Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho...
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Universidade do Minho Workshop GBIF Digitalização de Colecções Biológicas Braga, 5 a 7 Julho O GBIF visto pelo fornecedor de dados - Domínio Microbiano - Isabel M. Santos & Nelson Lima Micoteca da Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica Braga - Portugal
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O GBIF visto pelo fornecedor de dados- Domínio Microbiano -
Isabel M. Santos & Nelson Lima
Micoteca da Universidade do MinhoCentro de Engenharia BiológicaBraga - Portugal
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Facultar– Acessibilidade a esses dados à escala global
Dados sobre a BIODIVERSIDADE
Promover– Compilação– Padronização– Digitalização
Registos de observações geográficas e ecológicas (in situ)Referentes a Espécimens em colecções de história natural / herbários(...)
Objectivos do GBIF
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Estirpes– Cultura activa
– Estado mais ou menos dormente
Conceito deEstirpe
≠Conceito deEspécimen
Implicações ao nível de procedimentos curatoriais e de gestão
Colecções de microrganismos
Organismo vivo conservado numa colecção
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Informação associada– Taxonomia– Origem– Propriedades– Atributos particulares
Os dados referentes à espécie representam uma fracção menor da totalidade da informação
Penicillim expansum Link MUM 99.19Penicillim expansum Link MUM 99.23Penicillim expansum Link MUM 04.04(…)
Várias estirpes da mesma espécie
O grosso do volume de dados coligido e armazenado dizem respeito à estirpe
Colecções de microrganismos
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Armazenamento de dados– Registo em suporte de papel– Folha Excel– Base de dados em Microsoft Access– Sistema Gestor de Bases de Dados
Disseminação de dados– Catálogo em papel– Catálogo electrónico– Ligação em rede (WDCM, BioCISE)– Adesão a outras iniciativas (MINE, CABRI)
Colecções de microrganismos
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O caso da Micoteca da Universidade do Minho
Missão:
Desenvolver uma colecção de fungos filamentosos com o objectivo principal de manter e fornecer estirpes para a investigação em biotecnologia e para laboratórios de ensino, actuando também como um centro de conhecimento, informação e formação, em articulação com outras colecções de culturas de Portugal.
Missão:
Desenvolver uma colecção de fungos filamentosos com o objectivo principal de manter e fornecer estirpes para a investigação em biotecnologia e para laboratórios de ensino, actuando também como um centro de conhecimento, informação e formação, em articulação com outras colecções de culturas de Portugal.
A MUM foi criada institucionalmente na UM em 1996
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Conservação de fungosPolítica de aquisição/Critérios de aceitação
Sistema informático
Gestão de dadosGestão de stocksDisseminação da informação
DocumentosDados
Distribuição Depósito confidencial Formação Consultoria
Adopção de procedimentos curatoriais e experimentais rigorosos e bem documentados
obedecendo a padrões de qualidade reconhecidos.
Obter reconhecimento como um BRC e consequente integração em sistemas de informação internacionais
O caso da Micoteca da Universidade do Minho
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Normas e recomendações WFCC Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms
Gams et al. (1988) Structuring strain data for storage and retrieval of information of fungi and yeasts in MINE, the Microbial Information Network Europe
NPEN 1619 (1999) Biotecnologia – Processos e produção em grande escala. Requisitos para a gestão e organização dos procedimentos para conservação de estirpes
CABRI (Common Access to Biological Resources and Information) guidelines
OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: general requirements for all BRCs
OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: mandatory guidance for micro-organism domain BRCs
OECD (2003) Minimum Data Set (MDS) for describing BRCs and the domain of microbes
Normas e recomendações WFCC Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms
Gams et al. (1988) Structuring strain data for storage and retrieval of information of fungi and yeasts in MINE, the Microbial Information Network Europe
NPEN 1619 (1999) Biotecnologia – Processos e produção em grande escala. Requisitos para a gestão e organização dos procedimentos para conservação de estirpes
CABRI (Common Access to Biological Resources and Information) guidelines
OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: general requirements for all BRCs
OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: mandatory guidance for micro-organism domain BRCs
OECD (2003) Minimum Data Set (MDS) for describing BRCs and the domain of microbes
