MATERIAL CONFECCIONADO PARA AULAS DE ANÁLISE BIOMOLECULAR – CURSO

BIOTECNOLOGIA - UFU

MONITOR: ANNA CLARA RIOS MOÇO

PREDIÇÃO FILOGENÉTICA

TUTORIAL

Para quem quiser baixar o Programa Mega: http://www.megasoftware.net/. Selecionar o

sistema operacional do seu computador, no meu caso é Windows. Preencher os campos

“student” e de universidade. E baixar.

Pode haver variações entre o programa que baixamos e o do computador da UFU, pois ele é

mais atual. Porém, a essência é a mesma: salvar o documento em fasta, inserir no programa

fazendo alinhamento com ClustalW e proceder a análise filogenética.

1 – Digitar a proteína desejada no campo “search”

2 – Selecionar 8 sequências. É importante observar se todas as proteínas são as mesmas. No

exemplo todas são a “cellular tumor antigen p53”. Tentar variar os organismos também, pois

assim a árvore filogenética terá distâncias diferentes e contrastantes, o que facilita a leitura da

predição.

3- Selecionar e clicar em “Retrieve”

4 – Clicar em Download.

5 - No Mega:

Após clicar em “ok”, selecionar “protein” na próxima

A seguinte aba irá aparecer:

Clicar em Data -> Open -> Retrieve Sequences from fila. Selecionar a sequência fasta que você

baixou no Uniprot.

No meu caso, salvei em downloads:

No campo que aparecer, selecione “Alignment” depois “Align by Clustalw”

Clique em “Ok” para selecionar tudo.

Aparecerá esta caixa de parâmetros, que não precisa ser alterada, bastando clicar em Ok.

Salvar o arquivo:

Após salvar o arquivo, clicar em “Phylogeny” e começar as análises com cada teste. Primeiro

com Maximum Likelihood.

Aparecerá a seguinte caixa. Clique em “Yes”. Se essa caixa não aparecer, apenas selecione o

arquivo que você salvou no passo anterior.

Os parâmetros vão aparecer. Estes parâmetros precisam ser alterados apenas no campo “Test

of phylogeny” e “No. Of Bootstrap Replications”. Pois, o Bootstrap é o teste de probabilidade

que vai testar todas as possibilidades e no campo número de replicações são quantas vezes ele

vai testar. Quanto mais melhor. No caso, coloquei 1000.

Aparecerá o campo enquanto está sendo analisado. No meu trabalho, copiei os parâmetros

indicados em vermelho, para mostrar os parâmetros utilizados. Todos os testes só é preciso

mudar estes dois parâmetros.

Vai aparecer a árvore.

Esse procedimento deve ser repetido para todos os outros testes.

Para publicação, eu usaria o método NJ pois o UPGMA parte do pressuposto de que uma

mesma taxa de evolução se aplica a todos ramos de uma filogenia, o que pode não ser

verdade. No NJ matriz de distância é ajustada para diferenças nas taxas de evolução de cada

táxon (ramo). O que mostra na diferença entre os dois, mesmo que pequena.

Como modelo de probabilidade, usaria o método de verossimilança, pois aplica o modelo

evolucionário explicito, diferente da parcimônia.