1

Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)

2. Cálculo da verossimilhança

3. Busca de árvores ótimas

Objetivos: Compreender como o critério de verossimilhança pode ser aplicado na inferência de árvores filogenética e, também, a necessidade de busca de árvores ótimas.

2

Método de verossimilhança máxima

1. Conceito de verossimilhança

181

3

Métodos de distâncias

1. Distâncias genéticas

181

4

• Inferência filogenética por verossimilhança máxima

Verossimilhança (L) Probabilidade (Amostra | Hipóteses)

Sequências Sequências alinhadasalinhadas

ÁrvoreÁrvoreComprimentos dos ramosComprimentos dos ramosModelos de substituiçãoModelos de substituição

Métodos de distâncias

1. Distâncias genéticas

5

T

Método de verossimilhança máxima

1. Conceito de verossimilhança

183

6

Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)

2. Cálculo da verossimilhança

3. Busca de árvores ótimas

7

Método de verossimilhança máxima

2. Cálculo da verossimilhança

8

Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)

2. Cálculo da verossimilhança

3. Busca de árvores ótimas

9183

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

10189

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

11

The number of (unrooted) binary

tree topologies increases

tremendously with the number of

taxa (n), which can be computed

according to

n

inn i

nn

t1

3)52(

)!3(2

)!52(

190

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

12

Número de possíveis árvores filogenéticas

Número de árvores com raiz com bifurcações, NR, para

n OTUs

Número de árvores sem raiz com bifurcações, NU, para

n OTUs

)!2(2

)!32(2

n

nN nR

)!3(2

)!52(3U

n

nN

n

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

13

945945

14

6.4.2 Full-tree rearrangement

Full-tree rearrangement operations

change the structure of a given tree with

n leaves. They employ the following

principle. From a starting tree a

number of trees (the neighborhood of

the starting tree) are generated

according to specified rules.

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

190

15191

16190

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

17

Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)

2. Cálculo da verossimilhança

3. Busca de árvores ótimas