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RELATÓRIO DE ATIVIDADES 2015

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RELATÓRIO DE ATIVIDADES

2015

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ÍNDICE

1. Caraterização e Objectivos do CIIMAR ................................................................... 5

Missão .......................................................................................................................... 5

Visão ............................................................................................................................. 5

Orgãos Sociais ............................................................................................................... 5

2. Estrutura Científica e Linhas Temáticas .................................................................. 6

3. Equipa de Investigação ......................................................................................... 9

4. Atividade de I&DT .............................................................................................. 10

Programa Integrado de IC&DT .................................................................................... 10

Projectos de I&DT de programas competitivos .......................................................... 12

Indicadores de Produtividade Científica ..................................................................... 12

Organização de Eventos Científicos ............................................................................ 14

5. Programas Horizontais ....................................................................................... 19

Ciência e Sociedade .................................................................................................... 19

Formação avançada .................................................................................................... 23

Blue Young Talent ....................................................................................................... 26

Redes Temáticas ......................................................................................................... 27

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Transferência de Tecnologia ....................................................................................... 29

Suporte a Políticas Públicas ........................................................................................ 30

6. Financiamento ................................................................................................... 31

7. Prémios e Distinções .......................................................................................... 31

8. Anexos ............................................................................................................... 33

Anexo 1. Lista de projetos de I&DT obtidos via programas de financiamento

competitivo em curso em 2015............................................................................................... 33

Anexo 2. Lista de indicadores de produtividade científica realizados em 2015. ........ 33

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Mensagem da Direção

O CIIMAR teve em 2015 um ano de

grandes desafios. Apesar do drástico corte

no financiamento plurianual da FCT, e de ter

sido o ano mais dificil do ponto de vista

financeiro decorrente dos atrasos de

reembolsos de várias entidades

financiadoras, conseguimos, com o apoio de

todos os associados, terminar o ano com

boas espetativas para 2016. Terminados os

projectos financiados pelo ON2 – ECORISK,

AQUAIMPROV, MARBIOTECH e

MARECON.PT, canditamo-nos, com sucesso

a projetos do NORTE 2020, tendo sido

financiados os projetos INNOVMAR

(NOVELMAR, INSEAFOOD, ECOSERVICES),

CORAL, MARINFO a iniciarem-se em 2016;

os projetos financiados pela FCT a executar

nos próximos 3 anos num total de 1.46 M e

conseguimos 4 projetos H2020. Tal

permitirá reforçar os recursos humanos de

pós-doutoramento e técnicos, contrariando

a escassez de bolsas da FCT. Foi aprovado

em 2015 pela A3ES o programa doutoral em

Biotecnologia Marinha e Aquacultura,

integrando a Universidade do Porto e a

Universidade do Minho. Em 2016

mudaremos finalmente para as novas

instalações no terminal de cruzeiros no

porto de Leixões, o que permitirá não só

realizarmos o desejo de estar junto ao mar,

como potenciará sinergias com outros

atores importantes ligados ao mar como a

APDL, IPMA, DOCAPESCA, UPTEC-MAR,

Conserveiras, Marisqueiras entre outros.

O CIIMAR continuará a ser a

referência da área do MAR na UPorto e

manterá a sua política de interação com

todas as unidades orgânicas e centros de

investigação da UPorto, reforçando a marca

MAR na nossa universidade.

Porto, 25 de Maio de 2016

Vitor Vasconcelos

Presidente da Direção CIIMAR

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1. Caraterização e

Objectivos do CIIMAR

O CIIMAR é um centro de

investigação integrante do CIMAR –

Laboratório Associado, que agrega também

o CCMAR – Centro de Ciências do Mar da

Universidade do Algarve. O CIIMAR, para

além do núcleo baseado na Universidade do

Porto, possui ainda uma unidade na

Madeira, com personalidade jurídica

(CIIMAR-Madeira) e três grupos do IPMA-

Lisboa. Decorrente da reorganização dos

grupos de investigação da Universidade dos

Açores, o grupo sediado naquele

arquipelago foi obrigado a desligar-se do

CIIMAR. Na UPorto além da sede o CIIMAR

possui grupos de investigação em cinco

unidades orgânicas: Instituto de Ciências

Biomédicas Abel Salazar, Faculdades de

Ciências, Engenharia, Farmácia e Direito.

O CIIMAR contribui para uma

abordagem “Azul” da exploração dos

recursos marinhos com o fomento à

Investigação e Desenvolvimento

promovendo uma abordagem multi e

interdisciplinar tendo em conta os vários

aspectos do Oceano e da investigação

costeira. O CIIMAR tem como objetivo

investigar as ligações entre os processos

biológicos, químicos e físicos, contribuindo

para a compreensão do Oceano e

funcionamento dos seus ecossistemas, bem

como as respostas dos ecossistemas às

mudanças globais.

Missão

O CIIMAR é uma instituição de

investigação científica e de formação

avançada da Universidade do Porto. Tem

como missão o desenvolvimento de

investigação de excelência, a promoção do

desenvolvimento tecnológico e o apoio a

políticas públicas na área das Ciências do

Mar e Ambiente.

Visão

“O conhecimento do Oceano como

base para a gestão e exploração sustentável

dos recursos”.

Órgãos Sociais

Os atuais órgãos sociais do CIIMAR

iniciaram o mandato em janeiro de 2016, e

tem a seguinte constituição:

Assembleia Geral

Presidente: João José Oliveira Dias Coimbra

Vogais:

Aires Manuel Pereira Oliva Teles

Fernando Francisco Machado Veloso Gomes

Aurélia Maria de Pinho Marques Saraiva

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Ana Paula de Campos Mucha

Direção

Presidente: Vítor Manuel de Oliveira e

Vasconcelos

Membros da Direção:

Luísa Maria Pinheiro Valente

Maria Natividade Ribeiro Vieira

Luís Filipe Costa de Castro

Miguel Alberto Fernandes Machado e

Santos

Conselho Fiscal

Presidente: Maria Luísa Machado Cerqueira

Bastos

Vogais:

José Fernando Magalhães Gonçalves

Maria Helena Tabuaço Rêgo Martins Peres

.

2. Estrutura Científica e

Linhas Temáticas

Portugal tem a maior ZEE da União

Europeia, em particular considerando a

projetada extensão da plataforma

continental. A gestão e exploração

sustentável deste recurso implicam riscos,

mas também numerosas oportunidades

ainda não exploradas. Mais de 1/3 da

população mundial vive em zonas costeiras,

dependendo também dos seus recursos e

serviços. No entanto, os recursos marítimos

e costeiros estão cada vez mais ameaçados

pelas alterações climáticas e o crescente

aumento da população humana. Atividades

como o transporte marítimo, a utilização

intensiva do solo, sobrepesca, lixo marinho,

a invasão de espécies não-nativas, poluição,

erosão costeira e degradação do habitat são

ameaças à sustentabilidade. Em contraste,

os usos futuros do Oceano trarão

oportunidades valiosas em áreas como a da

Aquacultura, Biotecnologia Marinha,

Energia Renovável, exploração do leito

marinho e Turismo. O "Plano de Ação

Atlântico" proposto pela Comissão Europeia

salienta o impacto sócio- económico

esperado destas atividades. As prioridades

do Horizonte 2020 em particular dos

Desafios Societais 2 e 5 serão os motores

chave do conhecimento e economia

relacionada com a investigação marinha.

A investigação do Centro está

organizada em três linhas temáticas:

Mudanças Globais e Serviços dos

Ecossistemas (Global Changes and

Ecosystems Services), Biologia, Aquacultura

e Qualidade dos Alimentos de Origem

Aquática (Biology, Aquaculture and Seafood

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Quality) e Biotecnologia Marinha (Marine

Biotechnology), coordenadas

respetivamente pelos colegas Carlos Vale,

Luísa Valente e Vitor Vasconcelos.

Linhas Científicas Temáticas do CIIMAR 2014.

No final de 2015 o CIIMAR

encontra-se organizado em 10 grupos de

investigação, que incluem um total de 27

equipas.

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3. Equipa de Investigação

O conjunto dos recursos humanos

do CIIMAR é constituído por cerca de 460

membros, incluindo investigadores e

pessoal técnico e administrativo.

O corpo de doutorados representa

uma fração significativa dos recursos

humanos do centro, com cerca de 47% do

total, correspondendo a 134 ETI

(Equivalentes a tempo integral).

Relativamente aos membros não

doutorados, 85% são estudantes envolvidos

em programas de formação avançada (dos

quais 40% são bolsieros de doutoramento).

O CIIMAR acolhe investigadores de 18

nacionalidades distintas.

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4. Atividade de I&DT

Programa Integrado de IC&DT

Em 2015 foi concluído com sucesso

a implementação do programa integrado de

Investigação Cientifica e Desenvolvimento

Tecnológico denominado por MARVALOR –

Building research and innovation capacity

for improved management and

valorization of marine resources, que visou

o aumento da capacitação do centro em

matéria de investigação e inovação para

melhorar a gestão e valorização dos

recursos marinhos, apoiando a economia

do mar em Portugal e particularmente na

região Norte. O programa foi financiado

pelo ON.2 – Programa Operacional do Norte

(SAESCTN-PIIC&DT/1/2011) nos termos do

Regulamento Específico Sistema de Apoio a

Entidades do Sistema Científico e

Tecnológico, com um investimento total de

2,45 milhões de Euros, dos quais 1,9

milhões de Euros de financiamento FEDER.

Integrou três projetos estratégicos que

cobriram as principais linhas de investigação

do CIIMAR e ainda um projeto transversal

que visou maximizar o potencial económico

e social da investigação, realizado em

estreita parceria com a Universidade do

Porto Inovação.

Durante o ano de 2015, o CIIMAR

apresentou novas candidaturas ao Norte

2020 – Programa Operacional do Norte nos

termos do Regulamento Específico do

Domínio Competitividade e

Internacionalização – Sistema de Apoio à

Investigação Científica e Tecnológica (Aviso

Norte-45-2015-02).

A proposta individual denominada

por INNOVMAR – Innovation and

Sustainability in the Management and

Exploitation of Marine Resources. A

candidatura integra três linhas de

investigação distintas mas

complementares: NOVELMAR - Novel

marine products with biotechnological

applications; INSEAFOOD - Innovation and

valorization of seafood products: meeting

local challenges and opportunities e

ECOSERVICES - Assessing the environmental

quality, vulnerability and risks for the

sustainable management of NW coast

natural resources and ecosystem services.

O INNOVMAR tem como objetivo

principalidentificar novos produtos

marinhos com aplicações biotecnológicas,

mas também promover a inovação e

valorização dos produtos do mar, em

particular através da introdução de novas

espécies de aquacultura, e a avaliação da

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qualidade ambiental, vulnerabilidade e

riscos para a gestão sustentável dos

recursos naturais da costa NW e serviços

dos ecossistemas. Pretende-se desta

forma consolidar a investigação do CIIMAR

e implementar ações estratégicas com

impacto nacional e regional, contribuindo

assim para o crescimento da economia azul.

O projeto foi contratualizado em 2016, com

um investimento total de 4,5 milhões de

Euros, dos quais 3,8 milhões de Euros de

financiamento FEDER.

Foram ainda apresentadas duas

propostas em co-promoção, positivamente

avaliadas e recomendadas para

financiamento: CORAL - Sustainable Ocean

Exploitation: Tools and sensors e MarInfo -

Integrated Platform for Marine Data

Acquisition and Analysis.

Os projetos foram contratualizados

no 1º trimestre de 2016, com um período de

execução de 1 de janeiro de 2016 a 31 de

dezembro de de 2018 (36 meses).

Designação projeto – ON.2 Coordenador

MARBIOTECH

Survey of natural substances from marine organisms with

potential pharmacological and ecological applications

Vitor Vasconcelos

ECORISK

Ecological risk assessment of oils and hazardous and noxious

substances in the NW Portuguese coast

Lúcia Guilhermino

AQUAIMPROV

Sustainable Aquaculture and Animal Welfare Aires Oliva-Teles

MARECON.PT

Translating marine science into products and services for

the Portuguese economy Susana Moreira

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Designação projeto – NORTE2020 Coordenador

INNOVMAR

Innovation and Sustainability in the Management and

Exploitation of Marine Resources

Vitor Vasconcelos

RL1: NOVELMAR - Novel marine products with biotechnological

applications Vitor Vasconcelos

RL2: INSEAFOOD - Innovation and valorization of seafood

products: meeting local challenges and opportunities Luisa Valente

RL3: ECOSERVICES - Assessing the environmental quality,

vulnerability and risks for the sustainable management of NW

coast natural resources and ecosystem services

Lúcia Guilhermino

CORAL – Sustainable Ocean Exploitation: Tools and sensors Filipe Castro

MarInfo - Integrated Platform for Marine Data Acquisition and

Analysis Luisa Bastos

Projectos de I&DT de programas

competitivos

Em 2015, o CIIMAR teve em

execução financeira um total de 41 projetos

de I&DT, dos quais 26 como entidade

promotora, obtidos via programas

competitivos nacionais e internacionais. A

lista de projetos de I&DT em curso durante

o período em apreço encontra-se em anexo

a este relatório (Anexo 1).

Indicadores de Produtividade

Científica

Apesar dos drásticos cortes

financeiros, o CIIMAR manteve uma

produtividade científica elevada tanto ao

nível de publicações científicas

internacionais como ao nível da formação

avançada de recursos humanos (conclusão

de dissertações de doutoramento e

mestrado).

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Indicadores de Produtividade Científica Nº

Publicações Internacionais 411

Edição de livros e capítulos de livros 25

Artigos em revistas indexadas (ISI-WoS e Scopus) 351

Atas em encontros científicos internacionais 27

Outras publicações internacionais 8

Publicações nacionais 3

Teses Concluídas 85

Teses de doutoramento 7

Teses de mestrado 78

Modelos 5

Aplicações computacionais 3

Patentes / Pedidos Provisórios de Patentes 2

Em 2015, foram identificadas 411

publicações internacionais com afiliação do

CIIMAR, resultando uma média de 3.1

publicações internacionais por ETI. Do total

de publicações internacionais, 351 referem-

se a artigos em revistas internacionais

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indexadas (ISI-WoS e Scopus), resultando

uma média de 2.6 artigos em revistas

internacionais indexadas por ETI; uma

percentagem muito significativa (60%)

destes artigos foi publicada em revistas do

1º Quartil do SCImago Journal Ranking das

áreas científicas de atuação. Nos últimos 5

anos (2010-2015), o número de publicações

científicas internacionais e o número de

artigos em revistas indexadas (ISI-WoS e

Scopus) apresentaram um aumento de 83%

e 81%, respetivamente.

Em relação aos restantes

indicadores de produtividade científica,

verificou-se a produção de modelos e

aplicações computacionais e foram ainda

submetidos dois Pedidos Provisórios de

Patente (PPPs) que se encontram

atualmente em fase de conversão para

Pedido de Patente de Invenção definitivo

com extensão internacional (PCT, Patent

Corporation Treaty). O aumento destes

indicadores em relação a anos transatos

reflete um maior envolvimento do CIIMAR

na promoção da aplicação de resultados da

investigação na economia.

A lista de indicadores de

produtividade científica referente a 2015

encontra-se em anexo a este relatório

(Anexo 2).

Organização de Eventos Científicos

Em 2015, o CIIMAR organizou ou

coorganizou um elevado número de

eventos científicos, apresentando-se de

seguida uma lista dos eventos mais

relevantes. O CIIMAR tem em curso um

Ciclo de Seminários Internos (Oceanus

Seminars) que inclui palestras de membros

do centro e de investigadores estrangeiros

convidados. Para além dos seminários

englobados neste ciclo foram igualmente

organizadas um número significativo de

outras palestras.

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CONFERÊNCIAS / WORKSHOPS INTERNACIONAIS

Workshop “Airborne Gravity – comparison of strapdown and scalar techniques”

Organização: CIIMAR, FCUP

12-13 maio, Observatório Astronómico, Vila Nova de Gaia

MARSAFENET Open Conference on Maritime Safety and Environmental Protection in Europe.

Multiple layers in regulation and compliance

Organização: CIIMAR, FDUP (em colaboração com Utrecht University, University of Tromso)

23 de maio, FDUP, Porto

Marine socio-economic analysis in the Atlantic Area

Organização: CIIMAR

28 de maio, Exponor, Leça da Palmeira

MARVALOR - Building research and innovation capacity for improved management and

valorization of marine resources

Organização: CIIMAR

29 de maio, Exponor, Leça da Palmeira

Workshop MUSOC - Multi-Scale Ocean Circulation System

Organização. CIIMAR

11-14 agosto, Funchal, Madeira

1st International Marine Science Communication Conference (IMSCC 2014)

Organização: CIIMAR, EMBCP, Ciência Viva

8 - 9 setembro, Porto

VII Simpósio Ibérico sobre a bacia hidrográfica do Rio Minho

Organização: CIIMAR, Aquamuseu do Rio Minho

7 e 8 de novembro, Vila Nova de Cerveira

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CONFERÊNCIAS / WORKSHOPS / FEIRAS DE CARÁCTER INTERNACIONAL

XX Cryptogamic Botany Symposium

Organização: CIIMAR & CIBIO

22 a 25 de julho, HF Tuela Porto, Porto

XV European Congress of Ichthyology

Organização: CIIMAR

7 a 11 de setembro, Hotel HF Ipanema Park, Porto

Coast action: Advancing knowledge on seaweed growth and development

Organização: CIIMAR & Alga +

17 – 18 de setembro, CIIMAR

Participação na Blue Week

Organização: Governo de Portugal

4 a 6 de junho, FIL, Lisboa

Participação no Fórum do Mar

Organização: Oceano XXI

16 a 19 de novembro, Exponor, Leça da Palmeira

CONFERÊNCIAS / WORKSHOPS NACIONAIS

Workshop | Comercialização de tecnologias e orientação da investigação para o mercado -

Empreendedorismo e criação de Spin-offs

Organização: CIIMAR

19 de janeiro, CIIMAR

Conferência | MARBIOTECH

Organização: CIIMAR

25 de maio, CIIMAR

Workshop | ECORISK

Organização: CIIMAR,

12 de junho, CIIMAR

Workshop | “Aquacultura em Portugal – Desafios e Oportunidades

Organização: CIIMAR & INESC TEC

25 de junho, Porto

Workshop| Pathology of Aquatic Organisms

Organização: CIIMAR

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16 de julho, CIIMAR

Workshop | Principles of Environmental Toxicology and Contamination

Organização: CIIMAR

25 de setembro, CIIMAR

Aquaculture Research Workshop

Organização. CIIMAR & FCUP

18 de dezembro, FCUP, Porto

OCEANUS SEMINARS / OUTROS SEMINÁRIOS ORADORES

Biodegradation of fluorinated environmental pollutants

16 de março

Maria de Fátima

Carvalho, CIIMAR

The role of replication and transcription in mitochondrial DNA

evolution

30 de março

Miguel M. Fonseca,

CIBIO

Valorisation of Marine Resources and By-products Envisaging

Biomedical Applications

13 de abril

Joana Moreira-Silva, 3

B´s

CIIMAR Science outreach projects and strategy

27 de abril José Teixeira, CIIMAR

Zebrafish sex: more questions than answers

11 de maio Ana Coimbra (UTAD)

The Weight of Evidences approach in the risk assessment of sites

contaminated with radioactive ore

26 de maio

Ruth Pereira, CIIMAR

The impact of multiple stressors (natural and anthropogenic) on the

coastal communities’ structure and functioning

8 de junho

Patricia Cardoso,

CIIMAR

Unravelling the role of non-B DNA conformations in phylogeny,

evolution and disease

22 de junho

João Carneiro, CIIMAR

Patterns of benthic assemblages invaded and non-invaded by the

red seaweed Grateloupia turuturu in north of Portugal

20 de junho

Crisitano Freitas, FCUP

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The ecology of tropical anemonefishes and their giant host sea

anemones

13 de setembro

Mike Arvedlund, Reef

Consultants

The quality management system in research laboratories: from

rejection to acceptance

16 de dezembro

Gisselle Perez, Cuba

Fantasmas do Litoral Norte

17 de dezembro

Vasco Ferreira, Forum

Esposendense

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5. Programas Horizontais

A tradução da investigação

científica em benefícios tangíveis para a

sociedade é um objetivo importante que é

perseguido através da implementação de

cinco programas transversais: 1) Ciência e

Sociedade; 2) Formação avançada; 3) Redes

temáticas; 4) Transferência de tecnologia; 5)

Suporte a políticas públicas.

Ciência e Sociedade

O CIIMAR desempenha um papel de

relevo na formação e promoção da

educação científica e tecnológica na

sociedade portuguesa, de forma a melhorar

o conhecimento e a perceção pública da

ciência e a aumentar o interesse dos jovens

estudantes para as carreiras científicas.

Projetos de literacia científica

Em 2015, foram aprovados três

novos projetos de literacia dos

Oceanos (Cadeias Tróficas

Marinhas – Conhecer para

Comunica; Mar de Plástico e

OceanLab - Protegendo os

Oceanos: vem ao laboratório fazer

connosco!), financiados ao abrigo

do Programa PT02 – Gestão

Integrada das Águas Marinhas e

Costeiras das EEA Grants. Os

projetos têm como objetivo elevar

a consciência e o conhecimento

sobre questões marinhas através

de ações de sensibilização e de

formação no domínio da gestão

marinha integrada e dar apoio à

Direção-Geral da Política do Mar

(DGPM) na implementação da

Diretiva-Quadro da Estratégia

marinha (DQEM).

- “MoBIDiC – Escola na Praia”,

financiado pela Ciência Viva, um

programa de Monitorização da

Biodiversidade Intertidal e

Divulgação Científica que visa a

recolha de dados de vida marinha

nas praias rochosas do Norte de

Portugal.

“CIIMAR na Escola”, financiado

pela Ciência Viva, disponibiliza

gratuitamente a professores e

educadores, através de uma

plataforma online, um conjunto de

protocolos experimentais e uma

oferta de palestras a realizar na sala

de aula para alunos do ensino

básico e ensino secundário.

“Charcos com Vida”, tem como

objetivo contribuir para o

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conhecimento da biodiversidade e

importância dos charcos, bem

como sensibilizar e mobilizar a

comunidade escolar para a

exploração pedagógica e

preservação destes habitats,

enquanto importantes

reservatórios de biodiversidade e

laboratórios vivos. Através de uma

plataforma online

(www.charcoscomvida.com)

disponibilizam-se gratuitamente

um conjunto alargado de

conteúdos informativos, protocolos

de atividades práticas

experimentais e uma base de dados

de inventário de charcos a nível

nacional. Durante 2015 foram

realizadas 42 atividades práticas

que envolveram aproximadamente

de 1265 alunos e realizadas 7 ações

de formação especializada,

envolvendo 101 formandos.

Durante esse período foram

construídos 13 novos charcos para

a biodiversidade e a Exposição

esteve patente em 3 novas cidades-

Vila do Conde, Sintra e Barreiro.

Para além disso foi restabelecida a

parceria com o Jardim Botânico do

Porto, com o desenvolvimento de

um Viveiro de Plantas Aquáticas, e

com a Câmara Municipal do Porto

com o desenvolvimento da

iniciativa "Há Charcos na Cidade do

Porto". Foi ainda realizada uma tese

de Licenciatura em Biologia

Aplicada, em parceria com a

Universidade do Minho.

CMIAs – Centros de Monitorização

e Interpretação Ambiental

A nível regional são de particular

importância os protocolos de colaboração

com as Câmaras Municipais de Vila do

Conde e de Matosinhos para a gestão

científica e tecnológica dos seus respetivos

Centros de Monitorização e Interpretação

Ambiental.

CMIA de Vila do Conde

O CMIA de Vila do Conde tem como

objetivo a monitorização de descritores

ambientais, mas também uma boa

interpretação e divulgação dos valores,

recursos e problemáticas adjacentes ao

meio ambiente, visando desenvolver cada

vez mais as suas capacidades de

comunicação junto da sociedade. Para tal,

apresenta uma estratégia na área da

divulgação de ciência que assenta na

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promoção de diversas atividades, que visam

chegar a público-alvo distintos, de modo a

desenvolver o espírito-crítico dos

participantes, com o objetivo de despertar

para as problemáticas ambientais, tanto no

espaço onde os nossos visitantes se

inserem, como a nível global, capacitando-

os para compreender e superar as suas

limitações e possibilidades de acção.

Durante o ano de 2015, estiveram patentes

no CMIA de Vila do Conde duas exposições:

“Anfíbios: uma pata na água, outra na terra”

e “Faz da mudança a tua praia”. Decorreram

ao longo de todo ano inúmeras atividades

(nomeadamente palestras, semanas

temáticas, oficinas, percursos exploratórios,

jogos lúdico-pedagógicos e exposições

itinerantes), envolvendo diversas

instituições dentro e fora do concelho num

total de 56 097 participantes.

Enquanto promotor de literacia

ambiental e comunicador de ciência, o

CMIA participou nos congressos SciCom

Portugal, III Congresso Internacional de

Educação Ambiental 2015 e 14th Deep-Sea

Biology Symposium referências nas áreas da

educação, investigação, conservação da

natureza e comunicação em ciência, por

forma a conseguir de forma mais eficiente,

levar a cabo um trabalho cada vez mais

consciente. O CMIA de Vila do Conde esteve

ainda envolvido na formação profissional e

académica, recebendo um total de 18

estagiários, alunos de cursos de formação

profissional e de licenciatura. A equipa do

CMIA ainda procedeu à realização de 3

campanhas de monitorização dos rios e das

ribeiras do concelho de Vila do Conde. E o

carácter variado e multidisciplinar das

nossas atividades, não só requerem da

equipa um atualizar constante de

conhecimentos, como também a capacita

de forma significativa, a ponto do

contributo da sua experiência ser

importante para outros grupos de

investigação e comunicação de ciência, com

os quais consegue trocar vivências e

conhecimentos por onde vai marcando

presença.

CMIA de Matosinhos

No ano de 2015 ocorreu o

encerramento das instalações do CMIA de

Matosinhos, por motivo de obras e

mudança de espaço, tendo sido o ano de

preparação e reabertura das novas

instalações do CMIA de Matosinhos. A

inauguração do novo espaço ocorreu no dia

23 de julho de 2015, pelas 11h, com a

presença do Ex.mo Sr. Presidente da CMM,

o Dr. Guilherme Pinto.

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Durante o ano de 2015, esteve

patente a Exposição “Mar Sem Fim: A

Derradeira Aventura da Exploração

Oceânica” onde foram realizadas atividades

lúdico-pedagógicas sobre o tema

apresentado, que serviram de

complemento às visitas guiadas às

exposições. Em simultâneo com a exposição

foram realizadas palestras, oficinas e

diversas atividades educativas regulares em

ambiente laboratorial e de campo para

público escolar de diferentes níveis etários,

envolvendo no total de 19 instituições e

1712 participantes.

O Cmia de Matosinhos participou

no evento mundial OSD (Ocean Sampling

Day) e no programa educativo da Ciência

Viva no Verão assim como nas atividades da

Bandeira Azul nas praias do Concelho de

Matosinhos.

A Equipa técnica do CMIA colaborou

com o projeto “O Ciimar na Escola” em

diferentes atividades sempre que solicitado.

O CMIA de Matosinhos apoiou o III

Congresso de Formação e Inovação de

Matosinhos que decorreu nas instalações

do CMIA de Matosinhos.

Aquários Públicos e Museus

A Estação Litoral da Aguda- ELA

(www.fundacao-ela.pt, ca 50000 visitantes /

ano) e o AquaMuseu do Rio Minho (ca

30000 visitantes / ano), dois equipamentos

que apresentam uma particular relevância

no que diz respeito à implementação de

Programas de Educação Ambiental, são

geridos por investigadores do CIIMAR. No

caso do AquaMuseu do Rio Minho, existe

um protocolo de colaboração entre o

CIIMAR e a Câmara Municipal de Vila Nova

de Cerveira.

Organização/ Participação em

eventos para a comunidade e público

escolar

O CIIMAR implementou e

participou vários tipos de atividades de

forma a contribuir para a promoção de uma

cultura científica e tecnológica e, mais

especificamente, para incentivar o uso de

métodos experimentais na aprendizagem

da ciência, envolvendo tanto a comunidade

científica como a comunidade escolar e o

público em geral. Destacam-se as seguintes:

Implementação do projeto

“ComCiência” (realização de

palestras nas Escolas por

investigadores do CIIMAR) iniciado

em 2014, como resultado de uma

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parceria entre a Câmara Municipal

do Porto e o CIIMAR;

Participação do CIIMAR no

“PROJETO SEI”, da Câmara Municipal

do Porto. O projeto consistiu em

elaborar uma atividade

experimental ao longo de 6 meses

com uma turma do 8º ano da Escola

Leonardo Coimbra. O trabalho final

foi apresentado pelos alunos sob a

forma de uma apresentação oral e

de um poster em abril de 2015 na

Biblioteca Almeida Garret;

Realização de atividades

experimentas no Centro Ambiental

de Esposende

Participação na 13ª Mostra de

Ciência, Ensino e Inovação da

Universidade do Porto (12 a 15 de

março);

Participação na feira “Qualifica” na

Exponor no dia 10 de abril de 2015

Participação na “feira de Ciência”

organizada pelo Ciência Viva de Vila

do Conde, entre os dias 7 e 10 de

maio de 2015 em Vila do Conde

Participação no Evento “Aqua Porto”

nos dias 2 e 3 de outubro de 2015 no

Pavilhão da Água

Atividade “30 minutos de conversa

com um cientista” - no âmbito da

comemoração da Semana da Ciência

e da Tecnologia, entre os dias 24 e 27

de novembro, realizaram-se 15

palestras por investigadores do

CIIMAR em escolas da área

metropolitana do Porto, envolvendo

cerca de 653 estudantes.

