Post on 09-Nov-2018
1
Morfologia Matemática: teoria,
sistemas e aplicações
Junior Barrera
IME-USP
2
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
3
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
4
História da Morfologia Matemática
Matheron e Serra, 1965
Soma e subtração de Minkowski
Transformar imagens
Texture Analyser (Klein)
5
BεBδ ∧
∨ ν •
Bνειψ ∧=
Máquina Morfológica
6
1ℑUm operador de em é uma dilatação sse
1},:)({)( ℑ⊆∈∨=∨ XXX XXδδ
δ 2ℑ
yyB
Y )(YBδ
elem. estruturante:
yYy
B BY∈
= U)(δ
7
1ℑUm operador de em é uma erosão sse
1},:)({)( ℑ⊆∈∧=∧ XXX XXεε
ε2ℑ
y
X )(XBε
elem. estruturante:t
yB
}:{)( XBEyX yB ⊆∈=ε
8
umaéparOeSejam ),(.. 2112 βψβψ ℑℑ ℑ∈ℑ∈
Conexão de Galois ,),(, 2121 ℑ×ℑ∈∀ℑℑ YXsseeentre
)()( XYYX ψβ ≤⇔≤
),( ≤Ε ),( ≤∆
1ε
2ε
2δ
1δ
O conjunto das conexões de Galois entre ),(),( 21 ≤ℑ≥ℑ e
é idêntico ao gráfico do isomorfismo dual entre o conjuntodas erosões (E) e das dilatações )(∆
9
CF-MM projetadas
• Anima (INPE/SITIM - 1987)
• Khoros (IME - 1995)
• Matlab (IME - 2000)
Journal of Electronic Imaging,
Barrera et al., 1998.
JEI, 98
PRINCIPAL PUBLICAÇÃO
10
Linha de partição de águas
JEI, 98
11
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
12
Banon e Barrera, SIAM 1991.
Operadores invariantes por translação
Banon e Barrera, Signal Processing, 1993
Operadores de reticulado
PRINCIPAIS PUBLICAÇÕES
13
Matheron, 1975.
Operador de conjuntos, crescente e invariante por translação pode ser representado por um conjunto de erosões
Maragos e Schafer, 1985.
ESTADO DA ARTE
Operador de conjuntos, crescente e invariante por translação pode ser representado por um conjunto mínimo de erosões
14
)}(:{))(( 1 XYXY ψψ ≤ℑ∈=K
Núcleo de um operador
Funções Booleanas
1))(( ℑ=OψK )1)((ψK
Núcleo de um operador i.t.
(X)}o:(E){)( ψψ ∈∈= PK X
Isomorfismo de reticulado: descrever um operador é ------------------------------------descrever o seu núcleo
SIAM, 91
15
Operador sup-gerador
)(E)(}:{)(, P∈⊆⊆∈= XBXAExX xxBAλ
Intervalo ],[ BA
}:(E){],[ BXAXBA ⊆⊆∈= P
Núcleo de BA,λ
],[)( , BABA =λK
SIAM, 91
)}(],[:)({)( , ψλψ KKK ⊆= BABAU
Decomposição núcleo
)}(],[:)({)( , ψλψ BKK ∈= BABAU
Decomposição do operador
(E))()}(B][A,:(X){(X) BA, PB ∈∈= Xψλψ U
16
Como representar esse núcleo?
Núcleo de um operador i. t.
SIAM, 91
CD
A
B
17
Serra e Matheron, 1988.
ESTADO DA ARTE
Um operador de reticulado pode ser representado pela união de erosões
Boole, 1848; Shannon. 1938; karnaugh, 1950; Quine-McCluskey, 1952.
Uma função Booleana pode ser represenada pela soma de produtos ou produto de somas.
Garrett Birkhoff, 1940
Conexão de Galois
18
umaé)),(,(parO.,eSeja 2112 βαψβαψ ℑℑ ℑ∈ℑ∈
conexão morfológica (C.M.) entre ssee 21 ℑℑ
)(),(()()()( 21 ℑ×ℑ∈≤⇔≤≤ YXXYYXY ψβα
A conexão morfológica generaliza a conexão de Galois.
2,0)( ℑ∈∀= YYα
SP, 93
19
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
20
BεBδ ∧
∨ ν •Bνειψ ∧=
Bνειψ ∧=
extrair contornos
Programador automático
JEI, 96; JEI 97
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Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
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Apertures
Signal Processing Hirata, Dougherty, Barrera, 2000.
