Vigilância Laboratorial da Influenza no Brasil, avanços e ... · Análise e resultados...

V Seminário Estadual sobre Influenza e outras doenças respiratórias agudas Curitiba, 12 de abril de 2016

Vigilância Laboratorial da Influenza no Brasil, avanços e desafios

Laboratório de Referência Nacional para Influenza, Fiocruz/[email protected]

Maria de Lourdes Aguiar Oliveira


Sumário

I. Vigilância laboratorial de Influenza, 2015-2016

II. Avanços e desafios


I. Vigilância laboratorial de vírus Influenza

Influenza

Hemaglutinina (HA)

Penetração celularPrincipais sítios antigênicosVariabilidadeComposição da vacina

Neuraminidase (NA)

Brotamento viralAlvo dos NAi identificação de mutações associadas à resistênciaComposição da vacina

Familia: OrthomyxoviridaeGenero: Influenzavirus A, B e C

Matriz (M1)

Alta variabilidade acúmulo de mutações e rearranjo entre os segmentos gênicosepidemias anuais , potencial pandêmico (Influenza A, novo subtipo)necessidade de revisão anual da composição da vacina


1. Identificação dos patógenos respiratórios

Distribuição espaço-temporal, sazonalidade, morbi-mortalidade, carga da doença e outras análises epidemiológicas, visando orientar a tomada de decisões relevantes para a Saúde Pública

Onde, quando, quem, como? Intervenção

Rotina da vigilância: fechamento de casos suspeitos, investigação/bloqueio de surtos, investigação de óbitos, entre outras ações.

Vigilância laboratorial de Influenza

Ensaios Imunofluorescência

Influenza A, influenza B, vírus sincicial respiratório, adenovirus, parainfluenza 1, 2 e 3 e HMPVRT-PCR em tempo real

Influenza A/H1N1p, A/H3N2, B

Análise e resultados individuais vig.epidemiológica e diagnóstico


2. Monitoramento dos vírus circulantes Orientar a seleção de cepas virais para a composição da vacina anual/OMS

Investigar a emergência de novos subtipos

Vigilância laboratorial de Influenza

Análises e ensaios• Análise genômica sequenciamento e análise filogenética dos genes HA e NA*

• Análise antigênica HA, HI*

• Análise de resistência aos antivirais sequenciamento/pirosequenciamento

• Análise agregada, resultados sob a forma de relatório*

A FINALIDADE NÃO É DIAGNÓSTICO, É VIGILÂNCIA!


Fiocruz (RJ)LRN, NIC/OMS

Instituto Adolpho Lutz (SP )IAL,LRR, NIC/OMS

Instituto Evandro Chagas (PA)IEC,LRR, NIC/OMS

Brasil: Sistema de Laboratórios (SISLAB)

Portaria 2031/2004

Complexidade de ensaiosEnvio de amostras

(positivas, inconclusivas, não subtipáveis)


Estadual Nacional Internacional

Rede de vigilância laboratorial de Influenza


Vacina trivalente•1 cepa A/H3 •1 cepa A/H1N1p• 1 cepa FluB (Yam ou Vic)

As cepas vacinais são revisadas anualmente, com base no monitoramento dos virus circulantes


Cepas vacinais recomendadas pela OMS para o Hemisfério Sul, 2015 e 2016

http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/2015_south/en/

http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/2016_south/en/

Influenza Cepas vacinais, 2015 Cepas vacinais, 2016H1N1p A/California/07/2009-like A/California/07/2009-like

A/H3 A/Switzerland/9715293/2013 (H3N2)-like (3C.3a)

A/HongKong/4801/2014(H3N2)-like (3C.2a)

FluB B/Phuket/3073/2013 (Yam) B/Brisbane/60/2008-like (Vic)

B/Brisbane/60/2008-like (Vic) B/Phuket/3073/2013 (Yam)


SG, 2015

SG, 2016

SRAG, 2016


0

5

10

15

20

25

30

35

AL BA PR SC SENão detectável 26 4 0 2 14Influenza B 0 3 4 1 0 A(H1N1)pdm09 5 9 15 20 3

Distribuição de vírus Influenza, segundo a UF, nas amostras recebidas pela Fiocruz, jan-abr 2016

N=106

* Resultados combinados LACENS/Fiocruz

A(H1N1)pdm09; 52

Influenza B; 8

Não detectável; 46Fonte: Lab. Virus Respiratórios e do Sarampo, IOC, Fiocruz (ate 4/04/2016)

UF NAL 31BA 16PR 19SC 23SE 17Brasil 106


Distribuição de vírus Influenza, segundo a SE, nas amostras recebidas pela Fiocruz, jan-abr 2016

