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01. DNA Structure and Organization
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01. DNA Structure and Organization
Informação adicional: 1. Densidade da molécula nativa muito alta
2. Decomposição da molécula nativa em nucleótidos resultava em que as proporções dos diferentes componentes eram sempre: Guaninas = Citocinas Adeninas = Timinas 3. A molécula nativa tinha um diâmetro constante (20 Å)
Estabilidade do DNA
Interações hidrofóbicas entre as bases que resultam na sua orientação principalmente perpendicular ao eixo da molécula.
Desnaturation e renaturation do DNA
DNA melting curves
Southern blotting
Estrutura secundaria do DNA
Linear DNA molecule
Região de dupla simetria com sequencias repetidas invertidas
Positive supercoiling
Link number = 0
Link number = 3
Nucleossoma
Modelos da organização da cromatina
Bead on a string 11 nm
Modelos da organização da cromatina
Solenoid 30 nm
Remodelação da cromoatina
Dependente do ATP
Diversas proteínas interatuam com o DNA
C-terminal das histonas
O Código epigenético
O Código epigenético
1 6-7 40 680 1.2 x 10
4
Packing ratio
Organização do DNA nu núcleo
Scaffold Matrix Mitotic Interphase (nucleus)
The chromosome Scaffold
Remover DNA com nucleases e DNA com NaCl Proteínas não histonas Topoisomerase II Structural Maintenance of Chromosomes SMCs
Codensin is involved in the organization of mitotic chromosomes
Cohesin maintains sister chromatids together from G1 to end of Mitosis
DNA Condensin Cohesin
Cornelia de Lange Syndrome (1/10,000) severe developmental deffects
Mutations at SMC1/3 or SCC2 (chaperone of SCC1)
O Genoma de um organismo
1 N = Haploide 2 N = Diploide
Chromosome territories in human cells
Gene localization changes within the nucleous in response to transcription
Genomics
DNA complexity
25,000
Repeats Transpose Repeat
TE
Transposons
Barbara McClintock 1902-1992 Nobel prize of Physiology and Medicine 1983
Transposition
- Normalmente reprimida - Pode ser activada - Induz alterações em genes - Induz quebras cromossomicas
Transposons “copy paste via RNA or DNA”
Transposons
Heterocromatina
Eucromatina
Telómero Centrómero Telómero
O Genoma humano
SINEs: Short Interspersed Nuclear Elements - Short <500 b - Transcribed by RNA pol III - Non-coding - Alu sequences (280 b) cut RE Alu - 1,5 M copies - Use TEs for mobilization
LINEs: Long Interspersed Nuclear Elements - Heterogenous in lenght - Transcribed by RNA pol II - Code for reverse transcriptase and endonuclease - 500,000 copies - Move by coping so enlarge the genome