Operadores crescentes de conjuntos
Pattern Recognition, Hirata, Dougherty, Barrera 2000.
W-operadores
Journal of Eletronic Imaging, Dougherty, Barrera et al., 1997.
Envelopes
Signal Processing Barrera et. al., 2000.
PRINCIPAIS PUBLICAÇÕES
23
Pirâmide por composição
Optical Engineering, Hirata, Dougherty, Barrera, 2000.
Pirâmide
Journal of Mathematical imaging and Vision, Dougherty, Barrera et al. 2001
Pirâmide Bayesiana
Journal of Electronic Imaging, Kamat, Dougherty, Barrera, 2000.
Operadores de pilha
Fundamenta Informatikae, Barrera et al., 2000.
PRINCIPAIS PUBLICAÇÕES
24Dougherty, 1992.
Projeto de operadores morfológicos crescentes
Several groups, dedicated conferences, etc.
ESTADO DA ARTE
Projeto heurístico de redes neurais
Projeto de filtros morfológicos por algoritmos genéticos
Marshall, 1994.
Filtros lineares ótimos
Wiener, 1940
25
O problema
Encontrar um W-operador que transforma a imagem observada na respectiva ideal (ou “próxima da ideal” ).
observada: S ideal: I
JEI, 1997
26
Modelo probabilístico
S e I são conjuntamente estacionários
))(,( zWP z IYSX =∩=
é a mesma para todo z em E
JEI, 1997
27
1
11
1
Janela
X11 1X0 11X
=
])[( ψfK
=
])[( ψfB
31×=W
W
X
W
X
W
X 110111 λλλψ ∨∨=
JEI, 96, 97
Barrera e Salas, Journal of Eletronic Imaging, 1996
W-operadores - PRINCIPAL PUBLICAÇÃO
28
Medida do erro
Função de perda
Erro (valor esperado) de uma função :
O objetivo do projeto é encontrar um operadorcom erro mínimo
X é um conjunto aleatórioY é uma variável aleatória binária
))]]([,([)( XY ψψ flEEr =
+ℜ→× }1,0{}1,0{:l
JEI, 1997
29
Convergência do algoritmo de estimação
0N 3N2N1N
)]([ ψNrEE∧
Esperança relativa a distribuição das amostras de tamanho Ni
][ lEr ψ
JEI, 1997
^
2211 )),(),...,,(),,(( ψ=mm yXyXyXL
30
Este algoritmo de estimação converge.
JEI, 1997
31
Extração de textura (1)
Imagens observadas
JEI, 1997
32
Extração de textura (2)
TesteJEI, 1997
33
}},)(,{{)()( *kzxukxzu −−∨∧=−
SP, 2000
34
Aumento de resolução
SP, 2000
35
Original Aperture: 3x3x21x51
Linear Bilinear
Zoom
SP, 2000
36
α
β
Operador sobre P(W)restrito por envelope
Operador sobre P(W)
ψ
ψenv
Q
Envelopes
SP, 2000
37
W2
W1
W0
p
w
JMIV, 2001
Multi-resolução
38
é um -operador
Composição de W-operadores de janela pequena
OE, 2002
39
teste
iteração 1
iteração 2OE, 2002
40
iteração 1
iteração 2
teste
OE, 2002
41
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
42
Journal of Computational Imaging and Vision
Hashimoto, Barrera, Ferreira, 2000.
Pattern Analysis and Machine Inteligence,
Hashimoto, Barrera, 2002.
Fundamenta Informatekae
Barrera, Hashimoto 2001.
PRINCIPAIS PUBLICAÇÕES
43
Park and Chin, 1994
Decomposição de conjuntos convexos
Park and Chin, 1995.
ESTADO DA ARTE
Decomposição de conjuntos simplesmente conexos
44
Provador de teoremas
operadores- W
ψ
nAAA εεεψ ...21
∨∨=
BBεδψ =
Operadores da MM
BBBB εδεδψ =
BBδεφ =
φ
nBBB εεεφ ...21
∨∨=
JCIV, 2000; PAMI, 2002; FI, 2001
45
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
46
Fenômeno
Medida
Modelo Matemático
Modelagem
47
Álgebra Booleana (teoria de chaveamento)
Circutos Digitais
Teoria da Informação
Contribuições de Shannon
Sistemas de Comunicação
48
Neurônio
49
•Prêmio Nobel em Medicine 1963: Hodgkin - Huxley
50
51
Expressão gênica
52
Aquisição de dados
53
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
54
Proteoma
Transcriptoma
Genoma
Vias metabólicas
Σ
Lab MolhadoQuais genes regulam a via A->B->C->D ?
