dados -

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LGE e Ludwig

Adequar a configuração

Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina

96

Placa Funcional

Placa Array

Microarray

1-12A|H

96 96

96

384

1 - 16

A

|

P

1 - 4A

|

H

Análise dos Dados -

32 grids

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Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina

Análise dos Dados -

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Submissão dos arquivos

Definição dos grupos

Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina

Definição dos canais

Análise dos Dados -

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Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina

Análise dos Dados -

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Exclusão de spots indesejados●

Estrutura do Programa: Seleção dos Dados

Diferentes formas de exibir os dados Diferentes filtros Imagens

Análise dos Dados -

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Estrutura do Programa: Seleção dos Dados

Análise dos Dados -

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Métodos diferentes●

Estrutura do Programa: Normalização

Opções

Visualização

Análise dos Dados -

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Estrutura do Programa: Normalização

Análise dos Dados -

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Estrutura do Programa: Análises estatísticas

Análise dos Dados -

Fold Change

Pvalue

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Estrutura do Programa: Análises estatísticas

Análise dos Dados -

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Gráficos: Lâmina

Análise dos Dados -

(Fonte: Leandra Scarpari)

Grid

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Gráficos: M vs A plot

Análise dos Dados -

M = log2(R/G)A = ½ log2(RG)

(Fonte: Leandra Scarpari)

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Gráficos: M vs A plot

Análise dos Dados -

(Fonte: Ana Deckmann)

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Gráficos: Density

Análise dos Dados -

(Fonte: Leandra Scarpari)

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Gráficos: Boxplot

Análise dos Dados -

Outliers: diferencialmente expressos (Fonte: Leandra

Scarpari)

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Gráficos: Plot lam1 vs lam2

Análise dos Dados -

Comparação entre duas lâminas(Fonte: Leandra Scarpari)

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Gráficos: VolcanoPlot

Análise dos Dados -

Fold Change: Escala de comparação entre as razõesPvalue: Reprodução dos dados

(Quanto maior o módulo, mais diferencialmente expresso)

(Quanto menor, mais estão se reproduzindo os dados)(Fonte: Leandra Scarpari, Ana Deckmann)

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Gráficos: Clustering

Análise dos Dados -

Busca de padrões

(Fonte: Ana Deckmann)

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Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos Dados

Projetos

1 -

2 -

3 -

4 -

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Projetos

Implementação no LGE

Publicação

● Implementação para o NimbleGen

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... (um pouquinho sobre o NimbleGen)

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NimbleGen

Microarray de alta densidade Mais de 380.000 oligos / array 6 – 20 probes / gene

Mais de 38.000 genes

Tamanho do probe: 24 – 70 mer

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NimbleGen

MAS – Maskless photolithographic process

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NimbleGen

● Procedimento Seleção / Montagem do Array Envio de cDNA / mRNA Experimento (NimbleGen)

RNA $760cDNA $665

+ $1900(<10 Arrays)

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NimbleGen

● Resultados Dados brutos Dados normalizados Imagens do Array (Dados brutos)

(Fonte: http://www.nimblegen.com)

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Fim