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Procedimentos de documentação e gestão da informação
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Procedimentos na recepção de culturas
Número único e não reutilizável
Política aquisição
Critériosadmissão
InformardepositanteRejeição estirpePedido de depósito de estirpe
Nº MUM
FormulárioadmissãoEstirpe aceite
Aviso derecepção
Recepção estirpeNúmero de ordemMDS
VerificaçãoPedir
novo materialNão
Estado sanitário
Autenticidade
Pureza
Quarentena
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Procedimentos na conservação de estirpes
1. Comunicar Nº MUM
2. Enviar formuláriopara verificação pelodepositante
Nº MUM
Conservação
Não
Armazenamento
Inserção dedados na BD
Viabilidade& Pureza
Controlo periódico de qualidade
Banco colecção
Banco trabalho(NP EN 1619)
2 técnicas
FD / -80 ºC
Todos os procedimentos e operações efectuadas sobre as culturas são devidamente registados e documentados
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Documentos padronizados - 1
Recepção
Mod. A 1.1 Formulário de admissão
Mod. A 1.2 Formulário de isolamento e ID
Conservação
Mod. C 1.1 Formulário de conservação - Liofilização
Mod. C 2.1 Formulário de conservação - Crioconservação
Mod. C 3.1 Formulário de conservação - Água, Óleo, Sílica
Ofícios padrão
Mod. O 1.1 Aviso de recepção de culturas
Mod. O 2.1 Rejeição de uma estirpe
Mod. O 3.1 Comunicação de Nº MUM
Mod. O 4.1 Comunicação de aceitação de reclamação
Mod. O 5.1 Comunicação de rejeição de reclamação
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Documentos padronizados - 2
Distribuição
Mod. E 1.1 Aceitação de responsabilidade pelo material recebido
Mod. E 2.1 Disclaimer
Mod. E 3.1 Aceitação de responsabilidade por materiais potencialmente patogénicos
Mod. E 4.1 Lista de conteúdos
Mod. E 5.1 Relatório de envio
Mod. E 6.1 Instruções para o rejuvenescimento de estirpes
Mod. E 7.1 Lista de meios de cultura
Mod. E 8.1 Ficha de dados de segurança (categoria 1)
Mod. E 9.1 Ficha de dados de segurança (categoria 2)
Testes
Mod. T 1.1 Formulário para verificação conformidade material pelo depositante
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Formulário de Admissão de Culturas (Mod. A1.1)
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Formulário de Admissão de Culturas (Mod. A1.1)
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Estrutura geral da base de dados
Strain records
Culture media
Preservation
Strain Data
In
Out
Warning System
Stock Control
Culture media
Preservation methods
Descriptions Control of access
Users register
Log
MDS
Type of record
L,R,C,Pmin. stockShelf-life
Level 1 E/C L,R,C,P
Level 2 E/C L,R
Level 3 E/C L
Level 4 C L
Electronic cataloguewww.micoteca.deb.uminho.pt
User/date creationUser/date last alteration
Nº units ≤ min. stockStorage ≥ Shelf-life
Unique MUM Nº Unique lot NºInternal validations:
BD implementada Microsoft SQL Server 2000Aplicação de gestão e relatórios implementados para ambiente web
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Estrutura dos campos de informação
Registo de estirpesCampos agrupados por temas
Identificação Estatuto Imagem Administração da estirpe Proveniência/ História Interacções Biológicas Sexualidade Genótipo e genética Condições de crescimento Propriedades e aplicações Bibliografia
conjunto mínimo dadosMINE/ CABRI
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Registo de estirpes
Identificação
Nome da espécie Sinónimos Estado alternativo Nomes incorrectos Referências (taxonomia) Observações (taxonomia)
Imagem
Estatuto
Estatuto nomenclatural da estirpe: tipo, neotipo, ...
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Registo de estirpes
Administração da estirpe
Número Número noutras colecções Data de entrada na colecção Data de recepção Nº de ordem Autenticidade Restrições Categoria Tipo de depósito (L, R, C, P, ...) Forma de envio
Proveniência/ História
Substrato/ hospedeiro Origem geográfica Recolhido por Isolado por Método de isolamento Identificado por Depositante Herbário História Nomes prévios
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NovoNovo
Gestão dos lotesGestão dos lotes
SaídasSaídas
Registo de estirpesRegisto de estirpesConservaçãoConservação
Métodos de conservaçãoMétodos de conservação
RelatóriosRelatórios
Relatório de envioRelatório de envio
Penicillium roqueforti Thom
MUM 99.25
história
L. Abrunhosa> MUM, 1999
substrato/hospedeiro
Mosto (de uvas de Vitis vinifera)
origem geográfica
Portugal, Ponte de Lima
categoria
patogenicidade
temperatura e luz
24 C,
enzimas e metabolitos
possui actividade lipolítica
aplicações genéricas e industriais
meio(s) de cultura
Agar de Czapek-Dox-1 (CZ-1)
Meio de agar com extrato de malte-3 (Fórmula de Blakeslee) (MEA-3)
Agar de Czapek com extrato de levedura - 2 (CYA-2)
Meio de agar com batata e dextrose (PDA)
ImagemImagem
Ficheiro pdf
Impressora
Ficheiro de imagem
PesquisasPesquisas
Número MUM
Nome da espécie
...
