QBQ0230 – 2010Aula 3
Proteínas:estrutura primária e bancos de dados
Regina L. [email protected]
bloco 12 inferior, sala 1211
São as proteínas que fazem o organismo!
Peptídeos e proteínas
• Cadeias formadas da condensação
de aminoácidos (resíduos)
• Peptídeos são pequenos (2-30 aa,
Mw < 10 kDa)
• Proteínas são polipeptídeos, que
podem também conter
• Mais de uma cadeia polipeptídica
• Cofatores
• Grupos prostéticos
Ligações peptídicas Peptídeos e proteínas são sempre representados do N para o C-terminal
Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
Leu-Ala-Tyr-Gly-Ser
Proteínas são sintetizadas nos
ribossomos(tradução)
a partir de apenas
20 L-α-aminoácidos
diferentes
metilação
Aminoácidos podem sofrer modificação pós-tradução
fosforilação
Exemplos:
acetilação
Proteínas têm composição e número de aminoácidos
específicos, que determinam sua forma e função
HemoglobinaProteínas podem ser conjugadas
a outras moléculasFunções das proteínas
• Catálise:– Hexoquinase (via glicolítica), DNA polimerase (replicação de DNA)
• Transporte:– hemoglobina (O2 ), lactose permease (lactose através da membrana)
• Estrutura:– colágeno (tecido conectivo), queratina (cabelos, unhas, penas, cornos)
• Motilidade:– miosin e actina (músculo)
• Transdução de sinal e regulação:• receptores, quinases, fatores de transcrição
• …
• Carga
• Tamanho (peso molecular)
• Afinidade por um ligante
• Solubilidade
• Hidrofobicidade
• Estabilidade térmica
Proteínas podem ser separadas por suas propriedades físico-químicas
• Qualitativa
� determinação perfil de proteínas de
uma determinada amostra
–eletroforese
• Preparativa
� purificação a partir de uma mistura
complexa
–cromatografia
Separação de proteínas Cromatografia
• Fase estacionária
• Fase móvel
�Propriedades
distintas
Troca iônica
• Separação por carga
Filtração em
gel
• Separação por
tamanho
Afinidade
• Afinidade por
ligante
• Ex: Ni e
histidina
Eletroforese em condições desnaturantes (SDS-PAGE)
dodecil-sulfato de sódio
(detergente)
Todas
negativas,
separação
apenas por
tamanho
Gel de proteína corado com coomasie blue
Eletroforese bidimensional
carga
tamanho
• Métodos de proteólise e degradação
química
�Trabalhosos, demorados e nem sempre eficientes
• Genômica e proteômica
� dedução a partir da sequência do DNA
� Bancos de dados
� Espectrometria de massa
Como determinar a sequência
de proteínas?
• NCBI
• KEEG
• Pfam
• SwissProt
• Expasy: portal de ferramentas de
bioinformática para análise de proteínas– ....vários outros!
Bancos de dados
• Entrar em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• Procurar em “all databases”: SigX
• Entrar em “Proteins”
• Procurar RNA polymerase sigma factor
SigX [Pseudomonas aeruginosa
UCBPP-PA14] – seguir link
• Fazer Blastp e selecionar alinhamentos
• Construir árvore
Exemplo feito na sala de aulaIdentificação de proteínas por
espectrometria de massa
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