Taís Herig

Marcelo Carazzolle

Ana Deckmann

Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos DadosProjetos

1 -

2 -

3 -

4 -

Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?O experimento

Análise dos DadosProjetos

1 -

2 -

3 -

4 -

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

DNA-Microarray = Genechip

Microarray

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●

Técnica Anos 90 Suporte sólido para fixação ordenada

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

Padrões de expressão gênicaIdentificação de função de genes

Identificação de genes envolvidos com doenças

●

●

●

● Interação entre genes

Pra quê ?

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

Milhares de genes simultaneamenteEspaço pequeno

●

●

Por quê ?

Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos DadosProjetos

1 -

2 -

3 -

4 -

O experimento

Parte 1

Parte 2

Parte 3

- Fixação de genes Microarray

- Hibridização

- Scanner●

●

●

O experimento

Parte 1: Microarray

Isolar genes de interesse

Gerar inúmeras cópias

Fixação no microarray

●

●

●

O experimento

Parte 2: Hibridização

Células desejadas

mRNA

Formar cDNA marcado

●

●

●

●

●

Hibridização

Limpeza

O experimento

Parte 3: Scanner

“Scannear” o microarray

Obtenção de dados - Intensidades

●

●

Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos Dados

Projetos

1 -

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3 -

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Análise dos Dados

Como eram tratados os dados ?

Agora

●

- Manualmente Muito tempo

Muito esforço Pequenas mudanças Muito trabalho

●

Análise dos Dados -

Automatizar a análise dos dadosDiferentes formatos

●

●

GeneTAC (LGE) ScanArray (Ludwig) CodeLink NimbleGen (Futuro)

Objetivo do Programa

Variável de acordo com o formatoPossibilita a criação de diferentes projetos

●

●

●

●

●

●

Características do Programa

Estruturado por etapas

Linguagens: cgi, R (análise estatística)Banco de dados: MySql

Análise dos Dados -

Português e Inglês

Banco de Dados

Análise dos Dados -

Estrutura do Programa

Submissão dos Arquivos da Lâmina

Seleção de Dados

Normalização

Análises Estatísticas

Definição de um Projeto

Configuração da LâminaLGE e Ludwig

CodeLink

Análise dos Dados -

Criar / Selecionar um projeto

Definir o padrão

●

●

Estrutura do Programa: Definição do Projeto

Número de Placas funcionais

Análise dos Dados -

Estrutura do Programa: Definição do Projeto

Análise dos Dados -

LGE e Ludwig

Adequar a configuração

●

●

Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina

96

Placa Funcional

Placa Array

Microarray

1-12A|H

96 96

96

384

1 - 16

A

|

P

1 - 4A

|

H

Análise dos Dados -

32 grids

Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina

Análise dos Dados -

Submissão dos arquivos

Definição dos grupos

●

●

●

Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina

Definição dos canais

Análise dos Dados -

Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina

Análise dos Dados -

Exclusão de spots indesejados●

Estrutura do Programa: Seleção dos Dados

Diferentes formas de exibir os dados Diferentes filtros Imagens

Análise dos Dados -

Estrutura do Programa: Seleção dos Dados

Análise dos Dados -

Métodos diferentes●

●

●

Estrutura do Programa: Normalização

Opções

Visualização

Análise dos Dados -

Estrutura do Programa: Normalização

Análise dos Dados -

●

●

Estrutura do Programa: Análises estatísticas

Análise dos Dados -

Fold Change

Pvalue

Estrutura do Programa: Análises estatísticas

Análise dos Dados -

Gráficos: Lâmina

Análise dos Dados -

(Fonte: Leandra Scarpari)

Grid

Gráficos: M vs A plot

Análise dos Dados -

M = log2(R/G)A = ½ log2(RG)

(Fonte: Leandra Scarpari)

Gráficos: M vs A plot

Análise dos Dados -

(Fonte: Ana Deckmann)

Gráficos: Density

Análise dos Dados -

(Fonte: Leandra Scarpari)

Gráficos: Boxplot

Análise dos Dados -

Outliers: diferencialmente expressos (Fonte: Leandra

Scarpari)

Gráficos: Plot lam1 vs lam2

Análise dos Dados -

Comparação entre duas lâminas(Fonte: Leandra Scarpari)

Gráficos: VolcanoPlot

Análise dos Dados -

Fold Change: Escala de comparação entre as razõesPvalue: Reprodução dos dados

(Quanto maior o módulo, mais diferencialmente expresso)

(Quanto menor, mais estão se reproduzindo os dados)(Fonte: Leandra Scarpari, Ana Deckmann)

Gráficos: Clustering

Análise dos Dados -

Busca de padrões

(Fonte: Ana Deckmann)

Tópicos da Apresentação

O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?

O experimento

Análise dos Dados

Projetos

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Projetos

Implementação no LGE

Publicação

●

●

● Implementação para o NimbleGen

... (um pouquinho sobre o NimbleGen)

NimbleGen

●

●

●

Microarray de alta densidade Mais de 380.000 oligos / array 6 – 20 probes / gene

Mais de 38.000 genes

Tamanho do probe: 24 – 70 mer

NimbleGen

MAS – Maskless photolithographic process

NimbleGen

● Procedimento Seleção / Montagem do Array Envio de cDNA / mRNA Experimento (NimbleGen)

RNA $760cDNA $665

+ $1900(<10 Arrays)

NimbleGen

● Resultados Dados brutos Dados normalizados Imagens do Array (Dados brutos)

(Fonte: http://www.nimblegen.com)

Fim