Realização de um “Dia Aberto no

CIIMAR”, no dia 28 de novembro, no

âmbito da comemoração da Semana

da Ciência e da Tecnologia, com

diversas atividades experimentais e

visitas aos laboratórios.

Formação avançada

O CIIMAR é uma instituição

de referência na formação avançada de

investigadores em Ciências do Mar e

Ambiente, apoiando diversos cursos de

mestrado e programas doutorais a nível

nacional e europeu.

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Cursos Mestrado Diretor

Mestrado Ciências do Mar – Recursos Marinhos

ICBAS / UP Eduardo Rocha

Mestrado em Recursos Biológicos Aquáticos

Faculdade de Ciências / UP Aires Oliva-Teles

Mestrado em Biologia e Gestão da Qualidade da Água

Faculdade de Ciências / UP Maria Natividade Vieira

Mestrado em Contaminação e Toxicologia Ambientais

ICBAS / Faculdade de Ciências /UP

Vitor Vasconcelos/Lúcia

Guilhermino

Erasmus Mundus MSc in Marine Biodiversity and

Conservation

Consórcio de 6 universidades europeias

Participação através do CIMAR-

LA

Programas Doutorais Diretor

Responsável CIIMAR

Programa Doutoral em Ciências do Mar e Ambiente

Universidade Porto / Universidade Aveiro / Universidade Algarve

CIMAR / CESAM

Lúcia Guilhermino

Programa Doutoral em Ciência Animal

ICBAS / Universidade Porto Luísa Valente

Programa Doutoral em Ciência Animal

SANFEED - Sustainable Animal Nutrition and Feeding

ICBAS / REQUIMTE / CIIMAR / Universidade Porto

Empresas: AGROS, ALGA+, Altech, CAVC, INVIVONSA PORTUGAL, S.A,

Permix Lda., Sea8, Sense Test, Soja de Portugal, SPAROS

(Financiado pela FCT)

Luísa Valente

Doctoral Programme MARES

Marine Ecosystem Health and Conservation

Consórcio de 24 parceiros europeus

Participação como

parceiro associado –

Eduardo Rocha

Programa Doutoral em Biotecnologia Marinha e Aquacultura

FCUP / ICBAS / Universidade do Minho Vitor Vasconcelos

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Em 2015, no que respeita à

formação de recursos avançados, foram

concluídas 7 teses de doutoramento e 78

teses de mestrado sob orientação ou

coorientação de membros do CIIMAR.

O Programa Doutoral SANFEED –

Sustainable Animal Nutrition and Feeding

foi aprovado para financiamento pela FCT

em 2014, sendo um programa doutoral co-

financiado por empresas. A 1.ª edição teve

início no ano letivo de 2015/2016. O

programa doutoral em Biotecnologia

Marinha e Aquacultura, idealizado pelo

CIIMAR, foi aprovado pela A3Es. Este

programa é co-titulado pela UPorto e

UMinho, tendo além do CIIMAR a

participação do IBMC e REQUIMTE (U.

Porto) e do CEB e 3Bs (U. Minho).

Foram ainda organizados vários

cursos de formação avançada.

Cursos de formação avançada

Manipulação e Análise de Informação Geográfica (SIG)

Organização: CIIMAR

22 de maio a 1 de junho, CIIMAR

Curso: Introductory statistics and programming with R for biological sciences

Organização: CIIMAR

8 a 15 de junho; 30 de nov a 4 de dez; 7 – 11 de dezembro, Porto

Curso Ciências em Animais Laboratório – Organismos Aquático (CAL-AQUA)

Organização: Biotério de Animais Aquáticos (BOGA), CIIMAR

9 - 13 de fevereiro; 4 – 8 de maio; 3 - 7 novembro, CIIMAR

Proteomics course

Organização: CIIMAR e I3S

15 – 17 de junho, Porto

Planeamento de programas de monitorização de biodiversidade marinha

Organização: CIIMAR

22 a 26 de junho, CIIMAR

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Hands-on NMR

Organização: CIIMAR

14 - 17 de julho, CIIMAR

Amostragem e Identificação de Parasitas de Espécies Marinhas

Organização: CIIMAR e I3S

9 a 11 de setembro, CIIMAR

Nursery Ground Ecology

Organização: CIIMAR

14 – 18 de setembro, CIIMAR

Monitorização do Meio Marinho por Satélite

Organização: CIIMAR

21-25 de setembro, CIIMAR

Técnicas Analíticas em LC-MS/MS

Organização: CIIMAR

22 -25 de setembro, CIIMAR

Metodologias de Amostragem e Identificação de Comunidades Bentónicas Marinhas

Organização: CIIMAR

26 -27 de setembro, CIIMAR

Blue Young Talent

Em 2015, o CIIMAR lançou a

2.ª edição do programa BYT – Blue Young

Talent, um programa pré-graduado de

captação de talentos na área das ciências e

biotecnologias marinhas e ambientais, em

parceria com a indústria e PMEs. O BYT é um

programa de estágios remunerados que

tem como objetivo proporcionar aos

melhores alunos do primeiro ciclo da

Universidade do Porto uma formação pré-

graduada em ambiente científico de

excelência. Na edição 2015/2016 foram

selecionados 9 estudantes de diferentes

cursos da Universidade do Porto, que

tiveram a oportunidade de integrar equipas

de investigação do CIIMAR onde

desenvolveram trabalho científico durante

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10 meses nas áreas da biotecnologia

marinha, biologia molecular, ecologia,

aquacultura e nutrição. A 2.ª edição contou

com a participação de 18 empresas. O

programa BYT 2015/2016 contemplou ainda

um plano de formação integrador

envolvendo os jovens BYTs em atividades

técnico-científicas, de empreendedorismo

na área do Mar bem como de divulgação de

ciência.

Redes Temáticas

Um dos objetivos do CIIMAR passa

pela internacionalização das suas atividades

de investigação e desenvolvimento

tecnológico. Este objetivo tem sido

alcançado através de um número crescente

de colaborações (nomeadamente com

instituições europeias, dos USA, do Brasil e

da Tailândia) e projetos em conjunto com

instituições internacionais de reconhecido

prestígio, assim como pela participação em

redes e plataformas internacionais.

Marine Board - European Science

Foundation

O CIIMAR mantém um

envolvimento ativo na integração e no

desenvolvimento das Ciências Marinhas na

EU. Através do LA integra o Marine Board da

European Science Foundation, uma rede

que visa facilitar uma maior coordenação

entre as principais organizações europeias

(conselhos de investigação, agências de

financiamento e institutos de investigação

de excelência) e o desenvolvimento de

estratégias para a I&D marinha e marítima

na Europa.

Quadro de I&DT – Ações de

coordenação / redes de excelência

MarBEF + - Marine Biodiversity and

Ecosystem Functioning;

Rede de Centros de Investigação e

Divulgação de Ciência

MARS - European Network of

Marine Research Institutes and

Stations

Campus do Mar – International

Campus of Excellence

ECSITE - European Network of

Science Centers and Museums

ECSA – European Citizen Science

Association

Plataformas Internacionais e

nacionais

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EPBRS - European Platform for

Biodiversity Research Strategy

EUROMARINE Consortium -

Integration of European Marine

Research Networks of Excellence

Bluebio Alliance- CIIMAR é membro

da comissão executiva.

Ações COST – European Science

Foundation

Action FA1004 - Marine Fish

Conservation Physiology (Grant

holder: Jonathan Wilson)

Action ES1003 - EMBOS -

Development and implementation

of a pan-European Marine

Biodiversity Observatory System.

(Vice-chair: Isabel Sousa Pinto)

ES1105 - Cyanobacterial blooms

and toxins in water resources:

Occurence, impacts and

management

IS1105 - Network of experts on the

legal aspects of maritime safety and

security (MARSAFENET)

TD0903 - Understanding and

manipulating enzymatic and

proteomic processes in

biomineralization - towards new

biomimetic strategies, the creation

of tailored nano-scale architectures

and environmental monitoring

FA1301 - A network for

improvement of cephalopod

welfare and husbandry in research,

aquaculture and fisheries

(CephsInAction)

FA1406- Advanced knowledge on

seaweed growth and development

ES1302 - European Network on

Ecological Functions of Trace Metals

in Anaerobic Biotechnologies

ES1307 - Sewage biomarker analysis

for community health assessment

COST FA1306 – The quest for

tolerant varieties: phenotyping at

plant and cellular level

FA1406 - Advancing knowledge on

seaweed growth and development

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Membros de Grupos de Trabalho de

Organizações Internacionais (exemplos)

ICES – International Council for the

Exploration of the Sea: WG Habitat

Mapping; WP Biological Effects of

Environmental Contaminants (Lúcia

Guilhermino); WG on Resilience

and Marine Ecosystem Services

(Isabel Sousa Pinto, Sandra Ramos);

WG on Eels (José Carlos Antunes);

Workshop on Lampreys and Shads

(José Carlos Antunes), Workshop of

a Planning Group on the Monitoring

of Eel Quality (Aurélia Saraiva);

GEO BON - WG Marine Ecosystem

Change (Isabel Sousa Pinto:Co-

Chair WG, Implementation

Committee);

SETAC – Society of Environmental

Toxicology and Chemistry: WG

Extreme Stress Events and

Ecosystem Recovery; SETAC Europe

Certification of Environmental Risk

Assessors Registration Committee;

SETAC Global Soils Advisory Group,

SETAC Global Nanotechnology

Advisory Group, SETAC Global

Ecosystem Services Advisory Group

(Lúcia Guilhermino);

Transferência de Tecnologia

Desde de 2013, o CIIMAR possui

uma plataforma com o objectivo de reforçar

a capacidade do centro para contribuir

ativamente na dinamização da Economia do

Mar, e fazer face aos desafios societais e ao

plano estratégico de desenvolvimento da

região norte, o CIIMAR esteve na génese da

plataforma de serviços e inovação -

Marinnova (www.marinnova.pt).

Por forma a maximizar o potencial

socio-economico dos resultados de

investigação, o Gabinete de Gestão de

Ciência e Tecnologia (GGCT), foi reforçado

com um membro especializado para o apoio

aos processos de transferência de

tecnologia. Desde 2104, o gabinete

apresenta competências na valorização dos

resultados de I&D, na gestão de

propriedade intelectual e nas atividades de

ligação às empresas potenciando projetos

em co-promoção.

Em resultado, no ano de 2015, o

GGCT prestou apoio na submissão de dois

Pedidos Provisórios de Patente.

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O CIIMAR é parceiro no OCEANUS

Research and Innovation, da Universidade

do Porto, tendo Vitor Vasconcelos sido

nomeado seu presidente, e sendo membros

da sua comissão diretiva as associadas do

CIIMAR, Isabel Sousa Pinto e Luísa Valente.

Em 2015, o CIIMAR esteve

representado no Blue Business Forum (Blue

Week Lisbon 2015), de 4 a 6 de junho em

Lisboa e no Fórum do Mar, de 16 a 19 de

novembro em Leça da Palmeira.

Suporte a Políticas Públicas

O CIIMAR está fortemente

envolvido na implementação da Directiva

Quadro da Estratégia Marinha (DQEM) em

Portugal, tendo sido convidado pela

entidade coordenadora, a Direção-Geral de

Recursos Naturais Segurança e Serviços

Marítimos (DGRM), a integrar vários grupos

de trabalho com vista à elaboração do plano

de monitorização e plano de medidas

relativo ao período 2015-2020. O plano de

Monitorização e medidas para a subdivisao

Continente foi submetido por Portugal em

julho de 2014, estando previsto para breve

a sua implementação, que contará com o

envolvimento de várias equipas do CIIMAR.

Ainda relacionado com a

implementação da DQEM, o CIIMAR é

coordenador e/ou parceiro de vários

projetos financiados pelas EEA Grants ao

abrigo do Programa “PT02 - Gestão

Integrada das Águas Marinhas e Costeiras",

operado pela Direção-Geral de Poliítica do

Mar (DGPM). Na área da educação e

formação, destaca-se o projeto BioMar.PT -

Aprender a conhecer o ambiente marinho

de Portugal. Este projecto, coordenado pelo

IPMA e com a participação da EMEPC, tem

como objetivo contribuir para qualificar

recursos humanos através de ações em

áreas científicas e tecnológicas prioritárias à

gestão sustentável das águas marinhas.

No âmbito de projetos de

colaboração territorial, o CIIMAR colabora

ainda com diversas entidades regionais e

nacionais tais como a DGAM – Direção Geral

da Autoridade Marítima, que pretendem

garantir a segurança marítima, a qualidade

ambiental e saúde pública.

A nível internacional, Isabel Sousa-

Pinto é ponto focal e chefe da delegação

nacional no IPBES - Intergovernmental

Science Policy Platform on Biodiversity and

Ecosystem Services.

Vitor Vasconcelos é membro do

Conselho Científico das Ciências Naturais e

do Ambiente da FCT.

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6. Financiamento

Em 2015, o financiamento total obtido pelo

CIIMAR foi de 4,08 M de euros. O

montante de financiamento obtido via

programas nacionais e internacionais foi de

3.8 M de Euros, representando 80,78 % do

orçamento total do centro.

Os contratos de prestações de serviços

têm ainda pequena expressão no

orçamento total do CIIMAR (10,32%),

sendo no entanto de registar um aumento

de 107,30 % face ao ano anterior. Para a

rubrica outros rendimentos e ganhos, que

representa 8.9% do orçamento total, tendo

uma variação positiva em relação a 2014

de 23,32 %, contando com a contribuição

dos juros de depósitos e a imputação de

subsídios para o investimento. Regista-se

em 2015 um resultado positivo de

57.995,94 €.

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7. Prémios e Distinções

Em 2015 investigadores do CIIMAR

foram distinguidos com alguns prémios:

A aluna de doutoramento Carolina

Castro foi distinguida com o prémio Best

Poster Award "EAS Student Group Ibrahim

Okumus Award” na conferência

Aquaculture Europe 2015 em Roterdão.

Investigadores do grupo Blue

Biotechnology and Ecotoxicology do CIIMAR

foram distinguidos com o prémio de melhor

poster no 7th Symposia of Metabolism -

Therapeutic approaches for the metabolic

syndrome”, que decorreu em outubro de

2015 na Faculdade de Medicina da

Universidade do Porto

Marisa Freitas, investigadora do

CIIMAR, recebeu o prémio de melhor

comunicação oral no 4º Congresso Ibérico

de Cianotoxinas

Rita Azeredo, aluna de

doutoramento no CIIMAR, venceu o 1º

prémio regional (Europa/África/Rússia) dos

AllTech Young Scientist Awards e ficou entre

os 8 investigadores finalistas de todo o

mundo que disputaram o prémio final nos

EUA em abril de 2015

Adriana Rego e Teresa Martins,

estagiárias do programa Blue Young Talent

CIIMAR, receberam o prémio para melhor

poster na categoria de Ciências do Meio

Aquático, no III AEICBAS Biomedical

Congress em abril de 2015.

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8. Anexos

Anexo 1. Lista de projetos de I&DT obtidos via programas de financiamento

competitivo em curso em 2015.

Anexo 2. Lista de indicadores de produtividade científica realizados em 2015.

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ANEXO 1

LISTA DE PROJETOS DE I&DT OBTIDOS VIA PROGRAMAS DE FINANCIAMENTO COMPETITIVO

EM EXECUÇÃO EM 2015

(ordenados por agência / programa de financiamento e por ordem alfabética do

Investigador responsável no CIIMAR)

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PROJECTS FUNDED BY EU

HORIZON 2020

Proposal ID 652644

SEA CHANGE

Responsible Investigator Isabel Sousa Pinto

Lead Partner IPMA

Duration February 2015 – June 2019

Proposal ID 634588-2

NOMORFILM – Novel marine biomolecules against biofilm. Applications to medical

devices

Responsible Investigator Vitor Vasconcelos

Lead Partner Fundacio Centre de Recerca en Salut

International de Barcelona

Duration April 2015 – March 2019

Proposal ID 633211-2

AtlantOS - Optimizing and Enhancing the Integrated Atlantic Ocean Observing

System

Responsible Investigator Isabel Sousa Pinto

Lead Partner Helmholtz Zentrum fur Ozeanforschung

Kiel

Duration April 2015 – June 2019

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PROJECTS FUNDED BY EU

7TH FRAMEWORK PROGRAMME – CAPACITIES

SEABIOPLAS – Seaweeds from sustainable aquaculture as feedstock for

biodegradable bioplastics

Responsible Investigator Rodrigo Ozório

Lead Partner Daithi O’Murchu Marine Research

Station, Ireland

Duration October 2013 – September 2015

PROJECTS FUNDED BY EU/ERDF

ATLANTIC AREA TRANSNATIONAL COOPERATION PROGRAMME

MARNET – Marine Atlantic Regions Network

Responsible Investigator João Coimbra

Lead Partner BMW Assembly, Ireland

Duration July 2012 – April 2015

ARCOPOL platform - Plarform for improving maritime coastal pollution

preparedness and response in Atlantic regions

Responsible Investigator Miguel Santos

Lead Partner CETMAR, Spain

Duration January 2014 – June 2015

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PROJECTS FUNDED BY EU/ERDF

CROSS-BORDER TERRITORIAL COOPERATION PROGRAMME SPAIN – PORTUGAL

NOVOMAR – Consolidação do Centro Multipolar de valorização de recursos

marinhos visando novos usos do mar

Responsible Investigator Vitor Vasconcelos

Lead Partner University of Minho

Duration January 2014 – October 2015

PROJECTS FUNDED BY ON.2

NORTH PORTUGAL REGIONAL OPERATIONAL PROGRAMME

AQUAIMPROV - Sustainable Aquaculture and Animal Welfare

(NORTE-07-0124-FEDER-000038)

Investigador Responsável Aires Oliva-Teles

Instituição Proponente CIIMAR

Duração Janeiro 2013 – Junho 2015

ECORISK – Ecological risk assessment of oils and hazardous and noxious substances

in the NW Portuguese coast (NORTE-07-0124-FEDER-000054)

Responsible Investigator Lúcia Guilhermino

Lead Partner CIIMAR

Duration January 2013 – June 2015

MARBIOTECH – Survey of natural substances from marine organisms with potential

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pharmacological and ecological applications

(NORTE-07-0124-FEDER-000047)

Responsible Investigator Vitor Vasconcelos

Lead Partner CIIMAR

Duration January 2013 – June 2015

MARECON.PT – Translating marine science into products and services for the

Portuguese economy

(NORTE-07-0124-FEDER-000058)

Responsible Investigator Susana Moreira / Vitor Vasconcelos

Lead Partner CIIMAR

Duration January 2013 – June 2015

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PROJECTS FUNDED BY FCT

PORTUGUESE FOUNDATION FOR SCIENCE AND TECHNOLOGY

PTDC/MAR-BIO/4107/2012

Effect on lipid metabolism of vegetable lipid interaction with carbohydrate in an

important marine aquaculture fish species, European sea bass (Dicentrarchus labrax))

Responsible Investigator Aires Oliva-Teles

Lead Partner CIIMAR

Duration May 2013 – August 2015

PTDC/AAC-AMB121301/2010

Biological werfare: unraveling the genomics of natural venoms and the mechanisms of

natural venom-resistance

Responsible Investigator Agostinho Antunes

Lead Partner CIIMAR

Duration May 2012 – September 2015

PTDC/BIA-BIC/120483/2010

LarvalSources – Assessing the ecological performance of marine protected area (MPA)

networks

Responsible Investigator Alberto Correia

Lead Partner University of Aveiro

Duration May 2012 – November 2015

PTDC/CVT/116499/2010

Lactation and milk production in goat (Capra hircus): identifying molecular markers

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underlying adaptation to seasonal weight loss

Responsible Investigator Alexandre Campos

Lead Partner IBET

Duration March 2012 – August 2015

PTDC/MAR-EST/2160/2012

Urban Structures: a driver of biodiversity change in coastal ecosystems?

Responsible Investigator Ana Isabel Neto

Lead Partner CIIMAR

Duration May 2013 – April 2015

PTDC/MAR/112723/2009

AMOX – Relative importance of archaeal and bacterial ammonia oxidizers in

estuarine ecosystem function: role of environmental controls

Responsible Investigator Catarina Magalhães

Lead Partner CIIMAR

Duration October 2011 – March 2015

PTDC/AAC-AMB/113973/2008

NITROTOX - Interference of metals and PAHs in nitrate removal biological processes:

Denitrification vs Anammox

Responsible Investigator Catarina Magalhães

Lead Partner CIIMAR

Duration October 2011 – July 2015

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PTDC/AAC-AMB/117688/2010

CONBI – Biodiversity and conservation of bivalves - ecogeographic, genetic and

physiological information

Responsible Investigator Elsa Froufe

Lead Partner CIIMAR

Duration March 2012 – February 2015

PTDC/AAG-GLO/3737/2012

Cheking coastal upwelling related diatoms' biomarkers: potencial proxy for primary

productivity reconstructions

Responsible Investigator Fátima Abrantes

Lead Partner CIIMAR

Duration June 2013 – September 2015

VIH/SAU/0011/2011

Structure of the HIV genome: novel frameworks for clinical diagnosis and anti-

retroviral therapeutics

Responsible Investigator Filipe Pereira

Lead Partner CIIMAR

Duration March 2014 – February 2016

PTDC/EPH-ARQ/5204/2012

Dialogue among sciences - Multidisciplinary analysis of navegability and anchoring

during the Roman period (Esposende)

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Responsible Investigator Helena Granja

Lead Partner University of Minho

Duration May 2013 – October 2015

EXPL/CVT-NUT/0286/2013

Seaweeds in Ruminant Feeding

Responsible Investigator Isabel Sousa-Pinto

Lead Partner ICETA

Duration March 2014 – June 2015

PTDC/MAR-EST/4614/2012

The role of glutathione S-transferase isoenzymes in bivalve’s tolerance to microcystins

Responsible Investigator José Carlos Martins

Lead Partner CIIMAR

Duration May 2013 – September 2015

PTDC/MAR/116838/2010

Infection dynamic of aquaculture seabass and seabream by Myxozoa

Responsible Investigator Maria João Santos

Lead Partner CIIMAR

Duration April 2012 – September 2015

PTDC/AAG-MAA/2405/2012

PSYCHOBASS – Aquatic species under psycho pharmaceuticals neuroendocrine effects

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Responsible Investigator Marta Ferreira

Lead Partner CIIMAR

Duration March 2013 – August 2015

PTDC/NEU-NMC/0237/2012

KDAC inhibition and intracellular dynamics: impact on NEUROnal development,

survival and transmission

Responsible Investigator Miguel Santos

Lead Partner ICETA

Duration February 2013 – July 2015

PTDC/BIA-BIC/4177/2012

Capacidade da abelha-doméstica de lutar contra doenças: comparação entre os níveis

de diversidade genética e carga microbiana entre amostras contemporâneas e históricas |

Honey bee's capacity to fight diseases: a comparison of genetic diversity and microbial load of

modern and historical samples

Responsible Investigator Paula Campos

Lead Partner CIIMAR

Duration June 2013 – September 2015

EXPL/MAR-BIO/0351/2013

PROFISH - Screening for novel probiotics within the European sea bass (Dicentrarchus

labrax) microbiota capable of improving plant feedstuffs utilization

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Responsible Investigator Paula Enes

Lead Partner CIIMAR

Duration January 2014 – April 2015

PTDC/MAR-BIO/2818/2012

Bioactive compound discovery from marine cyanobacteria

Responsible Investigator Pedro Leão

Lead Partner CIIMAR

Duration May 2012 – September 2015

PTDC/AAC-AMB/116685/2010

ECO-IAS – Ecosystem-level impacts of an invasive alien species

Responsible Investigator Ronaldo Sousa

Lead Partner CIIMAR

Duration May 2012 – August 2015

PTDC/AAC-AMB/117068/2010

FreshBioFun – Biodiversity and the functioning of detritus food-webs in freswaters

Responsible Investigator Ronaldo Sousa

Lead Partner University of Minho

Duration April 2012 – September 2015

PROJECTS FUNDED BY PROMAR

FISHERIES OPERATIONAL PROGRAMME

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MODELFISH - Modelo predictivo de ingestão alimentar

Responsible Investigator Rodrigo Ozório

Lead Partner CIIMAR

Duration January 2014 – December 2015

CIENCIAMOSTRA - Certificação científica para a realização de campanhas de amostra

Responsible Investigator Sandra Ramos

Lead Partner CIIMAR

Duration January 2014 – December 2015

PROJECTS FUNDED BY MFEEE

PROGRAMME EEA GRANTS

BIOMAR.PT - Aprender a conhecer o ambiente marinho de Portugal

Responsible Investigator Isabel Sousa Pinto

Lead Partner IPMA

Duration December 2014 – December 2015

Biodiversidade do nosso Mar

Responsible Investigator Isabel Sousa Pinto

Lead Partner CIIMAR

Duration December 2014 – December 2015

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Poluição do Oceano: Ameaça global, acção local

Responsible Investigator José Teixeira

Lead Partner CIIMAR

Duration December 2014 – December 2015

PT02_Aviso2_0001

Biodiversity in seamounts: the Madeira-Tore and Great Meteor

Responsible Investigator Isabel Sousa Pinto

Lead Partner IPMA

Duration June 2015 – April 2017

PT02_2ºRPS_0019

Cadeias Tróficas Marinhas-Conhecer para Comunicar

Responsible Investigator Joana Saiote

Lead Partner CIIMAR

Duration August 2015 – June 2016

PT02_2ºRPS_0044

Mar de Plástico

Responsible Investigator José Teixeira

Lead Partner CIIMAR

Duration August 2015 – April 2017

PT02_Aviso4_0033

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Oceanlab-Protegendo os Oceanos: vem ao laboratório fazer connosco!

Responsible Investigator Laura Guimarães

Lead Partner CIIMAR

Duration July 2015 – April 2017

Anexo 2

Lista de indicadores de produtividade científica realizados em 2014

A. PUBLICATIONS

BOOKS AND BOOK CHAPTERS

1. Agüero-Chapin, G., Pérez-Machado, G., Sánchez-Rodríguez, A., Santos, M.M., Antunes,

A. (2015). Alignment-free methods for the detection and specificity prediction of

Adenylation domains. In: Bradley S. Evans (Ed). Methods in Molecular Biology -

Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis. Springer eds, by Humana Press,

Volume 1401, pp. 253-272. (http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-3375-4)

2. Almeida, C.M.R., Couto, N., Ribeiro, H., Mucha, A.P., Bordalo, A., Basto, M.C.,

Vasconcelos, M.T.S.D. (2015). Salt Marsh Plants’ Potential for the Remediation of

Hydrocarbons-Contaminated Environments. In: Ansari, A.A., Gill, S.S., Gill, R., Lanza,

G.R., Newman, L. (Eds). Phytoremediation: Management of Environmental

Contaminants, Springer International Publishing, vol 1, pp. 323-331.

(http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-10395-2_23)

3. Aschwin, H.E., Alexandra, S., Put, A., Kevin, B.-S., Frédéric, M., Morten, F.P., Francisco,

A., Consolación, F., Henning, S., Robin, S., Henrik, P., Gunilla, T., Frédérique, V. and Rui,

Page 49: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

S. (2015). Circumglobal Invasion by the Brown Seaweed Sargassum muticum. In:

Hughes, R.N., Hughes, D.J., Smith, I.P., Dale, A.C. (Eds.). Oceanography and Marine

Biology, CRC Press, pp. 81-126. (http://dx.doi.org/10.1201/b18733-4)

4. Bastos, F.L. (2015). O contributo do Tribunal Internacional do Direito do Mar para a

clarificação dos poderes dos Estados costeiros na zona económica exclusiva. In: Ribeiro,

M.C. (Coord.). 20 anos da entrada em vigor da Convenção das Nações Unidas sobre o

Direito do Mar: Portugal e os recentes desenvolvimentos no Direito do Mar, Porto,

CIIMAR - FDUP, pp. 37-53. ISBN: 978-989-97443-6-3.

5. Correia, A.T. (2015). Estudio del sitio de puesta, dispersión de las larvas y el

reclutamiento de congrio europeo (Conger conger) utilizando el analisis estructural e

quimica de los otolitos: un estudio de caso. In: Volpedo, A.V., Martins Vaz-dos-Santos,

A. (Eds). Métodos de estudios com otolitos: principios e aplicaciones. 1ª Edición Bilingue,

Buenos Aires, Argentina, pp. 209-224. ISBN 978-987-33-8884-2.

6. Deurloo, R., Yan, W., Bos, M., Ayres-Sampaio, D., Magalhães, A., Becker, B., Becker, D.,

Bastos, L. (2015). A comparison of the performance of medium- and high-quality inertial

systems grades for strapdown airborne gravimetry. IAG Symposia “IAG 150 Years”,

Springer-Verlag, Potsdam, Germany, pp. 1-7.

(http://dx.doi.org/10.1007/1345_2015_18)

7. Graça, P.Q. (2015). Ilhas Selvagens, a disputa da última fronteira. In: Ribeiro, M.C.

(Coord.). 20 anos da entrada em vigor da Convenção das Nações Unidas sobre o Direito

do Mar: Portugal e os recentes desenvolvimentos no Direito do Mar, Porto, CIIMAR –

FDUP, pp. 21-36. ISBN: 978-989-97443-6-3.

