Eudyptes robustus
Eudyptes pachyrhynchus
Eudyptes schlegeli
Eudyptes chrysolophus
Eudyptes chrysocome
Eudyptes sclateri
Megadyptes antipodes
Aptenodytes patagonicus
Aptenodytes forsteri
Anas acuta
99
99
98
97
86
36
22
0.02
Neognathae (superordem)Sphenisciformes (ordem)Spheniscidae (família de pinguins)Eudyptes (E. robustus, E. pachyrhynchus, E. schlegeli, E. chrysocome, E. chrysolophus e E. sclateri) Aptenodytes (A. patagonicus e A. forsteri)Megadyptes (M. antipodes)Anseriformes (ordem)Anatidae (família de patos)Anas (A. acuta)•Região utilizada: CDS da subunidade 1 da citocromo oxidase.
Camila – Aves - Neognathae (COI)
ANURA - Microhylidae - Microhyla okinave
ANURA - Microhylidae - Microhyla ornata
ANURA - Microhylidae - Kaloula pulchra
ANURA - Ranidae - Rana nigromaculata
ANURA - Bufonidae - Bufo japonicus
ANURA - Hylidae - Hyla chinensis
ANURA - Hylidae - Hyla japonica
ANURA - Pipidae - Xenopus tropicalis
CAUDATA - Plethodontidae - Stereochilus
CAUDATA - Salamandridae - Lyciasalamandr
GYMNOPHIONA - Caecilidae - Siphonops ann
GYMNOPHIONA - Caecilidae - Gegeneophis r
90
99
75
71
98
39
44
86
81
0.000.050.100.15
Diego – Amphibia - Cytb
Método: UPGMA?Modelo: Tamura-Nei
Outgroup?Seria interessante enraizar a tua árvore. Pode ser com qq tetrápoda.
Lethenteron kessleri
Lampetra japonica
Lampetra appendix
Lethenteron japonicum
Lethenteron reissneri
Lampetra hubbsi
Lampetra richardsoni
Lampetra ayresii
Lampetra fluviatilis 1
Lampetra fluviatilis
Lampetra tridentata
Lampetra minima
Lampetra similis
Lampetra lethophaga
Lampetra macrostoma
Entosphenus lethophagus
Entosphenus tridentatus
Petromyzon marinus
Ichthyomyzon fossor
Ichthyomyzon unicuspis
Ichthyomyzon castaneus
Ichthyomyzon greeleyi
Ichthyomyzon bdellium
Chimaera monstruosa 3
Galeocerdo cuvier 2
Bombina maxima 16
Latimeria chalumnae 5
Neoceratodus forsteri 6
Polypterus ornatipinnis 4
Ornithorhynchus anatinus 7
Elephantulus sp 8
Geomys busarius 9
Felis silvestris 10
Dasypus novemcinctus 11
Cyclemys atripons 15
Alligator mississippiensis 12
Anas platyrhynchos 13
Iguana iguana 14
85
57
60
46
35
23
14
4
26
7
7
46
41 100
100
60
98
89
100
54
65
99
96
99
99
87
28
31
98
75
61
100
70
52
88
0.05
•Sequencias parciais de CytB para a Família Petromyzontidae (Hyperoartia) Diferentes gêneros e mais de uma espécie por gênero.•Alinhei e acrescentei as sequencias dos outros vertebrata.
•Talvez aqui fosse conveniente limitar o set de dados aos Hyperoartia e colocar duas ou três espécies como outgroups.
•A Família Petromyzontidae é monofilética mas os gêneros dentro desta família são parafiléticos.
•ok•Peixes cartilaginosos formaram grupo irmão com Hyperoartia além dos outros problemas já mencionados em sala de aula para o gene cytB neste nível hierárquico.
•Talvez seja só um problema de outgroup. É preciso ver como fica se vc colocar um grupo externo a todos estes organismos (um protocordado, por exemplo).
Helder
Bradypus variegatus
Bradypus tridactylus
Choloepus didactylus
Nothrotheriops shastensis
Mylodon darwinii
Dasypus novemcinctus 11
Dasypus novemcinctus
Felis silvestris 10
Euphractus sexcinctus
Cabassous unicinctus
Tamandua tetradactyla
Myrmecophaga tridactyla
Elephantulus sp 8
Geomys busarius 9
Polypterus ornatipinnis 4
Bombina maxima 16
Ornithorhynchus anatinus 7
Galeocerdo cuvier 2
Chimaera monstruosa 3
Latimeria chalumnae 5
Neoceratodus forsteri 6
Iguana iguana 14
Cyclemys atripons 15
Anas platyrhynchos 13
Alligator mississippiensis 12
99
99
53
50
41
46
88
66
34
31
9
36
14
39
25
53
48
30
39
25
15
36
0.05
Você tentou enraizar aqui? Esta é a raiz da tua árvore. Se o MEGA não detectou, não tem problema, é a raiz a priori.
