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www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/
Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na
área Biomédica
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Proteoma ou Proteômica
Definição:
Análise simultânea de misturas complexas de proteínas como extratos de lisados celulares ou de tecidos, assim como fluidos biológicos, visando a identificação e/ou medir as mudanças do nível de expressão de proteínas em diferentes condições fisiológicas e/ou patológicas.
Conjunto das proteínas expressas por uma célula é bastante dinâmico e dependerá das condições particulares/ ou do momento fisio/patológico da mesma.
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Aplicações: - Descoberta de novas drogas, - Estudos em patologia, - Diagnóstico, - Terapias, - Microbiologia,- Bioquímica, - Fisiologia de plantas, - Controle de qualidade.
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Esquema geral de identificação de proteínas
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Genômica x Proteômica
• A Genômica possibilitou o sequenciamento de alta performance de diferentes gens de diversos organismos. Porém não resolveu questões importantes relativo á função de várias proteínas.
• “Podemos ver o Genoma como a descoberta dos hieróglifos que ainda necessitam ser decifrados”
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Histórico do sequenciamento de genomas
1977- bacteriófago phi-x174 (5386bp) foi 1. organismo sequenciado.
Sanger et al [Nature 246, 687 (1977)].
1982- bacteriophage lambda (48,502bp) Sanger et al [J. Mol. Biol. 162, 729 (1982)]
anos 80 - genoma mitocondrial, 16kb; Epstein Barr virus, 172kb; human
cytomegalovirus, 229kb
1980’s- final: desenvolvimento de sequenciadores automáticos
1991- menos de 2,000 gens de proteinas humanas conhecidos
1995- 1o. genoma de um organismo de vida livre 1995
bactéria Haemophilus influenzae Rd KW20- 1,8 Mbases
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2004 – 160 genomas bacterianos completos, de 130 espécies
19 genomas de archae completos
28 genomas de eucariotos, completos, ou alguns cromossomas completos cromossomas completos, incluindo:
• homem
• camundongo (rato sendo sequenciado)
• 3 plantas: Arabidopsis thaliana e 2 variedades de arroz
• 2 peixes
• 6 protozoários
• 3 artrópodos incluindo Drosophila melanogaster
• 6 fungos
• nematódios, alga, cryptomonas
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Gen humano típico: 5 ou 6 introns, tamanho médio dos introns: 2100bp (alguns com 100000 bp)
tamanho médio dos exons: 125bp
Exons de gens celulares: 5% genoma humano
Dados sobre composição do genoma: grande extensão de introns x exons
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Dados sobre composição do genoma: tamanho e número de gens
Homem: 30.000 gens 2,8 x 109 bp
Arroz (Oryza sativa): 20.000 gens 3,7 x 108 bp
Drosophila melanogaster:13.600 gens 1,8 x 108 bp
Escherichia coli: 5.300 gens 4,6 x 106 bp
Comparando Homem e E. coli tem-se que:
número de gens: 5,7x tamanho do DNA: 610 x
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questão 1: 1 transcrito primário podendo corresponder a mais de um mRNA, e portanto mais de uma proteina
questão 2: 1 mRNA não sendo eficientemente traduzido, como ocorre em alguns casos de transferência lateral
questão 3: alguns RNAs ficam longo tempo sem ser traduzidos em células eucarióticas
questão 4: processamento pós-traducional: várias proteinas, com atividade distinta, vindo do mesmo gen
Um gen vários produtos !