8. Guedes, A.C., Sousa-Pinto, I. and Malcata, F.X. (2015). Chapter 8 - Application of

Microalgae Protein to Aquafeed. In: Se-Kwon, K. (Ed.), Handbook of Marine Microalgae:

Biotechnology Advances. Elsevier Inc., pp. 93-125. (http://dx.doi.org/10.1016/B978-0-

12-800776-1.00008-X)

9. Larsen, K., Gutu, M., & Sieg, J. (2015). Tanaidacea. Traité de Zoologie 8B(59), pp. 249-

329.

10. Madeira, S., Sousa, J.J., Gonçalves, J. (2015). Topografia - Exercícios e Tratamento de

Erros. Edições Lidel. ISBN 9789897521355.

11. Madureira, T.V., Ribeiro, A.R. and Tiritan, M.E. (2015). Quantificação de fármacos em

águas no ambiente. In: Cass, Q.B and Cassiano, N.M (Eds). Cromatografia Líquida:

Tendências e Novas Aplicações. Elsevier Editora Ltda, pp. 197-224. ISBN 978-85-352-

7597-1. ISBN (electronic version) 978-85-352-7598-8.

12. Martins, M.R., Costa, M. (2015). Marine Cyanobacteria Compounds with Anticancer

Properties: Implication of Apoptosis. In: Kim, Se-Kwon (Ed.). Handbook of Anticancer

Drugs from Marine Origin. Chapter 29, Springer International Publishing, pp. 621-647).

ISBN 978-3-319-07145-9. (http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-07145-9_29)

13. Noronha, F. (2015). Os instrumentos de ordenamento do espaço marítimo e os conflitos

de usos ou actividades na nova Lei de Bases da Política de Ordenamento e de Gestão do

Espaço Marítimo Nacional. In: Ribeiro, M.C. (Coord.). 20 anos da entrada em vigor da

Convenção das Nações Unidas sobre o Direito do Mar: Portugal e os recentes

desenvolvimentos no Direito do Mar, Porto, CIIMAR - FDUP, pp. 157-171. ISBN: 978-989-

97443-6-3.

Page 50: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

14. Noronha, F. (2015). A vis attractiva entre o direito do ambiente e o direito do urbanismo:

breve conspecto das refracções jus ambientais no plano urbanístico. Estudos

Comemorativos dos 20 Anos da Abreu Advogados. Colecção Estudos n.º 4, IAB,

Almedina.

15. Oliva-Teles, A., Enes, P., Peres, H. (2015). Replacing fishmeal and fish oil in industrial

aquafeed. Davis, A. (Ed.). Feed and feeding practices in aquaculture. Woodhead

Publishing Limited, pp. 203-233. ISBN: 9780081005064.

16. Pavanelli, G.C., Eiras, J.C., Yamaguchi, M.U. and Takemoto, R.M. (Ed.) (2015). Zoonoses

Humanas Transmissíveis Pelos Peixes no Brasil. UNICESUMAR, Maringá, Brasil, PR, 145

p.

17. Ribeiro, M.A. (2015). O artigo 82.º da Convenção de Montego Bay: aspetos práticos e

conceptuais. In: Ribeiro, M.C. (Coord.). 20 anos da entrada em vigor da Convenção das

Nações Unidas sobre o Direito do Mar: Portugal e os recentes desenvolvimentos no

Direito do Mar, Porto, CIIMAR - FDUP, pp. 109-114. ISBN: 978-989-97443-6-3.

18. Ribeiro, M.A. (2015). Responsibility of Private Entities in International Environmental

Law. In: Gal-Or, N., Ryngaert, C., Northmann, M. (Eds.). Responsibilities of the Non-State

Actor in Armed Conflict and the Market Place. Theoretical considerations and Empirical

Findings. Brill Nijhoff, Leiden/Boston, pp. 217-234.

19. Ribeiro, M.C. (2015). Entre o apelo dos recursos minerais e a protecção dos ecossistemas

vulneráveis do mar profundo em Portugal. Enquadramento legal, sistema de

competências e ordenamento. In: Ribeiro, M.C. (Coord.). 20 anos da entrada em vigor

da Convenção das Nações Unidas sobre o Direito do Mar: Portugal e os recentes

desenvolvimentos no Direito do Mar, Porto, CIIMAR - FDUP, pp. 55-108. ISBN: 978-989-

97443-6-3.

20. Souza-Filho, J.F., Negromonte, A.O., Araújo-Silva, C.L., Albuquerque, D.L., Silva, E.G.,

Almeida, F., Santana, F.S., Araújo, M.S.L.C. and Paiva, R.J.C. (2015). Crustáceos. In:

Souza-Filho, J. (Ed), Guia Biológico do Litoral de Pernambuco, pp. 176. Brasil, GL Editora

Gráfica LTDA. ISBN 978-85-8031-035-1.

21. Valente, L.M.P., Dinis, M.T. and Gonçalves, F. (2015). Aquacultura em Portugal: presente

e perspetivas futuras. In: In: Ribeiro, M.C. (Coord.). 20 anos da entrada em vigor da

Convenção das Nações Unidas sobre o Direito do Mar: Portugal e os recentes

desenvolvimentos no Direito do Mar, Porto, CIIMAR - FDUP, pp. 233-248. ISBN: 978-989-

97443-6-3.

22. Van Der Veer, H.W., Freitas, V. and Leggett, W.C. (2015). Recruitment level and

variability. In Flatfishes: Biology and Exploitation: Second Edition. Wiley Blackwell, pp.

185-206. (http://dx.doi.org/10.1002/9781118501153.ch8)

23. Vasconcelos, V., Leão, P., Campos, A. (2015). Cyanobacterial Toxins. In: Botana, L.M. and

Alfonso, A. (Eds). Phycotoxins: Chemistry and Biochemistry, Chapter 10, Second edition,

Wiley Blackwell, pp. 225-238. ISBN: 978-1-118-50036-1.

24. Zanella, T.V. (2015). A (re)ação internacional para a proteção do meio marinho: uma

análise da evolução da proteção ambiental dos mares. In: Pereira, A.C.P. and Menezes,

W. (Eds). Direito e Relações Internacionais na América Latina, 1 ed., Arraes Editores, v.

1, pp. 678-695.

25. Zanella, T.V. (2015). Direito do Mar - Textos Selecionados, 1 ed., Curitiba: Juruá, v. 1,

230p.

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PUBLICATIONS IN INTERNATIONAL PEER REVIEWED JOURNALS

1. Aarestrup, K., Baktoft, H., Thorstad, E.B., Svendsen, J.C., Höjesjö, J.

and Koed, A. (2015). Survival and progression rates of anadromous

brown trout kelts Salmo trutta during downstream migration in

freshwater and at sea. Marine Ecology Progress Series 535, 185-

195. (http://dx.doi.org/10.3354/meps11407)

2. Abdel-Baki, A.A.S., Al-Quraishy, S., Rocha, S., Dkhil, M.A., Casal, G.

and Azevedo, C. (2015). Ultrastructure and phylogeny of Glugea

nagelia sp. n. (Microsporidia: Glugeidae), infecting the intestinal

wall of the yellowfin hind, Cephalopholis hemistiktos

(Actinopterygii: Serranidae), from the Red Sea. Folia Parasitologica

62(1), 1-7. (http://dx.doi.org/10.14411/fp.2015.007)

3. Ablain, M., Cazenave, A., Larnicol, G., Balmaseda, M., Cipollini, P.,

Faugère, Y., Fernandes, M.J., Henry, O., Johannessen, J.A.,

Knudsen, P., Andersen, O., Legeais, J., Meyssignac, B., Picot, N.,

Roca, M., Rudenko, S., Scharffenberg, M.G., Stammer, D., Timms,

G. and Benveniste, J. (2015). Improved sea level record over the

satellite altimetry era (1993-2010) from the Climate Change

Initiative project. Ocean Science 11(1), 67-82.

(http://dx.doi.org/10.5194/os-11-67-2015)

4. Abuelmola, A., Bastos, L., Gonçalves, J.A. (2015). High-Accuracy

Satellite Image Analysis and Rapid DSM Extraction for Urban

Environment Evaluations (Tripoli-Libya). World Academy of

Science, Engineering and Technology. International Journal of

Computer, Electrical, Automation, Control and Information

Engineering 9(3), 661-666.

5. Afonso, C., Costa, S., Cardoso, C., Oliveira, R., Lourenço, H.M.,

Viula, A., Batista, I., Coelho, I. and Nunes, M.L. (2015). Benefits and

risks associated with consumption of raw, cooked, and canned

tuna (Thunnus spp.) based on the bioaccessibility of selenium and

methylmercury. Environmental Research 143, 130-137.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.04.019)

6. Alex, A. and Antunes, A. (2015). Pyrosequencing characterization

of the microbiota from Atlantic intertidal marine sponges reveals

high microbial diversity and the lack of co-occurrence patterns.

PLoS ONE 10(5), e0127455.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0127455)

7. Alex, A. and Antunes, A. (2015). Whole genome sequencing of the

symbiont pseudovibrio sp. from the intertidal marine sponge

polymastia penicillus revealed a gene repertoire for host-switching

Page 52: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

permissive lifestyle. Genome Biology and Evolution 7(11), 3022-

3032. (http://dx.doi.org/10.1093/gbe/evv199)

8. Almécija, C., Sharma, M., Cobelo-García, A., Santos-Echeandía, J.

and Caetano, M. (2015). Osmium and platinum decoupling in the

environment: Evidences in intertidal sediments (Tagus Estuary, SW

Europe). Environmental Science and Technology 49(11), 6545-

6553. (http://dx.doi.org/10.1021/acs.est.5b00591)

9. Almeida, D., Maldonado, E., Vasconcelos, V. and Antunes, A.

(2015). Adaptation of the mitochondrial genome in cephalopods:

Enhancing proton translocation channels and the subunit

interactions. PLoS ONE 10(8), e0135405.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0135405)

10. Almeida, J.R. and Vasconcelos, V. (2015). Natural antifouling

compounds: Effectiveness in preventing invertebrate settlement

and adhesion. Biotechnology Advances 33(3-4), 343-357.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2015.01.013)

11. Almeida, J.R., Freitas, M., Cruz, S., Leão, P.N., Vasconcelos, V. and

Cunha, I. (2015). Acetylcholinesterase in biofouling species:

Characterization and mode of action of cyanobacteria-derived

antifouling agents. Toxins 7(8), 2739-2756.

(http://dx.doi.org/10.3390/toxins7082739)

12. Álvarez-Muñoz, D., Rodríguez-Mozaz, S., Maulvault, A.L., Tediosi,

A., Fernández-Tejedor, M., Van den Heuvel, F., Kotterman, M.,

Marques, A. and Barceló, D. (2015). Occurrence of

pharmaceuticals and endocrine disrupting compounds in

macroalgaes, bivalves, and fish from coastal areas in Europe.

Environmental Research 143, 56-64.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.09.018)

13. Alves, C., Pereira, R., Prieto, L., Amorim, A. and Pereira, F. (2015).

Results of the GHEP-ISFG collaborative exercise for the taxonomic

identification of forensic samples using the SPInDel method.

Forensic Science International: Genetics Supplement Series 5,

e184-e185. (http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigss.2015.09.074)

14. Alves, E., Grund, J., Afonso, C., Netto, A., Carvalho, F. & Dinis-

Oliveira, R. Alves, E., Ferreira, A., Afonso, C., Cravo, S., Netto, A.,

Carvalho, F., and Dinis-Oliveira, R. (2015). Validation of a modified

QuEChERS extraction/GC–MS methodology for quantification of

drugs of abuse in human samples. Toxicology Letters, S376-S376.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.toxlet.2015.08.1073)

15. Alves, E.A., Grund, J.P.C., Afonso, C.M., Netto, A.D.P., Carvalho, F.

and Dinis-Oliveira, R.J. (2015). The harmful chemistry behind

krokodil (desomorphine) synthesis and mechanisms of toxicity.

Forensic Science International 249, 207-213.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2015.02.001)

16. Alves, E.A., Soares, J.X., Afonso, C.M., Grund, J.P.C., Agonia, A.S.,

Cravo, S.M., Netto, A.D.P., Carvalho, F. and Dinis-Oliveira, R.J.

Page 53: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

(2015). The harmful chemistry behind "krokodil": Street-like

synthesis and product analysis. Forensic Science International 257,

76-82. (http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2015.07.042)

17. Alves, R., Preto, M., Vasconcelos, V., Oliveira, R.S. and Martins, R.

(2015). Cytotoxicity induced by extracts of pisolithus tinctorius

spores on human cancer and normal cell lines-evaluation of the

anticancer potential. Journal of Toxicology and Environmental

Health - Part A: Current Issues 78(13), 840-847.

(http://dx.doi.org/10.1080/15287394.2015.1051176)

18. Amaral, C.R.L., Maciel, V.A., Pereira, F., Mazzoni, R., Silva, D.A.,

Amorim, A. and Carvalho, E.F. (2015). Genetic diversity of

freshwater fishes from the South American Atlantic Rainforest:

The case study of the genus Phalloceros. Forensic Science

International: Genetics Supplement Series 5, e608-e610.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigss.2015.09.240)

19. Amaral, C.R.L., Pereira, F., Loiola, S., Silva, D.A., Amorim, A. and

Carvalho, E.F. (2015). The shark panel: An InDel multiplex for shark

species identification. Forensic Science International: Genetics

Supplement Series 5, e430-e432.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigss.2015.09.171)

20. Amaro, H.M., Fernandes, F., Valentão, P., Andrade, P.B., Sousa-

Pinto, I., Malcata, F.X. and Guedes, A.C. (2015). Effect of solvent

system on extractability of lipidic components of Scenedesmus

obliquus (M2-1) and Gloeothece sp. on antioxidant scavenging

capacity thereof. Marine Drugs 13(10), 6453-6471.

(http://dx.doi.org/10.3390/md13106453)

21. Amat, N., Umar, A., Hoxur, P., Anaydulla, M., Imam, G., Aziz, R.,

Upur, H., Kijjoa, A. and Moore, N. (2015). Traditional Uighur

Medicine Karapxa decoction, inhibits liver xanthine oxidase and

reduces serum uric acid concentrations in hyperuricemic mice and

scavenges free radicals in vitro. BMC Complementary and

Alternative Medicine 15(1), 131.

(http://dx.doi.org/10.1186/s12906-015-0644-1)

22. Amorim, E., Ramos, S., Elliott, M. and Bordalo, A.A. (2015).

Immigration and early life stages recruitment of the European

flounder (Platichthys flesus) to an estuarine nursery: The influence

of environmental factors. Journal of Sea Research 107(Part 1), 56-

66. (http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2015.07.005)

23. Amorim, M.C.P., Conti, C., Modesto, T., Gonçalves, A. and Fonseca,

P.J. (2015). Agonistic sounds signal male quality in the Lusitanian

toadfish. Physiology and Behavior 149, 192-198.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.physbeh.2015.06.002)

24. Anacleto, P., Maulvault, A.L., Nunes, M.L., Carvalho, M.L., Rosa, R.

and Marques, A. (2015). Effects of depuration on metal levels and

Page 54: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

health status of bivalve molluscs. Food Control 47, 493-501.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.foodcont.2014.07.055)

25. Andrade, T., Afonso, A., Pérez-Jiménez, A., Oliva-Teles, A., de las

Heras, V., Mancera, J.M., Serradeiro, R. and Costas, B. (2015).

Evaluation of different stocking densities in a Senegalese sole

(Solea senegalensis) farm: Implications for growth, humoral

immune parameters and oxidative status. Aquaculture 438, 6-11.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.12.034)

26. Andreotti, F., Mucha, A.P., Caetano, C., Rodrigues, P., Rocha

Gomes, C. and Almeida, C.M.R. (2015). Interactions between salt

marsh plants and Cu nanoparticles - Effects on metal uptake and

phytoremediation processes. Ecotoxicology and Environmental

Safety 120, 303-309.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.06.017)

27. Aneiros, F., Rubal, M., Troncoso, J.S. and Bañón, R. (2015).

Subtidal benthic megafauna in a productive and highly urbanised

semi-enclosed bay (Ría de Vigo, NW Iberian Peninsula).

Continental Shelf Research 110, 16-24.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.csr.2015.09.018)

28. Antunes, J.T., Leão, P.N. and Vasconcelos, V.M. (2015).

Cylindrospermopsis raciborskii: Review of the distribution,

phylogeography, and ecophysiology of a global invasive species.

Frontiers in Microbiology 6, 473.

(http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2015.00473)

29. Araújo, M., Alves, R.C., Pimentel, F.B., Costa, A.S.G., Fernandes,

T.J.R., Valente, L.M.P., Rema, P. and Oliveira, M.B.P.P. (2015). New

approach for vitamin E extraction in rainbow trout flesh:

Application in fish fed commercial and red seaweed-

supplemented diets. European Journal of Lipid Science and

Technology 117(9), 1398-1405.

(http://dx.doi.org/10.1002/ejlt.201400656)

30. Araújo, O., Pereira, P., Cesário, R., Pacheco, M. and Raimundo, J.

(2015). The sub-cellular fate of mercury in the liver of wild mullets

(Liza aurata) - Contribution to the understanding of metal-induced

cellular toxicity. Marine Pollution Bulletin 95(1), 412-418.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2015.03.036)

31. Araújo, R., Serrão, E.A., Sousa-Pinto, I., Arenas, F., Monteiro, C.A.,

Toth, G., Pavia, H. and Åberg, P. (2015). Trade-offs between life-

history traits at range-edge and central locations. Journal of

Phycology 51(4), 808-818. (http://dx.doi.org/10.1111/jpy.12321)

32. Arizmendi-Mejía, R., Ledoux, J.B., Civit, S., Antunes, A.,

Thanopoulou, Z., Garrabou, J. and Linares, C. (2015). Demographic

responses to warming: reproductive maturity and sex influence

vulnerability in an octocoral. Coral Reefs 34(4), 1207-1216.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00338-015-1332-9)

Page 55: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

33. Arizmendi-Mejía, R., Linares, C., Garrabou, J., Antunes, A.,

Ballesteros, E., Cebrian, E., Díaz, D. and Ledoux, J.B. (2015).

Combining genetic and demographic data for the conservation of

a Mediterranean marine habitat-forming species. PLoS ONE 10(3),

e0119585. (http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0119585)

34. Ayres-Sampaio, D., Deurloo, R., Bos, M., Magalhães, A. and Bastos,

L. (2015). A comparison between three IMUs for strapdown

airborne gravimetry. Surveys in Geophysics 36(4), 571-586.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10712-015-9323-5)

35. Azeredo, R., Pérez-Sánchez, J., Sitjà-Bobadilla, A., Fouz, B., Tort, L.,

Aragão, C., Oliva-Teles, A. and Costas, B. (2015). European sea bass

(Dicentrarchus labrax) immune status and disease resistance are

impaired by Arginine dietary supplementation. PLoS ONE 10(10),

e0139967. (http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0139967)

36. Azevedo, C., Rocha, S., Abdel-Baki, A.A., Al-Quraishy, S. and Casal,

G. (2015). Preliminary study of a microsporidian infecting the

teleost fish Cephalopholis hemistiktos from the Red Sea in Saudi

Arabia. Microscopy and Microanalysis 21(SupplementS6), 40-41.

(http://dx.doi.org/doi:10.1017/S1431927614013877)

37. Azevedo, C., Rocha, S., Matos, E., Oliveira, E., Matos, P., Al-

Quraishy, S. and Casal, G. (2015). Preliminary study of a Kudoa

species (Myxosporea; Multivalvulida) infecting the muscle of the

freshwater teleostean Chaetobranchopsis orbicularis (Cichlidae) in

the Amazonian fauna. Microscopy and Microanalysis 21, 59-60.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014105)

38. Azevedo, C.C., Guzmán-Guillén, R., Martins, J.C., Osório, H.,

Vasconcelos, V., da Fonseca, R.R. and Campos, A. (2015).

Proteomic profiling of gill GSTs in Mytilus galloprovincialis from

the North of Portugal and Galicia evidences variations at protein

isoform level with a possible relation with water quality. Marine

Environmental Research 110, 152-161.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.marenvres.2015.08.008)

39. Azevedo, G., Torres, M.D., Sousa-Pinto, I. and Hilliou, L. (2015).

Effect of pre-extraction alkali treatment on the chemical structure

and gelling properties of extracted hybrid carrageenan from

Chondrus crispus and Ahnfeltiopsis devoniensis. Food

Hydrocolloids 50, 150-158.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.foodhyd.2015.03.029)

40. Azevedo, O., Correia, A.M., Magalhães, A.I. and de Sousa, L.

(2015). How do common otters (Lutra lutra, Linnaeus 1758)

interact? Behavioral study on a pair of otters in captivity. Animal

Behaviour and Cognition 2, 124-131.

(http://dx.doi.org/10.12966/abc.05.02.2015)

Page 56: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

41. Baktoft, H., Zajicek, P., Klefoth, T., Svendsen, J.C., Jacobsen, L.,

Pedersen, M.W., Morla, D.M., Skov, C., Nakayama, S. and

Arlinghaus, R. (2015). Performance assessment of two whole-lake

acoustic positional telemetry systems - Is reality mining of free-

ranging aquatic animals technologically possible? PLoS ONE 10(5),

e0126534. (http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0126534)

42. Bao, M., Mota, M., Nachón, D.J., Antunes, C., Cobo, F., Garci, M.E.,

Pierce, G.J. and Pascual, S. (2015). Anisakis infection in allis shad,

Alosa alosa (Linnaeus, 1758), and twaite shad, Alosa fallax

(Lacépède, 1803), from Western Iberian Peninsula Rivers: zoonotic

and ecological implications. Parasitology Research 114(6), 2143-

2154. (http://dx.doi.org/10.1007/s00436-015-4403-5)

43. Bao, M., Roura, A., Mota, M., Nachón, D.J., Antunes, C., Cobo, F.,

MacKenzie, K. and Pascual, S. (2015). Macroparasites of allis shad

(Alosa alosa) and twaite shad (Alosa fallax) of the Western Iberian

Peninsula Rivers: ecological, phylogenetic and zoonotic insights.

Parasitology Research 114(10), 3721-3739.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00436-015-4601-1)

44. Baptista, M.S., Miller, R.J., Halewood, E.R., Hanna, S.K., Almeida,

C.M.R., Vasconcelos, V.M., Keller, A.A. and Lenihan, H.S. (2015).

Impacts of silver nanoparticles on a natural estuarine plankton

community. Environmental Science and Technology 49(21),

12968-12974. (http://dx.doi.org/10.1021/acs.est.5b03285)

45. Baptista, M.S., Vasconcelos, R.G.W., Ferreira, P.C., Almeida, C.M.R.

and Vasconcelos, V.M. (2015). Assessment of the non-protein

amino acid BMAA in Mediterranean mussel Mytilus

galloprovincialis after feeding with estuarine cyanobacteria.

Environmental Science and Pollution Research 22(16), 12501-

12510. (http://dx.doi.org/10.1007/s11356-015-4516-5)

46. Barroso, M.F., Ramalhosa, M.J., Olhero, A., Antão, M.C., Pina, M.F.,

Guimarães, L., Teixeira, J., Afonso, M.J., Delerue-Matos, C. and

Chaminé, H.I. (2015). Assessment of groundwater contamination

in an agricultural peri-urban area (NW Portugal): an integrated

approach. Environmental Earth Sciences 73(6), 2881-2894.

(http://dx.doi.org/10.1007/s12665-014-3297-3)

47. Batista, S., Ramos, M.A., Cunha, S., Barros, R., Cristóvão, B., Rema,

P., Pires, M.A., Valente, L.M.P. and Ozório, R.O.A. (2015). Immune

responses and gut morphology of Senegalese sole (Solea

senegalensis, Kaup 1858) fed monospecies and multispecies

probiotics. Aquaculture Nutrition 21(5), 625-634.

(http://dx.doi.org/10.1111/anu.12191)

48. Batista-Pinto, C., Lobo-Da-Cunha, A., Malhão, F., Resende, A.D.,

Rocha, M.J. and Rocha, E. (2015). Kinetics of the metabolic and

morphological alterations in Brown Trout hepatic peroxisomes

under estradiol influence. Microscopy and Microanalysis 21, 61-

62. (http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014117)

Page 57: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

49. Beça, N., Bessa, L.J., Mendes, Â., Santos, J., Leite-Martins, L.,

Matos, A.J.F. and da Costa, P.M. (2015). Coagulase-positive

Staphylococcus: Prevalence and antimicrobial resistance. Journal

of the American Animal Hospital Association 51(6), 365-371.

(http://dx.doi.org/10.5326/JAAHA-MS-6255)

50. Becker, D., Nielsen, J.E., Ayres-Sampaio, D., Forsberg, R., Becker,

M. and Bastos, L. (2015). Drift reduction in strapdown airborne

gravimetry using a simple thermal correction. Journal of Geodesy

89(11), 1133-1144. (http://dx.doi.org/10.1007/s00190-015-0839-

8)

51. Bertocci, I., Araújo, R., Oliveira, P. and Sousa-Pinto, I. (2015).

Potential effects of kelp species on local fisheries. Journal of

Applied Ecology 52(5), 1216-1226.

(http://dx.doi.org/10.1111/1365-2664.12483)

52. Bertocci, I., Domínguez Godino, J., Freitas, C., Incera, M., Araújo,

R., Bio, A., Arenas, F., Sousa-Pinto, I., Reis, P.A. and Domínguez, R.

(2015). The regime of climate-related disturbance and nutrient

enrichment modulate macroalgal invasions in rockpools.

Biological Invasions 17(1), 133-147.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10530-014-0711-4)

53. Bessa, L.J., Mendes, Â., Gomes, R., Curvelo, S., Cravo, S., Sousa, E.,

Vasconcelos, V. and Martins da Costa, P. (2015). Microbial

interaction between a CTXM-15-producing Escherichia coli and a

susceptible Pseudomonas aeruginosa isolated from

bronchoalveolar lavage: influence of cefotaxime in the dual-

species biofilm formation. Environmental Microbiology Reports

7(3), 420-426. (http://dx.doi.org/10.1111/1758-2229.12266)

54. Bessa, L.J., Palmeira, A., Gomes, A.S., Vasconcelos, V., Sousa, E.,

Pinto, M. and Da Costa, P.M. (2015). Synergistic effects between

thioxanthones and oxacillin against methicillin-resistant

staphylococcus aureus. Microbial Drug Resistance 21(4), 404-415.

(http://dx.doi.org/10.1089/mdr.2014.0162)

55. Bessa, M.J., Costa Rego, M., Rocha, E., Pessanha, J., Leal, C.,

Guimarães, J.M., Carlos Oliveira, J. and Sousa, M. (2015). Semen

parameters and their influence on pregnancy after assisted

reproduction: Report of the Hospital Centre of Porto. Revista

Internacional de Andrologia 13(1), 27-36.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.androl.2014.05.001)

56. Bondoso, J., Albuquerque, L., Nobre, M.F., Lobo-da-Cunha, A., da

Costa, M.S. and Lage, O.M. (2015). Roseimaritima ulvae gen. nov.,

sp. nov. and Rubripirellula obstinata gen. nov., sp. nov. two novel

planctomycetes isolated from the epiphytic community of

macroalgae. Systematic and Applied Microbiology 38(1), 8-15.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2014.10.004)

Page 58: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

57. Borges, C.D.G., Doncaster, C.P., Maclean, M.A. and Hawkins, S.J.

(2015). Broad-scale patterns of sex ratios in Patella spp.: A

comparison of range edge and central range populations in the

British Isles and Portugal. Journal of the Marine Biological

Association of the United Kingdom 95(6), 1141-1153.

(http://dx.doi.org/10.1017/S0025315415000417)

58. Borges, C.D.G., Hawkins, S.J., Doncaster, C.P. and Crowe, T.P.

(2015). Effects of simulated human exploitation of a key grazer,

Patella vulgata, on rocky shore assemblages. Marine Ecology

Progress Series 533, 149-161.

(http://dx.doi.org/10.3354/meps11356)

59. Borges, R., Khan, I., Johnson, W.E., Gilbert, M.T.P., Zhang, G.,

Jarvis, E.D., O'Brien, S.J. and Antunes, A. (2015). Gene loss,

adaptive evolution and the co-evolution of plumage coloration

genes with opsins in birds. BMC Genomics 16(1), 751.

(http://dx.doi.org/10.1186/s12864-015-1924-3)

60. Botelho, M.J., Soares, F., Matias, D. and Vale, C. (2015). Nutrients

and clam contamination by Escherichia coli in a meso-tidal coastal

lagoon: Seasonal variation in counter cycle to external sources.

