Licenciatura em Ciências Biomédicas Laboratórios Biomoleculares I Módulo II 2011/2012.
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Licenciatura em Ciências Biomédicas Laboratórios Biomoleculares I Módulo II 2011/2012
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Licenciatura em Ciências Biomédicas
Laboratórios Biomoleculares I Módulo II
2011/2012
Laboratórios Biomoleculares I MJC - T01-02
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Sumário
• Motivação e Apresentação do Módulo– Objectivos– Metodologia de Avaliação– Calendarização
• Módulo II - Tipagem Molecular• O que é? • Aplicações da Tipagem Molecular. • Os primers a utilizar: identificação e estudo.
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Objectivos gerais da UC
“...que os alunos consolidem as competências adquiridas nas unidades curriculares de Biologia Molecular, Genética Molecular e Humana, Bioquímica Estrutural e Tópicos em Biomedicina.”
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Objectivos específicos - Módulo II
• É esperado que os alunos consigam desenhar e compreender o procedimento experimental utilizado para fazer tipagem de organismos e interpretar resultados experimentais de tipagem.
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Avaliação
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Avaliação por Frequências
Prova de Frequência Prestações e trabalhos dos alunos
A nota mínima 9,5 valores. Inclui 2 grupos relativos aos conteúdos leccionados por cada um dos docentes. Uma frequência cujo peso na classificação final é de 30%
Nota mínima de 10,0 valores. Será calculada como a média ponderada das classificações de cada módulo. O Módulo I tem um peso de 2/3 na classificação final e o Módulo II 1/3. Vale 70% da classificação final por frequência. Módulo I – Nuno RosaOs alunos serão avaliados pela sua prestação nas aulas laboratoriais por um questionário a realizar na última aula deste bloco com o peso de 40% na classificação deste bloco. O restante da classificação do bloco é calculado como a média aritmética de uma resposta por escrito a uma questão posta nos últimos 10 minutos das aulas práticas (7 questões no total) com o peso de 30% na classificação deste bloco e de um trabalho escrito em que resumem o trabalho realizado ao longo do semestre, com o peso de 30% na classificação deste bloco. Módulo II - Maria José Correia:Os alunos serão avaliados pela sua prestação nas aulas laboratoriais por um questionário a realizar no fim das aulas com um peso de 1/4 na classificação final do módulo.Os alunos devem também apresentar e discutir na última aula o trabalho desenvolvido durante o módulo. Estas apresentações são individuais e têm um peso de ¼ na classificação final do módulo.O restante ½ da classificação do módulo é obtido com a realização de uma ficha de avaliação com sobre a totalidade do módulo depois da última aula laboratorial.
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Avaliação
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Avaliação por Exame Final do SemestreProva Escrita de
Exame Prestações e trabalhos dos alunos
A nota mínima 9,5 valores. Um teste escrito que inclui 2 grupos relativos aos conteúdos leccionados por cada um dos docentes e cujo peso na classificação final é de 30%
Transposta do 1º momento de avaliação. Vale 70% da classificação.
Avaliação por Exame de RecursoProva Escrita de Exame
Prova de exame versando todos os conteúdos leccionados. Este exame inclui uma componente laboratorial co o peso de 50% na classificação final.
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Programa
• Disponível no molar • Contém calendarização das aulas
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Módulo II – Tipagem Molecular
Aulas Teórica 1-2
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Tipagem Molecular
• O que é?
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• Para que serve?
É o estudo da sequência de DNA para ser possível comparar vários indivíduos.
É usado na:• Identificação;• Classificação;• Diagnóstico;•Taxonomia.
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Tipagem Molecular
Que técnicas utiliza?
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• PCR• Ciclos de replicação?• Primers?
• Electroforese• Condições
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Várias formas de tipagem
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Escolha do método de tipagem
• de acordo com a finalidade pretendida– Identificação vs. Diferenciação– reprodutibilidade– poder discriminatório– custos
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Alguns métodos de genotipagem
• RFLPs• Rep-PCR• PFGE e DGGE• Sequências de DNA
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RFLP’s• Restriction Fragment Length Polymorphism– Usa enzimas de restrição– Análise dos fragmentos produzidos
• Pode ser combinada com sondas específicas
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rep-PCR• PCR para zonas conservadas repetitivas da maioria das G- e
algumas G+– Repetitive Extragenic Palindromic (REP) (35 40 pbs)– Enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) (124-127pbs)– Box (154 pbs)
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PFGE e DGGE• Pressupõe PCR
anterior para geração dos fragmentos
• São técnicas apenas de separação dos fragmentos de DNA
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Sequências de DNA• Obter
fragmentos de DNA do microrganismo
• Fazer o seu sequenciamento
• As sequências podem ser obtidas por clonagem ou por amplificação de PCR
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Técnica de PCR
• Forma muito comum de obter os fragmentos para análise.
• O que determina a especificidade da reacção de PCR?
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Desenho de primers?
• Qual o objectivo?• Quais os cuidados a ter?– Temperaturas de “melting” e “anneeling”.– Complementaridade dos primers
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Temperatura de Melting
TM= 2*(A+T) + 4*(G+C)
GCCAACAGAATCCTTCTTGAGGTCTCTGTGCATTGACCTT
TM= 58ºC
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Objectivo pretendido neste módulo
• Identificação de bactérias do biofilme oral
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• Artigos na pasta do molar.• Que sequências se vão ampliar em cada bactéria?• Qual a sensibilidade e especificidade do teste?• Que concentrações de cada uma das espécies de
Streptococcus conseguem ser identificadas?
Objectivo para a próxima aula• Saber que soluções temos de preparar