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Pos-GenPos-Genôômicamica
GenomicaGenomica Funcional Funcional
ProteômicaProteômica
Genomica EstruturalGenomica Estrutural
DNA-MicroarrayDNA-MicroarrayGel ElectroforesGel Electroforesee 2D 2D
Espectrometria de Massa Espectrometria de Massa Sequenciamento de ProteinaSequenciamento de Proteina
CrystallograCrystallografia de fia de X RayX RayNMRNMR
Sequência - Forma - FunSequência - Forma - Funçãoção
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Rede Proteômica
Problemas Biológicos
Gel 2D Cromatografia Gel 2D Gel 2D Gel 2D
Maldi - Tof Maldi - Tof
MS-MS: ESI-Q-Tof MALDI TOF-TOF
Expressão
Cristalização
NMR X- rays
Purificação de Proteína
Bioinformatica
Microarray
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Abordagens em ProteômicaAbordagens em Proteômica• Proteômica de ExpressProteômica de Expressãoão
– EExpressão Diferenxpressão Diferenccialial
• Proteômica FuncionalProteômica Funcional– Interação Proteina-ProteinaInteração Proteina-Proteina
– Vias de SinalizaçãoVias de Sinalização
– Modificação PósModificação Pós- traducional- traducional
• Proteômica QuantitativaProteômica Quantitativa
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UFP
UFP UFP UFP UFP UFP
UEM-MALDI-TOF
Bio
info
rmát
ica
UFP
UEM-MS-MS UEM-MALDI-TOF
IDENTIFICAÇÃO
UNIDADES DE EXPRESSÃO,
PURIFICAÇÃO E CRISTALIZAÇÃO DE PROTEÍNAS
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1) Departamento de Bioquímica Médica - ICB-UFRJ - Russolina Benedeta Zingali
2) Unidade Multidisciplinar de Genômica - IBCCF - UFRJ - Paulo Mascarello Bisch
3) Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, UFRJ - Gilberto Domont
4) Instituto Oswaldo Cruz / FIOCRUZ - Jonas Perales
5) Universidade Norte Fluminense - Elias W. Alves
LaboratorLaboratoriosios Associa Associadosdos
1) Unidade de Apoio em Espectrometria de Massa - Departamento de Física - PUC/RJ - Enio Frota da Silveira
2) Unidade de Apoio de Genômica Estrutural - Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear de Macromoléculas - ICB/UFRJ - Jerson Lima Silva
3) Laboratório Associado - Agrobiologia - EMBRAPA - RJ - José Ivo Baldani
Unidades de FracionamentoUnidades de Fracionamento e e Identifica Identificaçãoção
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PROJECTOS :
1. Proteômica de toxinas animais :Jonas Perales (FIOCRUZ), Gilberto Domont, (DQ-IQ/UFRJ), Russolina Benedeta Zingali (DBM/ICB/UFRJ), Elias W. Alves (UENF)
2. Expression Proteomics of Vibrio cholerae :Wanda Maria Almeida von Krüger, Ana Beatriz Furlanetto Pacheco (UMGe/IBCCF/UFRJ), Ana Coelho (DG/IB/UFRJ) 3. Proteomics of viral infection ( dengue virus): Mônica Montero Lomeli, Andréa Thompson Da Poian, Russolina Benedeta Zingali, (DBM/ICB/UFRJ)
4. Proteome analysis of Gluconacetobacter diazotrophicus :Elias W. Alves (UENF), José Ivo Baldani, Kátia Regina dos Santos Teixeira, (EMBRAPA/RJ), Paulo Ferreira, Adriana Hemerly (DBM/UFRJ)
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Bothrops insularis snake venom proteins identified by peptide mass fingerprinting
after 2D SDS-PAGE • Objetivo: caracterização das proteínas
presentes no veneno para identificação de novos princípios ativos.
• Metodologia: separação por 2-D identificação de proteínas por Mapa peptídico e por sequenciamento TOF-TOF
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(Busca a partir dos dados da biblioteca de cDNA e ESTs do Dr. Paulo Lee Ho´s)
94,0-
67,0-
43,0-
30,0-
20.1 -
14.4 -
kDa
494 detected spots
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Spot 489
Lectin
Spot 434
Lectin like c-type
Spot 394 PLA2
Spot 433, 427, 429
Lectin
Spot 459
Lectin
GEL MASTER Bothrops insularis
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799.0 1439.4 2079.8 2720.2 3360.6 4001.0Mass (m/z)
1274.2
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
% In
tens
ity
Voyager Spec #1=>BC=>NR(2.00)=>MC[BP = 1241.5, 1274]1241.5192
1574.7037
1993.9327
2211.0449
1257.5796 2225.05711475.7627 2283.0930 2564.0933
1707.74321417.6908842.5240 3338.69971179.6036 2705.03321908.7714 2409.00491434.8029948.7063 2680.1816 3097.6313 3332.34691193.6047 1874.9449 2154.0491 3568.65772439.66141657.7893913.3586 1442.6818
Spot 489 Lectin
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94,0-
67,0-
43,0-
30,0-
20.1-
14.4-
kDa 4 7
Spot 258Serine proteinase B.