Marine Pollution Bulletin 96(1-2), 188-196.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2015.05.030)

61. Botelho, M.J., Vale, C. and Ferreira, J.G. (2015). Profiles of paralytic

shellfish toxins in bivalves of low and elevated toxicities following

exposure to Gymnodinium catenatum blooms in Portuguese

estuarine and coastal waters. Chemosphere 138, 1028-1036.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.chemosphere.2014.12.072)

62. Brito, Â., Gaifem, J., Ramos, V., Glukhov, E., Dorrestein, P.C.,

Gerwick, W.H., Vasconcelos, V.M., Mendes, M.V. and Tamagnini,

P. (2015). Bioprospecting Portuguese Atlantic coast cyanobacteria

for bioactive secondary metabolites reveals untapped

chemodiversity. Algal Research 9, 218-226.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.algal.2015.03.016)

63. Cabral, H., Marques, J.C., Guilhermino, L., de Jonge, V. and Elliott,

M. (2015). Coastal systems under change: Tuning assessment and

management tools. Estuarine, Coastal and Shelf Science 167, 1-3.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2015.11.022)

64. Campos, I., Vale, C., Abrantes, N., Keizer, J.J. and Pereira, P. (2015).

Effects of wildfire on mercury mobilisation in eucalypt and pine

forests. Catena 131, 149-159.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.catena.2015.02.024)

65. Cano-Sancho, G., Perelló, G., Maulvault, A.L., Marques, A., Nadal,

M. and Domingo, J.L. (2015). Oral bioaccessibility of arsenic,

mercury and methylmercury in marine species commercialized in

Catalonia (Spain) and health risks for the consumers. Food and

Chemical Toxicology 86, 34-40.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.fct.2015.09.012)

Page 59: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

66. Cardoso, C. and Mendes, R. (2015). Restructured gel products

from farmed Meagre (Argyrosomus regius) muscle: Effect of low

salt levels, Psyllium Fiber, and Chilled Storage. Journal of Aquatic

Food Product Technology 24(5), 490-501.

(http://dx.doi.org/10.1080/10498850.2013.790866)

67. Cardoso, C., Afonso, C., Lourenço, H., Costa, S. and Nunes, M.L.

(2015). Bioaccessibility assessment methodologies and their

consequences for the risk-benefit evaluation of food. Trends in

Food Science and Technology 41(1), 5-23.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.tifs.2014.08.008)

68. Cardoso, C., Afonso, C., Lourenço, H.M. and Nunes, M.L. (2015).

Assessing risks and benefits of consuming fish muscle and liver:

Novel statistical tools. Journal of Food Composition and Analysis

38, 112-120. (http://dx.doi.org/10.1016/j.jfca.2014.10.005)

69. Cardoso, C., Lourenço, H., Costa, S., Gonçalves, S. and Nunes, M.L.

(2015). Survey into the seafood consumption preferences and

patterns in the Portuguese population: Education, age, and health

variability. Journal of Food Products Marketing.

(http://dx.doi.org/10.1080/10454446.2014.949982)

70. Cardoso, C., Ribeiro, B. and Mendes, R. (2015). Effect of microbial

transglutaminase, dietary fiber, and low-salt levels upon heat-

induced meagre (Argyrosomus regius) gels. Journal of Aquatic

Food Product Technology 24(2), 163-178.

(http://dx.doi.org/10.1080/10498850.2013.765529)

71. Cardoso, J.F.M.F., Freitas, V., Quilez, I., Jouta, J., Witte, J.I. and Van

Der Veer, H.W. (2015). The European sea bass Dicentrarchus

labrax in the Dutch Wadden Sea: From visitor to resident species.

Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom

95(4), 839-850. (http://dx.doi.org/10.1017/S0025315414001714)

72. Carneiro, M., Gutiérrez-Praena, D., Osório, H., Vasconcelos, V.,

Carvalho, A.P. and Campos, A. (2015). Proteomic analysis of

anatoxin-a acute toxicity in zebrafish reveals gender specific

responses and additional mechanisms of cell stress. Ecotoxicology

and Environmental Safety 120, 93-101.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.05.031)

73. Carneiro, M., Reis, B., Azevedo, J., Campos, A., Osório, H.,

Vasconcelos, V. and Martins, J.C. (2015). Glutathione transferases

responses induced by microcystin-LR in the gills and

hepatopancreas of the clam Venerupis philippinarum. Toxins 7(6),

2096-2120. (http://dx.doi.org/10.3390/toxins7062096)

74. Carr, M., Watkinson, D.A., Svendsen, J.C., Enders, E.C., Long, J.M.

and Lindenschmidt, K.E. (2015). Geospatial modeling of the Birch

River: Distribution of Carmine Shiner (Notropis percobromus) in

Geomorphic Response Units (GRU). International Review of

Page 60: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Hydrobiology 100(5-6), 129-140.

(http://dx.doi.org/10.1002/iroh.201501789)

75. Carvalho, M.G., Moreira, C., Queiroga, H., Santos, P.T. and Correia,

A.T. (2015). Ontogenetic development of the sagittal otoliths of

Lipophrys pholis (Blenniidae) during the embryonic, larval and

settlement stages. Ichthyological Research 62(3), 351-356.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10228-014-0434-7)

76. Casal, G., Abdel-Baki, A.A.S., Rocha, S., Al-Quraishy, S. and

Azevedo, C. (2015). A Microsporidian Found in the Teleost Fish

Epinephelus polyphekadion from the Arabian Red Sea Coast:

Ultrastructural and Phylogenetic Characterization. Microscopy

and Microanalysis 21, 65-66.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014130)

77. Casal, G., Rocha, S., Costa, G., Al-Quraishy, S. and Azevedo, C.

(2015). Ultrastructural and molecular characterization of a

microsporidian infecting Serranus atricauda (Teleostei,

Serranidae) in the Madeira Archipelago. Microscopy and

Microanalysis 21(SupplementS6), 44-45.

(http://dx.doi.org/doi:10.1017/S1431927614013890)

78. Castro, C., Corraze, G., Panserat, S. and Oliva-Teles, A. (2015).

Effects of fish oil replacement by a vegetable oil blend on

digestibility, postprandial serum metabolite profile, lipid and

glucose metabolism of European sea bass (Dicentrarchus labrax)

juveniles. Aquaculture Nutrition 21(5), 592-603.

(http://dx.doi.org/10.1111/anu.12184)

79. Castro, C., Corraze, G., Pérez-Jiménez, A., Larroquet, L., Cluzeaud,

M., Panserat, S. and Oliva-Teles, A. (2015). Dietary carbohydrate

and lipid source affect cholesterol metabolism of European sea

bass (Dicentrarchus labrax) juveniles. British Journal of Nutrition

114(8), 1143-1156.

(http://dx.doi.org/10.1017/S0007114515002731)

80. Castro, C., Peréz-Jiménez, A., Coutinho, F., Díaz-Rosales, P., Serra,

C.A.D.R., Panserat, S., Corraze, G., Peres, H. and Oliva-Teles, A.

(2015). Dietary carbohydrate and lipid sources affect differently

the oxidative status of European sea bass (Dicentrarchus labrax)

juveniles. British Journal of Nutrition 114(10), 1584-1593.

(http://dx.doi.org/10.1017/S0007114515003360)

81. Cavaleiro, C., Salgueiro, L., Gonçalves, M.J., Hrimpeng, K., Pinto, J.

and Pinto, E. (2015). Antifungal activity of the essential oil of

Angelica major against Candida, Cryptococcus, Aspergillus and

dermatophyte species. Journal of Natural Medicines 69(2), 241-

248. (http://dx.doi.org/10.1007/s11418-014-0884-2)

82. Chaguri, M.P., Maulvault, A.L., Nunes, M.L., Santiago, D.A.,

Denadai, J.C., Fogaça, F.H., Sant'Ana, L.S., Ducatti, C., Bandarra, N.,

Carvalho, M.L. and Marques, A. (2015). Different tools to trace

geographic origin and seasonality of croaker (Micropogonias

Page 61: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

furnieri). LWT - Food Science and Technology 61(1), 194-200.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.lwt.2014.11.006)

83. Churro, C., Valério, E., Pereira, P. and Vasconcelos, V. (2015).

Applicability of the real-time PCR assay in the amplification of

cyanobacterial DNA from preserved samples. Limnetica 34(1),

173-186.

84. Coelho, F.J.R.C., Cleary, D.F.R., Rocha, R.J.M., Calado, R.,

Castanheira, J.M., Rocha, S.M., Silva, A.M.S., Simões, M.M.Q.,

Oliveira, V., Lillebø, A.I., Almeida, A., Cunha, A., Lopes, I., Ribeiro,

R., Moreira-Santos, M., Marques, C.R., Costa, R., Pereira, R. and

Gomes, N.C.M. (2015). Unraveling the interactive effects of

climate change and oil contamination on laboratory-simulated

estuarine benthic communities. Global Change Biology 21(5),

1871-1886. (http://dx.doi.org/10.1111/gcb.12801)

85. Coimbra, A.M., Peixoto, M.J., Coelho, I., Lacerda, R., Carvalho, A.P.,

Gesto, M., Lyssimachou, A., Lima, D., Soares, J., André, A., Capitão,

A., Castro, L.F.C. and Santos, M.M. (2015). Chronic effects of

clofibric acid in zebrafish (Danio rerio): A multigenerational study.

Aquatic Toxicology 160, 76-86.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.01.013)

86. Conde-Sieira, M., Bonacic, K., Velasco, C., Valente, L.M.P., Morais,

S. and Soengas, J.L. (2015). Hypothalamic fatty acid sensing in

Senegalese sole (Solea senegalensis): Response to long-chain

saturated, monounsaturated, and polyunsaturated (n-3) fatty

acids. American Journal of Physiology - Regulatory Integrative and

Comparative Physiology 309(12), R1521-R1531.

(http://dx.doi.org/10.1152/ajpregu.00386.2015)

87. Conde-Sieira, M., Soengas, J.L. and Valente, L.M.P. (2015).

Potential capacity of Senegalese sole (Solea senegalensis) to use

carbohydrates: Metabolic responses to hypo- and hyper-

glycaemia. Aquaculture 438, 59-67.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.12.042)

88. Correia, A.M., Tepsich, P., Rosso, M., Caldeira, R. and Sousa-Pinto,

I. (2015). Cetacean occurrence and spatial distribution: Habitat

modelling for offshore waters in the Portuguese EEZ (NE Atlantic).

Journal of Marine Systems 143, 73-85.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jmarsys.2014.10.016)

89. Costa, M.S., Costa, M., Ramos, V., Leão, P.N., Barreiro, A.,

Vasconcelos, V. and Martins, R. (2015). Picocyanobacteria from a

clade of marine cyanobium revealed bioactive potential against

microalgae, bacteria, and marine invertebrates. Journal of

Toxicology and Environmental Health - Part A: Current Issues

78(7), 432-442.

(http://dx.doi.org/10.1080/15287394.2014.991466)

Page 62: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

90. Costa, S. and Guilhermino, L. (2015). Influence of long-term

exposure to background pollution on the response and recovery

of the invasive species corbicula fluminea to ammonia sub-lethal

stress: A multi-marker approach with field estuarine populations.

Water, Air, and Soil Pollution 226(4): 95.

(http://dx.doi.org/10.1007/s11270-015-2368-8)

91. Costa, S., Afonso, C., Cardoso, C., Batista, I., Chaveiro, N., Nunes,

M.L. and Bandarra, N.M. (2015). Fatty acids, mercury, and

methylmercury bioaccessibility in salmon (Salmo salar) using an in

vitro model: Effect of culinary treatment. Food Chemistry 185,

268-276. (http://dx.doi.org/10.1016/j.foodchem.2015.03.141)

92. Costello, M.J., Archambault, P., Chavanich, S., Miloslavich, P.,

Paterson, D.M., Phang, S.M., Sousa Pinto, I., Pierrot-Bults, A., Song,

S., Soto, E.H., Stenseth, N.C., Molodtsova, T.N. and Thorndyke, M.

(2015). Organizing, supporting and linking the world marine

biodiversity research community. Journal of the Marine Biological

Association of the United Kingdom 95(3), 431-433.

(http://dx.doi.org/10.1017/S0025315414001969)

93. Couto, A., Kortner, T.M., Penn, M., Bakke, A.M., Krogdahl, Å. and

Oliva-Teles, A. (2015). Dietary saponins and phytosterols do not

affect growth, intestinal morphology and immune response of on-

growing European sea bass (Dicentrarchus labrax). Aquaculture

Nutrition 21(6), 970-982. (http://dx.doi.org/10.1111/anu.12220)

94. Couto, A., Kortner, T.M., Penn, M., Østby, G., Bakke, A.M.,

Krogdahl, A. and Oliva-Teles, A. (2015). Saponins and phytosterols

in diets for European sea bass (Dicentrarchus labrax) juveniles:

Effects on growth, intestinal morphology and physiology.

Aquaculture Nutrition 21(2), 180-193.

(http://dx.doi.org/10.1111/anu.12146)

95. Crespo, D., Dolbeth, M., Leston, S., Sousa, R. and Pardal, M.Â.

(2015). Distribution of Corbicula fluminea (Müller, 1774) in the

invaded range: a geographic approach with notes on species traits

variability. Biological Invasions 17(7), 2087-2101.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10530-015-0862-y)

96. Cruzeiro, C., Pardal, M.Â., Rocha, E. and Rocha, M.J. (2015).

Occurrence and seasonal loads of pesticides in surface water and

suspended particulate matter from a wetland of worldwide

interest - the Ria Formosa Lagoon, Portugal. Environmental

Monitoring and Assessment 187(11), 669.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10661-015-4824-8)

97. Cruzeiro, C., Rocha, E., Pardal, M.Â. and Rocha, M.J. (2015).

Uncovering seasonal patterns of 56 pesticides in surface coastal

waters of the Ria Formosa lagoon (Portugal), using a GC-MS

method. International Journal of Environmental Analytical

Chemistry 95(14), 1370-1384.

(http://dx.doi.org/10.1080/03067319.2015.1100724)

Page 63: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

98. Cunha, I., Galante-Oliveira, S., Rocha, E., Urbatzka, R. and Castro,

L.F.C. (2015). Expression of intercellular lipid transport and

cholesterol metabolism genes in eggs and early larvae stages of

turbot, Scophthalmus maximus, a marine aquaculture species.

Marine Biology 162(8), 1673-1683.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00227-015-2706-9)

99. Cunha, I., Moreira, S. and Santos, M.M. (2015). Review on

hazardous and noxious substances (HNS) involved in marine spill

incidents-An online database. Journal of Hazardous Materials 285,

509-516. (http://dx.doi.org/10.1016/j.jhazmat.2014.11.005)

100. Cunha, S.C., Fernandes, J.O., Vallecillos, L., Cano-Sancho, G.,

Domingo, J.L., Pocurull, E., Borrull, F., Maulvault, A.L., Ferrari, F.,

Fernandez-Tejedor, M., Van den Heuvel, F. and Kotterman, M.

(2015). Co-occurrence of musk fragrances and UV-filters in

seafood and macroalgae collected in European hotspots.

Environmental Research 143, 65-71.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.05.003)

101. Cusson, M., Crowe, T.P., Araújo, R., Arenas, F., Aspden, R.,

Bulleri, F., Davoult, D., Dyson, K., Fraschetti, S., Herkül, K., Hubas,

C., Jenkins, S., Kotta, J., Kraufvelin, P., Migné, A., Molis, M.,

Mulholland, O., Noël, L.M.L.J., Paterson, D.M., Saunders, J.,

Somerfield, P.J., Sousa-Pinto, I., Spilmont, N., Terlizzi, A. and

Benedetti-Cecchi, L. (2015). Relationships between biodiversity

and the stability of marine ecosystems: Comparisons at a

European scale using meta-analysis. Journal of Sea Research 98, 5-

14. (http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.08.004)

102. da Silva, J.C.B., Buijsman, M.C. and Magalhaes, J.M. (2015).

Internal waves on the upstream side of a large sill of the

Mascarene Ridge: A comprehensive view of their generation

mechanisms and evolution. Deep-Sea Research Part I:

Oceanographic Research Papers 99, 87-104.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.dsr.2015.01.002)

103. das Neves, L., Moreira, A., Taveira-Pinto, F., Lopes, M.L. and

Veloso-Gomes, F. (2015). Performance of submerged nearshore

sand-filled geosystems for coastal protection. Coastal Engineering

95, 147-159.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.coastaleng.2014.10.005)

104. Davarpanah, E. and Guilhermino, L. (2015). Single and combined

effects of microplastics and copper on the population growth of

the marine microalgae Tetraselmis chuii. Estuarine, Coastal and

Shelf Science 167, 269-275.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2015.07.023)

105. de los Santos, C.B., Neuparth, T., Torres, T., Martins, I., Cunha,

I., Sheahan, D., McGowan, T. and Santos, M.M. (2015). Ecological

Page 64: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

modelling and toxicity data coupled to assess population recovery

of marine amphipod Gammarus locusta: Application to

disturbance by chronic exposure to aniline. Aquatic Toxicology

163, 60-70. (http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.03.019)

106. de Sá, L.C., Luís, L.G. and Guilhermino, L. (2015). Effects of

microplastics on juveniles of the common goby (Pomatoschistus

microps): confusion with prey, reduction of the predatory

performance and efficiency, and possible influence of

developmental conditions. Environmental pollution (Barking,

Essex : 1987) 196, 359-362.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envpol.2014.10.026)

107. de Sousa, J.T., Milan, M., Pauletto, M., Bargelloni, L., Joaquim,

S., Matias, D., Matias, A.M., Quillien, V., Leitão, A. and Huvet, A.

(2015). A microarray-based analysis of oocyte quality in the

European clam Ruditapes decussatus. Aquaculture 446, 17-24.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2015.04.018)

108. Dethoup, T., Kumla, D. and Kijjoa, A. (2015). Mycocidal activity

of crude extracts of marine-derived beneficial fungi against plant

pathogenic fungi. Journal of Biopesticides 8(2), 107-115.

109. Dias, E., Oliveira, M., Jones-Dias, D., Vasconcelos, V., Ferreira, E.,

Manageiro, V. and Caniça, M. (2015). Assessing the antibiotic

susceptibility of freshwater cyanobacteria spp. Frontiers in

Microbiology 6, 799.

(http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2015.00799)

110. Diaz-Garcia, C.M., Antunes, A., Agüero-Chapín, G. and

Vasconcelos, V. (2015). Biological toxins and medicinal chemistry:

Research and therapeutic tools. Current Topics in Medicinal

Chemistry 15(7), 580.

(http://dx.doi.org/10.2174/1568026615666150217110223)

111. Dobrynin, P., Liu, S., Tamazian, G., Xiong, Z., Yurchenko, A.A.,

Krasheninnikova, K., Kliver, S., Schmidt-Küntzel, A., Koepfli, K.P.,

Johnson, W., Kuderna, L.F.K., García-Pérez, R., Manuel, M.,

Godinez, R., Komissarov, A., Makunin, A., Brukhin, V., Qiu, W.,

Zhou, L., Li, F., Yi, J., Driscoll, C., Antunes, A., Oleksyk, T.K., Eizirik,

E., Perelman, P., Roelke, M., Wildt, D., Diekhans, M., Marques-

Bonet, T., Marker, L., Bhak, J., Wang, J., Zhang, G. and O'Brien, S.J.

(2015). Genomic legacy of the African cheetah, Acinonyx jubatus.

Genome Biology 16(1), 277. (http://dx.doi.org/10.1186/s13059-

015-0837-4)

112. Domingues, B., Abreu, M.H. and Sousa-Pinto, I. (2015). On the

bioremediation efficiency of Mastocarpus stellatus (Stackhouse)

Guiry, in an integrated multi-trophic aquaculture system. Journal

of Applied Phycology 27(3), 1289-1295.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10811-014-0414-3)

113. Domínguez, R., Domínguez Godino, J., Freitas, C., Machado, I.

and Bertocci, I. (2015). Habitat traits and patterns of abundance of

Page 65: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

the purple sea urchin, Paracentrotus lividus (Lamarck, 1816), at

multiple scales along the north Portuguese coast. Estuarine,

Coastal and Shelf Science 155, 47-55.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2014.12.048)

114. Duarte, L., Teodoro, A.C., Gonçalves, J.A., Guerner Dias, A.J. and

Espinha Marques, J. (2015). A dynamic map application for the

assessment of groundwater vulnerability to pollution.

Environmental Earth Sciences 74(3), 2315-2327.

(http://dx.doi.org/10.1007/s12665-015-4222-0)

115. Eiras, J.C., Pavanelli, G.C., Yamaguchi, M.U., Takemoto, R.M. and

Karling, L.C. (2015). Probable recognition of human anisakiasis in

Brazil. Revista do Instituto de Medicina Tropical de Sao Paulo

57(4), 358. (http://dx.doi.org/10.1590/S0036-

46652015000400015)

116. Enes, P., García-Meilán, I., Guerreiro, I., Couto, A., Pousão-

Ferreira, P., Gallardo, M.A. and Oliva-Teles, A. (2015). Utilization

of dietary starch by juvenile white sea bream Diplodus sargus at

different feeding frequencies. Aquaculture Nutrition 21(6), 926-

934. (http://dx.doi.org/10.1111/anu.12227)

117. Esquete, P., Rubal, M., Veiga, P. and Troncoso, J. (2015). A new

species of heterochelous tanaidacean Tanaissus (Paratanaoidea:

Tanaissuidae) from the north-west Iberian Peninsula. Zootaxa

3995(1), 189-202.

(http://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.3995.1.17)

118. Faria, J., Rivas, M., Martins, G.M., Hawkins, S.J., Ribeiro, P., Pita,

A., Neto, A.I. and Presa, P. (2015). A new multiplexed

microsatellite tool for metapopulation studies in the

overexploited endemic limpet Patella aspera (Röding, 1798).

Animal Genetics 46(1), 96-97.

(http://dx.doi.org/10.1111/age.12243)

119. Fathalli, A., Romdhane, M.S., Vasconcelos, V. and Jenhani, A.B.R.

(2015). Biodiversity of cyanobacteria in Tunisian freshwater

reservoirs: Occurrence and potent toxicity - A review. Journal of

Water Supply: Research and Technology - AQUA 64(6), 755-772.

(http://dx.doi.org/10.2166/aqua.2015.119)

120. Ferlizza, E., Campos, A., Neagu, A., Cuoghi, A., Bellei, E., Monari,

E., Dondi, F., Almeida, A.M. and Isani, G. (2015). The effect of

chronic kidney disease on the urine proteome in the domestic cat

(Felis catus). Veterinary Journal 204(1), 73-81.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.tvjl.2015.01.023)

121. Fernandes, C., Tiritan, M.E. and Pinto, M.M.M. (2015). Chiral

derivatives of xanthones: applications in Medicinal Chemistry and

a new approach in Liquid Chromatography. Scientia

Page 66: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Chromatographica 7(3), 223-236.

(http://dx.doi.org/10.4322/sc.2016.005)

122. Fernandes, J.P., Almeida, C.M.R., Basto, M.C.P. and Mucha, A.P.

(2015). Response of a salt marsh microbial community to

antibiotic contamination. Science of the Total Environment 532,

301-308. (http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2015.06.029)

123. Fernandes, J.P., Almeida, C.M.R., Pereira, A.C., Ribeiro, I.L., Reis,

I., Carvalho, P., Basto, M.C.P. and Mucha, A.P. (2015). Microbial

community dynamics associated with veterinary antibiotics

removal in constructed wetlands microcosms. Bioresource

Technology 182, 26-33.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2015.01.096)

124. Fernández, A., Arenas, F., Trilla, A., Rodríguez, S., Rueda, L. and

Martínez, B. (2015). Additive effects of emersion stressors on the

ecophysiological performance of two intertidal seaweeds. Marine

Ecology Progress Series 536, 135-147.

(http://dx.doi.org/10.3354/meps11401)

125. Ferreira, M.A., Calado, H., Pereira da Silva, C., Abreu, A.D.,

Andrade, F., Fonseca, C., Gonçalves, E.J., Guerreiro, J., Noronha, F.,

Pereira, M., Pinto Lopes, C., Ribeiro, M.C., Stratoudakis, Y. and

Vasconcelos, L. (2015). Contributions towards maritime spatial

planning (MSP) in Portugal - Conference report. Marine Policy 59,

61-63. (http://dx.doi.org/10.1016/j.marpol.2015.04.017)

126. Figueiral, M.H., Fonseca, P., Lopes, M.M., Pinto, E., Pereira-Leite,

T. and Sampaio-Maia, B. (2015). Effect of denture-related

stomatitis fluconazole treatment on oral Candida albicans

susceptibility profile and genotypic variability. Open Dentistry

Journal 9(1), 46-51

127. Franco, J.N., Wernberg, T., Bertocci, I., Duarte, P., Jacinto, D.,

Vasco-Rodrigues, N. and Tuya, F. (2015). Herbivory drives kelp

recruits into 'hiding' in a warm ocean climate. Marine Ecology

Progress Series 536, 1-9. (http://dx.doi.org/10.3354/meps11445)

128. Freitas, M., Azevedo, J., Pinto, E., Neves, J., Campos, A. and

Vasconcelos, V. (2015). Effects of microcystin-LR,

cylindrospermopsin and a microcystin-LR/cylindrospermopsin

mixture on growth, oxidative stress and mineral content in lettuce

plants (Lactuca sativa L.). Ecotoxicology and Environmental Safety

116, 59-67. (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.02.002)

129. Freitas, M., Campos, A., Azevedo, J., Barreiro, A., Planchon, S.,

Renaut, J. and Vasconcelos, V. (2015). Lettuce (Lactuca sativa L.)

leaf-proteome profiles after exposure to cylindrospermopsin and

a microcystin-LR/cylindrospermopsin mixture: A concentration-

dependent response. Phytochemistry 110, 91-103.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.phytochem.2014.12.004)

130. Froufe, E., Varandas, S., Teixeira, A., Sousa, R., Filipová, L.,

Petrusek, A., Edsman, L. and Lopes-Lima, M. (2015). First results

Page 67: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

on the genetic diversity of the invasive signal crayfish Pacifastacus

leniusculus (Dana, 1852) in Europe using novel microsatellite loci.

Journal of Applied Genetics 56(3), 375-380.

(http://dx.doi.org/10.1007/s13353-015-0272-y)

131. Galante-Oliveira, S., Marçal, R., Espadilha, F., Sá, M., Abell, R.,

Machado, J. and Barroso, C.M. (2015). Detection of periodic Sr Ca-

1 cycles along gastropod statoliths allows the accurate estimation

of age. Marine Biology 162(7), 1473-1483.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00227-015-2684-y)

132. Gales, L., Amorim, R., Afonso, C.M.M., Carvalho, F. and Dinis-

Oliveira, R.J. (2015). Decreasing the toxicity of paraquat through

the complexation with sodium salicylate: Stoichiometric analysis.

Toxicology 336, 96-98.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.tox.2015.08.005)

133. Galpert, D., Del Río, S., Herrera, F., Ancede-Gallardo, E.,

Antunes, A. and Agüero-Chapin, G. (2015). An effective big data

supervised imbalanced classification approach for ortholog

detection in related yeast species. BioMed Research International

2015, 748681. (http://dx.doi.org/10.1155/2015/748681)

134. Garcia-Santos, S., Monteiro, S., Malakpour-Kolbadinezhad, S.,

Fontaínhas-Fernandes, A. and Wilson, J. (2015). Effects of Cd

injection on osmoregulation and stress indicators in freshwater

Nile tilapia. Comparative Biochemistry and Physiology Part - C:

Toxicology and Pharmacology 167, 81-89.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.cbpc.2014.09.002)

135. Gaubert, P. and Antunes, A. (2015). What's behind these scales?

Comments to "The complete mitochondrial genome of

Temminck's ground pangolin (Smutsia temminckii; Smuts, 1832)

and phylogenetic position of the Pholidota (Weber, 1904)". Gene

563(1), 106-108. (http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2015.03.021)

136. Gaubert, P., Njiokou, F., Olayemi, A., Pagani, P., Dufour, S.,

Danquah, E., Nutsuakor, M.E.K., Ngua, G., Missoup, A.D., Tedesco,

P.A., Dernat, R. and Antunes, A. (2015). Bushmeat genetics: Setting

up a reference framework for the DNA typing of African forest

bushmeat. Molecular Ecology Resources 15(3), 633-651.

(http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12334)

137. Gestoso, I., Arenas, F. and Olabarria, C. (2015). Feeding

behaviour of an intertidal snail: Does past environmental stress

affect predator choices and prey vulnerability? Journal of Sea

Research 97, 66-74.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.12.006)

138. Godinho, R.M., Cabrita, M.T., Alves, L.C. and Pinheiro, T. (2015).

Changes of the elemental distributions in marine diatoms as a

reporter of sample preparation artefacts. A nuclear microscopy

Page 68: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

application. Nuclear Instruments and Methods in Physics

Research, Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms

348, 265-268. (http://dx.doi.org/10.1016/j.nimb.2014.11.063)

139. Godinho, R.M., Pereira, P., Raimundo, J., Pacheco, M. and

Pinheiro, T. (2015). Elemental mapping inventory of the fish Liza

aurata brain: A biomarker of metal pollution vulnerability.

Metallomics 7(2), 277-282.

(http://dx.doi.org/10.1039/c4mt00281d)

140. Gomes, N.G.M., Lefranc, F., Kijjoa, A. and Kiss, R. (2015). Can

some marine-derived fungal metabolites become actual

anticancer agents? Marine Drugs 13(6), 3950-3991.

(http://dx.doi.org/10.3390/md13063950)

141. Gonçalves, J.A. and Henriques, R. (2015). UAV photogrammetry

for topographic monitoring of coastal areas. ISPRS Journal of

Photogrammetry and Remote Sensing 104, 101-111.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.isprsjprs.2015.02.009)

142. Graça, A.P., Viana, F., Bondoso, J., Correia, M.I., Gomes, L.,

Humanes, M., Reis, A., Xavier, J.R., Gaspar, H. and Lage, O.M.

(2015). The antimicrobial activity of heterotrophic bacteria

isolated from the marine sponge Erylus deficiens (Astrophorida,

Geodiidae). Frontiers in Microbiology 6, 389.

(http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2015.00389)

143. Gredilla, A., Fdez-Ortiz de Vallejuelo, S., de Diego, A., Arana, G.,

Stoichev, T., Amigo, J.M., Wasserman, J.C., Botello, A.V., Sarkar,

S.K., Schäfer, J., Moreno, C., Guardia, M.D.L. and Madariaga, J.M.

