Biologia Computacional

Algoritmos, estruturas de dados e métodos para

resolver problemas envolvendo DNA, RNA e

proteínas!

DNA

DNA

Formado por uma fita dupla de nucleodídeos.

Bases: Adenosina(A)-Timina/Uracila(T/U), Citosina(C) – Guanina(G).

Código Genético : informação para a vida!

Genes: trechos de DNA que codificam proteínas.

Códons: triplas de nucleotídeos que codificam um aminoácido;

Genoma: milhares/milhões de bases

Organismos Procariotos: bactérias e

algas azuis: Genoma Circular.

Organismos Eucariotos: todos os outros

– exceto os vírus: Genoma formado por

um conjunto de cromossomos.

Número de cromossomos: depende da

espécie!

Ser humano 23 pares de cromossomos!

Código Genético: Genoma

Proteínas

Macromoléculas de aminoácidos: formam

organelas celulares, orgãos, tecidos,

enzimas.

Tabela de Codons/Aminoácidos

Computação

Comparação e análise das bio-sequências

Armazenamento e acesso a bases de bio-sequências

Sequenciamento e montagem de genomas

Colaborar com a biologia molecular para a solução de problemas

AAAAAAAACTCTCTAAAACCCCTTTTCACATATAGCATATGCAA

AAAGGGGCTCTCTAAAACCCCTTTTCACAATATGCATATGCAA

Sequenciamento e Montagem

3’ 5’

ACTGGACTCCCTAGTCAAAAAAAAAATG

TTTTTTTTTTTTACTGGGGGTACTGGACT

Comparação de Sequências

Encontrar o emparelhamento que maximiza a similaridade de duas sequências

Algoritmo de Programação Dinâmica

Algoritmo de Similaridade

Algoritmo de alinhamento

Palíndromos e Enzimas de

restrição

Outros problemas

Identificação de genes.

Identificação de regiões codificadoras em genes.

Identificação de ‘Splicing’ alternativo.

Análise da quantidade de informação em sequências homólogas.

Comparação de múltiplas sequências.

Identificação de ‘hairpins’

...