CMB, 2003 Computers in Medicine and Biology ----------------Barrera et. al., 2003
55
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
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Real Time Imaging
Hirata, Barrera et. al., 2002.
RTI, 2003
57
Exemplos
RTI, 2003
58
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
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Diagnóstico de Câncer
Journal of Computational Biology
Kim, Dougherty, Barrera, Chen, Bittner, Trent, 2002
JCB, 2002; P1
Patente 1: USP-Texas A &M Univ.
PRINCIPAL PUBLICAÇÃO
60−3.5 −3 −2.5 −2 −1.5 −1 −0.5 0 0.5 1
−1.5
−1
−0.5
0
0.5
1
1.5
2
phosphofructokinase, platelet
v−
erb
−b2 a
via
n e
ryth
robla
stic leukem
ia v
iral oncogene h
om
olo
g 2
LINEAR CLASSIFIER (DISPERSED−GAUSSIAN) w/ σ = 0.600
1−th (0.389593)
7−th (0.416607)
BRCA1 BRCA2/sporadic
the tumor sample from Patient 20
JCB, 2002; P1
61
Representação de operadores
Projeto de W-operadores
Estimação Mudança de representação
----Bioinformática
Sistemas Dinâmicos
Ciclo Celular
Malária
Medidas Ambiente Integrado
Morfologia Matemática
Redução Dimensão
62
O sistema
- depende apenas do instante anterior
- é invariante por translação
- é uma cadeia de Markov condicionalmente
independente
- é quase determinístico
∏=
+=+n
i
i txtxptxtxP1
])[|]1[(])[|]1[(
63
Division Steps
Modelo do Ciclo Celular
u1
I
u2
u5
v
vfp
w1
w2
w1fp
w2fp
w1f
w2f
x1
x6
y1
y2
z
x1f
x3f
x4f
x6f
x6fp
x1fp
y1fp
y2fp
.
.
.
.
.
.
z
Forward SignalFeedback to pFeedback to previous layer
y1f
y1f
y2f
y2f
p
GENSIPS, 2005
64
Journal of Computational Biology, 2002
Dougherty, Barrera, Brun, Kim, Cesar, Chen, Bittner
Patente 2: USP-Texas A &M Univ.
PRINCIPAIS PUBLICAÇÕES
65
JCB, 2002; P2
Aglomerado de Sinais
66
Ciclo de vida do parasita da malária
CAMDA
Barrera et al., 2004
CAMDA, 2004
PRINCIPAL PUBLICAÇÃO
67
identificação
do sistema .]48[],...,2[],1[ xxx
Genes alvos
CAMDA, 2004
68
Entropia
∑−∈
=
→−
}1,0,1{
1)(
]1,0[}1,0,1{:
y
yP
P
Distribuição de Y
∑−∈
−=}1,0,1{
)(log)()(y
yPyPYH
Informação mútua
0)|()(),( ≥−= XYHYHYXI
-1 0 1
P(Y)
-1 0 1
P(Y’)
)'()( YHYH > )''()'( YHYH =
-1 0 1
P(Y’’)
CAMDA, 2004
69
SIAM, 1991; SP, 1993
JEI, 1997; FI,2000
SP1,2, 2000; OE, 2000; JEI, 2000; PR, 2000
JCV, 2000; PAMI,2002;____FI, 2001
----P1; P2; ----------------------------- -----
JCB, 2002 CAMDA,2004
RTI, 2003 CMB, 2003
JEI, 1998
JCB, 2002
PRINCIPAIS CONTRIBUIÇÕES
70
INPE
Texas A & M Univ.
POLI, IQ, IFSC, Ludwig, NHGRI
ICB Ludwig
INPE, ENSMP, UNICAMP
Ludwig
IME
OMS; Harvard-MIT (NIH); EMBRAPA
ESALQ
BIOINFO-USP
Doutorado Bioinformática
S3BC
71
Gerald Banon
Edward R. Dougherty
Nina Hirata Roberto Hirata Marcel Brun
Ronaldo F. Hashimoto
André Kohn, Hugo Armelin, L. Costa, S. Souza, M. Bittner, J. Trent
H. Portillo C. Bragança
P. S. Silva R. CésarH. Bretani
D. Dantas G. Esteves L. Reis
João E. Ferreira M. Gubitoso-------C. Labate
N. Mascarenhas, J. Serra, R. Lotufo
Agradecimentos