Apesar de existirem largos milhares de bactérias e sub-espécies bacterianas, neste tópico serão abordadas apenas um tipo de bactérias – coliformes – com ênfase para a importantíssima espécie Escherichia coli. As bactérias coliformes são um grupo de bactérias que vivem predominantemente no intestino dos animais de sangue quente e dividem-se em coliformes totais e coliformes fecais. A maioria destas bactérias não representa uma ameaça à saúde humana (visto que vivem inclusivamente no nosso tracto intestinal), contudo podem ser utilizadas como indicadores de contaminações em reservas de água. Se estes microrganismos forem encontrados na água indicam-nos que houve uma descarga com origem fecal nessa mesma água (esgotos, descargas ilegais, etc.), e que provavelmente também lá existirão outros tipos de microrganismos igualmente de origem fecal, esses sim prejudiciais à nossa saúde. Esta situação poderá ser mais gravosa se uma reserva de água contaminada for usada na produção de alimentos destinados a consumo humano, nomeadamente através da rega. Os microrganismos patogénicos podem causar doenças como a febre tifóide e a colera, e irão contaminar os alimentos que muito facilmente chegarão até ao consumidor final. 

Felizmente hoje existem áreas científicas que efectuam um rastreio destes microrganismos patogénicos com grande rigor. Todas as grandes empresas agrícolas possuem nos seus quadros pessoal capacitado para efectuar todo o tipo de testes para estas bactérias. A presença destes patogenes é difícil de detectar, por isso o que é normalmente feito é um rastreio indirecto através da verificação da existência de bactérias coliformes fecais nomeadamente da E. coli, porque a sua presença implica a presença destas bactérias patogénicas. Os coliformes totais e fecais distinguem-se facilmente pela sua capacidade de crescimento óptimo a temperaturas distintas: 30º C. para os primeiros e aproximadamente 44,5º C. para os coliformes fecais; é com base nesta propriedade (entre outras) que se faz a sua detecção laboratorial. De uma forma muito simplificada, começa-se por isolar uma amostra do alimento que se pretende testar e verifica-se a existência de coliformes totais, através da incubação em estufas de 30º C. Para os coliformes fecais (provavelmente E. coli) o processo é idêntico mas a temperatura é de 44,5º C., o que irá incapacitar a quase

totalidade dos restantes microrganismos que poderão existir na amostra analisada. 

Em suma, nem todos os organismos bacterianos nos são prejudiciais. Existem inclusivamente diversas bactérias, designadas por bactérias probióticas, que habitam o nosso tracto digestivo e que contribuem activamente em determinados processos metabólicos de elevada importância para nós (mas isso é outra história...). Neste caso específico o rastreio de coliformes fecais permite indirectamente averiguar a existência de bactérias mais perigosas, igualmente do origem fecal. E embora isto possa parecer uma insignificância, é efectivamente a base do controlo da qualidade alimentar nos países desenvolvidos.Os coliformes pertencem à família das Enterobacteriaceae e são bacilos Gram negativos. Teoricamente, estas bactérias deveriam ser de origem intestinal, contudo muitas delas apresentam conotação fecal baixa, tendo uma distribuição ubiquitária, e encontrando-se em solos, plantas e água (de Sousa, 2000).