Helder
Xenarthra
Helder
Bradypus variegatus
Bradypus tridactylus
Choloepus didactylus
Nothrotheriops shastensis
Mylodon darwinii
Dasypus novemcinctus
Euphractus sexcinctus
Cabassous unicinctus
Elephantulus sp 8
Tamandua tetradactyla
Myrmecophaga tridactyla
100
87
33
77
84
51
51
33
0.02
Xenarthra
Afrotheria
É conveniente também colocar mais de um outgroup.Por exemplo, vc pode colocar duas espécies de AfrotheriaE uma de Laurasiatheria.
Ursus maritimus
Ursus arctos
Ursus spelaeus
Helarctos malayanus
Melursus ursinus
Ursus americanus
Ursus thibetanus
Selenarctos thibetanus
Felis silvestris 10
Canis latrans
Dasypus novemcinctus 11
Geomys busarius 9
Ornithorhynchus anatinus 7
Elephantulus sp 8
89
97
80
44
100
100
98
91
100
35
52
0.05
Helder
Ursus maritimus
Ursus arctos
Ursus spelaeus
Melursus ursinus
Ursus americanus
Ursus thibetanus
Selenarctos thibetanus
100
99
99
95
0.01
Mais uma vez, faltou a raiz.
Parece que todos os problemas ocorreram por causa de Outgroups não apropriados.
Helder
Felis catus gato
Canis lupus Cachorro
Ornithorhynchus anatinus
Geomys texensis Toupera
Didelphis virginiana Gamba
Macropus robustus Canguru
Dasypus novemcinctus Tatu
Bradypus tridactylus Preguica
Homo sapiens
Pan troglodytes Chimpanze
Elephantulus sp.
Alligator mississippiensis
Latimeria chalumnae 3
Neoceratodus forsteri peixe pulmonado
Squalus acanthia Tubarao
Raja porosa Raia
Chimaera monstrosa 1
Polypterus ornatipinnis peixe 2
Osteoglossum bicirrhosum Peixe escamas
Lampetra fluviatilis 5
Petromyzon marinus Lampreia
Bombina maxima Anfibio
Bufo japonicus Sapo
Iguana iguana
Cyclemys atripons Tartaruga
Chelonia mydas Tartaruga
Struthio camelus Avestruz
Anas platyrhynchos Pato
Rhea americana Ema
99
99
99
71
99
95
71
78
49
62
68
24
38
35
63
38
26
53
31
36
12
8
14
13
15
8
0.02
WellingtonCOIModelo?
Felis catus gato
Canis lupus Cachorro
Ornithorhynchus anatinus
Geomys texensis Toupera
Didelphis virginiana Gamba
Macropus robustus Canguru
Dasypus novemcinctus Tatu
Bradypus tridactylus Preguica
Homo sapiens
Pan troglodytes Chimpanze
Elephantulus sp.
Alligator mississippiensis
Bombina maxima Anfibio
Bufo japonicus Sapo
Iguana iguana
Cyclemys atripons Tartaruga
Chelonia mydas Tartaruga
Struthio camelus Avestruz
Anas platyrhynchos Pato
Rhea americana Ema
Latimeria chalumnae 3
Neoceratodus forsteri peixe pulmonado
Chimaera monstrosa 1
Squalus acanthia Tubarao
Raja porosa Raia
Polypterus ornatipinnis peixe 2
Osteoglossum bicirrhosum Peixe escamas
Lampetra fluviatilis 5
Petromyzon marinus Lampreia
99
99
99
71
99
95
71
78
49
62
68
24
38
35
63
38
26
53
31
36
12
14
8 15
8
13
0.02
WellingtonCOIModelo?
WellingtonCytBModelo?
Felis silvestris 10
Canis lupus Cachorro 29
Homo sapiens 27
Pan troglodytes Chimpanze 30
Dasypus novemcinctus 11 Tatu
Bradypus tridactylus Preguica 28
Elephantulus sp 8
Geomys busarius 9 Toupera
Didelphis virginiana gamba 22
Macropus giganteus Canguru 23
Ornithorhynchus anatinus 7
Cyclemys atripons 15 Tartaruga
Trachemys scripta elegans tartaruga 24
Iguana iguana 14
Alligator mississippiensis 12
Anas platyrhynchos 13 Pato
Rhea americana 17 Ema
Struthio camelus 18 Avestruz
Lampetra fluviatilis 1 Lampreia
Lampetra planeri 19 Lampreia
Polypterus ornatipinnis 4 osseo
Chimaera monstruosa 3 cartilaginoso
Osteoglossum ferreirai peixe escamas 20
Latimeria chalumnae 5
Neoceratodus forsteri 6 Pulmonado
Bombina maxima 16 anfibio
Bufo melanostictus Sapo 21
Raja radiata Raia 26
Galeocerdo cuvier 2
Squalus acanthias Tubarao 25
100
100
97
100
100
98
99
84
73
52
89
31
43
30
40
54
37
53
59
30
61
47
17
35
14
26
6
0,05
Felis silvestris 10
Canis lupus Cachorro 29
Homo sapiens 27
Pan troglodytes Chimpanze 30
Dasypus novemcinctus 11 Tatu
Bradypus tridactylus Preguica 28
Elephantulus sp 8
Geomys busarius 9 Toupera
Didelphis virginiana gamba 22
Macropus giganteus Canguru 23
Ornithorhynchus anatinus 7
Cyclemys atripons 15 Tartaruga
Trachemys scripta elegans tartaruga 24
Iguana iguana 14
Alligator mississippiensis 12
Anas platyrhynchos 13 Pato
Rhea americana 17 Ema
Struthio camelus 18 Avestruz
Chimaera monstruosa 3 cartilaginoso
Osteoglossum ferreirai peixe escamas 20
Latimeria chalumnae 5
Neoceratodus forsteri 6 Pulmonado
Bombina maxima 16 anfibio
Bufo melanostictus Sapo 21
Raja radiata Raia 26
Galeocerdo cuvier 2
Squalus acanthias Tubarao 25
Polypterus ornatipinnis 4 osseo
Lampetra fluviatilis 1 Lampreia
Lampetra planeri 19 Lampreia100
100
97
100
100
98
99
84
73
52
89
31
43
30
40
54
37
53
59
30
61
47
35
17
14
26
6
0,05
Talvez aqui a melhor saída seja mesmo restringir o seu set de dados.Tente colocar os anfíbios como grupo irmão, mantenha os répteis, as aves e os mamíferos e veja como fica.