insularis
Spot 474Vascular endothelial
growth factor
Spot 428Convulxin beta [Crotalus
durissus]
Spot 427, 429 e 467Lectin [Bitis arietans]
Spot 375, 435 e 459Platelet glycoprotein Ib-binding
protein alpha subunit [B. jararaca]
Spots 255, 260, 261, 262 and 268Metalloproteinase (PI) B.insuaris
Spot 412Anticoagulant protein A
[Deinagkistrodon acutus]
Spot 356Metalloproteinase
(Agkistrodon contortrix laticinctus)
Spot 386 and 394Phospholipase A2 B. insularis
433 e 434Agkisacutacin B chain
[Deinagkistrodon acutus]
489BJcuL precursor [B. jararacussu].
Spot 24, 28, 29, 30, 31, 32, 77, 90, 93 and 96Metalloproteinase (PIII) B.insularis
Spot 444Unnamed Protein Product (Mus Musculus)
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Análise de Peptídeos: Peptidomics
• A eletrofores bidimensional separa proteínas entre 10 kDa e 200 kDa: Proteínas maiores ou menores não são detectadas;
• Para análise de peptídeos dependendo da amostra podemos analisar diretamente no MALDI-TOF, ou ainda fazer uma separação prévia e analisar frações cromatográficas contendo peptídeos.
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B. insularis crude venom MALDI-TOF/MS
1100 1180 1260 1340 1420 1500Mass (m/z)
1.6E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
% Intensity
4700 Reflector Spec #1[BP = 1370.7, 16470]
1370.7482
1196.6423
1279.7783
1392.7262
1218.6238
1414.7090
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950 1060 1170 1280 1390 1500Mass (m/z)
3.7E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
% In
tensit
y
4700 Reflector Spec #1=>BC=>NF0.7[BP = 1087.6, 36679]
1087
.622
8
1277
.616
1
1373
.722
9
1244
.639
8
1404
.764
0
1037
.544
3
1101
.599
6
1063
.573
6
956.
5493
1370
.700
4
1144
.641
4
1299
.695
2
1395
.700
2
1409
.792
5
Crude venom direct analysis in MALDI-TOF
Lachesis muta MS/MS 1373
610 778 946 1114 1282 1450Mass (m/z)
0102030405060708090
100
% In
tensit
y
4700 MS/MS Precursor 1373.72 Spec #1=>BC=>NF0.7[BP = 1161.5, 46639]
1161
.521
1
1048
.459
4
851.
4226
1133
.560
8
911.
4136
1169
.577
6
1373
.583
5
639.
3297
1258
.647
3
774.