(2015). A chemical status predictor: A methodology based on

World-Wide sediment samples. Journal of Environmental

Management 161, 21-29.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jenvman.2015.06.044)

144. Gredilla, A., Stoichev, T., Fdez-Ortiz de Vallejuelo, S., Rodriguez-

Iruretagoiena, A., de Morais, P., Arana, G., de Diego, A. and

Madariaga, J.M. (2015). Spatial distribution of some trace and

major elements in sediments of the Cávado estuary (Esposende,

Portugal). Marine Pollution Bulletin 99(1-2), 305-311.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2015.07.040)

145. Grubišic, V., Sachsperger, J. and Caldeira, R.M.A. (2015).

Atmospheric wake of Madeira: First aerial observations and

numerical simulations. Journal of the Atmospheric Sciences

72(12), 4755-4776. (http://dx.doi.org/10.1175/JAS-D-14-0251.1)

146. Guerreiro, I., Couto, A., Pérez-Jiménez, A., Oliva-Teles, A. and

Enes, P. (2015). Gut morphology and hepatic oxidative status of

European sea bass (Dicentrarchus labrax) juveniles fed plant

feedstuffs or fishmeal-based diets supplemented with short-chain

fructo-oligosaccharides and xylo-oligosaccharides. British Journal

of Nutrition 114(12), 1975-1984.

(http://dx.doi.org/10.1017/S0007114515003773)

Page 69: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

147. Guerreiro, I., Enes, P. and Oliva-Teles, A. (2015). Effects of short-

chain fructooligosaccharides (scFOS) and rearing temperature on

growth performance and hepatic intermediary metabolism in

gilthead sea bream (Sparus aurata) juveniles. Fish Physiology and

Biochemistry 41(5), 1333-1344.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10695-015-0089-y)

148. Guerreiro, I., Enes, P., Merrifield, D., Davies, S. and Oliva-Teles,

A. (2015). Effects of short-chain fructooligosaccharides on growth

performance and hepatic intermediary metabolism in turbot

(Scophthalmus maximus) reared at winter and summer

temperatures. Aquaculture Nutrition 21(4), 433-443.

(http://dx.doi.org/10.1111/anu.12175

149. Guerreiro, I., Oliva-Teles, A. and Enes, P. (2015). Improved

glucose and lipid metabolism in European sea bass (Dicentrarchus

labrax) fed short-chain fructooligosaccharides and

xylooligosaccharides. Aquaculture 441, 57-63.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2015.02.015)

150. Guzmán-Guillén, R., Moreno, I., Prieto Ortega, A.I., Eugenia

Soria-Díaz, M., Vasconcelos, V. and Cameán, A.M. (2015). CYN

determination in tissues from freshwater fish by LC-MS/MS:

Validation and application in tissues from subchronically exposed

tilapia (Oreochromis niloticus). Talanta 131, 452-459.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.talanta.2014.07.091)

151. Guzmán-Guillén, R., Prieto, A.I., Moreno, I., Vasconcelos, V.M.,

Moyano, R., Blanco, A. and Cameán Fernandez, A.M. (2015).

Cyanobacterium producing cylindrospermopsin cause

histopathological changes at environmentally relevant

concentrations in subchronically exposed tilapia (Oreochromis

niloticus). Environmental Toxicology 30(3), 261-277.

(http://dx.doi.org/10.1002/tox.21904)

152. Henriques, V., Guerra, M.T., Mendes, B., Gaudêncio, M.J. and

Fonseca, P. (2015). Benthic habitat mapping in a Portuguese

Marine Protected Area using EUNIS: An integrated approach.

Journal of Sea Research 100, 77-90.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.10.007)

153. Hentati, O., Abrantes, N., Caetano, A.L., Bouguerra, S.,

Gonçalves, F., Römbke, J. and Pereira, R. (2015). Phosphogypsum

as a soil fertilizer: Ecotoxicity of amended soil and elutriates to

bacteria, invertebrates, algae and plants. Journal of Hazardous

Materials 294, 80-89.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jhazmat.2015.03.034)

154. Hinzmann, M.F., Lopes-Lima, M., Bobos, I., Ferreira, J.,

Domingues, B. and Machado, J. (2015). Morphological and

chemical characterization of mineral concretions in the freshwater

Page 70: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

bivalve Anodonta cygnea (Unionidae). Journal of Morphology

276(1), 65-76. (http://dx.doi.org/10.1002/jmor.20320)

155. Hummel, H., Frost, M., Juanes, J.A., Kochmann, J., Bolde,

C.F.C.P., Aneiros, F., Vandenbosch, F., Franco, J.N., Echavarri, B.,

Guinda, X., Puente, A., Fernández, C., Galván, C., Merino, M.,

Ramos, E., Fernández, P., Pitacco, V., Alberte, M., Wojcik, D.,

Grabowska, M., Jahnke, M., Crocetta, F., Carugati, L., Scorrano, S.,

Fraschetti, S., García, P.P., Sanabria Fernández, J.A., Poromov, A.,

Iurchenko, A., Isachenko, A., Chava, A., Pavloudi, C., Bordeyne, F.,

Andersen, S.F., Eronat, E.G.T., Cakmak, T., Louizidou, P., Rico, J.,

Ruci, S., Corta Diego, D., Mendez, S., Rousou, M., De Clippele, L.,

Eriksson, A., Van Zanten, W., Diamant, A. and De Matos, V.K.F.

(2015). A comparison of the degree of implementation of marine

biodiversity indicators by European countries in relation to the

Marine Strategy Framework Directive (MSFD). Journal of the

Marine Biological Association of the United Kingdom 95(8), 1519-

1531. (http://dx.doi.org/10.1017/S0025315415000235)

156. Ilarri, M.I., Souza, A.T. and Sousa, R. (2015). Contrasting decay

rates of freshwater bivalves' shells: Aquatic versus terrestrial

habitats. Limnologica 51, 8-14.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.limno.2014.10.002)

157. Ilarri, M.I., Souza, A.T., Modesto, V., Guilhermino, L. and Sousa,

R. (2015). Differences in the macrozoobenthic fauna colonising

empty bivalve shells before and after invasion by Corbicula

fluminea. Marine and Freshwater Research 66(6), 549-558.

(http://dx.doi.org/10.1071/MF14004)

158. Jacobs, S., Sioen, I., De Henauw, S., Rosseel, Y., Calis, T., Tediosi,

A., Nadal, M., Marques, A. and Verbeke, W. (2015). Marine

environmental contamination: Public awareness, concern and

perceived effectiveness in five European countries. Environmental

Research 143, 4-10.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.08.009)

159. Jacobs, S., Sioen, I., Pieniak, Z., De Henauw, S., Maulvault, A.L.,

Reuver, M., Fait, G., Cano-Sancho, G. and Verbeke, W. (2015).

Consumers' health risk-benefit perception of seafood and attitude

toward the marine environment: Insights from five European

countries. Environmental Research 143, 11-19.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.02.029)

160. Jensen, L.F., Thomsen, D.S., Madsen, S.S., Ejbye-Ernst, M.,

Poulsen, S.B. and Svendsen, J.C. (2015). Development of salinity

tolerance in the endangered anadromous North Sea houting

Coregonus oxyrinchus: implications for conservation measures.

Endangered Species Research 28(2), 175-186.

(http://dx.doi.org/10.3354/esr00692)

161. Jesus, J., Castro, F., Niemelä, A., Borges, M.T. and Danko, A.S.

(2015). Evaluation of the impact of different soil salinization

Page 71: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

processes on organic and mineral soils. Water, Air, and Soil

Pollution 226(40), 102. (http://dx.doi.org/10.1007/s11270-015-

2373-y)

162. Jesus, J.M., Danko, A.S., Fiúza, A. and Borges, M.T. (2015).

Phytoremediation of salt-affected soils: a review of processes,

applicability, and the impact of climate change. Environmental

Science and Pollution Research 22(9), 6511-6525.

(http://dx.doi.org/10.1007/s11356-015-4205-4)

163. Fernandes, J.M., Lázaro, C., Ablain, M. and Pires, N. (2015).

Improved wet path delays for all ESA and reference altimetric

missions. Remote Sensing of Environment 169, 50-74.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.rse.2015.07.023)

164. Justino, C.I.L., Freitas, A.C., Pereira, R., Duarte, A.C. and Rocha

Santos, T.A.P. (2015). Recent developments in recognition

elements for chemical sensors and biosensors. TrAC - Trends in

Analytical Chemistry 68, 2-17.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.trac.2015.03.006)

165. Karaouzas, I., Zogaris, S., Lopes-Lima, M., Froufe, E., Varandas,

S., Teixeira, A. and Sousa, R. (2015). First record of the freshwater

jellyfish Craspedacusta sowerbii Lankester, 1880 in Greece

suggests distinct European invasion events. Limnology 16(3), 171-

177. (http://dx.doi.org/10.1007/s10201-015-0452-9)

166. Khan, I., Yang, Z., Maldonado, E., Li, C., Zhang, G., Gilbert, M.T.P.,

Jarvis, E.D., O'Brien, S.J., Johnson, W.E. and Antunes, A. (2015).

Olfactory receptor subgenomes linked with broad ecological

adaptations in sauropsida. Molecular Biology and Evolution

32(11), 2832-2843. (http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msv155)

167. Koepfli, K.P., Paten, B., O'Brien, S.J. and Genome, K.C.o.S.

(2015). The genome 10K project: A way forward. Annual Review of

Animal Biosciences 3, 57-111.

(http://dx.doi.org/10.1146/annurev-animal-090414-014900)

168. Leão, M., Soares, J., Gomes, S., Raimundo, L., Ramos, H., Bessa,

C., Queiroz, G., Domingos, S., Pinto, M., Inga, A., Cidade, H. and

Saraiva, L. (2015). Enhanced cytotoxicity of prenylated chalcone

against tumour cells via disruption of the p53-MDM2 interaction.

Life Sciences 142, 60-65.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.lfs.2015.10.015)

169. Leão, P.N., Nakamura, H., Costa, M., Pereira, A.R., Martins, R.,

Vasconcelos, V., Gerwick, W.H. and Balskus, E.P. (2015).

Biosynthesis-assisted structural elucidation of the bartolosides,

chlorinated aromatic glycolipids from Cyanobacteria. Angewandte

Chemie - International Edition 54(38), 11063-11067.

(http://dx.doi.org/10.1002/anie.201503186)

Page 72: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

170. Learmonth, C. and Carvalho, A.P. (2015). Acute and chronic

toxicity of nitrate to early life stages of zebrafish - Setting nitrate

safety levels for zebrafish rearing. Zebrafish 12(4), 305-311.

(http://dx.doi.org/10.1089/zeb.2015.1098)

171. Ledoux, J.B., Aurelle, D., Bensoussan, N., Marschal, C., Féral, J.P.

and Garrabou, J. (2015). Potential for adaptive evolution at species

range margins: Contrasting interactions between red coral

populations and their environment in a changing ocean. Ecology

and Evolution 5(6), 1178-1192.

(http://dx.doi.org/10.1002/ece3.1324)

172. Leite-Martins, L., Mahú, M.I., Costa, A.L., Bessa, L.J., Vaz-Pires,

P., Loureiro, L., Niza-Ribeiro, J., De Matos, A.J.F. and Martins Da

Costa, P. (2015). Prevalence of antimicrobial resistance in faecal

enterococci from vet-visiting pets and assessment of risk factors.

Veterinary Record 176(26), 674.

(http://dx.doi.org/10.1136/vr.102888)

173. Leite-Martins, L., Meireles, D., Beça, N., Bessa, L.J., de Matos,

A.J.F. and Martins da Costa, P. (2015). Spread of multidrug-

resistant Escherichia coli within domestic aggregates (humans,

pets, and household environment). Journal of Veterinary

Behavior: Clinical Applications and Research 10(6), 549-555.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jveb.2015.07.040)

174. Lima, D., Castro, L.F.C., Coelho, I., Lacerda, R., Gesto, M., Soares,

J., André, A., Capela, R., Torres, T., Carvalho, A.P. and Santos, M.M.

(2015). Effects of tributyltin and other retinoid receptor agonists

in reproductive-related endpoints in the Zebrafish (Danio rerio).

Journal of Toxicology and Environmental Health - Part A: Current

Issues 78(12), 747-760.

(http://dx.doi.org/10.1080/15287394.2015.1028301)

175. Lima, D., Marques, F., Duarte, A., Afonso, C., Carvalho, F., &

Dinis-Oliveira, R. (2015). Quantification of buprenorphine and the

metabolites of methadone and heroin in hair of patients in

rehabilitation programs by GC–MS. Toxicology Letters, S159-S159.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.toxlet.2015.08.493)

176. Lobo-Da-Cunha, A., Oliveira, E., Alves, A., Calado, G. and

Guimarães, F. (2015). Ultrastructural Detection of Calcium with

the Pyroantimonate Method in Cells of Marine Gastropods.

Microscopy and Microanalysis 21, 67-68.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014142)

177. Lopes-Marques, M., Delgado, I.L.S., Ruivo, R., Torres, Y., Sainath,

S.B., Rocha, E., Cunha, I., Santos, M.M. and Castro, L.F.C. (2015).

The origin and diversity of Cpt1 genes in vertebrate species. PLoS

ONE 10(9), 0138447.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0138447)

178. Lopes-Marques, M., Ruivo, R., Delgado, I., Wilson, J.M., Aluru, N.

and Castro, L.F.C. (2015). Basal gnathostomes provide unique

Page 73: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

insights into the evolution of vitamin B12 binders. Genome Biology

and Evolution 7(2), 457-464.

(http://dx.doi.org/10.1093/gbe/evu289)

179. Luís, L.G., Ferreira, P., Fonte, E., Oliveira, M. and Guilhermino, L.

(2015). Does the presence of microplastics influence the acute

toxicity of chromium(VI) to early juveniles of the common goby

(Pomatoschistus microps)? A study with juveniles from two wild

estuarine populations. Aquatic Toxicology 164, 163-174.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.04.018)

180. Luzio, A., Monteiro, S.M., Garcia-Santos, S., Rocha, E.,

Fontaínhas-Fernandes, A.A. and Coimbra, A.M. (2015). Zebrafish

sex differentiation and gonad development after exposure to 17α-

ethinylestradiol, fadrozole and their binary mixture: A

stereological study. Aquatic Toxicology 166, 83-95.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.07.015)

181. Lyssimachou, A., Santos, J.G., André, A., Soares, J., Lima, D.,

Guimarães, L., Almeida, C.M.R., Teixeira, C., Castro, L.F.C. and

Santos, M.M. (2015). The mammalian "obesogen" tributyltin

targets hepatic triglyceride accumulation and the transcriptional

regulation of lipid metabolism in the liver and brain of zebrafish.

PLoS ONE 10(12), 0143911.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0143911)

182. Machado, M., Azeredo, R., Díaz-Rosales, P., Afonso, A., Peres,

H., Oliva-Teles, A. and Costas, B. (2015). Dietary tryptophan and

methionine as modulators of European seabass (Dicentrarchus

labrax) immune status and inflammatory response. Fish and

Shellfish Immunology 42(2), 353-362.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.fsi.2014.11.024)

183. Madani, S., Coors, A., Haddioui, A., Ksibi, M., Pereira, R., Paulo

Sousa, J. and Römbke, J. (2015). Effects of contaminated soils from

a former iron mine (Ait Amar, Morocco) on enchytraeids

(Enchytraeus bigeminus) and predatory mites (Hypoaspis

aculeifer) in standard laboratory tests. Ecotoxicology and

Environmental Safety 119, 90-97.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.04.040)

184. Madureira, T.V., Lopes, C., Malhão, F. and Rocha, E. (2015).

Estimation of volume densities of hepatocytic peroxisomes in a

model fish: Catalase conventional immunofluorescence versus

cytochemistry for electron microscopy. Microscopy Research and

Technique 78(2), 134-139.

(http://dx.doi.org/10.1002/jemt.22455)

185. Madureira, T.V., Malhão, F., Guimarães, C., Lopes, C. and Rocha,

E. (2015). Uncovering morphological interferences caused by

androgen inputs in peroxisomes from primary brown trout

Page 74: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

hepatocytes using catalase immunofluorescence. Microscopy and

Microanalysis 21, 71-72.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014166)

186. Madureira, T.V., Malhão, F., Lopes, C., Pinheiro, I., Gonçalves,

J.F. and Rocha, E. (2015). Morphological alterations caused by

estrogenic and anti-estrogenic signaling in peroxisomes of primary

brown trout hepatocytes - Stereological approach using catalase

immunofluorescence. Microscopy and Microanalysis 21, 73-74.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014178)

187. Madureira, T.V., Malhão, F., Pinheiro, I., Lopes, C., Ferreira, N.,

Urbatzka, R., Castro, L.F.C. and Rocha, E. (2015). Estrogenic and

anti-estrogenic influences in cultured brown trout hepatocytes:

Focus on the expression of some estrogen and peroxisomal related

genes and linked phenotypic anchors. Aquatic Toxicology 169,

133-142. (http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.10.010)

188. Magalhães, R., Coutinho, F., Pousão-Ferreira, P., Aires, T., Oliva-

Teles, A. and Peres, H. (2015). Corn distiller's dried grains with

solubles: Apparent digestibility and digestive enzymes activities in

European seabass (Dicentrarchus labrax) and meagre

(Argyrosomus regius). Aquaculture 443, 90-97.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2015.03.016)

189. Maia, R. and Pereira, L.S. (2015). Water resources management

in an interdisciplinary and changing context. Water Resources

Management 29(2), 211-216. (http://dx.doi.org/10.1007/s11269-

014-0888-4)

190. Maia, R., Vivas, E., Serralheiro, R. and de Carvalho, M. (2015).

Socioeconomic evaluation of drought effects. Main principles and

application to Guadiana and Algarve case studies. Water

Resources Management 29(2), 575-588.

(http://dx.doi.org/10.1007/s11269-014-0883-9)

191. Mariani, S., Griffiths, A.M., Velasco, A., Kappel, K., Jerome, M.,

Perez-Martin, R.I., Schroder, U., Verrez-Bagnis, V., Silva, H.,

Vandamme, S.G., Boufana, B., Mendes, R., Shorten, M., Smith, C.,

Hankard, E., Hook, S.A., Weymer, A.S., Gunning, D. and Sotelo, C.G.

(2015). Low mislabeling rates indicate marked improvements in

European seafood market operations. Frontiers in Ecology and the

Environment 13(10), 536-540.

(http://dx.doi.org/10.1890/150119)

192. Marques, A., Diogène, J. and Rodriguez-Mozaz, S. (2015). Non-

regulated environmental contaminants in seafood: Contributions

of the ECsafeSEAFOOD EU project. Environmental Research 143,

1-2. (http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.09.029)

193. Marques, F., Vale-Costa, S., Cruz, T., Marques, J.M., Silva, T.,

Neves, J.V., Cortes, S., Fernandes, A., Rocha, E., Appelberg, R.,

Rodrigues, P., Tomás, A.M. and Gomes, M.S. (2015). Studies in the

mouse model identify strain variability as a major determinant of

Page 75: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

disease outcome in Leishmania infantum infection. Parasites and

Vectors 8(1), 644. (http://dx.doi.org/10.1186/s13071-015-1259-6)

194. Marques, S., Fonseca, J., Silva, P.M.A. and Bousbaa, H. (2015).

Targeting the spindle assembly checkpoint for breast cancer

treatment. Current Cancer Drug Targets 15(4), 272-281.

(http://dx.doi.org/10.2174/1568009615666150302130010)

195. Martin, J., Rougemont, Q., Drouineau, H., Launey, S., Jatteau, P.,

Bareille, G., Berail, S., Pécheyran, C., Feunteun, E., Roques, S.,

Clavé, D., Nachón, D.J., Antunes, C., Mota, M., Réveillac, E. and

Daverat, F. (2015). Dispersal capacities of anadromous Allis shad

population inferred from a coupled genetic and otolith approach.

Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 72(7), 991-

1003. (http://dx.doi.org/10.1139/cjfas-2014-0510)

196. Martínez, B., Arenas, F., Trilla, A., Viejo, R.M. and Carreño, F.

(2015). Combining physiological threshold knowledge to species

distribution models is key to improving forecasts of the future

niche for macroalgae. Global Change Biology 21(4), 1422-1433.

(http://dx.doi.org/10.1111/gcb.12655)

197. Martinez-Haro, M., Beiras, R., Bellas, J., Capela, R., Coelho, J.P.,

Lopes, I., Moreira-Santos, M., Reis-Henriques, A.M., Ribeiro, R.,

Santos, M.M. and Marques, J.C. (2015). A review on the ecological

quality status assessment in aquatic systems using community

based indicators and ecotoxicological tools: What might be the

added value of their combination? Ecological Indicators 48, 8-16.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolind.2014.07.024)

198. Martins, G.M., Jenkins, S.R., Neto, A.I., Hawkins, S.J. and

Thompson, R.C. (2015). Long-term modifications of coastal

defences enhance marine biodiversity. Environmental

Conservation. (http://dx.doi.org/10.1017/S0376892915000284)

199. Martins, J. and Vasconcelos, V. (2015). Cyanobactins from

cyanobacteria: Current genetic and chemical state of knowledge.

Marine Drugs 13(11), 6910-6946.

(http://dx.doi.org/10.3390/md13116910)

200. Matias, M.G., Arenas, F., Rubal, M. and Pinto, I.S. (2015).

Macroalgal composition determines the structure of benthic

assemblages colonizing fragmented habitats. PLoS ONE 10(11),

e0142289. (http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0142289)

201. Matos, J., Lourenço, H.M., Brito, P., Maulvault, A.L., Martins, L.L.

and Afonso, C. (2015). Influence of bioaccessibility of total

mercury, methyl-mercury and selenium on the risk/benefit

associated to the consumption of raw and cooked blue shark

(Prionace glauca). Environmental Research 143, 123-129.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.09.015)

Page 76: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

202. Matos, L.C., Sousa, C.M., Gonçalves, M., Gabriel, J., Machado, J.

and Greten, H.J. (2015). Qigong as a traditional vegetative

biofeedback therapy: Long-term conditioning of physiological

mind-body effects. BioMed Research International 2015, 531789.

(http://dx.doi.org/10.1155/2015/531789)

203. Maulvault, A.L., Anacleto, P., Barbosa, V., Sloth, J.J., Rasmussen,

R.R., Tediosi, A., Fernandez-Tejedor, M., van den Heuvel, F.H.M.,

Kotterman, M. and Marques, A. (2015). Toxic elements and

speciation in seafood samples from different contaminated sites

in Europe. Environmental Research 143, 72-81.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.09.016)

204. Meireles, D., Leite-Martins, L., Bessa, L.J., Cunha, S., Fernandes,

R., de Matos, A., Manaia, C.M. and Martins da Costa, P. (2015).

Molecular characterization of quinolone resistance mechanisms

and extended-spectrum β-lactamase production in Escherichia coli

isolated from dogs. Comparative Immunology, Microbiology and

Infectious Diseases 41, 43-48.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.cimid.2015.04.004)

205. Mendes, Â., Martins da Costa, P., Rego, D., Beça, N., Alves, C.,

Moreira, T., Conceição, T. and Aires-de-Sousa, M. (2015).

Contamination of public transports by Staphylococcus aureus and

its carriage by biomedical students: Point-prevalence, related risk

factors and molecular characterization of methicillin-resistant

strains. Public Health 129(8), 1125-1131.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.puhe.2015.05.010)

206. Mesquita, S.R., Ergen, T.F., Rodrigues, A.P., Oliva-Teles, M.T.,

Delerue-Matos, C. and Guimarães, L. (2015). N-acetyl-β-d-

glucosaminidase activity in feral Carcinus maenas exposed to

cadmium. Aquatic Toxicology 159, 225-232.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2014.12.008)

207. Mesquita, S.R., Van Drooge, B.L., Oliveira, E., Grimalt, J.O.,

Barata, C., Vieira, N., Guimarães, L. and Piña, B. (2015). Differential

embryotoxicity of the organic pollutants in rural and urban air

particles. Environmental Pollution 206, 535-542.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envpol.2015.08.008)

208. Mineur, F., Arenas, F., Assis, J., Davies, A.J., Engelen, A.H.,

Fernandes, F., Malta, E.J., Thibaut, T., Van Nguyen, T., Vaz-Pinto,

F., Vranken, S., Serrão, E.A. and De Clerck, O. (2015). European

seaweeds under pressure: Consequences for communities and

ecosystem functioning. Journal of Sea Research 98, 91-108.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.11.004)

209. Monteiro, R.A.R., Miranda, S.M., Vilar, V.J.P., Pastrana-

Martínez, L.M., Tavares, P.B., Boaventura, R.A.R., Faria, J.L., Pinto,

E. and Silva, A.M.T. (2015). N-modified TiO2 photocatalytic activity

towards diphenhydramine degradation and Escherichia coli

inactivation in aqueous solutions. Applied Catalysis B:

Page 77: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Environmental 162, 66-74.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.apcatb.2014.06.017)

210. Montero-Serra, I., Linares, C., García, M., Pancaldi, F., Frleta-

Valić, M., Ledoux, J.B., Zuberer, F., Merad, D., Drap, P. and

Garrabou, J. (2015). Harvesting effects, recovery mechanisms, and

management strategies for a long-lived and structural precious

coral. PLoS ONE 10(2), e0117250.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0117250)

211. Moore, P., Pereira, E.S. and Duggin, G. (2015). Timor-Leste

Developing Environmental Law for All Citizens. Environmental

Policy and Law 45(2), 88-98. (http://dx.doi.org/10.3233/EPL-

45205)

212. Moreira, C.F.D.A., Carvalho, A.P.A.F.D. and Campos, J.C.V.D.B.

(2015). Comparing the response of the brown shrimp crangon

crangon (Linnaeus, 1758) to prolonged deprivation of food in two

seasons. Journal of Shellfish Research 34(2), 521-529.

(http://dx.doi.org/10.2983/035.034.0237)

213. Moreira, I.S., Amorim, C.L., Ribeiro, A.R., Mesquita, R.B.R.,

Rangel, A.O.S.S., van Loosdrecht, M.C.M., Tiritan, M.E. and Castro,

P.M.L. (2015). Removal of fluoxetine and its effects in the

performance of an aerobic granular sludge sequential batch

reactor. Journal of Hazardous Materials 287, 93-101.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jhazmat.2015.01.020)

214. Mota, M., Bio, A., Bao, M., Pascual, S., Rochard, E. and Antunes,

C. (2015). New insights into biology and ecology of the Minho River

Allis shad (Alosa alosa L.): contribution to the conservation of one

of the last European shad populations. Reviews in Fish Biology and

Fisheries 25(2), 395-412. (http://dx.doi.org/10.1007/s11160-015-

9383-0)

215. Muacho, S., da Silva, J.C.B., Brotas, V., Oliveira, P.B. and

Magalhaes, J.M. (2015). Reprint of: Chlorophyll enhancement in

the central region of the Bay of Biscay as a result of internal tidal

wave interaction. Journal of Marine Systems 147, 85-93.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jmarsys.2015.04.007)

216. Narvaez, P., Furtado, M., Neto, A.I., Moniz, I., Azevedo, J.M.N.

and Soares, M.C. (2015). Temperate facultative cleaner wrasses

selectively remove ectoparasites from their client-fish in the

Azores. Marine Ecology Progress Series 540, 217-226.

(http://dx.doi.org/10.3354/meps11522)

217. Nascimento, A.V., Bousbaa, H., Ferreira, D. and Sarmento, B.

(2015). Non-small cell lung carcinoma: An overview on targeted

therapy. Current Drug Targets 16(13), 1448-1463.

(http://dx.doi.org/10.2174/1389450115666140528151649)

Page 78: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

218. Nascimento, A.V., Singh, A., Bousbaa, H., Ferreira, D., Sarmento,

B. and Amiji, M.M. (2015). Combinatorial-designed epidermal

growth factor receptor-targeted chitosan nanoparticles for

encapsulation and delivery of lipid-modified platinum derivatives

in wild-type and resistant non-small-cell lung cancer cells.

Molecular Pharmaceutics 12(12), 4466-4477.

(http://dx.doi.org/10.1021/acs.molpharmaceut.5b00642)

219. Nascimento, M.T.L., Santos, A.D.O., De Oliveira e Sá, M., Pereira,

R. and Vieira, M.N. (2015). Endocrine Disruptors in Estuarine

Environments: We Still Need a Simple and Cost-Effective

Framework for Environmental Monitoring. Journal of Marine

Science: Research Development 05, 167.

(http://dx.doi.org/10.4172/2155-9910.1000e136)

220. Neves, J.L.B., Lin, Z., Imperial, J.S., Antunes, A., Vasconcelos, V.,

Olivera, B.M. and Schmidt, E.W. (2015). Small molecules in the

cone snail arsenal. Organic Letters 17(20), 4933-4935.

(http://dx.doi.org/10.1021/acs.orglett.5b02389)

221. Ng, K., Thomas, T., Phillips, M.R., Calado, H., Borges, P. and

Veloso-Gomes, F. (2015). Multifunctional artificial reefs for small

islands: An evaluation of amenity and opportunity for São Miguel

Island, the Azores. Progress in Physical Geography 39(2), 220-257.

