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BioinformáticaAnotação funcional de genomas

Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Católica de Brasília

gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

+Após a montagem...

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nOs contigs são apenas uma sequência de nucleotídeos.

nEncontrar informação biológica dentro dos contigs.

nGenes

nIntrons/Exons

nPromotores

+Predição gênica

3

nIdenticar genes.

nATG + ORF + Stop condon na mesma fase de leitura.

nPredição ab initio, redes neurais...

nIdentificação de introns e exons.

nLocalização dos genes dentro do contexto dos contigs.

+GeneMark

4

nUsa a informação de codon usage para fazer a predição.

+Promotores

nIdentifica padrões de sequência de promotores.

nhttp://pepper.molgenrug.nl/

5

+Arquivo GFF

nGeneral Feature Format

nIndica as posições no contig de cada item identificado.

6

+No GenBank file

7

+No EMBL

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+Visualização

nArtemis - Sanger Institute

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