3678
PPI / LHP G
qkpwppghipp Peptídeo potenciador de bradicinina
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PROJECTS :
1. Proteomics of animal toxins :Jonas Perales (FIOCRUZ), Gilberto Domont, (DQ-IQ/UFRJ), Russolina Benedeta Zingali (DBM/ICB/UFRJ), Elias W. Alves (UENF)
2. Proteoma de Expressão de Vibrio cholerae :Wanda Maria Almeida von Krüger, Ana Beatriz Furlanetto Pacheco (UMGe/IBCCF/UFRJ), Ana Coelho (DG/IB/UFRJ) 3. Proteomics of viral infection ( dengue virus): Mônica Montero Lomeli, Andréa Thompson Da Poian, Russolina Benedeta Zingali, (DBM/ICB/UFRJ)
4. Proteome analysis of Gluconacetobacter diazotrophicus :Elias W. Alves (UENF), José Ivo Baldani, Kátia Regina dos Santos Teixeira, (EMBRAPA/RJ), Paulo Ferreira, Adriana Hemerly (DBM/UFRJ)
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A proteome reference map for Vibrio cholerae El TorAna Coelho, Eidy de Oliveira Santos, Mauro Luiz da Hora Faria, Daniela Palermo de Carvalho, Marcia Regina Soares, Wanda Maria Almeida von Kruger, Paulo Mascarello Bisch
Proteomics Network of Rio de Janeiro-FAPERJ Dep. Genética, I. Biologia Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
AbstractA proteome reference map has been constructed for Vibrio cholerae El Tor, in the pI range of 4.0 to 7.0. The map is based on two-dimensional gels (2-D) and the identification, by peptide mass fingerprint, of proteins in 94 spots, corresponding to 80 abundant proteins. Two strains are compared, strain N16961 and a Latin American El Tor strain C3294. The consensus map contains 340 spots consistently seen with both strains grown in Luria-Bertani broth (LB) or minimal M9 medium. The results were obtained from nine gels run with 18 cm immobilized pH gradient strips and precast gels. The 2-D gels were anchored to real N16961 proteins identified by mass spectrometry. Various energy metabolism components and periplasmic ATP-binding cassette (ABC) transporter proteins were identified among the abundant proteins. Two isoforms of OmpU were found. Five operons are proposed and seven hypothetical proteins were experimentally confirmed. Comparisons are made with protein 2-D gels for a classical strain and to microarray analysis available for the N16961 El Tor strain. New results were obtained from the proteome analysis, indicating an abundance of periplasmic ABC transporter proteins not found in microarray studies.
Proteomics. 2004 May;4(5):1491-504.
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Adherence of Vibrio cholerae El Tor to cell monolayers.
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2D-gel, V. cholerae El Tor N16961 strain
![Page 30: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/30.jpg)
Total number of proteins predicted:………3820
In the pI range 4-7 and MW 10-110kDa:…2005
Spots found: ………………………………….539
Coverage in the range: ……………………26.9%
Experimental and predicted proteins for V. cholerae El Tor
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Mapa de referência de Vibrio cholerae El Tor com 94 spots
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Isoformas: a mesma proteina em spots diferentes
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Main cellular roles found: spots proteins
Energy metabolism 36 28
(TCA cycle) (9) (8)
(glycolysis/gluconeogenesis)
(11) (7)
Transport and binding proteins
16 13
(Solute-binding protein of ABC transporters)
(15) (12)
(other transporters) (1) (1)
Identification of spots by peptide mass fingerprint:
94 spots, corresponding to 80 proteins
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Hypothetical and conserved hypothetical proteins identified as abundant proteins
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Estudo de gens hipotéticos e hipotéticos conservados:
Uma vez identificados a partir de gel, deixam de ser hipotéticos
São proteínas abundantes na célula, provavelmente importantes
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Metodologia básica para estudo de gens hipotéticos(ou outros que desejar)
Inativação do gen por mutação dirigida, e estudo do fenótipo;
Verificação da presença de anticorpos em soro de ex-pacientes de cólera;
Superexpressão da proteína, estudo de estrutura.