(http://dx.doi.org/10.1177/0309133314567581)

222. Nogueira, V., Lopes, I., Freitas, A.C., Rocha-Santos, T.A.P.,

Gonçalves, F., Duarte, A.C. and Pereira, R. (2015). Biological

treatment with fungi of olive mill wastewater pre-treated by

photocatalytic oxidation with nanomaterials. Ecotoxicology and

Environmental Safety 115, 234-242.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.02.028)

223. Nogueira, V., Lopes, I., Rocha-Santos, T., Gonçalves, F. and

Pereira, R. (2015). Toxicity of solid residues resulting from

wastewater treatment with nanomaterials. Aquatic Toxicology

165, 172-178. (http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.05.021)

224. Nogueira, V., Lopes, I., Rocha-Santos, T.A.P., Rasteiro, M.G.,

Abrantes, N., Gonçalves, F., Soares, A.M.V.M., Duarte, A.C. and

Pereira, R. (2015). Assessing the ecotoxicity of metal nano-oxides

with potential for wastewater treatment. Environmental Science

and Pollution Research 22(17), 13212-13224.

(http://dx.doi.org/10.1007/s11356-015-4581-9)

225. Novais, A., Souza, A.T., Ilarri, M., Pascoal, C. and Sousa, R.

(2015). Facilitation in the low intertidal: Effects of an invasive

species on the structure of an estuarine macrozoobenthic

assemblage. Marine Ecology Progress Series 522, 157-167.

(http://dx.doi.org/10.3354/meps11168)

226. Novais, A., Souza, A.T., Ilarri, M., Pascoal, C. and Sousa, R.

(2015). From water to land: How an invasive clam may function as

a resource pulse to terrestrial invertebrates. Science of the Total

Page 79: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Environment 538, 664-671.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2015.08.106)

227. Nunes da Silva M., Mucha A.P., Rocha A.C., Gomes C.R., Almeida

C.M. (2015). Response of two salt marsh plants to short- and long-

term contamination of sediment with cadmium. Journal of Soils

and Sediments 15: 722-731. (http://dx.doi.org/10.1007/s11368-

014-1041-y)

228. Nunes, B., Antunes, S.C., Gomes, R., Campos, J.C., Braga, M.R.,

Ramos, A.S. and Correia, A.T. (2015). Acute effects of tetracycline

exposure in the freshwater fish Gambusia holbrooki: Antioxidant

effects, neurotoxicity and histological alterations. Archives of

Environmental Contamination and Toxicology 68(2), 371-381.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00244-014-0101-z)

229. Nunes, B., Braga, M.R., Campos, J.C., Gomes, R., Ramos, A.S.,

Antunes, S.C. and Correia, A.T. (2015). Ecotoxicological effect of

zinc pyrithione in the freshwater fish Gambusia holbrooki.

Ecotoxicology 24(9), 1896-1905.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10646-015-1525-6)

230. Nunes, B., Caldeira, C., Pereira, J.L., Gonçalves, F. and Correia,

A.T. (2015). Chronic effects of realistic concentrations of non-

essential and essential metals (lead and zinc) on oxidative stress

biomarkers of the mosquitofish, Gambusia holbrooki. Archives of

Environmental Contamination and Toxicology 69(4), 586-595.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00244-015-0190-3)

231. Nunes, B., Caldeira, C., Pereira, J.L., Gonçalves, F. and Correia,

A.T. (2015). Perturbations in ROS-related processes of the fish

Gambusia holbrooki after acute and chronic exposures to the

metals copper and cadmium. Environmental Science and Pollution

Research 22(5), 3756-3765. (http://dx.doi.org/10.1007/s11356-

014-3580-6)

232. Nunes, B., Campos, J.C., Gomes, R., Braga, M.R., Ramos, A.S.,

Antunes, S.C. and Correia, A.T. (2015). Ecotoxicological effects of

salicylic acid in the freshwater fish Salmo trutta fario: antioxidant

mechanisms and histological alterations. Environmental Science

and Pollution Research International 22(1), 667-678.

(http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-3337-2)

233. Oliva Teles, L., Fernandes, M., Amorim, J. and Vasconcelos, V.

(2015). Video-tracking of zebrafish (Danio rerio) as a biological

early warning system using two distinct artificial neural networks:

Probabilistic neural network (PNN) and self-organizing map (SOM).

Aquatic Toxicology 165, 241-248.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.06.008)

234. Oliveira, A.P., Lobo-Da-Cunha, A., Taveira, M., Ferreira, M.,

Valentão, P. and Andrade, P.B. (2015). Digestive gland from

Page 80: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Aplysia depilans Gmelin: Leads for inflammation treatment.

Molecules 20(9), 15766-15780.

(http://dx.doi.org/10.3390/molecules200915766)

235. Oliveira, A.S., Sousa, E., Vasconcelos, M.H. and Pinto, M. (2015).

Curcumin: A natural lead for potential new drug candidates.

Current Medicinal Chemistry 22(36), 4196-4232.

(http://dx.doi.org/10.2174/0929867322666151029104611)

236. Oliveira, C., Vilares, P. and Guilhermino, L. (2015). Integrated

biomarker responses of the invasive species Corbicula fluminea in

relation to environmental abiotic conditions: A potential indicator

of the likelihood of clam's summer mortality syndrome.

Comparative Biochemistry and Physiology -Part A: Molecular and

Integrative Physiology 182, 27-37.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.cbpa.2014.12.001)

237. Oliveira, H., Gonçalves, A., Nunes, M.L., Vaz-Pires, P. and Costa,

R. (2015). Quality changes during cod (Gadus morhua) desalting at

different temperatures. Journal of the Science of Food and

Agriculture 95(13), 2632-2640.

(http://dx.doi.org/10.1002/jsfa.6995)

238. Oliveira, J.P., Sousa-Pinto, I., Weber, G.M. and Bertocci, I.

(2015). Patterns of recovery of intertidal organisms after

compounded anthropogenic disturbances. Marine Ecology

Progress Series 524, 107-123.

(http://dx.doi.org/10.3354/meps11131)

239. Oliveira, P., Lopes-Lima, M., Machado, J. and Guilhermino, L.

(2015). Comparative sensitivity of European native (Anodonta

anatina) and exotic (Corbicula fluminea) bivalves to mercury.

Estuarine, Coastal and Shelf Science 167, 191-198.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2015.06.014)

240. Ozório, R.O.A., Kopecka-Pilarczyk, J., Peixoto, M.J., Lochmann,

R., Santos, R.J., Santos, G., Weber, B., Calheiros, J., Ferraz-Arruda,

L., Vaz-Pires, P. and Gonçalves, J.F.M. (2015). Dietary probiotic

supplementation in juvenile rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

reared under cage culture production: Effects on growth, fish

welfare, flesh quality and intestinal microbiota. Aquaculture

Research. (http://dx.doi.org/10.1111/are.12724)

241. Pádua, D., Rocha, E., Gargiulo, D. and Ramos, A.A. (2015).

Bioactive compounds from brown seaweeds: Phloroglucinol,

fucoxanthin and fucoidan as promising therapeutic agents against

breast cancer. Phytochemistry Letters 14, 91-98.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.phytol.2015.09.007)

242. Pedro Gonçalves, A., Silva, N., Oliveira, C., Kowbel, D.J., Glass,

N.L., Kijjoa, A., Palmeira, A., Sousa, E., Pinto, M. and Videira, A.

(2015). Transcription profiling of the Neurospora crassa response

to a group of synthetic (thio)xanthones and a natural

Page 81: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

acetophenone. Genomics Data 4, 26-32.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.gdata.2015.02.001)

243. Pereira, A.L., Bessa, L.J., Leão, P.N., Vasconcelos, V. and Martins

da Costa, P. (2015). Bioactivity of Azolla aqueous and organic

extracts against bacteria and fungi. Symbiosis 65(1), 17-21.

(http://dx.doi.org/10.1007/s13199-015-0316-4)

244. Pereira, A.L., Monteiro, B., Azevedo, J., Campos, A., Osório, H.

and Vasconcelos, V. (2015). Effects of the naturally-occurring

contaminant microcystins on the Azolla filiculoides-Anabaena

azollae symbiosis. Ecotoxicology and Environmental Safety 118,

11-20. (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.04.008)

245. Pereira, A.L., Parente, T. and Vasconcelos, V. (2015).

Cyanobionts from the coralloid roots of Cycadales: Is there any

molecular evidence of cyanotoxins? Limnetica 34(1), 227-236.

246. Pereira, C., Santos, L., Silva, A.P., Silva, Y.J., Cunha, A., Romalde,

J.L., Nunes, M.L. and Almeida, A. (2015). Seasonal variation of

bacterial communities in shellfish harvesting waters: Preliminary

study before applying phage therapy. Marine Pollution Bulletin

90(1-2), 68-77.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2014.11.019)

247. Peres, H., Costas, B., Perez-Jimenez, A., Guerreiro, I. and Oliva-

Teles, A. (2015). Reference values for selected hematological and

serum biochemical parameters of Senegalese sole (Solea

senegalensis Kaup, 1858) juveniles under intensive aquaculture

conditions. Journal of Applied Ichthyology 31(1), 65-71.

(http://dx.doi.org/10.1111/jai.12641)

248. Pérez-Jiménez, A., Abellán, E., Arizcun, M., Cardenete, G.,

Morales, A.E. and Hidalgo, M.C. (2015). Nutritional and metabolic

responses in common dentex (Dentex dentex) fed on different

types and levels of carbohydrates. Comparative Biochemistry and

Physiology - Part A: Molecular and Integrative Physiology 184, 56-

64. (http://dx.doi.org/10.1016/j.cbpa.2015.02.002)

249. Pertega-Gomes, N., Felisbino, S., Massie, C.E., Vizcaino, J.R.,

Coelho, R., Sandi, C., Simoes-Sousa, S., Jurmeister, S., Ramos-

Montoya, A., Asim, M., Tran, M., Oliveira, E., Lobo Da Cunha, A.,

Maximo, V., Baltazar, F., Neal, D.E. and Fryer, L.G.D. (2015). A

glycolytic phenotype is associated with prostate cancer

progression and aggressiveness: A role for monocarboxylate

transporters as metabolic targets for therapy. Journal of Pathology

236(4), 517-530. (http://dx.doi.org/10.1002/path.4547)

250. Pimentel, M.S., Faleiro, F., Diniz, M., Machado, J., Pousão-

Ferreira, P., Peck, M.A., Pörtner, H.O. and Rosa, R. (2015).

Oxidative stress and digestive enzyme activity of flatfish larvae in

Page 82: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

a changing ocean. PLoS ONE 10(7), e0134082.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0134082)

251. Pineda, J., Starczak, V., Da Silva, J.C.B., Helfrich, K., Thompson,

M. and Wiley, D. (2015). Whales and waves: Humpback whale

foraging response and the shoaling of internal waves at Stellwagen

Bank. Journal of Geophysical Research C: Oceans 120(4), 2555-

2570. (http://dx.doi.org/10.1002/2014JC010564)

252. Pinheiro, I., Malhão, F., Madureira, T.V., João Rocha, M.,

Monteiro, R.A.F. and Rocha, E. (2015). Ethinylestradiol exposure of

primary culture brown trout hepatocytes induce morphological

changes in peroxisomes. Microscopy and Microanalysis 21, 81-82.

(http://dx.doi.org/10.1017/S143192761501421X)

253. Pinho, D., Bertocci, I., Arenas, F., Franco, J.N., Jacinto, D., Castro,

J.J., Vieira, R., Sousa-Pinto, I., Wernberg, T. and Tuya, F. (2015).

Spatial and temporal variation of kelp forests and associated

macroalgal assemblages along the Portuguese coast. Marine and

Freshwater Research 67(1), 113-122.

(http://dx.doi.org/10.1071/MF14318)

254. Pinho, L.X., Azevedo, J., Brito, T., Santos, A., Tamagnini, P., Vilar,

V.J.P., Vasconcelos, V.M. and Boaventura, R.A.R. (2015). Effect of

TiO2 photocatalysis on the destruction of Microcystis aeruginosa

cells and degradation of cyanotoxins microcystin-LR and

cylindrospermopsin. Chemical Engineering Journal 268, 144-152.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.cej.2014.12.111)

255. Pinto, E., Lopes, A., Monteiro, C., Faria, M. & Pinheiro, M.D.

(2015). Cutaneous infection caused by Scopulariopsis brevicaulis

in a renal transplant recipient. Mycoses 58, Suppl. S4, 163 (P306).

(http://dx.doi.org/10.1111/myc.12380)

256. Pinto, E., Lopes, A., Monteiro, C., Suasa-Ard, S. & Pinheiro, M.D.

(2015). Aspergillus fumigatus susceptibility testing by CLSI and

EUCAST Guidelines. Mycoses, 58, Suppl. S4, 66 (P033).

(http://dx.doi.org/10.1111/myc.12380)

257. Pinho, L.X., Azevedo, J., Miranda, S.M., Ângelo, J., Mendes, A.,

Vilar, V.J.P., Vasconcelos, V. and Boaventura, R.A.R. (2015).

Oxidation of microcystin-LR and cylindrospermopsin by

heterogeneous photocatalysis using a tubular photoreactor

packed with different TiO2 coated supports. Chemical Engineering

Journal 266, 100-111.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.cej.2014.12.023)

258. Pinho, S.C., Nunes, O.C., Lobo-da-Cunha, A. and Almeida, M.F.

(2015). Inactivation of Geobacillus stearothermophilus spores by

alkaline hydrolysis applied to medical waste treatment. Journal of

Environmental Management 161, 51-56.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jenvman.2015.06.045)

259. Pinto, A., Simões, R., Oliveira, M., Vaz-Pires, P., Brandão, R. and

Da Costa, P.M. (2015). Multidrug resistance in wild bird

Page 83: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

populations: Importance of the food Chain. Journal of Zoo and

Wildlife Medicine 46(4), 723-731.

(http://dx.doi.org/10.1638/2012-0212.1)

260. Pinto, J., Silva, D., Honorato, J., Menezes, A., Pinto, E. and Naves,

P. (2015). Antifungal Activity and Toxicity of the 3,4,5-

Trihydroxybenzoic and 3,4,5-Tris(Acetyloxy)Benzoic Acids.

Advances in Microbiology 5, 517-522.

(http://dx.doi.org/10.4236/aim.2015.57053)

261. Pinto, M.I., Salgado, R., Cottrell, B.A., Cooper, W.J., Burrows,

H.D., Vale, C., Sontag, G. and Noronha, J.P. (2015). Influence of

dissolved organic matter on the photodegradation and

volatilization kinetics of chlorpyrifos in coastal waters. Journal of

Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 310, 189-196.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jphotochem.2015.05.024)

262. Pires, C., Teixeira, B., Cardoso, C., Mendes, R., Nunes, M.L. and

Batista, I. (2015). Cape hake protein hydrolysates prepared from

alkaline solubilised proteins pre-treated with citric acid and

calcium ions: Functional properties and ACE inhibitory activity.

Process Biochemistry 50(6), 1006-1015.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.procbio.2015.03.010)

263. Pires-Luís, A.S., Rocha, E., Bartosch, C., Oliveira, E., Silva, J.,

Barros, A., Sá, R. and Sousa, M. (2015). A stereological study on

organelle distribution in human oocytes at prophase I. Zygote, 1-

9. (http://dx.doi.org/10.1017/S0967199415000258)

264. Pradeepkiran, J.A., Sainath, S.B., Kramthi Kumar, K.,

Balasubramanyam, L., Vidya Prabhakar, K. and Bhaskar, M. (2015).

CGMD: An integrated database of cancer genes and markers.

Scientific Reports 5, 12035.

(http://dx.doi.org/10.1038/srep12035)

265. Pradeepkiran, J.A., Sainath, S.B., Kumar, K.K. and Bhaskar, M.

(2015). Complete genome-wide screening and subtractive

genomic approach revealed new virulence factors, potential drug

targets against bio-war pathogen Brucella melitensis 16M. Drug

Design, Development and Therapy 9, 1691-1706.

(http://dx.doi.org/10.2147/DDDT.S76948)

266. Pratheepa, V., Ramesh, S., Sukumaran, N. and Murugesan, A.G.

(2015). Identification of the sources for groundwater salinization

in the coastal aquifers of Southern Tamil Nadu, India.

Environmental Earth Sciences 74(4), 2819-2829.

(http://dx.doi.org/10.1007/s12665-015-4303-0)

267. Pratt, D.R., Lohrer, A.M., Thrush, S.F., Hewitt, J.E., Townsend,

M., Cartner, K., Pilditch, C.A., Harris, R.J., Van Colen, C. and Rodil,

I.F. (2015). Detecting subtle shifts in ecosystem functioning in a

Page 84: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

dynamic estuarine environment. PLoS ONE 10(7), e0133914.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0133914)

268. Prompanya, C., Fernandes, C., Cravo, S., Pinto, M.M.M.,

Dethoup, T., Silva, A.M.S. and Kijjoa, A. (2015). A new cyclic

hexapeptide and a new isocoumarin derivative from the marine

sponge-associated fungus Aspergillus similanensis KUFA 0013.

Marine Drugs 13(3), 1432-1450.

(http://dx.doi.org/10.3390/md13031432)

269. Protasov, A., Sylaieva, A., Morozovska, I., Lopes-Lima, M. and

Sousa, R. (2015). A massive freshwater mussel bed (Bivalvia:

Unionidae) in a small river in Ukraine. Folia Malacologica 23(4),

273. (http://dx.doi.org/10.12657/folmal.023.023)

270. Pulwarty, R.S. and Maia, R. (2015). Adaptation challenges in

complex rivers around the world: The Guadiana and the Colorado

Basins. Water Resources Management 29(2), 273-293.

(http://dx.doi.org/10.1007/s11269-014-0885-7)

271. Ramalho Ribeiro, A., Gonçalves, A., Colen, R., Nunes, M.L., Dinis,

M.T. and Dias, J. (2015). Dietary macroalgae is a natural and

effective tool to fortify gilthead seabream fillets with iodine:

Effects on growth, sensory quality and nutritional value.

Aquaculture 437, 51-59.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.11.028)

272. Ramos, A.A., Malhão, F., Ferreira, A., Alves, A., Castro-Carvalho,

B., Prata-Sena, M., Gargiulo, D., Dethoup, T., Buttachon, S., Lobo-

Da-Cunha, A., Kijjoa, A. and Rocha, E. (2015). Marine and Soil Fungi

Extracts with Antiproliferative Activity Induce Morphological

Alterations in Breast Cancer Cells. Microscopy and Microanalysis

21, 83-84. (http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014221)

273. Ramos, A.A., Malhão, F., Ferreira, A., Alves, A., Castro-Carvalho,

B., Prata-Sena, M., Gargiulo, D.. Tida Dethoup, T., Buttachon, S.,

Lobo-da-Cunha, A., Kijjoa, A. & Rocha, E. (2015). Marine and soil

fungi extracts with antiproliferative activity induce morphological

alterations in breast cancer cells. Microscopy and Microanalysis

21(S5), 83-84. (http://dx.doi.org/10:1017/s1431927615014221)

274. Ramos, A.A., Prata-Sena, M., Castro-Carvalho, B., Dethoup, T.,

Buttachon, S., Kijjoa, A. and Rocha, E. (2015). Potential of four

marine-derived fungi extracts as anti-proliferative and cell death-

inducing agents in seven human cancer cell lines. Asian Pacific

Journal of Tropical Medicine 8(10), 798-806.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.apjtm.2015.09.005)

275. Ramos, J., Lino, P.G., Caetano, M., Pereira, F., Gaspar, M. and

dos Santos, M.N. (2015). Perceived impact of offshore aquaculture

area on small-scale fisheries: A fuzzy logic model approach.

Fisheries Research 170, 217-227.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.fishres.2015.05.030)

Page 85: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

276. Ramos, M.A., Gonçalves, J.F.M., Batista, S., Costas, B., Pires,

M.A., Rema, P. and Ozório, R.O.A. (2015). Growth, immune

responses and intestinal morphology of rainbow trout

(Oncorhynchus mykiss) supplemented with commercial

probiotics. Fish and Shellfish Immunology 45(1), 19-26.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.fsi.2015.04.001)

277. Ramos, S., Cabral, H. and Elliott, M. (2015). Do fish larvae have

advantages over adults and other components for assessing

estuarine ecological quality? Ecological Indicators 55, 74-85.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolind.2015.03.005)

278. Ramos, V., Salvi, D., Machado, J.P., Vale, M., Azevedo, J. and

Vasconcelos, V. (2015). Culture-independent study of the late-

stage of a bloom of the toxic dinoflagellate ostreopsis cf. ovata:

Preliminary findings suggest genetic differences at the sub-species

level and allow ITS2 structure characterization. Toxins 7(7), 2514-

2533. (http://dx.doi.org/10.3390/toxins7072514)

279. Rangel, L.F., Rocha, S., Castro, R., Severino, R., Casal, G. and

Santos, M.J. (2015). A New type of Echinactinomyxon (Myxozoa),

infecting a marine polychaete, Heteromastus filiformis

(Polychaeta: Capitellidae) In the Alvor Estuary (Portugal).

Microscopy and Microanalysis 21, 85-86.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014233)

280. Rangel, L.F., Rocha, S., Castro, R., Severino, R., Casal, G.,

Azevedo, C., Cavaleiro, F. and Santos, M.J. (2015). The life cycle of

Ortholinea auratae (Myxozoa: Ortholineidae) involves an

actinospore of the triactinomyxon morphotype infecting a marine

oligochaete. Parasitology Research 114(7), 2671-2678.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00436-015-4472-5)

281. Reis, B., Carneiro, M., Machado, J., Azevedo, J., Vasconcelos, V.

and Martins, J.C. (2015). Transcriptional responses of glutathione

transferase genes in Ruditapes philippinarum exposed to

microcystin-LR. International Journal of Molecular Sciences 16(4),

8397-8414. (http://dx.doi.org/10.3390/ijms16048397)

282. Ribeiro, A.R., Gonçalves, V.M.F., Maia, A.S., Ribeiro, C., Castro,

P.M.L. and Tiritan, M.E. (2015). Dispersive liquid–liquid

microextraction and HPLC to analyse fluoxetine and metoprolol

enantiomers in wastewaters. Environmental Chemistry Letters

13(2), 203-210. (http://dx.doi.org/10.1007/s10311-015-0498-2)

283. Ribeiro, C. and Tiritan, M.E. (2015). Development and validation

of a gas chromatography mass spectrometry method for the

analysis of phytoestrogens, phytosterols and mycotoxins in

estuarine water samples. International Journal of Environmental

Analytical Chemistry 95(3), 187-202.

(http://dx.doi.org/10.1080/03067319.2014.1002492)

Page 86: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

284. Ribeiro, H., Almeida, C.M.R., Magalhães, C., Bordalo, A.A. and

Mucha, A.P. (2015). Salt marsh sediment characteristics as key

regulators on the efficiency of hydrocarbons bioremediation by

juncus maritimus rhizospheric bacterial community.

Environmental Science and Pollution Research 22(1), 450-462.

(http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-3388-4)

285. Ribeiro, L., Moura, J., Santos, M., Colen, R., Rodrigues, V.,

Bandarra, N., Soares, F., Ramalho, P., Barata, M., Moura, P.,

Pousão-Ferreira, P. and Dias, J. (2015). Effect of vegetable based

diets on growth, intestinal morphology, activity of intestinal

enzymes and haematological stress indicators in meagre

(Argyrosomus regius). Aquaculture 447, 116-128.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.12.017)

286. Ribeiro, S., Torres, T., Martins, R. and Santos, M.M. (2015).

Toxicity screening of diclofenac, propranolol, sertraline and

simvastatin using danio rerio and paracentrotus lividus embryo

bioassays. Ecotoxicology and Environmental Safety 114, 67-74.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.01.008)

287. Rocha, A.C.S., Almeida, C.M.R., Basto, M.C.P. and Vasconcelos,

M.T.S.D. (2015). Influence of season and salinity on the exudation

of aliphatic low molecular weight organic acids (ALMWOAs) by

Phragmites australis and Halimione portulacoides roots. Journal of

Sea Research 95, 180-187.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.07.001)

288. Rocha, E., Resende, A.D., Rocha, M.J., Malhão, F., Monteiro,

R.A.F. and Lobo-Da-Cunha, A. (2015). Stereology of brown trout

liver peroxisomes at vitellogenesis and pre-spawning strengthens

the hypothesis of their regulation by sex steroids. Microscopy and

Microanalysis 21, 87-88.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014245)

289. Rocha, M.J., Cruzeiro, C., Reis, M., Pardal, M.Â. and Rocha, E.

(2015). Toxicological relevance of endocrine disruptors in the

Tagus River estuary (Lisbon, Portugal). Environmental Monitoring

and Assessment 187(8), 483. (http://dx.doi.org/10.1007/s10661-

015-4679-z)

290. Rocha, S., Casal, G., Rangel, L., Castro, R., Severino, R., Azevedo,

C. and Santos, M.J. (2015). Ultrastructure and phylogeny of

Ceratomyxa auratae n. sp. (Myxosporea: Ceratomyxidae), a

parasite infecting the gilthead seabream Sparus aurata (Teleostei:

Sparidae). Parasitology International 64(5), 305-313.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.parint.2015.04.002)

291. Rocha, S., Casal, G., Rangel, L.F., Severino, R., Castro, R., Santos,

M.J. and Azevedo, C. (2015). Ultrastructure and phylogeny of

Ceratomyxa sp. (Myxosporea), a parasite infecting Sparus aurata

(Teleostei) in a Portuguese fish farm. Microscopy and

Page 87: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Microanalysis 21, 89-90.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014257)

292. Rocha, S., Matos, E., Velasco, M., Casal, G., Alves, A. and

Azevedo, C. (2015). Ultrastructure and phylogeny of Thelohanellus

sp. (Myxozoa: Myxosporea) infecting the gills of Hypophthalmus

marginatus (Actinopterygii: Pimelodidae), a fish from the Amazon

River. Microscopy and Microanalysis 21(SupplementS6), 46-47.

(http://dx.doi.org/doi:10.1017/S1431927614013907)

293. Rodil, I.F., Fernandes, J.P. and Mucha, A.P. (2015). Disentangling

the effects of solar radiation, wrack macroalgae and beach

macrofauna on associated bacterial assemblages. Marine

Environmental Research 112, 104-112.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.marenvres.2015.10.002)

294. Rodil, I.F., Jaramillo, E., Hubbard, D.M., Dugan, J.E., Melnick, D.

and Velasquez, C. (2015). Responses of dune plant communities to

continental uplift from a major earthquake: Sudden releases from

coastal squeeze. PLoS ONE 10(5), e0124334.

(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0124334)

295. Rodil, I.F., Lucena-Moya, P., Olabarria, C. and Arenas, F. (2015).

Alteration of macroalgal subsidies by climate-associated stressors

affects behavior of wrack-reliant beach consumers. Ecosystems

18(3), 428-440. (http://dx.doi.org/10.1007/s10021-014-9836-7)

296. Rodil, I.F., Olabarria, C., Lastra, M. and Arenas, F. (2015).

Combined effects of wrack identity and solar radiation on

associated beach macrofaunal assemblages. Marine Ecology

Progress Series 531, 167-178.

(http://dx.doi.org/10.3354/meps11304)

297. Rodrigues, A.P., Santos, L.H.M.L.M., Ramalhosa, M.J., Delerue-

Matos, C. and Guimarães, L. (2015). Sertraline accumulation and

effects in the estuarine decapod Carcinus maenas: Importance of

the history of exposure to chemical stress. Journal of Hazardous

Materials 283, 350-358.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jhazmat.2014.08.035)

298. Rodrigues, S., Correia, A.T., Antunes, S.C. and Nunes, B. (2015).

Alterations in gills of Lepomis gibbosus, after acute exposure to

several xenobiotics (pesticide, detergent and pharmaceuticals):

Morphometric and biochemical evaluation. Drug and Chemical

Toxicology 38(2), 126-132.

(http://dx.doi.org/10.3109/01480545.2014.918999)

299. Rosa, I.C., Raimundo, J., Lopes, V.M., Brandão, C., Couto, A.,

Santos, C., Cabecinhas, A.S., Cereja, R., Calado, R., Caetano, M. and

Rosa, R. (2015). Cuttlefish capsule: An effective shield against

contaminants in the wild. Chemosphere 135, 7-13.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.chemosphere.2015.03.050)

Page 88: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

300. Rosa-Santos, P., Taveira-Pinto, F., Teixeira, L. and Ribeiro, J.

(2015). CECO wave energy converter: Experimental proof of

concept. Journal of Renewable and Sustainable Energy 7(6).

(http://dx.doi.org/10.1063/1.4938179)

301. Rubal, M., Veiga, P., Maldonado, C., Torres, C. and Moreira, J.

(2015). Population attributes and traits of Siphonaria pectinata

(Mollusca: Siphonariidae) in range-edge and non range-edge

populations at its Eastern Atlantic northern distribution boundary.

Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 471, 41-47.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jembe.2015.05.015)

302. Sá, C., D'Alimonte, D., Brito, A.C., Kajiyama, T., Mendes, C.R.,

Vitorino, J., Oliveira, P.B., da Silva, J.C.B. and Brotas, V. (2015).