Fonte: Lab. Virus Respiratórios e do Sarampo, IOC, Fiocruz (até 4/04/2016)

0

5

10

15

20

25

Semana Epidemiológica

Não detectável Influenza B Influenza A(H1N1)pdm09

* Resultados combinados LACENS/Fiocruz


Análise genômica dos vírus circulantes2015-2016


Vigilância laboratorial/ LAB. REFERENCIAcritérios de seleção de amostras para o sequenciamento

• Valores de Ct (<30)

• UF

• Semana epidemiológica (inicio, meio e fim)

• Suptipo de Influenza

• Influenza B (linhagem)


6B

Brazil 2016

Evolutionary RelatioshipAmong Influenza A(H1N1)pdm Hemagglutinin GeneBrazil ML HKY+G SPR (nt 1 – 857)

2016201520142013

Group 6

6C (V341) D97N, S124N, S185T

K163Q,A256T

A/H1N1p

Apesar da variabilidade genômica, não ocorreram mudanças antigênicas importantes.A componente A/H1N1 da vacina é o mesmo desde 2009


A/Hong-Kong/4801/2014 (H3N2)- vac 2016

A/Switzerland/9715293/2013 (H3N2) -2015

Maximum-likelihood Influenza A/H3N2 Phylogenetic Tree, 2015 (gene HA)

PHYML GTR+I+G, SPR

Influenza A/H3N2


Fev-MaiE62KN122DM347K

3C.3b

Mai-Out

3C.3a

T128AA138TR142GN145SF159SN225D

Jan-Mai

2015 Southern Hemisphere vaccine strain (2015):A/Switzerland/9715243/2013

Sequencias BrasilSequências representativas globais

3C2

A/Switzerland/9715243/2013

Maximum-likelihood Influenza A/H3N2 Phylogenetic Tree, 2015 (gene HA)- GRUPO 3C3

PHYML GTR+I+G, SPR


Jan-Mar

Ago-Nov

Mar-Jul

3C3

A/Hong-Kong/4801/2014D489N

L31IN144SN145SF159YK160TN255DQ311H

Maximum-likelihood Influenza A/H3N2 Phylogenetic Tree, 2015 (gene HA)- GRUPO 3C2

PHYML GTR+I+G, SPR

2016 Southern Hemisphere vaccine strain: A/Hong-Kong/4801/2014 (3C.2a)

Vacina 2016Sequencias BrasilSequências representativas globais

A/H3N2Houve mudança na composição da vacina.Essa mudança é compatível com a maioria dos vírus circulantes no Brasil (em 2015) e no mundo.


Distribuição das linhagens de Influenza B, segundo a UF. Brasil, 2015-2016

VIC14%

YAM86%

2015

N=181

Vacina: B/Phuket/3073/2013 (Yam)

VIC89%

YAM11%

2016

N=9

Vacina: Brisbane/60/2008-like (Vic)

2016 VIC YAM Total BA 3 0 3SP 4 0 4PR 1 1 2Brasil 8 1 9


Y3

Q122KM251V

L172Q

T234R

K211R

T234K

M251I

2016 South Hemisphere vaccine strain: B/Brisbane/60/2008-like (Victoria lineage)B/Phuket/3063/2013 (Yam)

VacinasSequencias BrasilSequencias internacionais 2016

Maximum-likelihood Influenza B Phylogenetic Tree, 2015Yamagata lineage, gene HA

PHYML GTR+I+G, SPR


K48E E80R K129NI190V I199T

V248I, I318V

T189A

N165K

V146I

K129D

V252M

K209N

A169E

I117V

I97M, T258AN75KN165KS172P

V1a

Current Southern Hemisphere vaccine strain: B/Brisbane/60/2008-like (Victoria lineage)

Vacina 2016Sequencias BrasilSequencias 2016

Maximum-likelihood Influenza B Phylogenetic Tree, 2016Victoria lineage (1710bp), gene HA

PHYML GTR+I+G, SPR

Houve alteração na composição da vacina.Yamagata (2015) Victoria (2016)

Necessidade de monitoramento dos vírus circulantes em 2016: concordância ou não com a vacina trivalente?