Utilização da Base de DadosUtilização da Base de Dados
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Consulta externa da Base de DadosConsulta externa da Base de Dados
Catálogo electrónico
Por nome da espéciePor número da estirpe
WDCM (http://wdcm.nig.ac.jp)
BioCISE (http://bgbm3.bgbm.fu-berlin.de/biocise)
http://www.micoteca.deb.uminho.pt
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NÚMERO: 9925
NOME: Penicillium roqueforti Thom
TI PO DE ORGANI SMO: Fungi
FOTO:
SI NÓNI MOS: Penicillium vesiculosum Bainier, 1907 Penicillium roqueforti var. weidemannii Westling, 1911, Westling, R. 1911, Ark. Bot. 11: 1-156 Penicillium gorgonzolae Weidemann, 1923, Biourge, P. 1923, Cellule 33: 7-331 Penicillium atroviride Sopp, 1912, Sopp, O. 1912, Skr. Vidensk.-Selsk. Christiana Math.-Nat. Kl. 11: 1-208 Penicillium virescens Sopp, 1912, Sopp, O. 1912, Skr. Vidensk.-Selsk. Christiana Math.-Nat. Kl. 11: 1-208 Penicillium aromaticum-casei Sopp ex Saccardo, 1913, Saccardo, P.A. & Trotter, A. 1913, Syll. Fung. 22: 1-1612 Penicillium stilton Biourge, 1923, Biourge, P. 1923, Cellule 33: 7-331 Penicillium suaveolens Biourge, 1923, Biourge, P. 1923, Cellule 33: 7-331 Penicillium weidemannii (Westling) Biourge, 1923, Biourge, P. 1923, Cellule 33: 7-331 Penicillium roqueforti var. weidemannii Westling, 1911, Westling, R. 1911, Ark. Bot. 11: 1-156 Penicillium gorgonzolae Weidemann, 1923, Biourge, P. 1923, Cellule 33: 7-331 Penicillium weidemannii var. fuscum Arnaudi, 1928 Penicillium roqueforti var. viride Dattilo-Rubbo, 1938 Penicillium conservandi Novobranova, 1974, Novobranova, T.J ., Nov. Syst. Plant. non-vasc. 11: 233. 1974
OUTRAS COLECÇÕES : IMI381789
I SOLAMENTO: Portugal, Ponte de Lima
PROPRI EDADES: possui actividade lipolítica
CULTURA:
24 C
Meio de agar com extrato de malte-3 (Fórmula de Blakeslee) (MEA-3)
Agar de Czapek com extrato de levedura - 2 (CYA-2)
Agar de Czapek-Dox-1 (CZ-1)
Meio de agar com batata e dextrose (PDA)
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Guia CABRI para produção de catálogoGuia CABRI para produção de catálogo
Field Field label Contents
Strain number Strain_number Should contain: - collections’ own accession number of the strain
Other culture collection numbers
Other_collection_numbers Should contain: - accession numbers of the strain in other collections. Can not be given if the strain is unique in the collection.
Restrictions Restrictions Should contain: - Release conditions/Restrictions - country-specific shipping restrictions - restrictions imposed by the depositor etc.
Organism type Organism_type Should contain: value "B" for bacteria or "A" for archaea.
Name Name Should contain the full scientific name of the strain: - Genus name and species epithet - Subspecies * - Pathovar * - Authors of the name
*: only if applicable
Infrasubspecific names
Infrasubspecific_names Should contain: - variety - designation - epithet - authors and reference
Does not apply to all strains.
Status Status Should contain: - nomenclature status of the strain (like "type", "neotype", etc.)
Does not apply to all strains.
History of deposit History Should contain the history of the element from depositor to isolator. - Name of depositor - Institute of depositor - Name of isolator - Institute of isolator - Names and institutes in between
Conditions for growth
Conditions_for_growth Should contain: - Culture medium - Atmospheric and light conditions - Temperature conditions
Form of supply Form_of_supply Should contain: - the form in which the strain will be sent to the customer.
Conjunto de dados mínimo (Bactérias e Archaea)
Conjunto de dados mínimo (Bactérias e Archaea)
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Guia CABRI para produção de catálogoGuia CABRI para produção de catálogo
Conjunto de dados mínimo (Fungos)
Conjunto de dados mínimo (Fungos)
Field Field label Contents
Strain number Strain_number Should contain: - collections’ own accession number of the strain
Other culture collection numbers
Other_collection_numbers Should contain: - accession numbers of the strain in other collections.
Cannot be given if the strain is unique in the collection.
Name Name Should contain the full scientific name of the strain: - Genus name and species epithet - Subspecies * - Variety * - Forma * - Forma specialis * - Authors of the name - *: only if applicable
Organism type Organism_type Should contain: - value "Fungi" or "Yeasts"
Restrictions Restrictions Should contain: - Release conditions/Restrictions - country-specific shipping restrictions - restrictions imposed by the depositor etc.
Status Status Should contain: - nomenclature status of the strain (like "type", "neotype", etc. )
Does not apply to all strains.
History of deposit
History Should contain the history of the element from isolator to depositor. - Name of isolator - Institute of isolator - Name of depositor - Institute of depositor - Names and institutes in between
Conditions for growth
Conditions_for_growth Should contain: - Culture medium - Light conditions - Temperature conditions
Form of supply Form_of_supply Should contain: - form in which the strain will be sent to the customer.
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Guia CABRI para produção de catálogoGuia CABRI para produção de catálogo
Field Accession number
Description collections’ own accession number of the strain
Input process consists of collection acronym followed by a number or alphanumeric identifier separated with a blank
Make sure unique number is given to each strain
Required for MDS
Padronização dos dadosPadronização dos dados
http://cabri.org
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