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PROJECTS :
1. Proteomics of animal toxins :Jonas Perales (FIOCRUZ), Gilberto Domont, (DQ-IQ/UFRJ), Russolina Benedeta Zingali (DBM/ICB/UFRJ), Elias W. Alves (UENF)
2. Expression Proteomics of Vibrio cholerae :Wanda Maria Almeida von Krüger, Ana Beatriz Furlanetto Pacheco (UMGe/IBCCF/UFRJ), Ana Coelho (DG/IB/UFRJ) 3. Proteoma da infecção viral (virus da dengue): Mônica Montero Lomeli, Andréa Thompson Da Poian, Russolina Benedeta Zingali, (DBM/ICB/UFRJ)
4. Proteome analysis of Gluconacetobacter diazotrophicus :Elias W. Alves (UENF), José Ivo Baldani, Kátia Regina dos Santos Teixeira, (EMBRAPA/RJ), Paulo Ferreira, Adriana Hemerly (DBM/UFRJ)
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membrana: proteína E proteína M
capsídeo: proteína C RNA fita simples positiva
Dengue virusCrio-microscopy Replication cycle
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Clinical manifestations
Assymptomatic hemorragic fever / shock sindrome (DHF/DSS)
DHF in Americas
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![Page 42: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/42.jpg)
Effect of DEN infection in liver cells
HepG2 cells - human hepatoma cell line
Lima, C.S. ; Leão, S.C.L. and Da Poian, A.T.Dept. Bioquímica Médica, ICB, UFRJ
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1. Identificação da modificação do padrão de expressão de proteínas durante a infecção pelo virus da dengue;
(Depto Bioq. Med. Instituto Biof.)2. Identificar as proteínas/ peptídeos secretados pelas
células HepG2 em cultura durante a infecção viral. (Depto Bioq.Med.)
3. Analisar os soros de pacientes com Dengue grave comparado ao soro de pacientes normais.
(Fiocruz)4. Identificar marcadores para diagnostico além de novos
alvos terapeuticos para o desenvolvimento de drogas antivirais.
OBJETIVOS
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1a. Parte estabelecimento de protocolo de r1a. Parte estabelecimento de protocolo de replicaeplicação ção do virus da do virus da Dengue 2 Dengue 2 em diferentes tipos celulares em diferentes tipos celulares
Kinetic of Den 2 infection in C6/36 cells
8
8,5
9
9,5
1 2 3 4
Days post-infection
Log
Cop
y N
umbe
r
Extract
Supernatant
Kinectic of Den 2 infection in HepG2 cells
7
7,5
8
8,5
9
9,5
1 2 3 4
Days post-infection
Cop
y N
umbe
r
Supernatant
Extract
Kinetic of Den 2 infection in Vero cells
8,59
9,510
10,511
11,512
1 2 3 4
Days post-infection
Cop
y N
umbe
r
Supernatant
Extract
Célula escolhida Hep G2 (hepática)Com 2 dias de infecção.
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control andinfected cells
cellular extracts(intracellular RNAs
and proteins)
2D-electrophoresis
mass spectrometry
2 days
Estabelecimento do protocolo para análise do extrato celular
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Proteome of HepG2 cells infected by DEN2
control cells infected cells (2 days)
45
66
29
116
20
4.0 4.07.0 7.0
![Page 47: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/47.jpg)
control andinfected cells
2 days
culture medium(secreted proteins)
2D-electrophoresis(proteins)
massspectrometry
6 hr or 20 hrs
concentration(secreted proteins)
Estabelecimento do protocolo para análise das proteínas secretadas
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Proteoma do secretado protéico das células (20 hrs) analisado por
eletroforese 2D
HepG2 infected cells secreted proteins
HepG2 control cells secreted proteins
![Page 49: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/49.jpg)
Análise de Peptídeos e identificação
PEPTIDOMICS
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control andinfected cells
2 days
culture medium(secreted proteins)
2D-electrophoresis(proteins)
massspectrometry
ultrafiltration(peptides)
20 hrs
concentration(secreted proteins)
RP HPLC
Concentration by lyophilization
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B Conc.
Minutes30 40 50 60 70 80 90 100
mA
U
-500
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
mL/
min
0
20
40
60
80
100
Reversed phase chromatography of ultra-filtrate HepG2 cells. Blue Blanc (DMEM medium in the presence of fungicide and protease inhibitors), Green Ultrafiltrated from controle cells (HepG2) e red ultrafiltrated from 2 days infected cells (HepG2).