Validation of standard and alternative satellite ocean-color

chlorophyll products off Western Iberia. Remote Sensing of

Environment 168, 403-419.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.rse.2015.07.018)

303. Sá, R., Cunha, M., Rocha, E., Barros, A. and Sousa, M. (2015).

Sperm DNA fragmentation is related to sperm morphological

staining patterns. Reproductive BioMedicine Online 31(4), 506-

515. (http://dx.doi.org/10.1016/j.rbmo.2015.06.019)

304. Saavedra, M., Candeias-Mendes, A., Castanho, S., Teixeira, B.,

Mendes, R. and Pousão-Ferreira, P. (2015). Amino acid profiles of

meagre (Argyrosomus regius) larvae: Towards the formulation of

an amino acid balanced diet. Aquaculture 448, 315-320.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2015.06.003)

305. Saavedra, M., Pereira, T.G., Grade, A., Barbeiro, M., Pousão-

Ferreira, P., Quental-Ferreira, H., Nunes, M.L., Bandarra, N. and

Gonçalves, A. (2015). Farmed meagre, Argyrosomus regius of

three different sizes: What are the differences in flesh quality and

muscle cellularity? International Journal of Food Science and

Technology 50(6), 1311-1316.

(http://dx.doi.org/10.1111/ijfs.12769)

306. Salgado, P., Visnevschi-Necrasov, T., Kiene, R.P., Azevedo, I.,

Rocha, A.C.S., Almeida, C.M.R. and Magalhães, C. (2015).

Determination of 3-mercaptopropionic acid by HPLC: A sensitive

method for environmental applications. Journal of

Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and

Life Sciences 992, 103-108.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jchromb.2015.04.008)

307. Santos, A.D.O., Nascimento, M.T.L., de Oliveira e Sá, M., Bila,

D.M., Baptista Neto, J.A., Pereira, R. and Vieira, M.N. (2015).

Marine Pollution: the problematic of microplastics. Journal of

Marine Science: Research & Development 5, 167.

(http://dx.doi.org/10.4172/2155-9910.1000e136)

308. Santos, C., Azevedo, J., Campos, A., Vasconcelos, V. and Pereira,

A.L. (2015). Biochemical and growth performance of the aquatic

Page 89: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

macrophyte Azolla filiculoides to sub-chronic exposure to

cylindrospermopsin. Ecotoxicology 24(9), 1848-1857.

(http://dx.doi.org/10.1007/s10646-015-1521-x)

309. Santos, I.C., Mesquita, R.B.R., Bordalo, A.A. and Rangel, A.O.S.S.

(2015). Iodine speciation in coastal and inland bathing waters and

seaweeds extracts using a sequential injection standard addition

flow-batch method. Talanta 133, 7-14.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.talanta.2014.01.025)

310. Santos, R.M.B., Sanches Fernandes, L.F., Varandas, S.G.P.,

Pereira, M.G., Sousa, R., Teixeira, A., Lopes-Lima, M., Cortes,

R.M.V. and Pacheco, F.A.L. (2015). Impacts of climate change and

land-use scenarios on Margaritifera margaritifera, an

environmental indicator and endangered species. Science of the

Total Environment 511, 477-488.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2014.12.090)

311. Saraiva, A., Costa, J., Serrão, J., Cruz, C. and Eiras, J.C. (2015). A

histology-based fish health assessment of farmed seabass

(Dicentrarchus labrax L.). Aquaculture 448, 375-381.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2015.06.028)

312. Saraiva, A., Costa, J., Serrão, J., Eiras, J.C. and Cruz, C. (2015).

Study of the gill health status of farmed sea bass (Dicentrarchus

labrax L., 1758) using different tools. Aquaculture 441, 16-20.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2015.02.004)

313. Segadilha, J.L. and Araújo-Silva, C.L. (2015). Two new species of

Tanaopsis (Tanaidacea: Tanaopsidae) from Admiralty Bay

(Antarctica), with an identification key. Nauplius 23, 31-45.

314. Shinn, C., Santos, M.M., Lek, S. and Grenouillet, G. (2015).

Behavioral response of juvenile rainbow trout exposed to an

herbicide mixture. Ecotoxicology and Environmental Safety 112,

15-21. (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2014.10.013)

315. Silva, D.M., Valente, L.M.P., Sousa-Pinto, I., Pereira, R., Pires,

M.A., Seixas, F. and Rema, P. (2015). Evaluation of IMTA-produced

seaweeds (Gracilaria, Porphyra, and Ulva) as dietary ingredients in

Nile tilapia, Oreochromis niloticus L., juveniles. Effects on growth

performance and gut histology. Journal of Applied Phycology

27(4), 1671-1680. (http://dx.doi.org/10.1007/s10811-014-0453-

9)

316. Silva, J., Cerqueira, F. and Medeiros, R. (2015). Y chromosome

DNA in cervicovaginal self-collected samples of childbearing age

women: Implications for epitheliotropic sexually transmitted

infections? Life Sciences 139, 62-68.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.lfs.2015.07.027)

317. Silva, M., Pratheepa, V.K., Botana, L.M. and Vasconcelos, V.

(2015). Emergent toxins in north Atlantic temperate waters: A

Page 90: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

challenge for monitoring programs and legislation. Toxins 7(3),

859-885. (http://dx.doi.org/10.3390/toxins7030859)

318. Silva, M., Rey, V., Botana, A., Vasconcelos, V. and Botana, L.

(2015). Determination of gonyautoxin-4 in echinoderms and

gastropod matrices by conversion to neosaxitoxin using 2-

mercaptoethanol and post-column oxidation liquid

chromatography with fluorescence detection. Toxins 8(1), 1-10.

(http://dx.doi.org/10.3390/toxins8010011)

319. Silva, M., Rodriguez, I., Barreiro, A., Kaufmann, M., Neto, A.I.,

Hassouani, M., Sabour, B., Alfonso, A., Botana, L.M. and

Vasconcelos, V. (2015). First report of ciguatoxins in two starfish

species: Ophidiaster ophidianus and Marthasterias glacialis. Toxins

7(9), 3740-3757. (http://dx.doi.org/10.3390/toxins7093740)

320. Silva, M., Rodriguez, I., Barreiro, A., Kaufmann, M., Neto, A.I.,

Hassouani, M., Sabour, B., Alfonso, A., Botana, L.M. and

Vasconcelos, V. (2015). New invertebrate vectors of okadaic acid

from the North Atlantic waters - Portugal (Azores and Madeira)

and Morocco. Toxins 7(12), 5337-5347.

(http://dx.doi.org/10.3390/toxins7124885)

321. Silva, P., Fernandes, E. and Carvalho, F. (2015). Dual effect of red

wine on liver redox status: a concise and mechanistic review.

Archives of Toxicology 89(10), 1681-1693.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00204-015-1538-1)

322. Silva, P.M.A., Tavares, Á.A. and Bousbaa, H. (2015). Co-silencing

of human Bub3 and dynein highlights an antagonistic relationship

in regulating kinetochore-microtubule attachments. FEBS Letters

589(23), 3588-3594.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2015.10.017)

323. Sousa, C.M., Coimbra, D., Machado, J. and Greten, H.J. (2015).

Effects of self-administered exercises based on Tuina techniques

on musculoskeletal disorders of professional orchestra musicians:

a randomized controlled trial. Journal of integrative medicine

13(5), 314-318. (http://dx.doi.org/10.1016/S2095-

4964(15)60194-7)

324. Sousa, C.M., Moreira, L., Coimbra, D., Machado, J. and Greten,

H.J. (2015). Immediate effects of Tuina techniques on working-

related musculoskeletal disorder of professional orchestra

musicians. Journal of Integrative Medicine 13(4), 257-261.

(http://dx.doi.org/10.1016/S2095-4964(15)60181-9)

325. Sousa, M.L., Figueiredo, F., Pinheiro, C., Silva, A., Malhão, F.,

Rocha, M.J., Rocha, E. and Urbatzka, R. (2015). Morphological and

molecular effects of cortisol and ACTH on zebrafish stage I and II

Follicles. Reproduction 150(5), 429-436.

(http://dx.doi.org/10.1530/REP-15-0271)

326. Sousa, R., Amorim, T., Froufe, E., Varandas, S., Teixeira, A. and

Lopes-Lima, M. (2015). Conservation status of the freshwater

Page 91: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

pearl mussel Margaritifera margaritifera in Portugal. Limnologica

50, 4-10. (http://dx.doi.org/10.1016/j.limno.2014.07.004)

327. Souza, A.T., Dias, E., Marques, J.C., Antunes, C. and Martins, I.

(2015). Population structure, production and feeding habit of the

sand goby Pomatoschistus minutus (Actinopterygii: Gobiidae) in

the Minho estuary (NW Iberian Peninsula). Environmental Biology

of Fishes 98(1), 287-300. (http://dx.doi.org/10.1007/s10641-014-

0259-2)

328. Souza, G.T.R., Ribeiro, T.S., Antonucci, A.M., Ueda, B.H., Carniel,

M.K., Karling, L.C., Eiras, J.C., Takemoto, R.M. and Pavanelli, G.C.

(2015). Endoparasite fauna of wild capybaras (Hydrochoerus

hydrochaeris) (Linnaeus, 1766) from the upper Paraná River

floodplain, Brazil. Aquatic Mammals 41(2), 213-221.

(http://dx.doi.org/10.1578/AM.41.2.2015.213)

329. Stoichev, T., De Morais, P., Basto, M.C.P. and Vasconcelos,

M.T.S.D. (2015). Interferences of surfactants during determination

of chlorophenols by acetylation coupled to headspace-solid phase

microextraction-gas chromatography with an electron capture

detector. Journal of AOAC International 98(2), 524-528.

(http://dx.doi.org/10.5740/jaoacint.14-126)

330. Svendsen, J.C., Tirsgaard, B., Cordero, G.A. and Steffensen, J.F.

(2015). Intraspecific variation in aerobic and anaerobic

locomotion: Gilthead sea bream (Sparus aurata) and Trinidadian

guppy (Poecilia reticulata) do not exhibit a trade-off between

maximum sustained swimming speed and minimum cost of

transport. Frontiers in Physiology 6: 43.

(http://dx.doi.org/10.3389/fphys.2015.00043)

331. Tantiwisawaruji, S., Silva, A., Kovitvadhi, U., Pardal, M.A., Rocha,

M.J. and Rocha, E. (2015). A stereological estimation of the

nervous ganglia volumes and number of neurons in the peppery

furrow shell Scrobicularia plana (da Costa, 1778). Microscopy and

Microanalysis 21, 99-100.

(http://dx.doi.org/10.1017/S1431927615014300)

332. Taveira-Pinto, F., Iglesias, G., Rosa-Santos, P. and Deng, Z.D.

(2015). Preface to special topic: Marine renewable energy. Journal

of Renewable and Sustainable Energy 7(6), 061601.

(http://dx.doi.org/10.1063/1.4939086)

333. Tediosi, A., Fait, G., Jacobs, S., Verbeke, W., Álvarez-Muñoz, D.,

Diogene, J., Reuver, M., Marques, A. and Capri, E. (2015). Insights

from an international stakeholder consultation to identify

informational needs related to seafood safety. Environmental

Research 143, 20-28.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.06.038)

Page 92: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

334. Teixeira, J.H., Silva, P.M.A., Faria, J., Ferreira, I., Duarte, P.,

Delgado, M.L., Queirós, O., Moreira, R., Barbosa, J., Lopes, C.A., do

Amaral, J.B., Monteiro, L.S. and Bousbaa, H. (2015).

Clinicopathologic significance of BubR1 and Mad2 overexpression

in oral cancer. Oral Diseases 21(6), 713-720.

(http://dx.doi.org/10.1111/odi.12335)

335. Tomé, A.S., Pires, C., Batista, I., Sousa, I. and Raymundo, A.

(2015). Protein gels and emulsions from mixtures of Cape hake and

pea proteins. Journal of the Science of Food and Agriculture 95(2),

289-298. (http://dx.doi.org/10.1002/jsfa.6717)

336. Torres, A.C., Veiga, P., Rubal, M. and Sousa-Pinto, I. (2015). The

role of annual macroalgal morphology in driving its epifaunal

assemblages. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology

464, 96-106. (http://dx.doi.org/10.1016/j.jembe.2014.12.016)

337. Townsend, M., Lohrer, A.M., Rodil, I.F. and Chiaroni, L.D. (2015).

The targeting of large-sized benthic macrofauna by an invasive

portunid predator: evidence from a caging study. Biological

Invasions 17(1), 231-244. (http://dx.doi.org/10.1007/s10530-014-

0722-1)

338. Urbatzka, R., Galante-Oliveira, S., Rocha, E., Lobo-da-Cunha, A.,

Castro, L.F.C. and Cunha, I. (2015). Effects of the PPARα agonist

WY-14,643 on plasma lipids, enzymatic activities and mRNA

expression of lipid metabolism genes in a marine flatfish,

Scophthalmus maximus. Aquatic Toxicology 164, 155-162.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2015.05.004)

339. Valente, L.M.P., Rema, P., Ferraro, V., Pintado, M., Sousa-Pinto,

I., Cunha, L.M., Oliveira, M.B. and Araújo, M. (2015). Iodine

enrichment of rainbow trout flesh by dietary supplementation

with the red seaweed Gracilaria vermiculophylla. Aquaculture 446,

132-139. (http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2015.05.004)

340. Valverde, P., de Carvalho, M., Serralheiro, R., Maia, R., Ramos,

V. and Oliveira, B. (2015). Climate change impacts on rainfed

agriculture in the Guadiana river basin (Portugal). Agricultural

Water Management 150, 35-45.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.agwat.2014.11.008)

341. Valverde, P., Serralheiro, R., de Carvalho, M., Maia, R., Oliveira,

B. and Ramos, V. (2015). Climate change impacts on irrigated

agriculture in the Guadiana river basin (Portugal). Agricultural

Water Management 152, 17-30.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.agwat.2014.12.012)

342. Vandermeersch, G., Lourenço, H.M., Alvarez-Muñoz, D., Cunha,

S., Diogène, J., Cano-Sancho, G., Sloth, J.J., Kwadijk, C., Barcelo, D.,

Allegaert, W., Bekaert, K., Fernandes, J.O., Marques, A. and

Robbens, J. (2015). Environmental contaminants of emerging

concern in seafood - European database on contaminant levels.

Page 93: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Environmental Research 143, 29-45.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.06.011)

343. Vandermeersch, G., Van Cauwenberghe, L., Janssen, C.R.,

Marques, A., Granby, K., Fait, G., Kotterman, M.J.J., Diogène, J.,

Bekaert, K., Robbens, J. and Devriese, L. (2015). A critical view on

microplastic quantification in aquatic organisms. Environmental

Research 143, 46-55.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2015.07.016)

344. Varela, A.R., Manageiro, V., Ferreira, E., Guimarães, M.A., Da

Costa, P.M., Caniça, M. and Manaia, C.M. (2015). Molecular

evidence of the close relatedness of clinical, gull and wastewater

isolates of quinolone-resistant Escherichia coli. Journal of Global

Antimicrobial Resistance 3(4), 286-289.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.jgar.2015.07.008)

345. Vasconcelos, V. (2015). Global changes and the new challenges

in the research on cyanotoxin risk evaluation. Limnetica 34(1),

149-158.

346. Vaz-Moreira, I., Narciso-Da-Rocha, C., De Brandt, E.,

Vandamme, P., Silva Ferreira, A.C., Lobo-Da-Cunha, A., Nunes, O.C.

and Manaia, C.M. (2015). Hydromonas duriensis gen. Nov., sp.

nov., Isolated from freshwater. International Journal of Systematic

and Evolutionary Microbiology 65(11), 4134-4139.

(http://dx.doi.org/10.1099/ijsem.0.000546)

347. Videira, M., Casal, G., Rocha, S., Gonçalves, E., Azevedo, C.,

Velasco, M. and Matos, E.R. (2015). Potaspora aequidens n. sp.

(Microsporidia, Tetramicridae), a parasite infecting the freshwater

fish Aequidens plagiozonatus (Teleostei, Cichlidae) from Brazil.

Parasitology Research 114(7), 2435-2442.

(http://dx.doi.org/10.1007/s00436-015-4438-7)

348. Vieira, L.R., Guilhermino, L. and Morgado, F. (2015).

Zooplankton structure and dynamics in two estuaries from the

Atlantic coast in relation to multi-stressors exposure. Estuarine,

Coastal and Shelf Science 167, 347-367.

(http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2015.10.012)

349. Vye, S.R., Emmerson, M.C., Arenas, F., Dick, J.T.A. and O'Connor,

N.E. (2015). Stressor intensity determines antagonistic

interactions between species invasion and multiple stressor

effects on ecosystem functioning. Oikos 124(8), 1005-1012.

(http://dx.doi.org/10.1111/oik.01583)

350. Zanella, T.V. (2015). Marine salvage and the protection of the

marine environment: The reassessment of the no cure-no pay

principle for the protection of the marine environment. Advanced

Shipping and Ocean Engineering 3(4), 41-49.

Page 94: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

351. Zin, W.W.M., Buttachon, S., Buaruang, J., Gales, L., Pereira, J.A.,

Pinto, M.M.M., Silva, A.M.S. and Kijjoa, A. (2015). A new

meroditerpene and a new tryptoquivaline analog from the

algicolous fungus Neosartorya takakii KUFC 7898. Marine Drugs

13(6), 3776-3790. (http://dx.doi.org/10.3390/md13063776)

Page 95: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

PUBLICATIONS IN INTERNATIONAL PEER REVIEWED PROCEEDINGS

1. Agüero-Chapin, G., Molina-Ruiz, R., and Antunes, A. (2015). TI2BioP: Topological Indices

to BioPolymers. In Proceedings of the MOL2NET, 5–15 December 2015, Basque Country,

Spain; Sciforum Electronic Conference Series, Vol. 1, F011.

(http://dx.doi.org/10.3390/MOL2NET-1-F011)

2. Arenas, F., Araujo, M.J., Sampaio, E., Calvaõ, D., Rodil, I.F., Franco, J. (2015). Warm &

acid: changes on species interactions in the new ocean. Keynote and Oral Papers. In

European Journal of Phycology, 50: sup1, 22-120.

(http://dx.doi.org/10.1080/09670262.2015.1069489)

3. Bastos, F.L. (2015). A definição de “águas marinhas” na directiva-quadro «Estratégia

marinha»: uma aproximação ao conceito através do Direito Internacional do Mar. In

Actas do III Congresso Internacional do Mar, pp. 117-128.

(http://actas.lis.ulusiada.pt/index.php/cim/article/view/264)

4. Caldeira, R.M.A., Iglesias, I., Sala, I., Vieira, R.R., Bastos, L. (2015). Fragmented coastal

boundary layer induced by gap winds. Geophysical Research Abstracts Volume 17,

EGU2015-12353. European Geophysical Society 2015, eISSN 1607-7962.

5. Cotton, D., Andersen, O., Boy, F., Cancet, M., Dinardo, S., Gommenginger, C., Egido, A.,

Fernandes, J., Garcia, P. N., Lucas, B., Moreau, T., Naeije, M., Scharroo, R., Stenseng, L.,

Benveniste, J. (2015). Improved Oceanographic Measurements from SAR Altimetry:

Results and Scientific Roadmap from the ESA CryoSat Plus For Oceans Project,

Geophysical Research Abstracts Volume 17, EGU2015-4613. European Geophysical

Society 2015, eISSN 1607-7962.

6. Ermakov, S., Kapustin, I., Sergievskaya, I. and Da Silva, J. (2015) Spreading of oil films on

the sea surface: Radar/optical observations and physical mechanisms. In: Mertikas, S.P.,

Bostater, C.R. and Neyt, X. (Eds). Proc. SPIE 9638, Remote Sensing of the Ocean, Sea Ice,

Coastal Waters, and Large Water Regions 2015, 963807

(http://dx.doi.org/10.1117/12.2195004)

7. Fernandes, C., Carraro, L., Silva, A., Veloso, C., Tiritan, M., Silva, A. and Pinto, M. (2015)

Synthesis and enantiomeric purity evaluation of a new small library of promising

bioactive chiral derivatives of xanthones. In Proceedings of the 1st International

Electronic Conference on Medicinal Chemistry (ECMC-1), Sciforum Electronic

Conference Series, 1, A021. (http://dx.doi.org/10.3390/ecmc-1-A021)

8. Fernandes, M.J., Lázaro, C., Pires, N., Legeais, J.F., Ablain, M., Dinardo, S., Lucas, B.,

Benveniste, J. (2015). Improved wet tropospheric corrections for eight altimetric

missions Geophysical Research Abstracts Volume 17, EGU2015-11415. European

Geophysical Society 2015, eISSN 1607-7962.

9. Galpert, C.D., Del Río, G.S., Herrera, F., Ancede, G.E., Antunes, A., Agüero-Chapin, G.

(2015). Pairwise Ortholog Detection in Related Yeast Species by Using Big Data

Supervised Classifications. In Proceedings of the MOL2NET, 5–15 December 2015,

Basque Country, Spain; Sciforum Electronic Conference Series, Vol. 1, F011.

(http://dx.doi.org/10.3390/MOL2NET-1-F011)

10. Granja, H., Danielsen, R. (2015). Atypical coastal environmental change during Copper

Age- Bronze Age transition (Rio de Moinhos, NW Portugal) – preliminary results.

Page 96: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Geophysical Research Abstracts Volume 17, EGU2015-12250. European Geophysical

Society 2015, eISSN 1607-7962.

11. Handoko E. Y., Fernandes, M. J., Lázaro, C. (2015). Assessment of the GNSS-derived Path

Delay (GPD) wet tropospheric correction in the Indonesian Seas, Geophysical Research

Abstracts Volume 17, EGU2015-11967. European Geophysical Society 2015, eISSN 1607-

7962.

12. Iglesias, I., Couvelard, X., Avilez-Valente, P., Caldeira, R.M.A. (2015). NW Iberia shelf

dynamics and the behaviour of the Douro River plume. Geophysical Research Abstracts

Volume 17, EGU2015-12821. European Geophysical Society 2015, eISSN 1607-7962.

13. Iglesias, I., Lázaro, C., Fernandes, M. J., Bastos, L. (2015). North Atlantic teleconnection

patterns signature on sea level from satellite altimetry. Geophysical Research Abstracts

Volume 17, EGU2015-12353. European Geophysical Society 2015, eISSN 1607-7962.

14. Iglesias, I., Lorenzo, M. N., Rodríguez-Fonseca, B., Taboada, J. J., Gómez-Gesteira, M.

(2015). Teleconnections between El Niño events and the north western Iberian

Peninsula extreme rainfall. Geophysical Research Abstracts Volume 17, EGU2015-

13632. European Geophysical Society 2015, eISSN 1607-7962.

15. Iglesias, I., Lorenzo, M. N., Taboada, J. J., Ramos, A. M. (2015). Effects of climate variation

on viticulture in Spain. Geophysical Research Abstracts Volume 17, EGU2015-12353;

European Geophysical Society 2015, eISSN 1607-7962.

16. Legeais, J.F., Larnicol, G., Cazenave, A., Ablain, M., Benveniste, J., Lucas, B. M., Timms,

G., Johannessen, J., Knudsen, P., Cipollini, P., Roca, M., Rudenko, S., Fernandes, J.,

Balmaseda, M., Quartly, G., Fenoglio-Marc, L., Scharfennberg, M., Meyssignac, B.,

Guinle, T., Andersen, O. (2015). Two Decades of Global and Regional Sea Level

Observations from the ESA Climate Change Initiative Sea Level Project Geophysical

Research Abstracts Volume 17, EGU2015-5762, eISSN 1607-7962.

17. Martinho, F., Freitas, V., Santos, P.T., Bremm, C., Campos, J., Van Der Veer, H.W. (2015).

Early life stages of plaice Pleuronectes platessa in cold-water nurseries. Front. Mar. Sci.

Conference Abstract: XV European Congress of Ichthyology.

(http://dx.doi.org/10.3389/conf.fmars.2015.03.00090)

18. Moreira, J., Salazar, S., Leão, M., Pinto, M., Saraiva, L. & Cidade, H. (2015) Promising

caspase modulators with flavonoid scaffold.In Proceedings of the 1st Int. Electron. Conf.

Med. Chem., 2-27 November; Sciforum Electronic Conference Series. 1, A013.

(http://dx.doi.org/10.3390/ecmc-1-A013)

19. Neves, A., Sousa, E., Pinto, M. & Correia-da-Silva, M. (2015) Potential Orally-Active

Heparin-Like Compounds: Synthesis and Anticoagulant Activity.In Proceedings of the 1st

Int. Electron. Conf. Med. Chem., 2-27 November; Sciforum Electronic Conference Series,

1, A018. (http://dx.doi.org/10.3390/ecmc-1-A018)

20. Neves, V., Guedes, A., Campos, J., Freitas, V. (2015). Aberrant otoliths in juvenile

flounder Platichthys flesus (L.). Front. Mar. Sci. Conference Abstract: XV European

Congress of Ichthyology. (http://dx.doi.org/10.3389/conf.fmars.2015.03.00106)

21. Mendes C, Ramos S, Elliott M and Bordalo A. A. 2015. Trophic interactions of Platichthys

flesus and Solea solea juveniles in the Lima estuary nursery (NW Portugal). Front. Mar.

Sci. Conference Abstract: XV European Congress of Ichthyology.

(http://dx.doi.org/0.3389/conf.FMARS.2015.03.00252)

22. Rebelo, C., Rodrigues, A., Tenedório, J.A., Gonçalves, J.A, Marnoto, J. (2015). Building 3D

City Models: Testing and Comparing Laser Scanning and Low-Cost UAV Data Using FOSS

Page 97: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Technologies. Lecture Notes in Computer Science 9157, pp. 367-379, 2015.

(http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-21470-226)

23. Santos, R.V., Ramos, S. and Bonecker, A.C. (2015). Using fish larvae as indicators of

estuarine ecosystem condition in Rio de Janeiro State, Brazil. Front. Mar. Sci. Conference

Abstract: XV European Congress of Ichthyology.

(http://dx.oid.org/10.3389/conf.FMARS.2015.03.00129)

24. Santos, R., Fernandes, L., Varandas, S., Pereira, M., Sousa, R., Teixeira, A., Lopes-Lima,

M., Cortes, R. & Pacheco, F. (2015). The impacts of climate and land-use change

scenarios on river ecology: the case of Margaritifera margaritifera. EGU General

Assembly Conference Abstracts, Vol. 17, p. 13986.

25. Sousa, E., Lemos, A., Gomes, A., Cravo, S., & Pinto, M. (2015). Synthesis of Aminated

Xanthones: Exploiting Chemical Routes to Reach for Bioactive Compounds. In:

Proceedings of the 1st Int. Electron. Conf. Med. Chem., 2-27 November, Sciforum

Electronic Conference Series, 1, A022. (http://dx.doi.org/10.3390/ecmc-1-A022)

26. Sousa, J.F., Freitas, V., Santos, P. (2015). Determination of interannual variability in early

life history of Pleuronectes platessa (L.) using otolith microstructure. Front. Mar. Sci.

Conference Abstract: XV European Congress of Ichthyology.

(http://dx.oid.org/10.3389/conf.FMARS.2015.03.00132)

27. Teodoro, A., Duarte, L., Sillero, N., Gonçalves, J.A., Fonte, J., Gonçalves-Seco, L., Pinheiro

Da Luz, L.M. and Dos Santos Beja, N.M.R. (2015) An integrated and open source GIS

environmental management system for a protected area in the south of Portugal. In:

Michel, U., Ehlers, M., Schulz, K., Nikolakopoulos, K.G. and Civco, D. (Eds). Proc. SPIE

9644, Earth Resources and Environmental Remote Sensing/GIS Applications VI, 96440U.

(http://dx.doi.org/10.1117/12.2193578)

OTHER INTERNATIONAL PUBLICATIONS

1. Bogan, A.E., Lopes-Lima, M., Sousa, R., & Zieritz, A. (2015). Initial Survey of the

Freshwater Bivalve Fauna of Peninsular Malaysia. Ellipsaria 17 (4): 19-20.

2. Burlakova, L., Mehler, K., Karatayev, A. & Lopes-Lima, M. (2015). 2nd International

Meeting on Biology and Conservation of Freshwater Bivalves. Ellipsaria 17 (4): 1-4.

3. Fernandes, C. et al. (2015). Chiral HPLC separation of chiral derivatives of xanthones

using the (S,S)-Whelk-O® 1 chiral stationary phase, Application Note: Chiral, by Regis

Technologies, Inc., LCGC North America, 22 October.

4. Granja, H., Pinho, J.L. (2015). Belinho Beach, NW Portugal: an example of rapid

beach change. Coastal Care, Beach of the Month.

(http://coastalcare.org/2015/10/belinho-beach-nw-portugal-an-example-of-rapid-

beach-change-by-h-granja-j-l-s-pinho/)

5. Mesquita S.R., van Drooge B.L., Oliveira E., Grimalt J.O., Barata C., Vieira N.,

Guimaraes L., Piña B. (2015). Toxicogenomic analysis of rural and urban air particles.

Expression profiling by array. NCBI's Gene Express Omnibus database, Series record

GSE53522.

Page 98: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

6. Saraiva, A. (2015). Flatfish pathology: the case of turbot Scophthalmus maximus L.

in Portugal. Foro Iberoam. Rec. Mar. Acui. VII, pp. 23-30.

7. Schulz, M., Goose, H., Hofmann, E., Traon, P-I., Lozier, S., Salihoglu, B., Sousa Pinto,

I. (2015). Ocean Climate nexus: The critical role of ocean science in responding to

climate change. European Marine Board. Oostende.

8. Valente, L.M.P. 2015. Seaweeds as sustainable feed ingredients for farmed fish

species. Effects on growth, immunological response and flesh quality. In: Cruz-

Suárez, L.E., Ricque-Marie, D., Tapia-Salazar, M., Nieto-López, M.G., Villarreal-

Cavazos, D. A., Gamboa-Delgado, J., Rivas Vega, M. y Miranda Baeza, A. (Eds),

Nutrición Acuícola: Investigación y Desarrollo, Universidad Autónoma de Nuevo

León, San Nicolás de los Garza, Nuevo León, México, pp. 169-182.

