Geral e Evolução... · Entendem-se por compostos heterocíclicos, aqueles compostos orgânicos...

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Entendem-se por compostos heterocíclicos, aqueles compostos orgânicos cíclicosestáveis, que contem no seu anel um ou mais átomos diferentes do carbono.

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O prefixo “ribo” também é aceitável para os ribonucleosídeos e ribonucleotídeos;porém a nomenclatura mais curta é a mais usada. Timina é uma exceção: o nomeribotimina é usado para descrever sua ocorrência não usual no RNA.

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É necessário que a hidroxila da posição 3’ de um nucleotídeo esteja livre para quea DNA polimerase possa catalisar o ataque nucleofílico ao fosfato (alfa) ligadoao carbono 5’ do desoxinucleosídeo 5’ trifosfato seguinte, promovendo liberaçãode pirofosfato inorgânico e de energia suficiente para que ocorra a ligaçãofosfodiéster.

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Por definição, a extremidade 5’ não possui nucleotídeo ligado na posição 5’, e aextremidade 3’ não o possui na posição 3’. Outros grupos (na maioria das vezesum ou mais fosfatos) podem estar presentes em uma ou em ambas asextremidades.

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Por definição, a extremidade 5’ não possui nucleotídeo ligado na posição 5’, e aextremidade 3’ não o possui na posição 3’. Outros grupos (na maioria das vezesum ou mais fosfatos) podem estar presentes em uma ou em ambas asextremidades.

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Se a molécula tem 35% de adenina, também terá 35% de timina, totalizando70%. Assim, sobram 30% para guanina e citosina: 15% de cada.

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O rRNA é componente estrutural dos ribossomos, os quais servem de sítio para atradução da sequencia de mRNA em uma sequência específica de aminoácidos oucadeia polipeptídica.

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Não precisa estudar. É só para conhecerem.

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A ribonuclease P (RNAse P) é uma endonuclease que processa tRNA de E.coli epode ser dissociada em dois componentes: um RNA de 375 bases e umpolipeptídeo de 20 kD. Sua atividade catalítica reside no RNA, mas ocomponente protéico é responsável por um grande aumento na velocidade dareação.Os pequenos RNAs de vegetais são moléculas de RNA infecciosas quefuncionam como endonucleases em reações de autoclivagem. Os viróidesfuncionam independentemente, sem necessidade de um capsídeo protéico,enquanto os virusóides (chamados RNAs satélites) são incluídos em capsídeosprotéicos juntamente com o genoma viral.

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RNA fita dupla: ex.: reovírus.DNA fita simples: ex.: fagos, FX174, S13, M13, parvovírus.

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Sim, pois a hidrólise de moléculas de DNA e RNA libera moléculas denucleotídeos que se diferenciam pelo tipo de pentose: ribose no RNA edesoxirribose no DNA, ou pelas bases Timina (T) - DNA e Uracila (U) - RNA.

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Sim, a molécula A é de DNA, pois observamos que nesta as quantidades deguanina e citosina são iguais.

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Experimento de Meselson e Stahl: células de E. coli foram cultivadas em meionutritivo contendo somente N15 (nitrogênio pesado) durante várias gerações (a).Essas células foram transferidas para outro meio nutritivo contendo apenas N14

(nitrogênio leve): após um único ciclo de replicação (b – moléculas híbridasN15/N14 – padrão de sedimentação intermediário) e após um segundo ciclo dereplicação (c – padrão de sedimentação: ½ híbrida e ½ N14 apenas).

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Enzimas especializadas chamadas iniciases sintetizam os iniciadores quando eonde eles forem requeridos.

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A topoisomerase ou DNA topoisomerase é uma enzima que desempenhaimportante papel nos processo de replicação e empacotamento de DNA.Seria uma nuclease reversível. Ela catalisa uma quebra nas moléculas deDNA, mas usa ligações covalentes para segurar as moléculas de DNA queforam quebradas.Existem dois tipos de topoisomerases:1) Topoisomerase I: Produz quebras em uma fita do DNA e permite o giroda fita quebrada sobre a fita intacta. A topoisomerase I conserva a energiado rompimento da ligação fosfodiéster, estocando-a na forma de ligaçãocovalente que ocorre entre ela e os grupamentos fosfatos, no ponto declivagem. Depois ela utiliza essa energia para restaurar a ligaçãofosfodiéster e selar a quebra. Algumas topoisomerases I podem relaxarsuperespiralamentos positivos e negativos no DNA.2) Topoisomerase IIProduz quebras nas duas fitas do DNA. Ela quebra as duas fitas de DNA aomesmo tempo e pode introduzir ou retirar superespiras, duas de cada vez,em um mecanismo que é dependente de ATP. Ela corta as duas fitas deDNA, prendem-se às extremidades através de ligações covalentes, passa adupla fita através do corte e sela a quebra.

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Fita descontínua: vários iniciadores consecutivos, cada um responsável pelapolimerização de um fragmento de DNA.Em bactérias, os fragmentos de Okazaki possuem comprimento deaproximadamente 1.000 a 2.000 nucleotídeos. Nas células eucarióticas, elespossuem de 150 a 200 nucleotídeos de comprimento.