Separação do ultrafiltrado por cromatografia de fase reversa
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PROJECTS :
1. Proteomics of animal toxins :Jonas Perales (FIOCRUZ), Gilberto Domont, (DQ-IQ/UFRJ), Russolina Benedeta Zingali (DBM/ICB/UFRJ), Elias W. Alves (UENF)
2. Expression Proteomics of Vibrio cholerae :Wanda Maria Almeida von Krüger, Ana Beatriz Furlanetto Pacheco (UMGe/IBCCF/UFRJ), Ana Coelho (DG/IB/UFRJ) 3. Proteomics of viral infection ( dengue virus): Mônica Montero Lomeli, Andréa Thompson Da Poian, Russolina Benedeta Zingali, (DBM/ICB/UFRJ)
4. Proteome analysis of Gluconacetobacter diazotrophicus :Elias W. Alves (UENF), José Ivo Baldani, Kátia Regina dos Santos Teixeira, (EMBRAPA/RJ), Paulo Ferreira, Adriana Hemerly (DBM/UFRJ)
![Page 53: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/53.jpg)
Initial phase of a proteome project to fuel the understanding of Gluconacetobacter diazotrophicus physiology
Lery LMS; Viana, FC; Soares, MR; Teixeira KRS; von Kr¨uger WMA; Bisch, PMRede de Proteomica do Estado do Rio de Janeiro
Gluconacetobacter diazotrophicus is a N2-fixing, aerobic, Gram-negativebacterium found as an endophyte in roots, stems and leaves of sugar
cane, as well as in Pennisetum purpureum, Ipomoea batatas and Coffea arabica. Bacteria were present in the intercellular apoplast of sugar cane stems and they have also been detected in the xylem vessels at the base of the stem. Moreover,
was reported the occurrence of intracellular bacteria in sugar cane root tips.
![Page 54: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/54.jpg)
Growth Curve of G. diazotrophicus
05
1015202530354045
0 10 20 30 40 50 60 70 80
time (hours)
prot
ein
(mg/
ml)
LGI medium (N2 non-fixing condition)
![Page 55: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/55.jpg)
250kD
10kD
3 10
A - Logaritmic phase
![Page 56: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/56.jpg)
10kDa
250kDa
3 10
B) Stationary phase
![Page 57: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/57.jpg)
Analysis of soluble cellular proteins expressed by Gluconacetobacter diazotrophicus
Number of protein spots detected in Coomassie Blue stained gels:
330 from logaritimic phase cells,
356 from stationary phase cells,
Revealing 376 different spots.
203 spots were common to both conditions,
54 present only in stationary phase and
19 only visible in logaritimic phase.
Other detected spots presented quantitative or
qualitative variations.
![Page 58: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/58.jpg)
5.3 5.6 5.65.3
~47kD ~47kD
Two 2DE protein bands expressed by both logaritmic and stationary phases and respective
MALDI-TOF spectrums, showing that they correspond to the same protein (ModC),
Postranslationally modificated.
![Page 59: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/59.jpg)
~16kD ~16kD
6.1 6.16.4 6.4
Spots only visible in logaritmic or stationary cells
(arrows), indicating different protein expression
along growth curve.
Some common spots varied in intensity
with growth phase.
![Page 60: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/60.jpg)
![Page 61: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/61.jpg)
![Page 62: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/62.jpg)
![Page 63: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/63.jpg)
![Page 64: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/64.jpg)
![Page 65: Www.bioinfo.ufrj.br/proteoma/ Aplicações da Proteômica em diversas linhas de pesquisa na área Biomédica.](https://reader035.fdocumentos.com/reader035/viewer/2022070507/5706384d1a28abb8238f6ae0/html5/thumbnails/65.jpg)
Obrigada pela atenção
Outras abordagens possíveis:
-Proteoma de secreções: plasma, urina, liquor, etc com objetivos de diagnóstico;
-Proteoma de secreções: semem, plasma, leite, etc com objetivo de controle de qualidade;
- Proteoma de organelas celulares, ou do secretado celular;
- Fosforoma; interactoma, peptidoma, ...omas...