NACIONAL / PEDAGOGIC PUBLICATIONS

1. Costa, S. (2015). A Longa Viagem de Angui e Luna, 60 p. CIIMAR, Porto, ISBN: 978-989-

97443-2-5.

2. Costa, S., Guilhermino, L. (2015). Derrames de petróleo: Causas, consequências e

medidas de mitigação. Conjunto Pedagógico para o 1º Ciclo do Ensino Básico. CIIMAR,

Porto, 65 p. ISBN: 978-989-97443-3-2.

3. Ribeiro, D.C., Costa, S. and Guilhermino, L. (Eds). (2015). Monitorização e Avaliação de

Risco Ecológico de Derrames Químicos e Contaminação Ambiental por Substâncias

Químicas. CIIMAR, Porto, ISBN 978-989-97443-4-9.

B. ADVANCED TRAINING

PhD THESES

Name: Ângela Brito

Thesis title: Screening for secondary metabolites and the capacity to fix nitrogen in benthic

cyanobacteria isolated from the Portuguese coast

Doctoral Programme/Doctoral Degree:

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Paula Tamagnini (FCUP)

Co-supervisor(s): Vitor Vasconcelos

Name: Catarina Churro

Thesis title: Harmful Cyanobacteria: Accessing Planktothrix species diversity and associated

toxins using quantitative real-time PCR in natural waters

Doctoral Programme/Doctoral Degree: Biology

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Vitor Vasconcelos

Co-supervisor(s): Elisabete Valério

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Name: Jakeline Marcela Azambuja de Freitas

Thesis title: Performance and haematological responses of the Nile tilapia subjected to different

levels of protein and stress conditions

Doctoral Programme/Doctoral Degree: Programa de pós-graduação em Zootecnia

Faculty/University: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia - UNESP/Botucatu, Brasil

Supervisor: Margarida Barros

Co-supervisor: Helena Peres

Name: José Pedro Machado Oliveira

Thesis title: Experimental test of the effects of compounded anthropogenic perturbations on

intertidal assemblages on Portuguese rocky shores

Doctoral Programme/Doctoral Degree: Biomedical Sciences

Faculty/University: ICBAS, University of Porto

Supervisor: Michael Weber

Co-supervisor(s): Iacopo Bertocci, Isabel Sousa-Pinto

Name: Maria Isabel Araújo Pinto

Thesis title: Pesticides in water, sediments and biota of semi-enclosed coastal lagoons: sources,

pathways and impact on aquatic organisms

Doctoral Programme/Doctoral Degree: Sustainable Chemistry

Faculty/University: Faculty of Science and Technology, dade de Ciencias e Tecnologia,

Universidade Nova de Lisboa

Supervisor: João Paulo Noronha

Co-supervisor(s): Carlos Vale, Gerhard Sontag

Name: Marisa Silva

Thesis title: Emergent toxins in North Atlantic temperate waters and new vectors

Doctoral Programme/Doctoral Degree: Biology

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Vitor Vasconcelos

Co-supervisor(s): Luis Botana

Page 100: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Name: Renato Adriano dos Santos

Thesis title: Efeito do ácido lipóico na capacidade de utilização de carboidratos em juvenis de

sargo

Doctoral Programme/Doctoral Degree: Programa de pós-graduação em Ciências Fisiológicas –

Fisiologia Animal Comparada

Faculty/University: Universidade Federal do Rio Grande, Brasil

Supervisor: José Maria Monserrat

Co-supervisor(s): Aires Oliva Teles, Helena Peres

MASTER THESES

Name: Agostinho Luís Pereira Lemos

Thesis title: Design and synthesis of potential inhibitors of p53:MDM2 interaction

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Emília Sousa

Co-supervisor(s): Andreia Palmeira, Lucília Saraiva

Name: Alexandre Jorge Pereira Rosas da Silva

Thesis title: A produção de biogás na ETAR de Gaia Litoral: Estudo preliminar por análise

dos componentes principais

Master Degree: Ciências e Tecnologia do Ambiente

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Carlos Alberto Rocha Gomes

Co-supervisor: Ermelinda Barreiro (Industry – Águas de Gaia/ETAR de Gaia Litoral)

Name: Ana Antunes

Thesis title: Study of the histological, enzimatic and nuclear effects of the cerium dioxide

Page 101: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

in fish gills.

Master degree: Pharmaceutical Sciences

Faculty/University: Faculdade de Ciências da Saúde da Universidade Fernando Pessoa

Supervisor: Alberto Teodorico Correia

Name: Ana Carolina Costa

Thesis title: Effects of psychopharmaceutical exposure on the neurotransmitter system

in the European seabass

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Marta Ferreira

Co-supervisor: Ralph Urbatza

Name: Ana Carolina Faria da Costa

Thesis title: Transcriptional level of genes involved in the neurotransmitter system of

Dicentrarchrus labrax in response to chronic exposure to psychopharmaceuticals

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Marta Ferreira

Co-supervisor: Ralph Urbatzka

Name: Ana Catarina da Silva Monteiro

Thesis title: Efeitos combinados de contaminantes qumicos e um fator de stress

ambiental em Carcinus maenas

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Laura Guimarães

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Co-supervisor: Ana Cristina Rocha

Name: Ana Isabel Lopes

Thesis title: Individual and biochemical responses of the amphipod Gammarus locusta

after chronic exposure to sertraline

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Teresa Neuparth

Co-supervisor: Miguel Santos

Name: Ana Isabel Oliveira de Abreu

Thesis title: Long-term effects of hazardous and noxious substances in Carcinus maenas

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Laura Guimarães

Co-supervisor: Ana Cristina Rocha

Name: Ana Mafalda Castro

Thesis title: In vitro screening assays using the murine pre-adipocyte cell line 3T3-L1 to

study anti-obesogenic activities of cyanobacterial compounds

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Ralph Urbatzka

Co-supervisor: Vitor Vasconcelos

Name: Ana Rita da Conceição Neves

Thesis title: Synthesis and biological evaluation of potential antithrombotic agents

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Page 103: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Marta Correia da Silva

Co-supervisor(s): Emília Sousa, Madalena Pinto

Name: Ana Rita Silva Moreira

Thesis title: Development of poliposomes as a vehicle to deliver new molecules with

antitumor activity

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Domingos Ferreira

Co-supervisor: Madalena Maria Magalhães Pinto

Name: Ana Sofia Teixeira Oliveira

Thesis title: Synthesis of curcumin derivatives with potential antitumor activity

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Emília Sousa

Co-supervisor: Helena Vasconcelos

Name: Ana Sofia Duarte Macedo

Thesis title: Screening the effects of emerging pollutants using embryo bioassays:

triclosan, methyl-triclosan and perfluoroalkyls chemicals

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Miguel Santos

Page 104: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Name: André Carido Pereira

Thesis title: Survey of histopathological effects and evaluation of performance in juvenile

zebrafish (Danio rerio) under chronic exposure to nitrate

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Aurélia Saraiva

Co-supervisor: António Paulo Carvalho

Name: André Carido Pereira

Thesis title: Survey of histopathological effects and evaluation of performance in juvenile

zebrafish (Danio rerio) under chronic exposure to nitrate.

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Aurélia Saraiva

Co-supervisor: António Paulo Carvalho

Name: Andreia Filipa Campos Alves

Thesis title: Avaliação da cadeia trófica em dois ecossistemas de grande profundidade

do Oceano Pacífico.

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Teresa Amaro

Co-supervisor: Sandra Ramos

Name: Andreia Isabel Costa Martins

Thesis title: Controlo da Qualidade: Auditorias a métodos de ensaio.

Page 105: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Master Degree: Chemistry

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Carlos Alberto Rocha Gomes

Supervisor: André Oliveira (Industry – Silliker Portugal S.A.)

Name: Andreia Patrícia Sousa Alves de Magalhães

Thesis title: Antimicrobial activity in textiles

Master Degree: Quality Control

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Eugénia Pinto

Co-supervisor: Helena Neto

Name: Antonio Sánchez López

Thesis title: Potential of pre-pupae meal of the Black Soldier Fly (Hermetia illucens) as

fish meal substitute: effect on growth performance and digestibility in European sea bass

(Dicentrarchus labrax).

Master Degree: Aquaculture

Faculty/University: Universitat Politecnica de Valencia

Supervisor: Aires Oliva Teles

Co-supervisor: Helena Peres

Name: Bárbara Sofia Poléri da Silva

Thesis title: Separação enantiomérica de derivados catinónicos em drogas de abuso por

HPLC quiral. Estudo da citotoxicidade dos enantiómeros da 3,4-metilenodioxipirovalerona

(MDPV)

Master Degree: Forensic Sciences

Faculty/University: Faculdade de Medicina da Universidade do Porto

Page 106: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Supervisor: Fernando Manuel Gomes Remião

Co-supervisor(s): Carla Sofia Garcia Fernandes, Paula Guedes de Pinho

Name: Beatriz Rodríguez Cunha Ferreira Tavares

Thesis title: Distribuição histórica e atual do gastrópode intertidal Littorina littorea ao

longo da costa Portuguesa

Master Degree: Mestrado em Ecologia, Ambiente e Território

Faculty/University: Faculdade de Ciências da Universidade do Porto

Supervisor: Marcos Rubal García

Co-supervisor: Isabel Sousa-Pinto

Name: Bruno Miguel dos Santos Silva Pinto

Thesis title: Effects of antidepressant fluoxetine in European sea bass juveniles

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Marta Ferreira

Co-supervisor: Sandra Ramos

Name: Bruno Miguel dos Santos Silva Pinto

Thesis title: Effects of antidepressant fluoxetine in European sea bass juveniles

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Marta Ferreira

Co-supervisor: Sandra Ramos

Name: Catarina Cabral Oliveira

Thesis title: Wildlife management in conservation parks – General and Veterinary

Intervention

Page 107: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Master Degree: Veterinary Medicine

Faculty/University: Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro

Supervisor: Simone Angelucci

Co-supervisor: José Manuel de Melo Henriques de Almeida

Name: Cláudia Patrícia Ferreira Paiva

Thesis title: Evaluation of the integration of aerobic and anaerobic biological treatment

processes in an industrial chemical WWTP

Master Degree: Environmental Sciences and Technology

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Maria Teresa Borges

Co-supervisor: S. Silva (Adventech, Serviços Ambientais, S.A)

Name: Cristiana Filipa Magalhães Gregório

Thesis title: Antifungal activity and/or inhibition of mechanisms of resistance of a small

library of natural and synthetic compounds

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Eugénia Pinto

Co-supervisor: Madalena Pinto

Name: Daniela Machado

Thesis title: Reproductive cycle of the population of European clam, Ruditapes

decussatus, from Lagoa de Óbidos, Leiria, Portugal

Master Degree: Aquaculture

Faculty/University: Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar

Supervisor: Teresa Baptista

Page 108: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Co-supervisor: Domitília Matias

Name: Daniela Pinho

Thesis title: Spatial and temporal variation of kelp beds and associated macroalgal

assemblages along the Portuguese coast

Master Degree: Ecology, Environment and Territory

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Iacopo Bertocci

Name: Diana Filipa Brito Martins.

Thesis title: Efeitos dos fármacos enquanto xenobióticos presentes no ambiente

aquático ao nível das alterações tecidulares reportadas em peixes por vários estudos de

toxicologia ambiental.

Master Degree: Pharmaceutical Sciences

Faculty/ University: Faculdade de Ciências da Saúde da Universidade Fernando Pessoa.

Supervisor: Alberto Teodorico Correia

Name: Diana Oliveira Pinheiro

Thesis title: Treatment of winery wastewater in SBBR integrating advanced oxidation

processes and biodegradation by microbial biofilms

Master Degree: Environmental Sciences and Technology

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Maria Teresa Borges

Co-supervisor: S. Silva (Adventech, Serviços Ambientais, S.A)

Name: Diogo Brazão Taveira Malheiro

Thesis title: Effects of oxygen availability on hematological parameters, immune status,

Page 109: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

gill histomorphology and gene expression of Senegalese sole (Solea senegalensis): the role of

acute hyperoxia

Master Degree: Marine Sciences - Marine Resources

Faculty/University: ICBAS, University of Porto

Supervisor: Benjamín Costas

Co-Supervisor: António Afonso

Name: Eliana Patricia Duarte Vieira

Thesis title: Spatio-temporal variability of the wet component of the troposphere -

Application in Satellite Altimetry

Master Degree: Geographical Engineering

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Clara Lázaro

Co-supervisor: Joana Fernandes

Name: Fábio André Fernandes Galhano

Thesis title: Estabelecimento de protocolo de infeção de Argyrosomos regius com

Photobacterium damselae subsp. piscicida com determinação da resposta imunitária

Master Degree: Biotechnology of Marine Resources

Faculty/University: Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar, Instituto Politécnico

de Leiria.

Supervisor: Teresa Batista

Co-Supervisor: Maria Manuel Sampaio Cristóvão, Benjamín Costas

Name: Filipa Moreira

Thesis title: Development of multiplex PCR assays for the detection of genetically

modified plants

Page 110: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Master Degree: Forensic Genetics

Faculty/University: Faculty of Science, University of Porto

Supervisor: Filipe Pereira

Name: Filipa Santos

Thesis title: Antibiotics removal in constructed wetlands: response of autochthonous

microbial community

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Ana Paula Mucha

Co-supervisor: C. Marisa Almeida

Name: Filipe Correia Gonçalves e Silva

Thesis title: Evolutionary genomics study of genes involved in animal adaptation

Master Degree: Biochemistry

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Agostinho Antunes

Name: Inês Montenegro

Thesis title: Autochthonous bioaugmentation – a strategy for enhanced

phytoremediation / bioremediation of mixed contamination in salt marshes

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: C. Marisa R. Almeida

Co-supervisor: Ana Paula Mucha

Name: Inês Teixeira

Thesis title: Study of the histological, enzimatic and nuclear effects of the cerium dioxide

Page 111: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

in fish liver and kidney.

Master degree: Specialized Laboratory analysis - Environmental Analysis and Food

Faculty/University: Faculdade de Ciências da Saúde da Universidade Fernando Pessoa

Supervisor: Alberto Teodorico Correia

Name: Ivo Ezequiel Silva Souza

Thesis title: Métodos de eliminação de fármacos e seus metabolitos ao nível das Estações

de Tratamento de Águas Residuais.

Master degree: Pharmaceutical Sciences

Faculty/University: Faculdade de Ciências da Saúde da Universidade Fernando Pessoa.

Supervisor: Alberto Teodorico Correia

Name: Jealinda Fortes

Thesis title: Caraterização e modelação da celularidade muscular do linguado (Solea

senegalensis) através da dieta

Master Degree: Mestrado de Engenharia Agronómica

Faculty/University: Faculdade de Ciências da Universidade do Porto

Supervisor: Rita Cabrita

Name: Joana Cláudia Morais da Silva Mendes

Thesis title: Estágio na Aquacultura Safiestela: Estudos da nutrição e alimentação em

larvas de linguado (Solea senegalensis)

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Helena Peres

Name: Joana Filipa Mendes Rações

Page 112: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Thesis title: Análise de fatores ambientais e dietas utilizadas na reabilitação de animais

marinhos – Golfinho Comum (Delphinus delphis) e Tartaruga-boba (Caretta caretta).

Master Degree: Animal Science

Faculty/University: University of Trás-os-Montes e Alto Douro

Supervisor: Ana Luís Guimarães Dias Lourenço

Co-supervisor: José Júlio Gonçalves Barros Martins

Name: Joana Filipa Moreira de Sousa

Thesis title: Interannual variability in early life history of Pleuronectes platessa (L.) using

otolith microstructure

Master Degree: Ecology Faculty/University: Ecology, Environment and Territory

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Paulo T. Santos

Co-supervisor: Vânia Freitas

Name: Joana Fonseca

Thesis title: Screening for small molecules with anti-mitotic activity

Master Degree: Molecular Therapies

Faculty/University: Instituto Universitário de Ciências da Saúde, CESPU

Supervisor: Hassan Bousbaa

Co-supervisor: Patrícia Silva

Name: Joana Miguel Coutinho Gomes da Silva

Thesis title: Anaerobic Biodegradation of Biodiesel in Nitrate Reducing Conditions and

Impacts on the biodegradation of Benzene and Toluene

Master Degree: Sciences and Environmental Technologies

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Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Anthony Danko

Co-supervisor: Catarina Magalhães

Name: Joana Patrícia Martins Moreira

Thesis title: Caspases modulators with flavonic scaffold: synthesis and biological activity

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Honorina Maria de Matos Cidade

Co-supervisor: Lucília Helena Ataíde Saraiva

Name: Joana Teixeira

Thesis title: Therapeutic targeting of the mitotic checkpoint to increase sensitivity of

cancer cells to anti-mitotic agents

Master Degree: Oncobiology

Faculty/University: University of Algarve

Supervisor: Hassan Bousbaa

Co-supervisor: Patrícia Silva e Álvaro Tavares

Name: João Monteiro

Thesis title: In vitro detection of non-canonical mitochondrial DNA conformations

Master Degree: Forensic Genetics

Faculty/University: Faculty of Science, University of Porto

Supervisor: Filipe Pereira

Name: José Manuel Martins Sousa Anjos Lopes

Page 114: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Thesis title: Fotogrametria e Deteção Remota Aplicada à Prospeção Mineira

Master Degree: Surveying Engineering

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: José Alberto Álvares Pereira Gonçalves

Name: Karízia Góis e Silva

Thesis title: Estágio na empresa Conservas Portugal Norte, Lda.: Qualidade do produto

final

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Paulo Vaz-Pires

Co-supervisor: Sandra Moura

Name: Lourenço Ramos Pinto

Thesis title: Caracterização de crescimento muscular em dourada após suplementação

com creatina

Master Degree: Marine Sciences – Marine Resources

Faculty/University: ICBAS, University of Porto

Supervisor: Prof. Dra. Luísa Maria Pinheiro Valente

Name: Luísa Maria Moreira Viana

Thesis title: Estágio na Fábrica de Conservas Belamar: Sucedâneo de ovas de sardinha

em conserva

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Paulo Vaz-Pires

Co-supervisor: Carla Pinheiro

Page 115: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Name: Marcelo Gonçalves

Thesis title: Automatização de Importação e Manipulação de Informação Cartográfica

para SIG Caso de Estudo: Aplicação ao Modelo de Ordenamento da Orla Costeira no Troço

Caminha - Espinho

Master Degree: Surveying Engineering

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: José Alberto Álvares Pereira Gonçalves

Name: Maria Inês Alves de Sousa Cruz

Thesis title: Xanthone derivatives as dual agents (anticholinesterase and antioxidants)

for Alzheimer disease: synthesis and biological evaluation.

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Madalena Maria Magalhães Pinto

Co-supervisor: Honorina Maria de Matos Cidade

Name: Marta Filipe dos Anjos Pinto

Thesis title: Estágio na Aquacultura Safiestela: Estudo da alimentação e comportamento

alimentar em reprodutores de linguado (Solea senegalensis)

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Helena Peres

Name: Marta Isabel Póvoas Monteiro

Thesis title: Molecular mechanisms of BMAA stress-response and detoxification in

Page 116: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Mytilus galloprovincialis

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Mafalda Baptista

Co-supervisor: Vitor Vasconcelos

Name: Marta Nobre de Castro Pereira

Thesis title: In-situ vs ex-situ conservation - General and veterinary intervention

Master Degree: Veterinary Medicine

Faculty/University: University of Trás-os-Montes e Alto Douro

Supervisor: José Manuel de Melo Henriques de Almeida

Name: Melissa Couto

Thesis title: Molecular and biochemical mechanisms involved in the toxicity of marine

cyanobacteria compound on cancer cell lines

Master Degree: Biochemistry in Health

Faculty/University: ESTSP, Escola Superior de Tecnologia da Saude (Instituto Politécnico

do Porto)

Supervisor: Rosario Martins

Co-supervisor: Ralph Urbatzka

Name: Miguel Rocha

Thesis title: Molecular targets involved in the goose barnacle Pollicipes pollicipes

(Cirripedia) larvae metamorphosis and settlement

Master Degree: Cellular and Molecular Biology

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Isabel Cunha

Co-supervisor(s): Filipe Pereira

Page 117: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Name: Nour Salam

Thesis title: Effect of salinity on the depuration rate of metal pollutants by the brown

shrimp Crangon crangon

Master Degree: Marine Biodiversity and Conservation

Faculty/University: University of Salford

Supervisor: Chiara Benvenuto, Debapriya Mondal

Co-supervisor: Joana Campos

Name: Paulo Castro

Thesis title: Palatability of the Asian clam Corbicula fluminea in an invaded system

Master Degree: Ecology

Faculty/University: University of Minho

Supervisor: Martina Ilarri

Co-supervisor: Ronaldo Sousa

Name: Pedro Manuel Araújo Martins Maia

Thesis title: Estudo Comparativo de Novas Metodologias para Geração de

Ortofotomapas em Ambiente de Produção

Master Degree: Surveying Engineering

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: José Alberto Álvares Pereira Gonçalves

Name: Rafael dos Santos Alemida

Thesis title: Effect of dietary incorporation of sorghum distillers dried grains with solubles

(DDGS) in the hematological and immunological responses of Nile tilapia (Oreochromis

niloticus), submitted to Aeromonas hydrophila challenge

Page 118: RELATÓRIO DE ATIVIDADE - CIIMAR | … 3. Equipa de Investigação O conjunto dos recursos humanos do CIIMAR é constituído por cerca de 460 membros, incluindo investigadores e pessoal

Master Degree: Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto; Faculdade de Medicina

Veterinária e Zootecnia - UNESP/Botucatu, Brasil

Supervisor: Helena Peres

Co-supervisor: Margarida Barros

Name: Ricardo Jorge Pacheco Reis

Master Report title: Aplicação de técnicas cromatográficas à informação nutricional

Master Degree: Chemistry

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: M. Clara Basto

Supervisor: Alice Santos

Name: Rita Alexandra Fernandes Salgado

Thesis title: Characterization of proteins recovered from fish byproducts

Master Degree: Food Engineering

Faculty/University: Instituto Superior de Agronomia, University of Lisbon

Supervisor: Carla Pires

Co-supervisor: Miguel Mourato

Name: Rockon Ashitey Armaah

Thesis title: Water or Food? Accumulation of Arsenic through water and food by the

brown shrimp, Crangon crangon from the Upper Mersey Estuary

Master Degree: Marine Biodiversity and Conservation

Faculty/University: University of Salford

Supervisor: Chiara Benvenuto, Debapriya Mondal

Co-supervisor: Joana Campos

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Name: Sandra Marques

Thesis title: Screening for small molecules with anti-mitotic activity

Master Degree: Molecular Therapies

Faculty/University: Instituto Universitário de Ciências da Saúde, CESPU

Supervisor: Hassan Bousbaa

Co-supervisor: Patrícia Silva

Name: Sara Isabel Carneiro Simões

Thesis title: Effects of stream salinization on fungal-mediated leaf decomposition: a

microcosm approach

Master Degree: Ecology

Faculty/University: University of Coimbra

Supervisor: Cristina Canhoto

Co-supervisor(s): Lúcia Guilhermino; Felix Bärlocher

Name: Sara Patrícia Pinto Moutinho

Thesis title: Potential use of meat and bone meal in diets for gilthead seabream (Sparus

aurata) juveniles

Master Degree: Aquatic Biological Resources

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto; Universitat Politènica de

València

Supervisor: Helena Peres

Co-supervisor(s): Silvia Martínez-Llorens, Miguel Jover Cerdá

Name: Sara Pires de Sousa Basto

Thesis title: Effects of low fumonisin levels in the diet of rainbow trout (Oncorhynchus

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Onchorynchus)

Master Degree: Veterinary Medicine

Faculty/University: University of Trás-os-Montes e Alto Douro

Supervisor: Paulo José de Azevedo Pinto Rema

Co-supervisor: José Manuel de Melo Henriques de Almeida

Name: Sofia Coelho Botelho

Thesis title: Otimização de técnicas e processos de produção de alimento vivo: rotiferos.

Master Degree: Animal Science

Faculty/University: University of Trás-os-Montes e Alto Douro

Supervisor: José Júlio Gonçalves Barros Martins

Name: Sofia Francisco

Thesis title: Effect of climate change in bioaccumulation of emergent chemical

contaminants in fish.

Master Degree: Sciences in Marine Ecology

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Lisbon

Supervisor: Rui Rosa

Co-supervisor: António Marques

Name: Stephanie Castro Coelho

Thesis title: Estudo etológico do casuar (Casuarius casuarius) durante a época

reprodutiva no Parque Ornitológico de Lourosa.

Master Degree: Animal Science

Faculty/University: University of Trás-os-Montes e Alto Douro

Supervisor: José Júlio Gonçalves Barros Martins

Name: Telmo André Pereira Vieira

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Thesis title: Aplicação dos GNSS à avaliação da estabilidade de Radiómetros de micro-

ondas e de modelos atmosféricos globais

Master Degree: Surveying Engineering

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Joana Fernandes

Co-supervisor: Clara Lázaro

Name: Vanessa Alexandra Martins

Thesis title: Biorremediação de petróleo na zona costeira: papel dos microorganismos

autóctones

Master Degree: Environmental Contamination and Toxicology

Faculty/University: ICBAS-FCUP, University of Porto

Supervisor: Ana Paula Mucha

Co-supervisor: C. Marisa R. Almeida

Name: Vânia Diogo

Thesis title: Therapeutic targeting of the mitotic checkpoint to increase sensitivity of

cancer cells to anti-mitotic agents

Master Degree: Oncobiology

Faculty/University: University of Algarve

Supervisor: Hassan Bousbaa

Co-supervisor: Patrícia Silva e Álvaro Tavares

Name: Vera Dantas

Thesis title: Sobreposição de recursos utilizados pelo lagostim invasor Procambarus

clarkii (Girard, 1852) e por espécies de peixes simpátricas

Master Degree: Ecology

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Faculty/University: University of Minho

Supervisor: Ronaldo Sousa

Name: Verónica Sofia Salazar e Costa

Thesis title: Discovery of new modulators of caspase family proteins using the yeast

approach

Master Degree: Pharmaceutical Chemistry

Faculty/University: Faculty of Pharmacy, University of Porto

Supervisor: Lucilia Helena Ataíde Saraiva

Co-supervisor(s): Honorina Maria de Matos Cidade and Mariana Valencia C. Ferreira

Leão

Name: Vitor Rocha Miranda da Silva

Thesis title: Genome analysis of a marine sponge symbiont - a Pseudovibrio related

bacteria

Master Degree: Biochemistry

Faculty/University: Faculty of Sciences, University of Porto

Supervisor: Agostinho Antunes

C. MODELS

Ecological model to assess population recovery of marine amphipod Gammarus locusta

[de los Santos, C. B., Neuparth, T., Torres, T., Martins, I., Sheahan, D., McGowan, T., Santos, M.M.

(2015). Ecological modelling and toxicity data coupled to assess population recovery of marine

amphipod Gammarus locusta: application to disturbance by chronic exposure to aniline. Aquatic

Toxicology, 163, 60-70.]

MODELFISH – Modelo Predictivo de Ingestão Alimentar como Ferramenta de Controlo

Ambiental em Produção Aquática. Entidade Financiadora: PROMAR - Eixo III, reference (31-03-

01-FEP-0152).

Morpho-hydrodynamic model for the Douro estuary based on the Open Telemac

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Modelling system.

Online HNS platform with essential tools for preparedness and response to accidental

spills. This includes two databases, numerous guidelines for environmental monitoring, and an

environmental sensitivity index for the Portuguese cost, that is key to the National Maritime

Authority. (Interreg project Arcopol Platform, available at www. ciimar.up.pt/hns).

Regional oceanic models, namely the Regional Oceanic Modelling System (ROMS) and

the COAWST system, which joins several models (ROMS + WRF + SWAN), were implemented on

the NW-Iberian peninsula coast.

D. COMPUTATIONAL APPLICATIONS

Dunphy, M., Stastna, M., Lamb, K., Subich, C., Steinmoeller, D., Magalhaes, J. M., da Silva,

J.C.B. 2015. DJLES: Dubreil-Jacotin-Long Equation Solver. Available online at:

https://github.com/mdunphy/DJLES

GNSS-Derived Path Delay Plus (GPD+) – software for the computation of the wet

tropospheric correction (WTC) of satellite altimeter missions, by spatio-temporal objective

analyses of all available and intercalibrated wet path delay data sources.

MODELFISH - The model developed by CIIMAR and FoodInTech® and integrated in a user

friendly software SIGA (Sistema Integrado para Gestão da Aquacultura).

E. PATENTS / PROVISIONAL PATENT APPLICATION

Antimalarial agent(s) and methods to obtain them.

Inventors: Leão, P., Rosário, M.M., Costa, M., Vasconcelos, V., Nogueira, F., Domingues,

V.

Provisional patent application nº 20151000052614 0198 2015/06/25.

Institutions: Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research (CIIMAR);

University of Porto, Portuguese Institute of Hygiene and Tropical Medicine (IHMT–UNL) and

Polytechnic Institute of Porto (IPP).

Pyrazinoquinazolinone derivatives with antibacterial activity against gram-positive

bacteria.

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Inventors: Kijjoa, A., Bessa, L., Martins da Costa, P., Buttachon, S., Dethoup, T. and

Vasconcelos, V. Provisional patent application nº 20151000052604 0198 2015/06/25.

Institutions: Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research (CIIMAR)

and University of Porto.