WellingtonCytBModelo?
P. bengalensis euptilura cytb
F. catus cytb
C. lupus familiaris CYTB
S. guianensis Blm33 cytb
B. brydei CYTB
R. rex CQ1 cytb
E. mongoz cytb
B. lasiurus cytb
S. araneus cytb
T. aculeatus CYTB+tRNA-Thr
O. anatinus CYTB+tRNA-Thr
G. bursarius lutescens cytb
P. cinereus CYTB
C. atripons cytb
S. entellus CYTB
P. abelii YN93-312 CYTB
P. pygmaeus CYTB
G. gorilla gorilla CYTB
H. sapiens CYTB
P. troglodytes CYTB
100
100
59
94
100
100
100
100
74
65
35
24
39
22
16
27
16
0,05
SauloCytBModelo?
P. bengalensis euptilura cytb
F. catus cytb
C. lupus familiaris CYTB
S. guianensis Blm33 cytb
B. brydei CYTB
R. rex CQ1 cytb
E. mongoz cytb
B. lasiurus cytb
S. araneus cytb
T. aculeatus CYTB+tRNA-Thr
O. anatinus CYTB+tRNA-Thr
G. bursarius lutescens cytb
P. cinereus CYTB
S. entellus CYTB
P. abelii YN93-312 CYTB
P. pygmaeus CYTB
G. gorilla gorilla CYTB
H. sapiens CYTB
P. troglodytes CYTB
C. atripons cytb
100
100
59
94
100
100
100
100
74
65
24
35 39
22
16
27
16
0,05
SauloCytBModelo?
APODIFORMES - Aerodramus fuciphagus
RHEIFORMES - Rhea americana
PICIFORMES - Dryocopus pileatus
PICIFORMES - Melanerpes carolinus
PASSERIFORMES - Pinicola enucleator
PASSERIFORMES - Paroaria capitata
PASSERIFORMES - Sporophila schistacea77
100
100
63
0.02
DeniseCytBModelo?
Outgroup?
PriscilaMétodo: Neighbor Joining (NJ)Modelo de distância p.
Árvore linearizada
Conclusão: o gene nuclear não é uma boa escolha para estudo de filogenia de espécies relacionadas, uma vez que é conservado e possui taxa de mutação lenta. Nesse caso, um gene mitocondrial seria mais apropriado para estudo de relações de parentesco recentes.
Não entendi...
Foram selecionadas 9 seqüências do gene que codifica a subunidade beta da RNA polimerase (rpoB) para indivíduos do gênero Streptococcus e do Lactobacillus pertencentes a Ordem Lactobacillales.
Polypterus ornatipinnis 4
Ornithorhynchus anatinus 7
Elephantulus sp 8
Geomys busarius 9
Felis silvestris 10
Dasypus novemcinctus 11
Testudo graeca 18
Indotestudo elongata 19
Manouria emys 21
Cyclemys atripons 15
Chelonia mydas 17
Lissemys punctata 23
Cycloderma aubryi 25
Trionyx triunguis 24
Pelodiscus sinensis 20
Dogania subplana 22
Anas platyrhynchos 13
Iguana iguana 14
Alligator mississippiensis 12
Chlamydosaurus kingii 27
Latimeria chalumnae 5
Neoceratodus forsteri 6
Bombina maxima 16
Anolis carolinens 26
Galeocerdo cuvier 2
Chimaera monstruosa 3
Lampetra fluviatilis 1
97
99
88
81
99
94
99
98
99
77
99
84
77
65
43
71
55
56
33
5226
16
8
13
0.05
Talvez aqui fosse o caso de colocar um grupo externo contendo apenas aves, ou apenas lagartos, ou ambas as coisas. Misturar tudo pode prejudicar o entendimento da tua árvore.
Priscila
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