Influenza Substituições N Resistência (n)H1N1p H275Y 13 0A/H3 E119V; I222V+E119V* 125 0

FluB E105K, E117A/D/G/V, Q138R, P139S, G140R, R150K, D197E/N/Y, A200A/T, I221L/T/V/I, A245T, H273Y, R292K,

N294S, K360E, R374K, A395E, G407S, D432G

13 0

Análise de resistência , 2015

*redução na sensibilidade ao OST

20162016 Foram investigadas 17 amostras H1N1p não foram identificadas mutações associadas à resistência


II. Avanços e desafios


Avanços Implementação do N de amostras estudadas, nos últimos

anos

Treinamentos e/ou descentralização de ensaios moleculares (Flu, OVR, determinação da linhagem de FluB/RT-PCR em tempo real)

Treinamento dos demais NICs/pirosequenciamento

Sistema de informações: adesão de LACENs ao GAL

Padronização de protocolos de análise entre os NICs para o sequenciamento genes completos


Desafios

Implementar a representatividade regional na amostragem investigada (Norte vs. Sul; Nordeste)

Promover a melhoria contínua do sistema de informações

• Interface entre as diferentes bases de dados (SINAN, SIVEP, GAL)

• Acesso universal às instâncias integrantes do sistema• Feed-back de informações

Garantir recursos humanos e financeiros, evitando a descontinuidade do Programa


- Implementação quantitativa da análise antigênica

- Adoção da vacina tetravalente para Influenza

Concordância entre as cepas vacinais e vírus circulantes

Influenza N Cepas vacinais Brasil 2015H1N1p 3 A/California/07/2009 A/California/07/2009-likeA/H3 16 A/South Austrália/55/2014

(~ A/Switzerland/9715293/2013)A/Texas/50/2012 (N=13) A/Switzerland/9715293/2013-like (N=3)

FluB 4 B/Phuket/3073/2013 B/Phuket/3073/2013

Desafios

V Seminário Estadual sobre Influenza e outras doenças respiratórias agudas Curitiba, 12 de abril de 2016Reunião Nacional de Influenza Dez, 2013

Agradecimentos

GT Influenza/SVS/Ministério da SaúdeLaboratórios Centrais de Saúde Pública (LACENs)Vigilância Epidemiológica dos estadosInstituto Evandro ChagasInstituto Adolpho Lutz

Equipe técnica/Fiocruz-RJ

Marilda SiqueiraDavid BrownOtavio OlivaFernando MottaMaria de Lourdes A OliveiraAline MattosBraulia CaetanoPaola ResendeCristiana CoutoMilene MesquitaAngela PinhãoTania AndradePriscila BornJaline Costa

Contato LRN, Fiocruz-RJMarilda Siqueira, [email protected] Motta, [email protected] Oliveira, [email protected]

Reunião Macrorregional de Vigilância da Influenza nov 2015

Amostras positivas com Ct ≤ 30;Incluir amostras de diferentes tipos/subtipos (A/H1, A/H3 e B);Incluir amostras de diferentes faixas etárias;Incluir amostras tanto de SG quanto de SRAG.Incluir amostras das diferentes regiões de abrangênciaAs amostras de SRAG devem obedecer ao seguinte critério:- Indivíduos com idade entre 2 e 60 anos. - Pacientes em uso de oseltamivir com internação prolongada (> 10 dias).

Além destas amostras, TODOS os LACENs também deverão enviar aos laboratórios de referência:Todas as amostras não subtipáveis;Todas as amostras inconclusivas; Todas as amostras de trabalhadores de avicultura e suinocultura.Todas as amostras de óbitos: indivíduos com idade entre 2 anos e 60 anos, vacinados recentemente ou em uso de oseltamivir até dois dias depois do inicio dos sintomas;

Vigilância laboratorial: critérios de seleção de amostras para envio às referências (Guia de Vigilância para Laboratórios/MS)

Reunião Macrorregional de Vigilância da Influenza nov 2015

Região UF Dez Jan Fev Mar Abr Mai Jun Jul Ago Set Out Nov Total

Nord

este

Alagoas 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Bahia 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Sergipe 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Sude

ste

Espírito Santo 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Minas Gerais 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Rio de Janeiro 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Sul

Paraná 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Rio Grande do Sul 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

Santa Catarina 5 5 5 5 15 10 10 10 10 15 5 5 100

LACEN que realizam RT-PCR em Tempo Real:

Tabela 2: Quantitativo de amostras positivas para Influenza para encaminhamento aos laboratórios de referência de acordo com o mês.


Árvore filogenética: como ler?

Linhas horizontais: dimensão em termos de mudança genética, ao longo do tempo.Quanto maior o comprimento da linha, maior o acúmulo de substituições

Tips: vírus sequenciados

Nós: ancestralidade

Raiz

Clados (A, B e C): grupos de sequências que possuem um ancestral comum

Valores de suporte estatístico para cada grupo (robustez)

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