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Os telômeros são complexos DNA-proteína encontrados nasextremidades dos cromossomos lineares, que os protegem dadegradação, da recombinação e da fusão, estabilizando-os.Devido à observação de que seu tamanho regride ao longo dasduplicações celulares até um tamanho mínimo que interrompe aproliferação celular, criou-se a hipótese de que o telômerofuncionaria como um relógio celular e seria um dos fatoresresponsáveis pela senescência. Na maioria dos organismos, ostelômeros são formados por repetições em tandem (agrupadas)de DNA com uma sequência simples.A telomerase é um ribonucleoproteína com atividade polimerase que mantém asterminações teloméricas por adição de repetições TTAGGG do telômero. Aenzima consiste de um componente proteico com atividade de transcriptasereversa e um componente RNA que serve como molde para as repetiçõesteloméricas.

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mtDNA= DNA mitocondrial.

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Quanto à cadeia lateral (estacada em negrito), os aminoácidos podem serclassificados em:1- Aminoácidos apolares: apresentam grupos químicos de hidrocarbonetos apolares ouhidrocarbonetos modificados, exceto a glicina (que possui um átomo de hidrogênio comocadeia lateral). São hidrofóbicos.Glicina: H-CH(NH2)-COOH; Alanina: CH3-CH(NH2)-COOH; Leucina: CH3(CH3)-CH2-CH(NH2)-COOH; Valina: CH3-CH(CH3)-CH(NH2)-COOH; Isoleucina: CH3-CH2-CH(CH3)-CH(NH2)-COOH; Prolina: -CH2-CH2-CH2- ligando o grupo amino ao carbonoalfa; Fenilalanina: C6H5-CH2-H(NH2)-COOH; Triptofano: R aromático-CH(NH2)-COOH; Metionina: CH3-S-CH2-CH2-CH(NH2)-COOH

2- Aminoácidos polares neutros: apresentam grupos químicos que tendem a formarligações de hidrogênio.Serina: OH-CH2-CH(NH2)-COOH; Treonina: OH-CH(CH3)-CH(NH2)-COOH;Cisteina: SH-CH2-CH(NH2)-COOH; Tirosina: OH-C6H4-CH2-CH(NH2)-COOH;Asparagina: NH2-CO-CH2-CH(NH2)-COOH; Glutamina: NH2-CO-CH2-CH2-CH(NH2)-COOH

3- Aminoácidos ácidos: apresentam grupos carboxilato. São hidrofílicos.Ácido aspártico: HCOO-CH2-CH(NH2)-COOH; Ácido glutâmico: HCOO-CH2-CH2-CH(NH2)-COOH

4- Aminoácidos básicos: apresentam grupos amino. São hidrofílicos.Arginina: HN=C(NH2)-NH-CH2-CH2-CH2-CH(NH2)-COOH; Lisina: NH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH(NH2)-COOH; Histidina: H-(C3H2N2)-CH2-CH(NH2)-COOH

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Código de letras usadas na representação dos aminoácidos:A= Alanina (Ala)C= Cisteína (Cys)D= Aspartato (Asp)E= Ácido glutâmico (Glu)F= Fenilalanina (Phe)G= Glicina (Gly)H= Histidina (His)I= Isoleucina (Ile)K= Lisina (Lys)L= Leucina (Leu)M= Metionina (Met)N= Asparagina (Asn)P= Prolina (Pro)Q= Glutamina (Gln)R= Arginina (Arg)S= Serina (Ser)T= Treonina (Thr)W= Triptofano (Trp)Y= Tirosina (Tyr)V= Valina (Val)

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Nos procariontes, o primeiro aminoácido carregado é uma forma modificada demetionina (formilmetionina).

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A presença do códon de iniciação (AUG) é extremamente importante, poisfornece o quadro de leitura em que o mRNA será traduzido. Em eucariontes, ocódon iniciador AUG (correspondente à metionina) mais próximo da extremidadecap 5' de um mRNA é geralmente o sinal de início para a síntese de proteínas. Seo ribossomo não identificar o primeiro AUG na sequência, ele poderá seguir até osegundo ou o terceiro. Isto produz proteínas diferentes a partir de um únicotranscrito, em geral com o mesmo quadro de leitura, mas sem os primeirosaminoácidos, e provavelmente, sem função biológica.

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Três códons sinalizam o fim da tradução (UAA, UAG ou UGA) e sãodenominados de códons de parada ou terminação, nenhum tRNA reconhece essescódons. Quando um códon de parada atinge o sítio A do ribossomo, proteínasdenominadas de fatores de liberação se ligam a esse códon e modificam aatividade da peptidil transferase. A peptidil transferase catalisa então a adição deuma molécula de água a cadeia peptídica ligada ao tRNA. Essa ligação libera acadeia polipeptídica para o citoplasma e o ribossomo se dissocia e pode iniciaruma nova síntese de proteína.

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